• Genomics & Informatics
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• 제11권4호
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• pp.272-276
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• 2013

Sequence analysis of the 16S rRNA gene has been widely used for the classification of microorganisms. However, we have been unable to clearly identify five Flavobacterium species isolated from a freshwater by using the gene as a single marker, because the evolutionary history is incomplete and the pace of DNA substitutions is relatively rapid in the bacteria. In this study, we tried to classify Flavobacterium species through multilocus sequence analysis (MLSA), which is a practical and reliable technique for the identification or classification of bacteria. The five Flavobacterium species isolated from freshwater and 37 other strains were classified based on six housekeeping genes: gyrB, dnaK, tuf, murG, atpA, and glyA. The genes were amplified by PCR and subjected to DNA sequencing. Based on the combined DNA sequence (4,412 bp) of the six housekeeping genes, we analyzed the phylogenetic relationship among the Flavobacterium species. The results indicated that MLSA, based on the six housekeeping genes, is a trustworthy method for the identification of closely related Flavobacterium species.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2014년도 춘계학술발표대회
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• pp.190-191
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• 2014

Out-of-Order Packet ($O^3P$) problem is an issue that significantly impacts to the QoS of service and network. Route optimization (RO) in PMIPv6 is proposed by P.Loureiro and M. Liebsch to reduce the load of LMAs and transmission delay. In RO scheme, at the time the optimal path is established, there exist two paths: optimal path and old path as non-optimal path for transmitting data between MN1 and MN2 that is the cause of $O^3P$ occurring. This paper proposes a scheme to prevent $O^3P$ problem by using packet buffering technique and a new mobility message, named End Traffic Marker (ETM) to mark the end of packet delivery through the old path.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제48권3호
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• pp.156-164
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• 2021

Spirodela polyrhiza, from the Lemnaceae family, are small aquatic plants that offer an alternative plant-based system for the expression of recombinant proteins. However, no turion transformation protocol has been established in this species. In this study, we exploited a pB7YWG2 vector harboring the eYFP gene that encodes enhanced yellow fluorescent protein (eYFP), which has been extensively used as a reporter and marker to visualize recombinant protein localization in plants. We adopted Agrobacterium tumefaciens-mediated turion transformation via vacuum infiltration to deliver the eYFP gene to turions, special vegetative forms produced by duckweeds to endure harsh conditions. Transgenic turions regenerated several duckweed fronds that exhibited yellow fluorescent emissions under a fluorescence microscope. Western blotting verified the expression of the eYFP protein. To the best of our knowledge, this is the first report of an efficient protocol for generating transgenic S. polyrhiza expressing eYFP via Agrobacterium tumefaciens-mediated turion transformation. The ability of turions to withstand harsh conditions increases the portability and versatility of transgenic duckweeds, favoring their use in the further development of therapeutic compounds in plants.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제35권2호
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• pp.90-101
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• 2019

Biodiversity refers to the total number and variation among species of flora and fauna of an area. Due to tremendous biotic especially anthropogenic pressure these natural resources are being vanishing. In present study genetic diversity among accessions of Thamnocalamus spathiflorus was evaluated. A total of 51 vegetative characters and 42 primers (10-mer) were screened. Out of 42 screened primers, 28 polymorphic primers were selected for further analysis. A total of 263 bands were recorded as polymorphic whereas 48 bands were monomorphic. The resolving power (Rp) of 28 Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) primers ranged from 4.6 (OPE08) to 17.6 (OPA11). The polymorphic information content (PIC) value ranged from 0.21 (OPAH09) to 0.44 (OPG02). The result revealed high degree of genetic relatedness (56 to 80%). Cluster analysis revealed two major clusters both for morphology as well as RAPD. Unlike morphological characterization, the accession (D5) from Bahli, Rampur, Shimla (H.P.) was clustered separately from the others in RAPD cluster analysis. Accessions with closed locality grouped together through RAPD marker system however analogy was recorded for morphological traits. The study conducted reflects the utility of RAPD technique for species identification and phylogenetic studies in bamboo for conducting bamboo breeding program.

• 대한임상검사과학회지
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• 제49권3호
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• pp.285-293
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• 2017

