• Journal of Crop Science and Biotechnology
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• 제10권1호
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• pp.27-32
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• 2007

RAPD, Inter-SSR, and AFLP markers were used to assess the genetic diversity of lettuce cultivars and the phylogenetic relationships in Lactuca spp. A total of 216 polymorphic bands from seven RAPD primers, four Inter-SSR primers, and five AFLP primer combinations were used to elucidate the genetic similarity among lettuce cultivars. Forty-four lettuce accessions were subdivided into discrete branches according to plant type: crisphead, butterhead, and stem type, with some exceptions. The leafy- and cos-type accessions were intermingled in other groups with no discrete branch indicating that these are more diverse than others. Three accessions, including the Korean cultivar 'Cheongchima', the Korean local landrace 'Jinjam', and the German cultivar 'Lolla Rossa' were classified as the most diverse accessions. Twenty bands were unique in specific cultivars. Among these, three were specific in a plant type; one in Korean leafy type, one in crisphead type, and one in cos type lettuce. In the phylogenetic analysis among Lactuca species, L. saligna, L. serriola, and L. georgica clustered in a sister branch of the L. sativa complex. Two L. virosa accessions show the highest intra-specific relationships. L. perennis outlied from all the other Lactuca species at a genetic similarity of 0.53 and clustered with two Cichorium species, C. intybus and C. endivia, with genetic similarity of 0.67. The phylogenetic tree was supported by data from polymorphism of chloroplast genome which was revealed by PCR-RFLP.

• 생명과학회지
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• 제14권2호
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• pp.296-300
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• 2004

환자의 생조직, 얼린 조직 혹은 혈액이 없는 경우에, formalin으로 고정된 파라핀조직을 이용하여 미토콘드리아 돌연변이를 확인할 수 있는지를 조사하였다. MELAS 환자 4명의 파라핀조직을 택해 이들 조직으로부터 DNA를 추출하여 대부분의 MELAS 환자 미토콘드리아 DNA의 tRN $A^{Leu(UUR)}$ gene의 3243지역에서 발견되는 Adenine의 Cuanine으로의 염기치환을 확인하고자 하였다. 실험결과 3명의 환자에게서 이 점 돌연변이를 확인할 수 있어 이들 파라핀조직의 상태가 좋은 것으로 여겨져 미토콘드리아 DNA 돌연변이 연구에 파라핀조직을 활용할 수 있을 것으로 보인다.다.

• Animal cells and systems
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• 제13권4호
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• pp.453-460
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• 2009

Morphological and molecular classifications were attempted in an effort to establish species-specific classifications of three species of the genus Pholis in Korea; these species were subjected to morphological and molecular methodologies using body measurements, RFLP, RAPD, and phylogenetic trees using the nucleotide sequences of mitochondrial 16S and 12S ribosomal DNAs, cytochrome c oxidase I, and cytochrome b. The data demonstrated that the three species of genus Pholis are distinct from each other, both morphologically and genetically.

• 대한한의학회지
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• 제20권4호
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• pp.11-15
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• 2000

Radix Angelicae Gigantis is sweet and pungent in flavor, warm in property. Its effects are tonifying the blood, promoting blood circulation, relieving pain and moistening the bowels. Its indications are blood deficiency syndrome characterized by sallow complexion, dizziness, irregular menstruation, amenorrhea, pains due to blood stasis, and rheumatic arthralgia. Using genes of A. gigas, A. acutiloba, and A. sinensis, the origin of which is identified, as criteria, we analysed many kinds of Angelica with RAPD and RFLP on ITS region, in order to compare and discriminate genes extracted from crude drugs ‘Dang-gui’, that are produced in Korea on the one hand and imported on the other hand. We reached the following conclusion. 1. We could extract DNA from both original plant and dried plant. 2. Especially Uniprimer #1, Uniprimer #2, Uniprimer #4 and Uniprimer ＃9 were useful. 3. Among the restriction enzymes Sma I, Msp I, Hae III, and Hinf I, used in this experiment, four restriction enzymes except Hinf I could be used properly in discriminating all samples used as A. gigas. We think that this result can be used as a method of discriminating crude drug of Angelica L. related drugs, and used in controlling quality and circulation.

• 한국환경성돌연변이발암원학회지
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• 제22권1호
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• pp.22-29
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• 2002

Essential hypertension is considered to be caused by a complicated combination of genetic and environmental factors. Alterations of lipid metabolism in plasma have been reported to be related to an increased risk of essential hypertension. The purpose of this study was to investigate the relationship between two genetic polymorphisms (Pvu II and Hind III RELPs) of the human lipoprotein lipase (LPL) gene and essential hypertension in korean population. In our result the Pvu II RFLP of LPL gene was significantly associated with essential hypertension (P < 0.05). Therefore, we suggest that the Pvu II RFLP of LPL gene may be useful as a genetic marker for essential hypertension in Korean population.

