• 제목/요약/키워드: PCR.

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Transposon 및 NTG 돌연변이를 이용한 재조합 대장균의 라이코펜 생산성 증진 (Enhanced Lycopene Production in Recombinant Escherichia coli by Random Transposon and NTG Mutagenesis)

  • 윤상활;고민수;박경애;정경화;신용철;이영미;이숙희;김선원
    • KSBB Journal
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    • 제21권2호
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    • pp.90-95
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    • 2006
  • 라이코펜 생산성을 향상시키기 위하여 몇 가지 대장균 균주들을 대상으로 생산성 시험을 한 결과 MG1655 균주가 가장 우수하였다. 대장균 MG1655 균주의 염색체 DNA 내에 존재하는 특정 유전자의 기능이 상실되었을 때 라이코펜 생산성이 증가되는 변이체를 선발하기 위해 transposon 돌연변이를 수행하였으며, 5종의 우수 transposon 변이체를 얻었다. 특히, Tn4 변이체는 야생형 MG1655에 비해서 라이코펜 생산량은 6배, 균체 내 함량은 7배로 가장 높았다. Transposon 삽입에 의해 결손된 유전자를 파악하기 위해 inverse PCR을 통해 염기서열을 확인하였으며, 결손된 유전자는 rfaH, treB, B2436으로 규명되었다. 또한 특정 유전자 기능의 상실뿐만 아니라 기능의 강화나 변화 등에 의한 라이코펜 생산성이 증가된 변이체를 선발하기 위해 NTG 돌연변이를 수행하였으며, 4개의 우수한 NTG 변이체를 얻었다. 이들 중에 NTG4 변이체가 가장 높은 라이코펜 생산량을 보였다. 특히, NTG4 변이체는 발현유도물질인 arabinose의 소량(0.013mM) 첨가 시에 라이코펜 농도, 6 mg/L와 균체 내 함량 4 mg/g DCW로 최대의 라이코펜 생산성을 보였고, 이것은 야생형 MG1655에 비해서 각각 18배와 12배 높은 생산성이다.

PU.1 유전자(cDNA)의 인위적 변이체 클로닝 (Molecular Cloning of Mutant cDNA of PU.1 Gene)

  • 류종석;유시현
    • KSBB Journal
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    • 제10권5호
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    • pp.499-509
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    • 1995
  • PU.1은 6개의 특이적인 purine-rich 염기서열 (5' -GAGGAA-3 )로 구성된 PU box에 결합하는 transcription activator이다. 이 PUol은 macro phage와 B-cell에서만 발현되어 이들 세포를 활성 화시키므로, 포유통물의 연역계를 연구하는 데 중요 한 위치를 차지하고 있다. Full length PUol cDNA 는 open reading frame 816개의 DNA 염기로 구성 되어 있으므로, 아미노산 2727~의 합성을 지령한다. PUol의 활성화는 이를 구성하고 있는 polypeptide 중 세린 잔기가 인산화되어 전사인자로서 작용한다 고 추측된다. PU.1은 22개의 세린을 함유하고 있으 며, 정확한 인산화 위치 빛 수량은 알 수 없으나, casein kinase II 에 의하여 인산화된다고 추측되는 제41,45,132'133,148번째 아미노산 세린들이 제1 차 target sites이다. 본 연구에서는 이상의 제41, 45, 132,133, 148번 아미노산 세린 codon(AGC, AGC, AGC.TCA, TCT)이 알라닌 codon(GCC, GCC, GCC.GCA, G GCT)으로 치환된 4가지의 점돌연변이체 클론 (pKKS41A, pRKS45A, pMKS132$.$133A, pMKS­1 148A)을 다음과 같이 제조하였다. Wild type PUol cDNA(template)를 해당되는 mutant DNA primers로 증폭(PCRjSOE)하여 mutant cDNA 단편을 얻었다. 이를 Hind III와 Xba I 으로 절단된 pBlu­e escript KS +에 접합시킨 후, 대장균(E. coli XLI ~ Blue)에 형질전환시켰다. 이 점돌연변이체들은 인산화 부위 및 수량은 물론 PU.1의 구조 및 기능 (Structure and Function) 연구에 기여할 것이다.