대장암은 전 세계적으로 볼 때, 매년 135만명이 발생하고 매년 60만명이 사망하는 질환으로, 한국에서도 2015년도에 8,380명이 사망하였으며, 고형 암중에서 가장 높은 증가율을 나타내고 있다. 대장암의 진단과 연구를 위한 다양한 방법 중에서 동일한 검사 샘플을 이용하여, 세포유전학적인 방법과 분자유전학적인 방법을 통해 얻어지는 결과를 비교하였다. CGH에서 결실은 18q 47%, 17p 40%, 22q 27%, 10q 17%이 나타났고, LOH는 D18S59 57%, D18S68 50%, TP53CA 50%, D18S69 47%, D22S274 40%, D22S283 37%, D10S186 27%, D10S187 27%, D10S541 23%순으로 관찰되었다. Microsatellite marker별 일치율은 D22S274 100%, D22S283 100%, D10S186 100%, D10S187 100%, D10S541 100%, D18S69 93%, D18S68 93%, TP53CA 92%, D18S59 89% 순으로 검출되었으며, CGH에서의 양성결과를 기준으로, 두 방법간의 일치율은 94.4%로 나타났다. 이번 실험은 종양 genome전체에 대한 많은 정보들을 한 번에 얻을 수 있었던 CGH의 장점을 토대로, CGH에서 의미 있게 결실을 보인 부분을, 접근 방법이 전혀 다른 LOH로 좀 더 한정된 부위의 변화를 확인할 수 있었을 뿐 아니라, 재발 고위험군인 18q21의 대립유전자의 소실을 확인하면 치료방법 선정에 도움을 줄 수 있고, 예후 추정 및 치료 결정에 유용하므로, 대장암 환자가 수술 시에는 수술 부위 조직을 이용한 LOH를 시행하여, 재발 고위험군에 대한 치료방법 선정 등 임상에서 효율적으로 활용하는 것이 필요하다고 사료된다.

• 한국해양학회지:바다
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• 제16권3호
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• pp.117-124
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• 2011

High-Performance Liquid Chromatograph(HPLC)를 이용하여 식물플랑크톤의 광합성색소를 분석한 결과를 토대로 CHEMTAX 프로그램을 이용하여 식물플랑크톤 군집조성을 추정하는 방법이 많이 이용되고 있다. CHEMTAX 프로그램은 식물플랑크톤 군집별(class level)로 체내에 존재하는 주요색소의 chlorophyll a에 대한 상대적인 비 값을 기초로 분석을 한다 본 연구는 국내 해역에서 분리한 식물플랑크톤 군집별 주요 종들이 가지는 광합성색소의 상대적인 비 값을 파악하고 이 자료를 기초로 남해안에 위치한 여자만과 가막만에서 측정한 광합성색소 분석결과에 대해서 CHEMTAX 프로그램을 이용하여 식물플랑크톤의 군집조성을 파악하였다. 국내해역에 존재하는 같은 군집종들 사이에서도 주요색소의 상대적인 비 값은 차이를 보였으며, 국외의 다른 해역에서 제시된 상대적인 비 값과도 상당한 차이를 보였다. 본 연구에서 얻은 비 값을 기초로 식물플랑크톤 군집조성을 분석한 결과, 다른 해역에서 제시된 비 값을 이용하여 분석한 결과와 유의한 차이를 보였다. 우점하는 군집(bacillariophyceae와 dinophytes)에 대해서는 5% 이내에서 차이를 보였으며, 비록 chlorophyll a에 대해서 낮은 기여도를 보이지만 pico와 nano 크기의 군집들(cyanophytes와 prasinophytes)에서는 상당한 차이(2배 이상)를 보였다. 비록 HPLC-CHEMTAX 분석방법은 식물플랑크톤 군집조성 연구에 유용하게 이용되고 있지만, 보다 정확한 결과와 식물플랑크톤의 생리, 생태를 이해하기 위해서는 연구해역에 존재하는 식물플랑크톤 종들에 대한 주요색소의 상대적인 비 값에 대한 연구가 계속적으로 진행되어야 할 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제20권12호
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• pp.1764-1771
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• 2010

홍화(Carthamus tinctorius L.)는 세계 여러 나라에 분포하고 있는 초본류이다. 이 종은 경제적으로 중요한데 홍화는 약용, 적색소, 노랑 색소로 이용된다. RAPD 기법으로 홍화의 26 집단 간 유연관계와 유전적 다양성을 조사하였다. 모든 집단에서 123개 밴드를 얻었으며 시발체(primer) 당 평균 9.5개 밴드를 나타내었다. 홍화의 유전적 다양도는 집단 내에 대부분 귀속되며 높은 집단 간 분화를 나타내었다. OPC18-01 밴드는 시리아 그룹에 특이 밴드였으며 다른 나라 집단에서는 발견되지 않았다. 이런 7개 특이 마크(SCAR)를 발견하였다. 비록 홍화의 분석한 개체 수가 적고 각 나라의 대표성을 의미하지 않지만 본 연구 결과 지중해의 지역(모로코, 시리아, 터키)이 인도를 제외한 다른 지역보다 변이가 높았다. 단순히 RAPD만으로 단정하기 어렵지만 홍화의 기원 센터의 후보군으로 지중해 연안으로 추정된다. 인도 역시 홍화의 2차 센터의 후보군이다. RAPD 마커는 홍화의 자연 집단을 분류하는데 효과적이었다.