• 한국양봉학회지
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• 제33권4호
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• pp.227-237
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• 2018

The majority parasitic bee mites of Thailand in genus Tropilaelaps are infesting colonies of native bees (Apis dorsata) and introduced bees (A. mellifera). The investigation aims to study morphological and genetic variation of Tropilaelaps mites infected different hosts. Adult mites were collected from honey bee brood throughout Thailand. Traditional and geometrical morphometrics were measured on photograph by using TPS program. Additional, COI gene variations were examined by PCR-RFLP and nucleotides sequencing. Tree of mites relationships were constructed by NJ and MP assumptions. Morphometric results indicated T. mercedesae were major species infesting on A. dorsata and A. mellifera. Mophological variation represented at anal and epigynial plate, which the shape of the anal plate apex margin has been key character to identify between T. mercedesae (bell to blunt shape) and T. koenigerum (pear shape). However, the discriminant analysis suggested that geometric results were potential to classify Thai Tropilaelaps populations from different hosts better than traditional morphometric. Otherwise, PCR-RFLP clearly detected the site of Dra I and Xba I digestion of Thai Tropilaelaps morphotypes. The COI sequences of T. koenigerum were founded infesting only A. dorsata in Thailand and four sequences that related to the Thai T. mercedesae morphotypes. The NJ and MP tree were clearly classified Thai Tropilaelaps species which were suggested both from morphological and molecular analysis. This information might be basically of taxonomic status, but this should have implication for controlling these mites in Thailand and other countries.

• The Plant Pathology Journal
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• 제38권3호
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• pp.254-260
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• 2022

Fusarium incarnatum-equiseti species complex (FIESC) contain over 40 members. The primer pair Smibo1FM/Semi1RM on the RPB2 partial gene has been reported to be able to identify Fusarium semitectum. The F. fujikuroi species complex (FFSC) contains more than 50 members. The F. verticillioides as a member of this complex can be identified by using VER1/VER2 primer pair on the CaM partial gene. In this research, the Smibo1FM/Semi1RM can amplify F. sulawesiense, F. hainanense, F. bubalinum, and F. tanahbumbuense, members of FIESC at 424 bp. The VER1/VER2 can amplify F. verticillioides, F. andiyazi, and F. pseudocircinatum, members of FFSC at 578 bp. Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism by using the combination of three restriction enzymes EcoRV, MspI, and HpyAV can differentiate each species of FIESC used. The two restriction enzymes HpaII and NspI can distinguish each species of FFSC used. The proper identification process is required for pathogen control in the field in order to reduce crop yield loss.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제44권6호
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• pp.653-660
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• 2002

소의 흰 반점 관련 후보유전자로 c-KIT receptor 유전자를 선정하여, c-KIT receptor 유전자내의 변이를 탐색하고 변이가 흰반점 표현형과 연관성이 있는지를 분석하였다. 한우, Angus, Brown Swiss, Charolais, Hereford, Hols- tein, Limousin 및 Simmental 등 8개 품종의 DNA 시료를 사용하여 c-KIT receptor 유전자의 intron 6번 영역에서 다형성을 조사하고 분석하였다. c-KIT receptor 유전자의 intron 6번 영역에서는 4개의 염기치환이 발견되어, MspⅠ, BsrBⅠ 및 NdeⅠ 제한효소를 이용하여 PCR- RFLP 분석을 실시하였다. Intron 6번을 포함하는 영역의 PCR 산물 크기는 2,440 bp 이었다. MspⅠ다형성은 PCR-RFLP 분석 결과 3개의 대립유전자가 존재하였으며, 한우품종에서는 3개의 대립유전자 모두가 발견되었고, CC 형태의 유전자형을 제외한 5개의 유전자형 (AA, AB, AC, BC 및 BB)을 확인하였다. Angus, Brown Swiss, Hereford, Holstein 및 Simmental 품종에서는 A 대립유전자만을 갖는 것으로 조사되었고, 한우는 44%만 AA 유전자형을 나타내었다. BsrBⅠ 다형성은 2개의 대립유전자로서 3개의 유전자형이 나타나는 것을 확인하였으며, Charo- lais 및 Hereford 품종이 다른 소 품종에 비하여 A 대립유전자의 빈도가 높게 나타났다. NdeⅠ다형성을 분석한 결과 Brown Swiss 품종에서는 NdeⅠ에 의해 절단되는 형태인 A 대립유전자만 관찰되었으며, Holstein 품종은 92%, Simmental 품종은 72%가 절단되는 형태를 나타내어, 모색이 흰색을 띠는 소 품종에서 절단되는 형태가 많았다. 소 c-KIT receptor 유전자의 intron 6번 영역에서 확인된 4개의 염기치환은 품종에 따라 다른 빈도를 보였으나, 이들 염기치환과 흰 반점과의 연관성에 대한 증거는 발견하지 못하였다. 그러므로 소의 흰 반점과 c-KIT receptor 유전자 내의 변이와의 관련성은 다른 영역에 대한 추가적인 분석과, 이미 보고된 다른 모색관련 유전자의 다형성과의 연관성 분석 등과 같은 연구가 필요한 것으로 판단된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제50권4호
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• pp.473-483
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• 2001

