• Mass Spectrometry Letters
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• 제15권2호
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• pp.69 -78
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• 2024

The advancement of high-throughput omics technologies and systems biology is essential for understanding complex biological mechanisms and diseases. The integration of proteomics and metabolomics provides comprehensive insights into cellular functions and disease pathology, driven by developments in mass spectrometry (MS) technologies, including electrospray ionization (ESI). These advancements are crucial for interpreting biological systems effectively. However, integrating these technologies poses challenges. Compared to genomic, proteomics and metabolomics have limitations in throughput, and data integration. This review examines developments in MS equipped electrospray ionization (ESI), and their importance in the effective interpretation of biological mechanisms. The review also discusses developments in sample preparation, such as Simultaneous Metabolite, Protein, Lipid Extraction (SIMPLEX), analytical techniques, and data analysis, highlighting the application of these technologies in the study of cancer or Huntington's disease, underscoring the potential for personalized medicine and diagnostic accuracy. Efforts by the Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC) and integrative data analysis methods such as O2PLS and OnPLS extract statistical similarities between metabolomic and proteomic data. System modeling techniques that mathematically explain and predict system responses are also covered. This practical application also shows significant improvements in cancer research, diagnostic accuracy and therapeutic targeting for diseases like pancreatic ductal adenocarcinoma, non-small cell lung cancer, and Huntington's disease. These approaches enable researchers to develop standardized protocols, and interoperable software and databases, expanding multi-omics research application in clinical practice.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권11호
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• pp.4623-4627
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• 2014

Background: The epidermal growth factor receptor (EGFR) plays a vital role in the activation and inactivation of receptor tyrosine kinases. Mutations in exons 19 and 21 of EGFR are commonly found to be associated with non small cell lung carcinoma and triple negative breast cancer, enhancing sensitivity to EGFR targeting chemotherapeutic agents. Since amplification and prolonged activation of EGFR molecules have been identified in oral squamous cell carcinomas (OSCC), we investigated whether OSCCs carried mutations in exons 19 and 21 of EGFR to their incidence. Materials and Methods: Tumor chromosomal DNA isolated from forty surgically excised oral squamous cell carcinoma tissues was subjected to PCR amplification with intronic primers flanking exons 19 and 21 of the EGFR gene. The PCR amplicons were subsequently subjected to direct sequencing to elucidate the mutation status. Results: Data analysis of the EGFR exon 19 and 21 coding sequences did not show any mutations in the forty OSCC samples that were analyzed. Conclusions: To the best of our knowledge, this is the first study to have investigated the genetic status of exons 19 and 21 of EGFR in Indian OSCCs and identified that mutation in EGFR exon 19 and 21 may not contribute towards their genesis. The absence of mutations also indicates that oral cancerous lesions may not be as sensitive as other cancers to chemotherapeutic agents targeting EGFR.

• Radiation Oncology Journal
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• 제27권3호
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• pp.163-168
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• 2009

목 적: 4개 이상의 다발성 전이성 뇌종양에서 정위적 방사선수술의 효용성에 대해서 검증하기 위하여 후향적으로 시행하였다. 대상 및 방법: 2004년 1월부터 2006년 12월까지 본원에서 4개 이상의 다발성 전이성 뇌종양으로 진단되어 정위적 방사선수술을 받은 29명의 환자와 전뇌 방사선조사를 받은 39명의 환자를 대상으로 후향적으로 분석하였다. 소세포 폐암과 흑색종으로 진단받은 환자는 제외하였고, 원발 병소는 정위적 방사선수술군에서는 폐암이 69.0%, 유방암이 13.8%였고, 전뇌 방사선조사군에서는 폐암이 64.1%, 유방암이 15.4%, 대장-직장암이 12.8%였다. 정위적 방사선수술은 감마나이프를 이용하여 시술하였고, 50% 등선량 곡선에 10~20 Gy를 1회 조사하였다. 전뇌 방사선조사는 30 Gy, 10회 분할조사 하였다. 치료 후 뇌 자기공명영상 또는 조영 증강 컴퓨터 단층촬영을 시행하여 두 군에서 치료 후 전이성 뇌종양이 진행되기까지 걸린 기간과 전체 생존율에 대해 비교 분석하였다. 결 과: 두 군의 추척 관찰 기간은 2개월에서 23개월이었고, 정위적 방사선수술군의 추적관찰 기간 중앙값은 5개월, 전뇌 방사선조사군의 경우에는 6개월이었다. 뇌전이 숫자의 중앙값이 정위적 방사선수술군에서는 6개, 전뇌 방사선조사군에서는 5개였다. 전이성 뇌종양의 진행을 억제하는 효과를 보여주는 두개내 무진행 생존율은 정위적 방사선수술군에서는 5.1개월, 전뇌 방사선조사군에서는 6.1개월이었고, 정위적 방사선수술을 시행한 환자들의 전체 생존율의 중앙값은 5.6개월, 전뇌 방사선조사를 시행한 환자들은 7.2개월이었다. 결 론: 4개 이상의 다발성 뇌 전이에 있어서 정위적 방사선수술은 전뇌 방사선조사에 비해 그 효용성이 낮으며 전뇌 방사선조사를 시행하는 것이 바람직할 것으로 판단된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권17호
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• pp.7529-7534
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• 2015