• 한국의학물리학회지:의학물리
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• 제22권2호
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• pp.67-71
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• 2011

본 연구에서는 방사선사를 포함한 레이저, 갠트리 및 온-보드 영상장치의 총체적 셋업의 정확성을 평가하고자 하였다. 경험이 많은 방사선사에게 매일 아침 마커블록을 카우치의 Lock bar 시스템에 고정하고 마커블록을 레이저 중심에 맞추도록 하였다. 71일간 마커블록을 2D/2D 정합으로 위치를 보정하기 위하여 $0^{\circ}$ and $270^{\circ}$ 각도에서 한 쌍의 kV 영상을 획득하였다. 정합이 되었을 때 원격으로 카우치를 조정하여 셋업에러를 보정하고 보정 값은 저장하였다. 상하방향(vertical)과 앞뒤방향(longitudinal) 평균오차를 분석한 결과 상하방향은 0.65, 앞뒤방향은 0.66으로 나타났으며 반면에 좌우방향(lateral)은 0.01으로 나타났다. 상하방향과 앞뒤방향의 p 값은 모두 0.00으로 통계적으로 유의하게 나타났으며, 좌우방향에서는 p 값이 0.829로 나타나 계통오차를 발견하기 어려웠다. 총체적 셋업평가방법은 일간으로 시행하기에 유용하고 편리하였다. 그러나 계통오차를 줄이기 위해서 여전히 레이저와 OBI의 일간 점검은 필요하다.

• 대한전자공학회논문지SP
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• 제43권3호
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• pp.9-16
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• 2006

많은 영상과 비디오 압축 알고리듬들은 영상을 블록으로 나누어 처리하여 각 블록에서 가변길이 부호비트를 생성한다. 만일 에러 검출기법을 사용하지 않고 가변길이 부호데이터를 에러 발생채널에 전송한다면 수신측 복호화기는 압축된 스트림(Stream)을 적절히 복호할 수 없다. 따라서 표준 영상 및 비디오 압축 알고리듬에서는 채널 에러로부터 데이터 스트림을 보호하기 위해 추가적인 정보들을 삽입한다. 그런 추가 정보 중의 하나가 재동기 마커(resynchronization marker)이다. 이 방법은 전송 에러 발생시 복호화를 다시 시작하기 위한 위치를 복호화기에게 알려줄 수 있지만 주파수 대역폭의 낭비가 심한 단점이 있다. 에러 내성 엔트로피 부호화(EREC)는 어떤 추가 정보 없이 재동기 시작점을 찾을 수 있는 방법으로 잘 알려져 있다. 이 방법은 대부분의 영상 압축 기법에서 사용되는 접두 코드(prefix code)에 적용될 수 있으므로 본 논문에서는 FEREC(Fast Error-Resilient Entropy Coding)의 성능을 개선한 EREREC(Efficient and Robust EREC) 기법을 제안하였다. 첫째로 연속 블록들의 부호화비트 길이를 이용하여 초기 탐색 위치를 계산한다. 둘째, 초기 오프셋은 가변 길이 부호들에서 길고 짧은 블록들의 확률 분포를 이용하여 결정되고, 결정된 초기 오프셋 값은 제안 방법에서 사용되는 모든 오프셋 시퀀스 값들을 보장하기 위해 조정된다. 제안된 EREREC 알고리듬은 슬롯 구성에 있어 EREC보다 빠르며, 전송 에러 발생시 복호화된 영상의 화질이 개선된다. 실험 결과는, 임의 에러 발생 채널에서 기존의 EREC 및 FEREC와 복원영상의 화질을 비교하였을 때 약 $0.3{\sim}3.5dB$의 화질이 개선됨을 보여준다.

• 한국의학물리학회지:의학물리
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• 제20권3호
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• pp.174-179
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• 2009

사이버나이프 로봇 방사선 수술 시스템은 환자를 치료하는 동안 환자의 내부 기준 마커를 이용하여 종양의 위치를 실시간으로 추적 할 수 있는 시스템이다. 최근 폐종양 치료의 경우 기준 마커의 삽입 없이 폐종양의 밀도 차이를 이용하여 실시간 종양 추적을 할 수 있는 폐종양추적시스템이 개발되어 치료에 적용되고 있다. 최근 개발되어 국내 최초 도입된 폐종양 추적치료시스템의 위치 추적 정확도의 분석은 동적흉부 팬톰과 GafChromic film을 이용하였다. 폐종양추적시스템을 이용하여 종양의 위치 추적 정확도는 평균 오차 $0.85{\pm}0.22$ mm로 분석되었다. 기준마커 삽입 없이 폐종양추적시스템을 이용하여 폐종양 치료에 매우 유용한 것으로 판단되었다.