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Quantification of Serum Free RNA as a Predictive Biomarker for the Response to Chemotherapy in Patients with Lung Cancer: A Pilot Study

  • Um, Soo-Jung;Lee, Su-Mi;Lee, Soo-Keol;Son, Choon-Hee;Ko, Mee-Kyung;Roh, Mee-Sook;Lee, Ki-Nam;Choi, Pil-Jo
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제70권4호
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    • pp.301-306
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    • 2011
  • Background: It is well-known that cell-free nucleic acids rise in patients with many types of malignancies. Several recent experimental studies using cancer cell lines have shown that changes in cell-free RNA are predictive of the response to chemotherapy. The objective of this study was to determine whether quantification of free RNA can be used as a biomarker for clinical responses to chemotherapy in patients with lung cancer. Methods: Thirty-two patients with lung cancer (non-small cell lung cancer, n=24; small cell lung cancer, n=8) were divided into 2 groups according to their responses to chemotherapy (response group, n=19; non-response group, n=13). Blood samples were collected before and after two cycles of chemotherapy. Real-time quantitative RT-PCR was used for transcript quantification of the glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase gene. Results: The pre chemotherapy values (Response group $41.36{\pm}1.72$ vs. Non-response group $41.33{\pm}1.54$, p=0.78) and post chemotherapy values (Response group $39.92{\pm}1.81$ vs. Non-response group $40.41{\pm}1.47$, p=0.40) for cell free RNA concentrations, expressed as Ct GAPDH (threshold cycle glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase gene) levels, was not different between the two groups. There was no significant relationship between changes in the cell free RNA level clinical responses after chemotherapy (p=0.43). Conclusion: We did not find a correlation between quantification of serum cell free RNA levels and clinical responses to chemotherapy in patients with lung cancer. Further investigations are needed to determine whether the cell free RNA level is a useful predictor of responses to chemotherapy in patients with lung cancer.

MicroRNA Expression Profiles in Korean Non-Small Cell Lung Cancer

  • Son, Ji Woong;Kim, Young Jin;Cho, Hyun Min;Lee, Soo Young;Jang, Jin Sung;Choi, Jin Eun;Lee, Jung Uee;Kang, Min Gyu;Lee, Yu Mi;Kwon, Sun Jung;Choi, Eugene;Na, Moon Jun;Park, Jae Yong
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제67권5호
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    • pp.413-421
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    • 2009
  • Background: MicroRNAs (miRNAs) play an important role in the regulation of cell proliferation, apoptosis, development and differentiation. Several studies have shown that aberrant expression of miRNAs is involved in cancer development and progression by regulating the expression of proto-oncogenes or tumor suppressor genes. In this study, we investigated miRNA expression profiles in Korean patients with non-small cell lung cancer (NSCLC). Methods: We performed miRNA microarray analysis containing 60~65 bp oligonucleotide probes representing human 318 miRNAs and validated the results of the microarray with Northern blot analysis or quantitative RT-PCR. Next, we examined the correlation between miRNA expression and the target gene transcriptional profile using a human whole-genome-expression microarray. Results: We showed that 35 miRNAs were expressed differentially in the NSCLCs and corresponding non-malignant lung tissues. We showed that 35 miRNAs were expressed differentially in the NSCLCs and corresponding nonmalignant lung tissues. Thirteen of the 35 differentially expressed miRNAs were newly identified in the present study. Of the 35 miRNAs, 2 (miR-371 and miR-210) were over-expressed in lung cancers, and 33 miRNAs, including miR-145, were under-expressed in lung cancers. miR-99b expression consistently showed a negative correlation with FGFR3 expression. Conclusion: Albeit a small number of patients were examined, these results suggest that miRNA expression profiles in Korean lung cancers may be somewhat different from the expression profiles reported on lung cancers in Western populations. The findings suggest that miR-99b might be a tumor suppressor through its up-regulation of FGFR3.