Background: The epidermal growth factor (EGF) plays important roles in non-small cell lung cancer (NSCLC) susceptibility and functional polymorphism in the EGF (+61A/G) gene has been linked to increased risk of NSCLC. This study aimed to evaluate the role of the EGF +61A/G polymorphism in risk of NSCLC adenocarcinoma (ADC) occurrence and survival in an Indian population. Materials and Methods: This casecontrol study included 100 histopathologically confirmed NSCLC (ADC) patients and 100 healthy controls. EGF (A61G) was genotyped by AS-PCR to elucidate putative associations with clinical outcomes. The association of the polymorphism with the survival of NSCLC patients was estimated by Kaplan-Meier curves. Results: It was found that EGF 61AG heterozygous and GG homozygous genotype is significantly associated with increased risk of NSCLC (ADC) occurrence compared to AA genotype, [OR 2.61 (1.31-5.18) and 3.25 (1.31-8.06), RR 1.51(1.15-2.0) and 1.72 (1.08-2.73) and RD 23.2 (6.90-39.5) and 28.53(7.0-50.1) for heterozygous AG (p=0.005) and homozygous GG (p=0.009)]. Patients homozygous for the G allele exhibited a significantly poor overall survival. The median survival time for patients with EGF 61 AA, AG, and GG genotypes was 10.5, 7.4, and 7.1 months (p=0.02), respectively. NSCLC (ADC) patients with GG + AG exhibited 7.3 months median survival compared to the AA genotype (p=0.009). Conclusions: The present study revealed that the EGF A61G genotype may be a novel independent prognostic marker to identify patients at higher risk of occurrence and an unfavourable clinical outcome.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권17호
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• pp.7653-7658
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• 2015

Background: NAD(P)H:quinone oxidoreductase 1 (NQO1) is part of the antioxidant defence system involved in detoxification. This study aimed to analyze the influence of NQO1 (C609T) genetic polymorphism in non small cell lung cancer (NSCLC)as a putative risk factor. Materials and Methods: Present study included 100 cases of NSCLC (adenocarcinoma) patients and 100 age and sex matched healthy controls. NQO1 (C609T) genotyping was performed by allele specific PCR for assessment of putative associations with clinical outcome and genotypes of. The association of the polymorphism with the survival of NSCLC patients' was analyzed by Kaplan-Meier method. Results: In Indian NSCLC (adenocarcinoma) patients increased risk of developing NSCLC was found to be associated with NQO1 609TT genotype [OR 3.68(0.90-14.98), RR 2.04(0.78-5.31)] for CT [OR 2.91(1.58-5.34), RR 1.74(1.23-2.44) p=0.0005 for CT], for CT+TT [ OR 3.26(1.82-5.82), RR 1.87(1.34-2.61) p<0.0001 for CT+TT]. A significant difference (p=0.0009) was observed in genotype distribution among cases and healthy controls. Patients with CT+TT genotype exhibited a significant poor overall survival compared with patients displaying homozygous CC genotype (p=0.03) and when survival independently compared with CC, TT and CT genotype was also found to be significantly associated (p=0.02). Overall median survival times were CT 6.0 months, TT 8.2 months, and CT + TT (6.4 months)]. Conclusions: The present study revealed that NQO1 CT, TT and CT+TT genotypes may be associated with clinical outcome and risk of developing NSCLC in the Indian population.

