• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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• 제31권10호
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• pp.593-602
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• 2004

정렬되지 않은 3차원 측정점들로부터 이들을 근사하는 표면을 재구성하는 방법을 제안하였다. 제안된 방법은 경계면 축소포장 방식에 의한 표면 재구성 방법(shrink-wrapped boundary face： SWBF) 으로, 측정점으로부터 경계셀과 경계면을 구해 초기 메쉬를 생성하고 이를 연속적으로 축소하는 방식에 의해 표면을 재구성한다. 제안된 방법은 기존의 표면 축소포장 방식의 메쉬 생성 방법의 문제점인 물체의 토폴로지에 대한 제약이 없이 어떠한 형태의 표면 재구성에도 적용이 가능하며, 기존 방법이 축소 단계에서 각 메쉬 정점에 대한 최단거리 측정점을 찾는 전역 탐색을 해야 하는데 비해 지역 탐색만으로 최적의 측정점을 찾을 수 있으므로 처리 시간 측면에서도 우월하다. 실험을 통해 제안된 표면 재구성 알고리즘이 측정점들간의 관계를 알 수 없는 정렬되지 않은 3차원 점들에 대한 표면 재구성에 매우 안정적이고 효과적임을 확인할 수 있었다.

• 대한바이러스학회지
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• 제28권4호
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• pp.337-345
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• 1998

Hantaviruses are distributed in rodent population world-widely even in geographical areas where hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) has not been reported. Various species of Family Muridae and Arvicolidae serve as the natural reservoirs of hantaviruses. Hantaan virus, Seoul virus, Puumala virus, Prospect HII virus, Sin Nombre virus and New York virus are members of genus Hantavirus and isolated from lungs of A. agrarius, R. norvegicus, C. glareolus, M. pennsylvanicus, P. maniculatus and P. leucopus respectively. This experiment was intended to find the distribution of hantavirus infection among wild rodents and isolate the hantavirus from lung tissue of seropositve Apodemus peninsulae, and compared the nucleotide and amino acid sequences with prototype of hantaan virus 76-118 strain. Hantaviral sequences were amplified from lung tissues of A. peninsulae by reverse-transcriptase polymerase chain reaction. Alignment and comparison of the 324 nucleotide of G2 region of M-genomic segment diverged 4.6% and 0% at the nucleotide and amino acid levels, and complete N protein-coding region of S-genomic segment diverged 3.7% and 1.4% nucleotide and amino acid levels, respectively. This is the report to spill-over on the hantaan virus from A. agrarius to A. peninsulae in Korea.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제21권4호
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• pp.359-365
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• 2011

Cyanobacterial strains of the genus Spirulina have recently been identified as an excellent source of sulfolipids, some of which possess anti-HIV properties. Thus, to investigate the distribution of sufolipid biosynthesis pathways in Spirulina, a genetic screening/phylogentic study was performed. Five different strains of Spirulina [Spirulina (Jiangmen), Spirulina sp., S. platensis, S. maxima, and Spirulina seawater] sourced from different locations were initially classified via 16S rDNA sequencing, and then screened for the presence of the sulfolipid biosynthesis genes sqdB and sqdX via a PCR. To assess the suitability of these strains for human consumption and safe therapeutic use, the strains were also screened for the presence of genes encoding nonribosomal peptide synthases (NRPSs) and polyketide synthases (PKSs), which are often associated with toxin pathways in cyanobacteria. The results of the 16S rDNA analysis and phylogenetic study indicated that Spirulina sp. is closely related to Halospirulina, whereas the other four Spirulina strains are closely related to Arthrospira. Homologs of sqdB and sqdX were identified in Spirulina (Jiangmen), Spirulina sp., S. platensis, and the Spirulina seawater. None of the Spirulina strains screened in this study tested positive for NRPS or PKS genes, suggesting that these strains do not produce NRP or PK toxins.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권8호
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• pp.1141-1147
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• 2012

