• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권8호
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• pp.3559-3563
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• 2015

The aim of the present study was to evaluate the relative contribution of CYP1A2 isoforms (-3860 G/A, -2467T/delT and -163C/A) in control subjects and breast cancer patients to the metabolism of caffeine in human liver. Restriction fragment length polymorphism analysis of PCR-amplified Fragments (PCR-RFLP) was used for the genotyping of CYP1A2 SNPs and HPLC allowed the phenotyping through the measurement of CYP1A2 activity using the 17X + 13X + 37X/137X urinary metabolite ratio (CMR) and plasma caffeine half life (T1/2). The CYP1A2 -3860A genotype was associated with a decreased risk of breast cancer. In contrast, distributions of the CYP1A2 -2467T/delT or -2467delT/delT and -163A/C or A/A genotypes among breast cancer patients and controls were similar. When the genotype and phenotype relationship was measured by comparing the mean CMR ratios and caffeine half life within the genotype groups between subjects and breast cancer patients, there were no significant differences except for -3860 A, most of them being homozygous for the -3860 G/G SNP and had a significant higher mean CMR ratio and half life than those with -3860 G/A (P=0.02). The results of this preliminary study show a significant association between CP1A2 -3860 G variant and CYP1A2 phenotype which must be confirmed by further large-size case-control studies.

• 생물정신의학
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• 제19권3호
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• pp.134-139
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• 2012

Objectives : Proinflammatory process has been implicated as an underlying mechanism of bipolar disorder and schizophrenia. Previous studies have suggested a possible role of lymphotoxin alpha (LTA) gene in the development of schizophrenia and have prompted further investigation in bipolar patients. Association of the LTA +252A/G polymorphism with susceptibility to bipolar I disorder itself as well as with vulnerability among a subset of psychotic bipolar patients were tested. Methods : DNA extraction was done by a standard method and genotyping was carried out by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method in 114 Korean patients with bipolar I disorder and 202 healthy controls. SPSS v18.0 was used for statistical analysis. Comparisons of the genotype and allele distributions in LTA +252A/G polymorphism were made using a chi-square test. The genotype and allele associations were also evaluated using odds ratio (OR) and 95% confidence interval (CI). Statistical significance was accepted when p was < 0.05. Results : No significant association was found between the LTA +252A/G polymorphism and bipolar disorder. However, LTA +252G allele was present with significantly higher frequency among bipolar patients with psychotic features compared to those without (${\chi}^2$ = 4.69, p = 0.034, OR = 2.495, 95% CI = 1.069-5.827). Conclusion : The results suggest that the allele LTA +252G of the polymorphism may be associated with the psychotic subset of bipolar disorder but not with bipolar I disorder itself. Adequately powered subsequent studies should be conducted.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권12호
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• pp.7583-7586
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• 2013

Background: Suppressor of cytokine signaling (SOCS)-1 acts as a key regulator of many cytokine signaling pathways and its abnormal expression has been identified in several human malignancies, suggesting potential roles in carcinogenesis. The aim of this study was to investigate any association between the functional SOCS-1 -1478CA>del polymorphism and colorectal cancer (CC) as well as age at onset in a Turkish clinical sample. Materials and Methods: A total of 122 subjects were enrolled in this case-control study (70 CC cases and 52 controls). The SOCS-1 -1478CA>del polymorphism was genotyped using a polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. Results: The odds ratio of the del allele for CC relative to the CA allele was not significantly different between the groups (OR=0.71, 95% CI=0.41-1.22, p=0.27). This result did not change after adjustment for age and sex on multivariable regression analysis (OR=0.84, 95% CI=0.59-1.34, p=0.53). When the SOCS-1 -1478CA>del polymorphism was analyzed among CC patients in relation to the age at disease onset, we found no significant differences between subjects with the del/del, CA/del, and CA/CA genotypes. Conclusions: The results of our study did not point towards a major role of the SOCS-1 -1478CA>del polymorphism in the pathogenesis of CC in Turkish subjects.

• International Journal of Oral Biology
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• 제31권1호
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• pp.1-6
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• 2006

The primary cause of periodontitis is plaque-associated anaerobic gram-negative bacteria. As shown in the patients with defects in the number or function of neutrophils, innate immunity plays an important role in resistance to bacterial infection and periodontitis. Toll-like receptor 4(TLR4) is one of the key receptors that recognize the molecular patterns of microbes and initiate innate immune response. To understand the role of TLR4 in the pathogenesis of periodontitis, we investigated whether Asp299Gly of TLR4 mutation is associated with periodontitis in Korean population. Subjects for this study included 90 healthy subjects and 98 periodontitis patients. The Asp299Gly mutation was screened by PCR-Restriction Fragment Length Polymorphism(RFLP) of genomic DNA from blood cells using a primer that creates a NcoI restriction site only in the mutant allele. The Asp299Gly mutation was not found in all subjects tested. Our results suggest that the Asp299Gly mutation of TLR4 is very rare in a Korean population. Further mutation screening may be required to determine the role of TLR4 in the pathogenesis of periodontitis.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제51권5호
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• pp.523-527
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• 2008