• Journal of Korean Neurosurgical Society
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• 제61권5호
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• pp.633-639
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• 2018

Objective : We investigated the outcomes of repeat stereotactic radiosurgery (SRS) for metastatic brain tumors that locally recurred despite previous SRS, focusing on the tumor control. Methods : A total of 114 patients with 176 locally recurring metastatic brain tumors underwent repeat SRS after previous SRS. The mean age was 59.4 years (range, 33 to 85), and there were 68 male and 46 female patients. The primary cancer types were non-small cell lung cancer (n=67), small cell lung cancer (n=12), gastrointestinal tract cancer (n=15), breast cancer (n=10), and others (n=10). The number of patients with a single recurring metastasis was 95 (79.8%), and another 19 had multiple recurrences. At the time of the repeat SRS, the mean volume of the locally recurring tumors was 5.94 mL (range, 0.42 to 29.94). We prescribed a mean margin dose of 17.04 Gy (range, 12 to 24) to the isodose line at the tumor border primarily using a 50% isodose line. Results : After the repeat SRS, we obtained clinical and magnetic resonance imaging follow-up data for 84 patients (73.7%) with a total of 108 tumors. The tumor control rate was 53.5% (58 of the 108), and the median and mean progression-free survival (PFS) periods were 246 and 383 days, respectively. The prognostic factors that were significantly related to better tumor control were prescription radiation dose of 16 Gy (p=0.000) and tumor volume less than both 4 mL (p=0.001) and 10 mL at the repeat SRS (p=0.008). The overall survival (OS) periods for all 114 patients after repeat SRS varied from 1 to 56 months, and median and mean OS periods were 229 and 404 days after the repeat SRS, respectively. The main cause of death was systemic problems including pulmonary dysfunction (n=58, 51%), and the identified direct or suspected brain-related death rate was around 20%. Conclusion : The tumor control following repeat SRS for locally recurring metastatic brain tumors after a previous SRS is relatively lower than that for primary SRS. However, both low tumor volume and high prescription radiation dose were significantly related to the tumor control following repeat SRS for these tumors after previous SRS, which is a general understanding of primary SRS for metastatic brain tumors.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제53권4호
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• pp.369-378
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• 2002

연구배경 : 폐암환자는 폐암자체 뿐만 아니라 만성기도질환을 비롯한 기존의 폐질환 및 심질환 등으로 폐기능이 감소한 경우가 많으며, 전신항암치료는 약제에 의한 부작용으로 환자들의 신체활동능력이 급격히 감소되는 것이 일반적이다. 운동은 안정상태에서는 알 수 없는심 폐기능 이상을 확인할 수 있는 좋은 방법으로 심혈관계 및 폐기능 이상은 이들 환자의 삶의 질을 결정하는 중요한 원인으로 작용할 수 있다. 본 연구는 전신항암치료 중인 국소진행성 폐암환자의 심 폐기능 변화를 안정시, 그리고 운동시 각각 측정하여 전신항암치료가 환자의 운동 능력에 미치는 영향을 평가하는 것이 목적이다. 방 법 : 조직화적으로 임상적 병기 IIIA의 비소세포암으로 진단되고 전신항암치료를 받고 있는 11명을 대상으로 치료 전, 그리고 매 주기 전신항암치료 직전 안정시 폐기능검사, Karnofsky performance scale, 체성분검사, 그리고 운동부하 심 폐기능검사를 실시하였다. 결 과 : 안정시 폐기능은 전신항암치료 전 후 유의한 변화는 없었으나 폐확산능의 경우 통계적인 의미는 없었지만 치료 전 기대값의 $89.7{\pm}34.1%$에서 치료 후 기대값의 $71.9{\pm}20.5%$로 상당히 감소하는 경향이 있었다. 호흡근의 기능을 평가하는 최대흡기압 및 최대호 기압 역시 전신항암치료 전 후 차이가 없었다. 전신 항암치료전 후 체성분 및 신체활동능력의 변화는 없었다. 3주기 전신항암화학치료 후 운동부하 심 폐 기능은 최대산소섭취량은 치료 전 기대값의 64.8%(17.9ml/kg/$m^2$)에서 치료 후 44.7% (12.6ml/kg/$m^2$)로 감소하였고 (p<0.05), 산소맥은 치료 전 기대값의 63.5% ($7.0{\pm}1.7ml$/beat)에서 치료 후 46.3% ($5.2{\pm}2.1ml$/beat)로 감소하였다(p<0.05). 결 론 : 전신항암치료 후 짧은 기간 내 체성분 변화와 안정시 폐기능의 저하는 없지만 최대산소섭취량 및 산소맥은 감소하여 운동에 대한 심기능 및 폐기능의 허용한계는 감소한다. 그러나 이러한 결론은 전신항암치료 후 짧은 기간 내의 변화로 장기적인 전향적인 연구가 필요하리라 생각한다.