Polyhydroxyalkanoate (PHA) is a class of biodegradable plastics that have great potential applications in the near future. In this study, the micro-biodiversity and productivity of PHA-accumulating bacteria in activated sludge from a domestic wastewater treatment plant were investigated. A previously reported primer set and a self-designed primer set (phaCF1BO/phaCR2BO) were both used to amplify the PHA synthase (phaC) gene of isolated colonies. The new primers demonstrated higher sensitivity for phaC, and combining the PCR results of the two primer sets was able to widen the range of detected genera and raise the sensitivity to nearly 90%. Results showed that 85.3% of the identified bacteria were Gram-negative, with Ralstonia as the dominant genus, and 14.7% were Gram-positive. In addition, Zoogloea and Rhizobium contained the highest amounts of intracellular PHA. It is apparent that glucose was a better carbon source than pentone or tryptone for promoting PHA production in Micrococcus. Two different classes, class I and class II, of phaC were detected from alphaproteobacteria, betaproteobacteria, and gammaproteobacteria, indicating the wide diversity of PHA-accumulating bacteria in this particular sampling site. Simultaneous wastewater treatment and PHA production is promising by adopting the high PHA-accumulating bacteria isolated from activated sludge.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제19권9호
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• pp.851-857
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• 2009

We developed and characterized 36 polymorphic microsatellite markers for the oyster mushroom (Pleurotus ostreatus). In total, 169 alleles were identified with an average of 4.7 alleles per locus. Values for observed ($H_o$) and expected ($H_E$) heterozygosities ranged from 0.027 to 0.946 and from 0.027 to 0.810, respectively. Nineteen loci deviated from Hardy-Weinberg equilibrium. Significant (P<0.05) excess heterozygosity was observed at nine loci. Linkage disequilibrium (LD) was significant (P<0.05) between pairs of locus alleles. Cluster analysis revealed that five species of genus Pleurotus made a distinct group, and the individual cultivars were grouped into major five groups from G-1 to G-5. The diverse cultivars of P. ostreatus were discriminated and the other four species revealed a different section in the UPGMA tree. These microsatellite markers proved to be very useful tools for genetic studies, including assessment of the diversity and population structure of P. ostreatus.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제35권4호
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• pp.347-351
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• 2007

감자 더뎅이병은 제주도 전 지역에서 발생하는 병해로서 더뎅이병 발생 시 경제적인 손실이 막대한 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 제주도 감자 더뎅이병징이 있는 부위에서 Streptomyces spp.를 분리, 배양한 후, 16S rRNA 유전자를 이용하여 계통분석을 실시하였다. 계통분석 결과 제주도 감자 더뎅이병징이 있는 부위에서 분리된 균은 모두 Streptomyces spp.에 속하였으며, 대부분이 기존에 더뎅이병을 일으키는 Streptomyces spp.로 확인되었다. 그러나 일부의 분리균은 기존에 알려진 감자 더뎅이병원균과는 다르다. 따라서 이들 병원균에 대해서는 지방산과 단백질 분석, 그리고 DNA-DNA 혼성화 등과 같은 보다 많은 연구의 수행을 통하여 새로운 더뎅이병을 일으키는 Streptomyces spp.인지, 또는 아직까지 명명되지 않은 Streptomyces spp.인지를 확인해야 할 것으로 사료된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권11호
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• pp.1833-1840
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• 2007

Viruses in garlic plants (Allium sativum L.) have accumulated and evolved over generations, resulting in serious consequences for the garlic trade around the world. These viral epidemics are also known to be caused by aphids and eriophyid mites (Aceria tulipae) carrying Potyviruses, Carlaviruses, and Allexiviruses. However, little is known about viral epidemics in garlic plants caused by eriophyid mites. Therefore, this study investigated the infection of garlic plants with Allexiviruses by eriophyid mites. When healthy garlic plants were cocultured with eriophyid mites, the leaves of the garlic plants developed yellow mosaic strips and became distorted. In extracts from the eriophyid mites, Allexiviruses were observed using immunosorbent electron microscopy (ISEM). From an immunoblot analysis, coat proteins against an Allexivirus garlic-virus antiserum were clearly identified in purified extracts from collected viral-infected garlic plants, eriophyid mites, and garlic plants infected by eriophyid mites. A new strain of GarV-B was isolated and named GarV-B Korea isolate 1 (GarV-B1). The ORF1 and ORF2 in GarV-B1 contained a typical viral helicase, RNA-directed RNA polymerase (RdRp), and triple gene block protein (TGBp) for viral movement between cells. The newly identified GarV-B1 was phylogenetically grouped with GarV-C and GarV-X in the Allexivirus genus. All the results in this study demonstrated that eriophyid mites are a transmitter insect species for Allexiviruses.

