• 한국해양생명과학회지
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• 제1권2호
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• pp.88-94
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• 2016

Determining the infection history of living organisms is essential for understanding the evolution of infection agents with their host, particularly for key aspects such as immunity. Viruses, which can spread between individuals and often cause disease, have been widely examined. The increasing availability of fish genome sequences has provided specific insights into the diversity and host distribution of retroviruses in fish. The shortspine spurdog (Squalus mitsukurii) is an important elasmobranch species; this medium-sized dogfish typically lives at depths of 100~500 m. However, the retroviral envelope polyprotein in dogfish has not been examined. Thus, the aim of the present study was to identify and analyze the retroviral envelope polyprotein in various tissues of dogfish. The 1334-base pair full-length novel cDNA of dogfish envelope polyprotein (dEnv) was obtained by 3' and 5'-rapid amplification of cDNA end analysis from S. mitsukurii. The open reading frame showed a complete coding sequence of 815 base pairs with a deduced peptide sequence of 183 amino acids that exhibited 34~50% identity with other fish and bird species. It was also expressed according to reverse transcription and real-time polymerase chain reaction in the kidney, liver, intestine, and lung, but not in the gill. This distribution can be assessed by identifying and analyzing endogenous retroviruses in fish, which consists of three main genes: gag, pol and env. Dogfish envelope polyprotein sequence is likely important in evolution and induces rearrangements, altering the regulatory and coding sequences. This is the first report of the identification and molecular characterization of retroviral envelope polyprotein in various tissues of S. mitsukurii.

• Journal of Species Research
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• 제9권1호
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• pp.35-45
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• 2020

In 2016 and 2017, as part of a comprehensive investigation to identify the prokaryotic species in Korea, a total of 12 bacterial strains were isolated from the gastrointestinal tract and/or fecal samples of four endangered species, including reptile, bird, and marine and terrestrial mammals. Phylogenetic analysis with the 16S rRNA gene sequence was used to assign these strains to the phyla, Firmicutes, Actinobacteria or Proteobacteria. Furthermore, most of the strains Firmicutes belonged to the order Lactobacillales. Interestingly, 12 of the isolated strains have not been previously reported from the Korean Peninsula. Also, based on their high 16S rRNA gene sequence similarities(>98.7%) and formation of strong monophyletic clades with the closest type species, each isolated strain of isolates was assigned to an independent, predefined bacterial species. Gram-stain reaction, colony and cell morphology, biochemical characteristics, isolation source, and NIBR IDs are described in the species description section.

• 한국지리정보학회지
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• 제13권1호
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• pp.89-100
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• 2010

본 연구는 다양한 고해상도 위성영상을 사용하여 토지피복도를 제작하고 영상종류와 피복도의 분류에 따른 정확도를 비교함에 목적이 있다. 토지피복도 작성시 세분류의 다양함을 위해 시가지와 농지, 수역 등을 포함하는 낙동강 하구 일대를 연구지역으로 선정하였고, 1m 이상의 해상도를 가지는 KOMPSAT2, QuickBird, IKONOS, 항공사진등을 육안판독 후 분류 하였다. 영상과 피복분류에 따른 토지피복도를 작성 후 상호 비교 한 결과 영상별 정확도는 항공사진과 QuickBird가 KOMPSAT2와 IKONOS 보다 상대적으로 높은 것으로 나타났고, 분류방법에 따른 일치도는 대분류의 경우 0.934~0.956, Kappa value는 0.905~0.937, 중분류의 일치도는 0.888~0.913, Kappa value는 0.872~0.901, 세분류의 일치도는 0.833~0.901, Kappa value는 0.813~0.888로 나타났다. 또한 영상별 혼돈발생 정도는 분류 항목에 따라 대분류의 경우 시가화 건조지역과 나지의 혼돈이 발생했고, 중분류는 논, 밭, 하우스 재배지, 인공초지에서 주로 발생하며, 세분류의 경우 자연녹지, 시설물 경작지, 간석지와 해수면으로 주로 나타났다. 본 연구를 통해 토지피복도 작성시 육안판독에 의한 고해상도 영상분류는 전체 80% 이상의 일치도를 나타내어 활용이 가능했고, 고해상도 영상을 사용할수록 정확한 분류가 가능하며 영상의 촬영시기가 토지피복도 작성에 중요함을 알 수 있었다.