• Radiation Oncology Journal
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• 제27권4호
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• pp.228-239
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• 2009

목 적: 비소세포성 폐암에서 호흡동기방사선치료의 이득을 평가하고 이런 치료법의 적용으로 이득이 있을 환자들을 선택하기 위한 예측인자들을 선정하기 위하여 방사선치료를 위해 시행되었던 4-dimensional computed tomography (4DCT) 영상들을 후향적으로 분석하였다. 대상 및 방법: 15명의 병기 1~3기 비소세포성 폐암 환자들에서 3 종류의 다른 계획용표적체적(PTV)을 사용하여 치료계획들이 수립되었다. 즉 PTVroutine은 동기창(gating window)의 중심에 해당되는 단일 bin의 육안적종양체적(GTV)에 통상적인 균일 margin을 적용해 구성하였고 환자 특이적인 PTVall phases는 호흡주기 내 모든 6 bins의 복합 GTV로부터 구성되었다. 그리고 호흡동기치료에 사용된 PTVgating은 호기말단(end-exhalation)에서 3 연속적인 bins의 복합 GTV로부터 구성되었다. 결 과: PTVroutine에 비해 PTVall phases는 43.2%의 PTV 감소율을 나타냈고, PTVgating은 PTVall phases와 비교해서 9.5%의 추가적인 PTV 감소율을 보였다. PTVroutine과 비교해서 PTVall phases와 PTVgating의 사용은 평균폐선량(MLD)을 각각 18.1%와 21.6% 감소시켰고 $V_{20}$은 각각 18.2%와 22.0% 감소되었다. 종양 움직임과 용적 분석들을 통해 선택된 3D 움직임벡터, 호흡동기로 인한 3D 움직임의 감소크기와 PTV 감소율, 그리고 두 극단의 호흡단계 GTV들 간에 서로 중복되는 용적의 비율 같은 예측인자들은 호흡동기로 인한 추가적인 MLD, $V_{20}$ 감소율들과 유의한 상관성을 보였다. 결 론: 4DCT를 이용한 환자 특이적 PTV의 사용과 비교해서 호흡동기로 인한 추가적인 이득은 크지 않았으나, 이러한 이득은 예측인자들에 따라 분명한 상관성과 차이를 보였다. 이런 예측인자들은 호흡동기방사선치료에 적합한 환자들을 선택하기 위해 유용할 것이다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제43권5호
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• pp.709-719
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• 1996