목 적 : HSP는 소아에서 흔한 전신성 혈관염으로 명확한 병인은 밝혀지지 않았으나 염증성 시토카인들이 발병기전에 관여하는 것으로 여겨지며 그중 전환성장인자-${\beta}$가 HSP의 발병기전과 연관이 있는 것으로 보여진다. 본 연구의 목적은 전환성장인자-${\beta}$ 프로모터 유전자의 유전학적 다형성과 HSP 환자에서의 신장 침범과의 관련성을 조사하고자 하는 것이다. 방 법 : 2003년 6월부터 2005년 6월까지 연세대학교 원주기독병원 소아과를 방문하여 HSP로 진단받은 15세 이하 환아 34명과 같은 기간 본원을 방문한 정상 대조군 27명을 대상으로 하였다. 전환성장인자-${\beta}$ 다형성 유전자 표현형은 PCR-RFLP로 환자군과 대조군에서 시행하였다. 결 과 : HSP 환자군과 대조군에서 전환성장인자-${\beta}$ 프로모터 유전자 다형성의 T 대립유전자 빈도는 각각 45%, 48.8% 였으며, T 대립유전자 빈도 간에 통계학적으로 유의한 차이는 없었다(P=0.37). TT 유전자 표현형도 환자군과 대조군에서 빈도의 차이가 없었고(26% vs. 22%, P=0.37), 환자군 중 신장 침범에 있어서도 유의한 차이가 나타나지 않았다(29% vs. 20%, P=0.77). 결 론 : 전환성장인자-${\beta}$ 유전자 다형성의 TT 표현형과 T 대립유전자의 빈도가 HSP 환아의 질병 감수성이나 신장침범과의 연관성을 보임을 관찰할 수 없었으며 HSP 환자들에게 있어서 보다 큰 집단을 대상으로 하는 연구가 전환성장인자-${\beta}$와 신장침범 및 질병 감수성과의 연관성을 명확히 하는데 필요할 것으로 보인다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제50권2호
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• pp.229-235
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• 2001

연구배경 : 폐기종은 대개 흡연의 결과로 생기나 1-2%에서는 ${\alpha}_1$-antitrypsin (A1AT)의 유전적 결핍으로 인해 발병한다. A1AT의 유전적 이형에 대한 연구는 주로 서구인을 대상으로 한 것으로 저자들은 정상 한국인에서 A1AT의 유전형(genotype)을 알아보고자 하였다. 방 법 : 1998년 1월부터 2000년 5월까지 경북대학교병원 건강검진센타 방문자 가운데 문진, 흉부단순촬영, 폐기능검사 등을 통하여 만성폐쇄성폐질환 및 천식등이 없는 정상인 380명을 대상으로 하였다. A1AT의 M1(Ala), M1(Val), M2, S, Z alleles에 대한 중합효소 연쇄반응(PCR) 및 restriction fragment length polymorphism (RFLP)를 시행하였다. 결 과 : A1AT 유전형의 빈도는 M1(Val)/M1(Val)형이 254예 (66.8%)로 가장 많았으며 M1(Val)/M2형 105예(27.6%), M2/M2형 19예 (5.0%), M1(Val)/M1(ala)형 2예 (0.5%) 순 이었다. 연령, 성별, 흡연력에 따른 유전자형의 분포도는 유의한 차이가 없었다. 결 론 : 한국인에서는 A1AT 결핍과 관련이 있는 유전형을 갖는 사람은 없거나 매우 드물 것으로 생각된다. 따라서 한국인에서는 A1AT 결핍 외의 다른 유전적 요소가 폐기종의 발병에 관여할 것으로 생각된다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제4권1호
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• pp.61-66
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• 2000

본 연구에서는 조기 난소 부전증 환자를 대상으로 난포 자극 호르몬 수용체 유전자의 돌연변이와 발현 양상을 분석하였다. 돌연변이 분석을 위해 환자의 말초혈액에서 genomic DNA를 분리하고 nucleotide 566을 포함하고 있는 exon 7에 특이적인 primer쌍을 이용하여 중합효소 연쇄 반응을 시행하였다. 전기 영동으로 반응산물을 확인한 다음, 돌연변이 여부를 조사하기 위하여 제한효소 절단분석 (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)을 시행한 결과, 대조군과 조기 난소 부전증 환자군 모두에서 돌연변이를 관찰할 수 없었다. 난포 자극 호르몬 수용체의 발현양상을 확인하기 위해 시험관아기 시술과정 중 난자 채취과정에서 얻어진 황체화 과립세포에서 total RNA를 추출하여 역전사 중합효소 연쇄 반응을 시행하였다. 반응 산물을 전기 영동하여 발현양상을 비교해 본 결과, 대조군에 비해 조기 난소 부전증 환자군에서 난포 자극 호르몬 수용체 유전자의 발현이 다소 낮은 것으로 확인되었다. 이상의 결과로 보아 조기 난소 부전증 환자에서 난포 자극 호르몬 수용체 유전자의 돌연변이는 발견할 수 없었으며 난포 자극 호르몬 수용체 유전자의 발현이 대조군에 비해 낮아 과배란 유도시에 생식소 자극 호르몬에 대해 저적응증을 보이며 난포형성과정에도 장애를 받는 것으로 사료된다.