• Journal of Species Research
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• 제7권2호
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• pp.104-113
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• 2018

In order to investigate indigenous prokaryotic species diversity in Korea, various environmental samples from diverse ecosystems were examined. Isolated bacterial strains were identified based on 16S rRNA gene sequences, and those exhibiting at least 98.7% sequence similarity with known bacterial species, but not reported in Korea, were selected as unrecorded species. 28 unrecorded bacterial species belonging to the phylum Bacteroidetes were discovered from various habitats including wastewater, freshwater, freshwater sediment, wet land, reclaimed land, plant root, bird feces, seawater, sea sand, tidal flat sediment, a scallop, marine algae, and seaweed. The unrecorded species were assigned to 18 different genera in five families: Flavobacterium, Epilithonimonas, Dokdonia, Gillisia, Flavicella, Chryseobacterium, Algibacter, Aquimarina, Lacinutrix, Gaetbulibacter, Cellulophaga, Tenacibaculum, and Maribacter of Flavobacteriaceae, Dyadobacter of Cytophagaceae, Draconibacterium of Draconibacterium_f, Sunxiuqinia of Prolixibacteraceae, and Fulvivirga of Fulvivirga_f. The selected isolates were subjected to further taxonomic characterization including analysis of Gram reaction, cellular and colonial morphology, biochemical activities, and phylogenetic trees. Descriptive information of the 28 unrecorded species is provided.

• 한국수산과학회지
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• 제54권4호
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• pp.456-466
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• 2021

The distribution and abundance of euphausiids were investigated in Korean waters in 2016. Euphausiids were sampled with a Bongo net. A CTD (Sea Bird Electronics 9 plus) measured the water temperature and salinity while sampling. Mean water temperature ranged from 4.2-31.0℃. The highest temperatures occur in September and lowest temperatures in February. The mean water salinity ranged from 27.9-34.8 psu, with the highest salinities in March and lowest in September. Euphausiid species in group W consisted of four species. Among the euphausiid species, Euphausia pacifica was the dominant species with peak densities in September. The E. pacifica from group W was distributed in the bottom cold water during summer when a thermocline was formed. Five euphausiid species occurred in group S. E. pacifica and E. nana were the dominant species. In group S, E. nana was located in the warm and saline Tsushima Warm Current, a branch of the influential Kuroshio Current. Five euphausiid species occurred in group E. E. pacifica and T. longipes were the dominant species. In group E, E. pacifica and T. longipes were distributed in the deep and cold waters, these species prefer low water temperatures and perform vertical migration. The distribution of euphausiids in Korean waters were highly influenced by mass water characteristics, such as temperature and salinity.

• 생태와환경
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• 제50권2호
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• pp.266-274
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• 2017

멸종위기종 개리(Anser cygnoides)의 월동기 서식지 이용과 먹이원에 대해 연구하였다. 개리는 서천갯벌에 10월에 도래하여 약 6개월간 월동한 후, 다음해 4월초에 월동지를 떠나 번식지로 이동하였다. 서천갯벌에서 월동하는 동안 개리는 뚜렷한 지역 간 이동, 서식지 이용 패턴을 보였다. 즉 도래초기인 10월에는 주로 송림리 갯벌의 매자기류 (Bolboschoenus sp.) 군락지를 집중하여 이용하였으나, 11월부터는 장구만 지역으로 이동하여 연안 갯벌에 일부 존재하는 매자기류 군락지와 인근 농경지에서 섭식활동을 하였다. 배설물에서 추출한 유전자 분석을 통해 개리가 사초과의 매자기류 식물을 월동기간 동안 주먹이원으로 이용한다는 것을 확인하였다. 또한 분포와 섭식지 이용에 변화를 보이는 시기에 사초과 식물 외에도 콩과 식물의 검출양이 증가하였다. 이러한 결과는 개리가 월동기간 동안 섭식하는 먹이원의 이용가능성 변화에 반응하여 서식지를 이용하는 전략을 취하는 것으로 평가된다. 서천갯벌은 개리의 월동지로서 가치가 있으며, 특히 송림리와 장구만 지역에 분포하는 매자기류 군락지는 월동기간 동안 개리가 이용하는 핵심지역으로 보호되어야 한다.