만성기침 환자에서 Chlamydia pneumoniae 감염률 (Infection Rate of Chlamydia pneumoniae in Patients with Chronic Cough)

  • 천승연;박권오;박용범;최정희;이재영;모은경;박성훈;김철홍;이창률;황용일;장승훈;신태림;박상면;김동규;이명구;현인규;정기석
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제69권6호
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    • pp.426-433
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    • 2010
  • Background: Persistent cough has recently been found to be associated with Chlamydia pneumoniae infection. We aimed to investigate the infection rate of C. pneumonia in adult patients with chronic cough. Methods: We recruited 68 patients with persistent cough lasting in excess of 3 weeks, who visited Kangdong Sacred Heart Hospital from January 2005 to August 2005. On the first visit, chest and paranasal sinuses radiography, skin prick test of common allergens, and induced sputum samples for C. pneumoniae were performed in all of patients. Further evaluation for diagnosis included a methacholine provocation test and eosinophil counts in induced sputum. Results: The most common cause of chronic cough was upper airway cough syndrome (UACS) (26.5%), followed by eosinophilic bronchitis (20.6%) and cough variant asthma (16.2%). Idiopathic chronic cough was the cause in 33.8% of patients. The mean duration of cough was 11.7 months. C. pneumoniae was isolated by polymerase chain reaction (PCR) from one patient who had upper respiratory air way syndrome. Conclusion: Chlamydia pneumoniae appears to have a minor role as a cause of chronic cough in patients.

연부조직육종 환자에서 $O^6$-MGMT 와 촉진자 과메틸화의 예후적 중요성 (Prognostic Significance of $O^6$-MGMT and Promotor Hypermethylation in Patients with Soft Tissue Sarcomas)

  • 서정탁;김정일;오종석;최경운
    • 대한골관절종양학회지
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    • 제15권1호
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    • pp.13-25
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    • 2009
  • 서론: $O^6$-methylguanine-DNA methyltransferase (MGMT)는 DNA 염기 손상에 의해 형성된 $O^6$-methylguanine에서 알킬기를 제거하여 DNA 염기 손상을 복구하는 역할을 한다. MGMT의 후생유전적 불활성화가 인체 종양에서 보고되고 있으며, 항암 치료에 대한 저항성에 영향을 주는 요소로 알려져 있다. 본 연구에서는 연부조직육종에서 이러한 MGMT 불활성화가 미치는 영향에 대해 살펴보고자 하였다. 재료 및 방법: 총 62예의 연부조직육종조직에서 메틸화 특이 중합효소연쇄반응을 이용하여 MGMT 유전자의 촉진자 부위 메틸화 정도를 알아보고, 면역조직화학염색을 통하여 MGMT 단백 발현의 소실 양상을 살펴보았다. 결과: MGMT 단백 발현 소실은 진행성 병기(p=0.000), 조직학적 고등급(p=0.005), 종양의 재발 또는 전이(p=0.011), 그리고, 낮은 생존률(p=0.017)과 통계학적 유의성을 보였다. MGMT 유전자 촉진자 부위 메틸화는 조직학적 고등급, 종양의 재발 또는 전이, 그리고, 낮은 생존률과 관련성을 보였다. 또한, MGMT 단백 발현의 소실은 MGMT 유전자 촉진자 부위 과메틸화와 높은 상관성을 나타내었다(p=0.000). 결론: 본 연구는 MGMT 단백 발현의 소실과 MGMT 유전자 촉진자 부위 과메틸화가 연부조직 육종에서 흔히 발생하며 종양의 공격적인 양상 및 나쁜 예후와 관련성이 있다는 것을 보여준다. 또한 MGMT 단백 발현의 소실은 대개 MGMT 유전자 촉진자 부위 과메틸화로 인해 발생한다는 사실을 보여주고 있다.