연구 배경: 비소세포 폐암의 근치적 치료는 수술적 절제에 주로 의존하고 있고 근치적 수술을 받은 환자의 예후는 수술당시의 병기가 중요하며 진행된 병기의 환자일수록 총 생존기간 및 무병생존기간이 현저하게 단축됨이 많은 연구자에 의해 보고되었다. 또한 근치적 수술 후의 재발은 수술부위보다는 원격 전이에 의한 재발이 많으므로 수술 후의 생존율을 향상시키기 위해서는 원격전이에 의한 재발을 억제할 수 있는 효과적인 수술 후 보조요법이 필요하다. 수술 후의 보조요법은 방사선 치료 및 항암제 투여가 있으나 각각의 치료 방법에 따른 생존율의 보고는 연구자에 따라 상이 한 결과를 보이고 있으며 국내 연구보고는 거의 없는 실정이다. 이에 연구자등은 1990년 1월부터 1995년 12월까지 연세대학교 의과대학 부속 세브란스 병원 흉부외과에서 근치적 절제술을 시행받은 282 명의 비소세포 폐암 환자를 대상으로 수술 후 보조요법의 효과 및 예후인자에 대한 분석을 시행하였다. 방법: 후향적 연구였으며 환자의 생존율은 Kaplan-Meier방법으로 분석하였다. 환자생존에 영향을 미치는 예후인자에 대한 분석은 Cox regression model에 의한 단일 및 다중 변수분석에 준하였다. 결과: 대상 환자의 조직학적 유형으로는 편평상피암이 166예(59%), 선암이 86예(30%), 편평상피선암이 11예(3.9%), 미분화 거대세포암이 19예(7.1%)이었다. 병기는 TNM분류에 따라 l기 93명, II기 58명, IIIa기 131명이었다. 수술 후 재발한 환자는 139명이었고 국소 재발이 28예(20.1%), 원격전이가 111예(79.9)이었다. 병기에 따른 5년 생존율은 I기 50.1%, II기 3 1.3%, IIIa기 24.1%였고(p<0.0001) 병기에 따른 중앙 생존 기간은 I기 55개월, II기 27개월, IIIa기 16개월로 나타났다(p<0.0001). IIIa병기의 환자중 수술 후 항암제만을 투여받거나 항암제와 방사선치료를 받은 환자는 81명이었고 이들의 중앙 생존 기간은 19개월이었으며 수술만을 받거나 수술후 방사선 치료만을 받은 환자는 50명이었는데 이들의 중앙 생존 기간은 14개월로서 양군간에 통계적으로 유의한 차이는 없었다(p=0.2982) 또한 IIIa 병기의 환자중 수술만을 받은 환자는 11명이었고 이들의 중앙무병 생존기간은 4개월이었으며 수술후 항암제 투여만을 받은 환자는 21명이었고 이들의 중앙무병 생존기간은 16개월로 양군간에 통계적으로 의미있는 생존기간의 차이를 보였다(P=0.0494) IIIa 병기중 N2기의 환자는 92명으로 5년 생존율은 25%, 중앙 생존 기간은 15개월이었다. 이들 중 수술 후 항암제 투여군은 62명으로 중앙 생존 기간은 18개월이었고 비투여군은 30명으로 이들의 중앙 생존기간은 14개월이었으며 양군간에 통계적으로 유의한 차이는 없었다(p=0.3988). N2기 환자중 수술후 방사선 치료를 받은 환자는 66명으로 이들의 중앙 생존 기간은 16개월이었고 방사선 치료를 받지 않은 환자는 26명으로 이들의 중앙 생존 기간은 14개월이었다. 양군간에 통계적으로 유의한 생존 기간의 차이는 없었다(p=0.6588). Cox Multiple Regression Model을 이용하여 수술 후 환자의 생존율에 영향을 미치는 예후 인자에 대하여 분석한 결과 환자의 연령(p=0.0093)과 병기(p<0.0001)만이 통계적으로 유의하였다. 결론: 비소세포 폐암 환자의 연령과 병기가 유의한 예후 인자이었으며, 보조 요법에 따른 생존율에 유의한 차이는 없었다. 따라서 수술 후 환자의 생존율을 향상시키기 위해서는 더욱 효과적인 보조요법의 개발이 필요할 것으로 생각된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권20호
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• pp.8603-8605
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• 2014

Objective: To assess the safety of Brucea javanica and Cantharidin combined with chemotherapy in treating patients with non-small-cell lung carcinoma. Method: A consecutive cohort of patients with NSCLC were divided into four groups: experimental group A treated with Brucea javanica injection combined with chemotherapy; experimental group B with Cantharidin injection combined with chemotherapy; experimental group C treated with Brucea javanica and Cantharidin injection combined with chemotherapy; and the control group receiving only chemotherapy. After more than two courses of treatment, safety, quality of life and side effects were evaluated. Results: The incidences of myelosuppression in groups A, B and C were lower than that in Control group (p<0.05), but without significant differences among A, B and C. Adverse effects on the gastrointestinal tract also were lower than in controls (p<0.05) without variation amnog the combined treatment groups. Conclusions: Brucea javanica or Cantharidin combined with chemotherapy could in both cases improve quality of life in our cohort of NSCLC patients without any increase in toxicity. However, further clinical experiments should be conducted to evaluate the efficacy of Brucea javanica and Cantharidin combined with chemotherapy for patients with NSCLC.