• Animal Bioscience
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• 제36권9호
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• pp.1350-1356
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• 2023

Objective: This study was conducted to investigate polymorphisms of the melanocortin-4 receptor (MC4R) and insulin like growth factor 2 (IGF2) genes and to evaluate the growth traits affected by such polymorphisms in Thai native (Kradon) pigs. Methods: Blood samples and productive data from 91 Kradon pigs were collected. DNA was extracted and quantified, the IGF2 and MC4R genes were amplified, and the polymerase chain reaction (PCR) produces were digested using the PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) technique. Genotyping was performed, and the association between genotypes and growth traits on the birth and weaning weights were evaluated. Results: The IGF2 intron7 g.162G>C variations in Kradon pigs were found in three genotypes: i) GG, ii) GC, and iii) CC. The GG genotype frequency was the highest followed by the GC and CC genotypes. The frequencies of the G and C alleles were 0.703 and 0.297, respectively. The MC4R genotype was found in only one genotype (GG). The IGF2 gene pattern was not associated with birth weight traits, whereas the IGF2 gene pattern was related to the weaning weight trait in Kradon pigs. Pigs with the CC and GC genotypes had higher weaning weights than ones with the GG genotype (p<0.001). Conclusion: Thai native Kradon pigs with the CC and GC genotypes of the IGF2 gene have higher weaning weights than pigs with the GG genotype.

• 한국응용곤충학회지
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• 제46권2호
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• pp.175-182
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• 2007

국내 서식하는 복숭아순나방 (Grapholita molesta (Busck))과 복숭아심식나방 (Carposina sasakii (Matsumura))의 유충은 사과 과실내부를 섭식하여 피해를 주는 해충이다. 사과를 수출할 때 복숭아심식나방은 수출대상국들로부터 검역 대상해충이다. 반면에 복숭아순나방은 광범위한 분포로 비교적 수입국으로부터 검역 대상 해충은 아니지만, 사과 과실 내부에서 발견되는 경우 복숭아심식나방으로 오인될 수 있다. 이는 발견되는 유충을 가지고 형태적으로 두 종을 구분하기 어렵기 때문이다. 특별히 수입국 검역단계에서 이러한 불완전한 동정 실태는 수출 사과의 폐기 또는 반송과 수출중단 등과 같은 막대한 경제적 손실을 초래하게 된다. 이에 이들을 구분할 수 있는 분자지표 개발이 요구되었다. 두 종의 미토콘드리아 DNA를 대상으로 다형을 보이는 여러 영역의 염기서열을 분석하였다. 이 서열을 바탕으로 진단용 제한위치가 결정되고 종 특이적 프라이머가 제작되었다. 본 연구는 세 부위의 종 특이적 제한효소 위치에 따라 PCR-RFLP 기술과 종 특이적 프라이머를 이용하여 진단용 PCR 기술을 개발하였다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제53권3호
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• pp.397-407
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• 2010

목 적 : F9 유전자는 혈우병B의 병인 유전자이다. 기존의 RFLP를 이용한 연관분석은 정보제공율이 55.6%에 불과하였다. 직접 염기서열 분석법은 98%의 돌연변이를 진단할 수 있지만, 고가의 비용이 든다. 본 연구는 F9 유전자를 대상으로 돌연변이의 선별검사로써 mPCR-CSGE를 사용하고, 이후 특정 유전자 부위만을 염기서열 분석하여 mPCR-CSGE의 유용성을 확인하기 위해 고안되었다. 방 법 : 연구대상은 비혈연 관계인 27명의 혈우병B 환자였다. 직접염기서열 분석법은 독립된 다른 기관에서 시행하였고, mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법은 본 연구자의 기관에서 시행되었다. 직접 염기서열 분석법의 결과가 참고치가 되어 mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법을 정확성, 경제성, 신속성, 편이성 측면에서 비교하였다. 두가지 방법으로 진단이 되지 않는 환자에게는 MLPA를 이용하여 돌연변이를 발견하였다. 결 과 : 직접 염기서열 분석법으로 26명(96.3%)의 환자에서 돌연변이를 확인할 수 있었다. mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법으로는 23명(85.2%)의 환자에서 돌연변이를 찾아낼 수 있었다. 1명의 환자는 MLPA로써 돌연변이를 확인할 수 있었다. 27명의 환자에게 21개의 독립적인 돌연변이가 있었다. mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법은 직접 염기서열 분석법에 비해 비용은 55.7%로 줄일 수 있었으나, 실험 단계는 더욱 복잡하였고, 시간도 하루가 더 걸렸으며, 세심한 실험상의 주의가 필요하였다. 결 론 : mPCR-CSGE 선별 후 염기서열 분석법은 85.2%의 높은 돌연변이 선별력을 보이고, 직접 염기서열 분석법의 57.7%의 비용만 소모하였으나, 실험과정에 세한 주의가 요구되었으며, 노동집약적이고, 실험 시간도 하루가 더 소요되었다.