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선학초(짚신나물) 경구투여시 항암효과 탐색 및 약물 대사효소의 변화 (The Anticancer Effects and Drug Metabolic Enzyme Change by Oral Intake of Agrimonia Pilosa Ledeb)

  • 이시형;정희;이주아;고호연;최유경;박종형;김지혜;고성규;전찬용
    • 대한예방한의학회지
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    • 제13권2호
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    • pp.51-64
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    • 2009
  • Objective : This research was aimed to investigate the anti-tumor effect, safety, mechanism and metabolizing enzyme of Agrimonia pilosa LEDEB(APL) in female C57B/L mouse. Methods : At first, to evaluate the anti-tumor activity of APL, we divided into four groups, normal, control, APL100(100mg/kg), APL150(150mg/kg). LLC obtained American Type Culture Collection was used. LLC had been inoculated to induce tumor. To measure the anti-tumor effect of APL, we calibrate tumor size and weight. To study for mechanism of anti-tumor in APL, we used western blotting and to know metabolizing enzyme in APL we used to real-time PCR. Results : APL100, APL150 inhibited tumor growth after medicine injected. APL did not only induced caspase-dependent apoptosis in LLC-bearing mouse tumor. In APL100, it were decreased 72% in CYP3A11. In APL150, it were decreased 62%, 75% in CYP3A11 and MRP1a respectively. Conclusion : These results suggests that APL has some anti-tumor effects in female C57B/L mouse tumor. APL should be careful use with other drugs related with CYP3A11 or MRP1a.

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0.1% Iodoacetamide에 의해 유도된 흰쥐 위염 모델에서 한약처방(JAUN-1)의 유익한 효능규명 (Beneficial Effects of Herbal Mixture (JAUN-1) on 0.1% Iodoacetamide-induced Gastritis Rat Model)

  • 한경주;구성태;황혜숙;김유성;이지은;고미미;정봉연;최선미
    • 동의생리병리학회지
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    • 제21권6호
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    • pp.1549-1554
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    • 2007
  • To verify the effects of JAUN-1, which is a water-extracted herbal mixture, on gastroenteric disorders induced by 0.1 percent of iodoacetamide (IA) in rats. We divided four groups, $Na{\"{\i}}ve$ + Distilled Water (DW), 0.1% IA + DW, 0.1% IA + Proton pump inhibitor (Lansoprazole, 5 mg/kg) and 0.1% IA + Herbal mixture (JAUN-1, 50mg/kg) and performed following experimental methods to confirm its advantageous effects against ulcerogenic stomach in rats induced by 0.1% IA; cell cytotoxicity, analysis of lesions score, Hematoxylin & Eosin (H&E) stain, RT-PCR for ${\beta}-actin$, COX-1 and COX-2 and evaluation of intestinal prokinetic activity. No cytotoxicity was elucidated at the concentration of 1, 5, 10, 50, 100, $500\;{\mu}g/ml$ and 1mg/ml JAUN-1 through MTT Assay using by human stomach epithelial AGS cells, respectively. In addition, the JAUN-1 treated group and the lansoprazole treated group significantly decreased in lesions score compared to the DW treated group in the gastritis induced rat model, and results of immunohistochemistry by H&E staining showed that histological recovery in Proton Pump Inhibitor (PPI) and JAUN-1 treated groups rather than the DW administrated group. Another outcome was that ${\beta}-actin$ relative COX-2 expression level was significantly promoted in the DW treated group while ${\beta}-actin$ relative COX-1 expression level was no meaningful change in this rat model. Finally, intestinal prokinetic activity was recovered from low level of prokinetic activity due to 0.1% IA induced gastritis to the similar level of Normal group. These results suggested that JAUN-1 may have beneficial effects against 0.1% IA-induced gastritis rat model through decreasing lesions score, histological recovery, ${\beta}-actin$ relative COX-1, 2 expression level and prokinetic activity.