• 한국해양환경ㆍ에너지학회지
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• 제13권4호
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• pp.223-233
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• 2010

금강호의 시.공간적인 수질변화와 이러한 변화에 영향을 주는 요인을 알아보기 위해 강경과 하구언에서 2001년 8월부터 2008년 7월까지 보고된 수질자료(COD, SS, $Chl-{\alpha}$, TN, TDN, $NO_3^-$, $NH_4^-$, TP, TDP, $PO_4^{3-}$)를 통계적으로 비교 분석하였다. 통계분석으로는 평균비교, 요인분석, 중회귀분석 등을 수행하였으며 TP에 관하여 물질수지를 계산하였다. 조사기간 동안 금강호 내에서 각 수질항목들의 시간적인 변화를 평균농도변화로서 살펴보면 2002년에 비하여 2007년에 $NH_4^+$는 60%, $PO_4^{3-}$는 24%, 그리고 TDP는 52% 감소한 반면, TP와 $Chl-{\alpha}$는 각각 99%, 423% 증가하였다. 공간적으로는 강경이 하구언보다 질소계열과 인계열의 농도가 높은 반면, $Chl-{\alpha}$는 반대경향을 보였다. 금강호내에서 수질에 영향을 미치는 가장 중요한 요인들을 판단하기 위하여 요인분석을 수행한 결과, "질소계열(TN, TDN, $NO_3^-$, $NH_4^+$)과 인계열(TP, TDP, $PO_4^{3-}$)의 계절적인 변화"가 전체분석 자료의 49%를 설명할 수 있는 것으로 나타나 가장 중요한 수질요인으로 분석되었다. 이중 금강호에서 최근 농도가 증가하고 있는 TP와 이로 인한 $Chl-{\alpha}$의 변화에 대한 중회귀분석결과, TP의 농도변화에 가장 큰 영향을 미치는 항목은 계절적으로 풍수기에는 SS, 갈수기에는 $Chl-{\alpha}$인 것으로 밝혀졌다. 이는 풍수기에는 강물에 포함된 입자성인에 의한 TP의 유입이, 갈수기에는 식물플랑크톤의 성장에 의한 TP의 소모가 TP의 농도변화에 영향을 준다고 해석되었다. 반면 $Chl-{\alpha}$의 농도는 풍수기에는 COD가, 갈수기에는 TP가 가장 큰 영향을 미치는 것으로 나타남으로서 풍수기에는 상류측에서 물리적으로 유입된 식물 플랑크톤의 영향이 하류측에 직접된 것으로 판단되며, 갈수기의 $Chl-{\alpha}$의 농도변화는 TP의 농도에 의해 결정됨을 보였다. 결과적으로 금강호에서 TP는 지속적으로 증가하고 있고, 계절적으로 갈수기에 $Chl-{\alpha}$의 증가에 중요한 인자인것으로 나타났다. 이러한 TP의 호수 내 유출입양을 정량적으로 파악하기 위해 계절적으로 풍수기와 갈수기로 구분하여 물질수지를 계산한 결과, 풍수기 동안 가장 중요한 공급원은 강물에 의한 유입량(38%)이었고, 대부분은 이외의 기타공급원(Other Sources)이 60%를 차지하였으며 퇴적물로부터 공급량은 1% 정도로 미미하였다. 그 반면, 갈수기 동안에는 강물과 기타 공급원에 인한 부하량이 각각 48%와 47%로 유사하게 차지하였고, 퇴적물로부터의 공급량은 5%로 증가하였다. 수질이 악화되는 갈수기인 경우 기타 공급원 중 특히 철새로 인한 공급량은 유입 TP공급량의 최대 8%, 기타 공급원의 최대 21%를 차지하는 것으로 추산되었다.