연구배경 : 항결핵제에 의한 치료실패의 원인으로 약제내성균, 환자의 규칙적인 약제 복용, 감염 결핵균 종의 차이, 환자의 면역상태 등이 복합적으로 작용한다. 이에 저자들은 흉부 및 경부결핵환자들은 대상으로 항결핵제에 의한 다각적인 치료실패 원인을 분석하고자 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 폐결핵환자 204명과 경부결핵환자 53명을 대상으로, 객담, 경부임파선 및 혈액을 채취하여 결핵균을 배양하고 변역상태를 측정하였다. 인형결핵균과 비인형결핵균의 감별, RFLP 양상 분석 및 항결핵제 감수성검사 등을 시행하였고, IL-$1{\beta}$, IL-12, $IFN{\gamma}$ 및 $TNF{\alpha}$ 등의 혈중 농도를 측정하였다. 항결핵제 치료 후 18개월까지 정기적인 경과관찰을 시행하여 완치 유무를 결정하였다. 결 과 : 결핵균의 RFLP에 따른 결핵의 난치성 여부는 관찰할 수 없었다. 총 204례의 환자들 중 31.9%(65 례)가 난치성으로 판정되었으며 난치군은 평균연령이 비교적 높고, 남자 및 재발 예가 많았다. 65례의 난치원인을 모두 추정할 수 있었으며, 혈중 IL-12 농도저하(59.4%), 다제내성균 (54.7% ), 불규칙한 항결핵제복용(15.4%), 비인형 결핵균(6.2%) 및 중감염 (4.6%) 등의 원인을 관찰할 수 있었다. 완치군과 난치군의 혈중 IL-12의 평균 농도는 $227.6{\pm}78.2$ 및 $148.9{\pm}79.7\;pg/mL$로서 난치군이 유의(p<0.01)하게 낮았다. IL-12는 165.0 pg/mL에서 최대민감도 64.7% 및 최대특이도 75.4%를 나타내였다. 53명의 임파성 결핵환자들은 대부분 완치되어 난치원인을 분석할 수 없었다. 결 론 : 결핵의 난치원인 분석에서 혈중 IL-12 농도 저하 및 약제 내성균에 의한 감염이 가장 주요한 원인으로 간주되었고, 그 외 불규칙한 약복용, 비인형 결핵균에 의한 감염 및 중감염 등의 순으로 나타났다. 한편 국내에서는 균주군에 의한 감염이 빈번하였으나 균주군 및 비균주군에 의한 약제 내성율 차이는 관찰할 수 없었다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제49권3호
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• pp.405-414
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• 2007

돼지의 내인성 레트로 바이러스인 PERV의 존재는 돼지의 무균 사육을 통해서도 제거할 수 없으며, 장기 이식 시 인수 공통 감염의 위험성을 내포하고 있으므로, 이종 간 장기 이식 시 면역 거부 반응과 더불어 해결해야 할 가장 큰 문제점 중의 하나이다. 본 연구에서는 국내에서 사육되고 있는 Berkshire, Duroc, Landrace, Yorkshire 종을 비롯하여 국내 미니 돼지 및 제주도 토종 흑돼지에서 PERV의 존재 유무 및 종류에 대하여 확인 및 검출하는 중합효소 연쇄반응(PCR) 기반 기법을 확립하였다. 사용된 모든 공시 돼지의 genomic DNA로부터 PERV- A 및 PERV-B가 모두 검출되었으며, PERV-C의 경우 음성대조구인 PK15 세포에서의 결과와 비교했을 때, Duroc종에서 매우 낮은 양의 PCR 산물이, 국내 미니돼지와 제주 토종 흑돼지에서는 상대적으로 높은 양의 PCR 산물이 검출되었다. 또한 PERV-A와 PERV-B의 경우 특이적 primer와 제한효소 BamHI을 이용한 PCR- RFLP를 통하여 확인할 수 있었다. 본 연구의 PERV 검출법은 이종 간 장기 이식 시 PERV에 대한 안전 검정 및 PERV의 분류 방법으로서 활용가능할 것으로 사료된다.