나노방출제어시스템을 이용하여 trichloroacetic acid와 epidermal growth factor의 순차적 방출을 적용한 인간치은섬유아세포의 세포생존 관련 유전자 연구분석 (Analysis of cell survival genes in human gingival fibroblasts after sequential release of trichloroacetic acid and epidermal growth factor using the nano-controlled release system)

  • 조준연;이성복;이석원
    • 구강회복응용과학지
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    • 제36권3호
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    • pp.145-157
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    • 2020
  • 목적: 본 연구에서는 구강연조직재생에서 인간치은섬유아세포에 hydrophobically modified glycol chitosan (HGC) 기반 나노방출제어시스템을 적용 시 PI3K-AKT 신호전달의 세포생존 연관 유전자를 통해 trichloroacetic acid (TCA)와 epidermal growth factor (EGF)의 영향을 확인하고자 하였다. 연구 재료 및 방법: TCA와 EGF를 방출하는 나노방출제어시스템을 제작하였다. 실험군은 3가지 군으로 나누었다; 대조군(CON), TCA-담지형 나노방출제어시스템 투여군(EXP1), TCA-와 EGF- 담지형 나노방출제어시스템 투여군(EXP2). 인간치은섬유아세포 배양 후 PI3K-AKT 신호전달에 연관된 총 29개 유전자를 실시간 중합효소연쇄반응으로 분석했다. 일요인 분산분석 및 다중회귀분석이 사용되었다. 결과: 세포생존 관련 유전자들은 EXP1과 EXP2에서 상향조절되었다. 다중회귀분석에서는 ITGB1이 AKT1의 발현에 가장 영향력 있는 요소로 결정되었다. 결론: HGC기반 나노방출제어시스템을 통한 TCA와 EGF의 적용은 세포생존에 관한 신호전달을 상향 조절시킬 수 있다.

칼륨죽염의 in vitro 항암 기능성 증진 효과 (Increased in vitro Anticancer Effects of Potassium Bamboo Salt)

  • 조흔;정지강;김소영;박건영
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제41권9호
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    • pp.1248-1252
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    • 2012
  • 칼륨을 첨가하여 제조한 죽염의 항암효과를 일반죽염 및 천일염, 정제염과 비교하여 칼륨 첨가의 영향을 알아보고자 하였다. DPPH radical 소거능을 측정한 결과, 칼륨죽염과 죽염의 radical 소거능이 높았고, 칼륨죽염의 소거능이 가장 높게 나타났다. 정제염과 천일염의 소거능은 상대적으로 낮았고 칼륨죽염과 20배 이상의 차이가 있었다. MNNG를 사용한 Salmonella Typhimurium TA100 돌연변이 실험결과 소금은 모두 보돌연변이 효과가 있었지만, 칼륨죽염의 보돌연변이 효과가 다른 소금보다 3~46% 낮게 나타났다. HCT-116 암세포에 성장 억제 효과에 있어서도 위와 비슷한 경향을 나타내었는데, 칼륨죽염과 일반죽염의 암세포 성장억제효과와 암세포의 apoptosis 유도 효과가 천일염 및 정제염에 비해 높았고 그중 칼륨죽염의 in vitro 항암 기능성이 가장 우수하였다. 이상의 결과로부터 죽염의 항암효과는 천일염이 정제염보다 좋으며, 이러한 죽염의 항암효과를 칼륨을 첨가함으로써 더욱 증진될 수 있는 것으로 나타났다. 본 연구에서 죽염의 항암 기능성이 증가한 주요 원인은 칼륨이라고 생각되어지며, 이것이 죽염으로 제조될 때 그 효과가 더 증진되는 것으로 보인다.