• 한국균학회지
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• 제26권2호통권85호
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• pp.230-238
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• 1998

1982년부터 1996년까지 평창 오대산, 수원 숙지산, 청양 칠갑산, 원주 치악산, 해남 두륜산, 등 총 5곳에서 채집되었고 농촌진흥청 농업과학기술원 생물자원부 표본실 및 순천향대학교 자연과학대학 생물학과 표본실에 보관중인 남방그물버섯류 12점의 표본을 확보하였고 Moser(1983) 및 Singer(1986)와 Hongo(1987)의 분류체계에 준하여 분류 동정한 결과 남방그물버섯속은 방추남방그물버섯 [Austroboletus fusisporus (Kawam. apud Imaz. & Hongo) Wolfe]과 가는대남방그물버섯[Austroboletus gracilis (Peck) Wolfe], 그리고 미로남방그물버섯(신칭)[Austroboletus subvirens (Hongo) Wolfe]의 3종으로 확인되었다. 색명은 "Methuen Handbook of Colour" (Kornerup & Wanscher, 1983)를 인용하였고, 또한 귀신그물버섯과의 속 검색표를 작성하였다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제11권1호
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• pp.87-100
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• 1995

1994년 7월 전라남도 진도에서 위생절지동물상을 조사하였다. 모기는 8종이 채집되었는데 그중 일본뇌염 매개종인 작은빨간집모기(Culex tritaeniorhynchus)가 우점종이었다. 신종으로 보이는 Cluex sp. 유충이 채집되었는데 명명은 성충이 채집되지 않아 보류하였다. 깔따구는 모두 11속 23종이 채집되었는데 그 중 Cladopelma viridula(녹색사촌무깔따구, 신칭), Dicrotendipes septem-maculatus(여섯점갈래깔따구, 신칭) 및 Harnischia urtilamellata(혹무깔따구, 신칭)는 한국 미기록종이어서 자세히 재기재하였다. 깔따구류중 우점종은 안개무늬날개깔따구(Chironomus kiiensis)이었고(67.3%), 노란털깔따구(Ch. flaviplumus)가 그 다음이었다(15.6%), 등에모기는 모두 5종이 채집되었고 그 중 Culicoides punctatus가 88.7%로 우점종이었다. Foreipomia sp.도 채집되었는데 이 속은 한국에서 처음으로 기록되는 것이다. 들쥐 채집결과는 등줄쥐(Apodemus agrarius)가 높은 밀도를 보였고 등줄쥐에 기생하는 외부기생 절지동물로 Leptotrombidium orientale, Ixodes nipponensis, Laelaps jettmani, Eulaelaps stabularis 등이 동정되었다.

• 미생물학회지
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• 제42권1호
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• pp.47-53
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• 2006

한국 토양에서 방선균주를 분리하고 화학 분류 및 16S rDNA 염기서열을 통하여 Streptomyces 속 균주임을 알아내고 Streptomyces sp. AO-0511로 명명하였다. 이 균주가 생산하는 herbimycin A 및 dihydroherbimycin A의 몇 가지 이화학적 성질과 생물 활성을 측정하였다. 두 물질은 모두 산성 조건에서 안정성을 나타냈으며, dihydroherbimycin A는 herbimycin A에 비해 상대적으로 높은 열 안정성을 지니며 극성 또한 높은 물질로서 TLC 상의 Rf간이 낮았다. Herbimycin A와 dihydroherbimycin A는 모두 Bacillus subtilis ATCC 6633 및 Micrococcus luteus ATCC 9341에 대하여 약한 저해 활성을 나타내었고, 다른 미생물에 대해서는 저해 활성을 나타내지 앓았다. 항암 활성에 있어서 두 물질은 폐암 세포인 AS49세포와 백혈병 세포인 HL-60세포에 대해서 강력한 중식 저해 활성을 나타내었다. L5178Y및 P388세포를 사용하여 세포 독성을 측정하였다. 그 결과 두 물질은 대조 물질인 camptothecin에 비해서 항암 활성을 가지면서도 비교적 안전한 물질임을 알려 주고 있다.