• 제목/요약/키워드: MT data

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Usability of DNA Sequence Data: from Taxonomy over Barcoding to Field Detection. A Case Study of Oomycete Pathogens

  • Choi, Young-Joon;Thines, Marco
    • 한국균학회소식:학술대회논문집
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    • 한국균학회 2015년도 추계학술대회 및 정기총회
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    • pp.41-41
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    • 2015
  • Oomycetes belong to the kingdom Straminipila, a remarkably diverse group which includes brown algae and planktonic diatoms, although they have previously been classified under the kingdom Fungi. These organisms have evolved both saprophytic and pathogenic lifestyles, and more than 60% of the known species are pathogens on plants, the majority of which are classified into the order Peronosporales (includes downy mildews, Phytophthora, and Pythium). Recent phylogenetic investigations based on DNA sequences have revealed that the diversity of oomycetes has been largely underestimated. Although morphology is the most valuable criterion for their identification and diversity, morphological species identification is time-consuming and in some groups very difficult, especially for non-taxonomists. DNA barcoding is a fast and reliable tool for identification of species, enabling us to unravel the diversity and distribution of oomycetes. Accurate species determination of plant pathogens is a prerequisite for their control and quarantine, and further for assessing their potential threat to crops. The mitochondrial cox2 gene has been widely used for identification, taxonomy and phylogeny of various oomycete groups. However, recently the cox1 gene was proposed as a DNA barcode marker instead, together with ITS rDNA. To determine which out of cox1 or cox2 is best suited as universal oomycete barcode, we compared these two genes in terms of (1) PCR efficiency for 31 representative genera, as well as for historic herbarium specimens, and (2) in terms of sequence polymorphism, intra- and interspecific divergence. The primer sets for cox2 successfully amplified all oomycete genera tested, while cox1 failed to amplify three genera. In addition, cox2 exhibited higher PCR efficiency for historic herbarium specimens, providing easier access to barcoding type material. In addition, cox2 yielded higher species identification success, with higher interspecific and lower intraspecific divergences than cox1. Therefore, cox2 is suggested as a partner DNA barcode along with ITS rDNA instead of cox1. Including the two barcoding markers, ITS rDNA and cox2 mtDNA, the multi-locus phylogenetic analyses were performed to resolve two complex clades, Bremia lactucae (lettuce downy mildew) and Peronospora effuse (spinach downy mildew) at the species level and to infer evolutionary relationships within them. The approaches discriminated all currently accepted species and revealed several previously unrecognized lineages, which are specific to a host genus or species. The sequence polymorphisms were useful to develop a real-time quantitative PCR (qPCR) assay for detection of airborne inoculum of B. lactucae and P. effusa. Specificity tests revealed that the qPCR assay is specific for detection of each species. This assay is sensitive, enabling detection of very low levels of inoculum that may be present in the field. Early detection of the pathogen, coupled with knowledge of other factors that favor downy mildew outbreaks, may enable disease forecasting for judicious timing of fungicide applications.

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천축산 일대 산지습지의 식생다양성과 관리방안 (Vegetation Diversity and Management Strategy of Mountain Wetlands in Cheonchuksan(Mt.) in Uljin)

  • 임정철;안경환;조광진;추연수;윤정도;이창수;최병기
    • 한국습지학회지
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    • 제22권4호
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    • pp.264-274
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    • 2020
  • 경상북도 울진군 서면 왕피천 유역 생태·경관 보전지역 내 천축산 자락의 고해발지역에 위치한 4개의 소규모 산지습지 식물군락의 다양성과 그 분포 특성을 밝히고자 한다. 서식처 유형과 종조성의 균질성을 고려한 Z.-M. 학파의 식물사회학적 식생조사 방법에 따라 총 26개의 식생자료가 수집되었다. 우점 상관에 따른 식생 구분과 종조성을 고려한 식생 유형분류를 통해 9개 단위식생으로 구성된 4개 상관형의 식생 분포가 확인되었다. 진퍼리새-꽃창포군락은 연구지역을 대표하면서 우점하는 식물군락이다. 인간의 이용 이후 방치된 균질한 입지에 자연천이로 식생이 발달하고 있으나 면적이 좁아 기타 식물군락의 분포는 드물게 관찰되었다. 습지별 미세지형과 수문환경은 식생의 다양성과 분포에 영향을 미치는 핵심요소로 확인되었다.

GIS를 이용한 대안별 임도노망의 계획에 관한 연구 (Planning of Alternative Forest Road Network Using GIS)

  • 전권석
    • 대한공간정보학회지
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    • 제11권1호
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    • pp.21-28
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    • 2003
  • 산림경영계획의 측면에서 임도계획의 기본이 되는 복합적인 정보를 바탕으로 GIS를 이용하여 경상남도 남해군에 위치한 금산시험림 주변의 국유림을 대상으로 6가지 대안별 임도망을 편성하여 적용성을 검토한 후 비교 분석하였다. 그 결과 노선선정기준 중 종단물매와 토공량의 최소화를 조합한 대안노망2의 경우 일부 노선이 기설임도와 유사한 노선형으로 배치되어져 현행 임도계획시 종단물매와 산지경사를 실측하여 임도를 시공하는 사실과 일치함을 알 수 있었으며 4가지 노선선정기준 모두를 조합한 대안노망6의 경우 노선배치가 지점(2)를 중심으로 방사형을 형성함으로서 타 대안노망과 상이한 노선형을 나타내었다. 대안별 임도망을 기설임도와 비교 분석함으로서 향후 임도망 계획시 객관적인 자료를 제시하여 합리적인 계획수립은 물론, 중장기 산림개발추진계획에 효율적인 적용이 가능할 것으로 판단되었다. 또한 GIS기법을 이용한 다양한 대안노망별 노선선정을 통하여 최적 대안노망을 제공함으로서 최종 의사결정자가 대안노망 평가를 용이하도록 지원하여 의사결정지원체계로서 중요한 기초자료가 될 것으로 사료되며 향후 임도개설 후 자연재해(산사태, 산지붕괴)에 따른 민원유발을 사전에 예방하고 능동적으로 대처할 수 있는 방안이 될 것으로 판단된다.

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금대봉 산림유전자원보호림의 하층식생 분포양상 (Distributional Patterns of Understory Vegetation at Mt. Geumdae's Protected Area for Forest Genetic Resources)

  • 전승훈;이형숙;임종환
    • 한국산림과학회지
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    • 제98권3호
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    • pp.339-350
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    • 2009
  • 본 연구는 금대봉 산림유전자원보호림의 희귀식물 및 유용 식물자원의 분포실태와 상층식생의 군집구조에 따른 하층식생의 분포양상을 파악하기 위하여 수행되었다. 금대봉 산림유전자원보호림지역내 출현하고 있는 관속식물상은 모두 59과 160속 218종류로 확인되었으며, 산림청 지정 희귀식물은 나도개감채, 연령초, 말나리, 노랑무늬붓꽃, 홀아비바람꽃, 금강제비꽃 등 6종류가 분포하고 있는 것으로 나타났다. 또한, 전 지역에 걸쳐 대규모 군락지 형태의 분포양상을 나타내는 홀아비바람꽃 등 8종류의 초본종과 소규모 패치상 또는 적은 개체수가 흩어져 출현하는 나도잠자리난 등 15종류의 초본종이 유용 식물자원인 것으로 판단되었다. 한편, 금대봉 산림유전자원보호림의 현존식생은 하층식생의 분포양상을 파악하기 위하여 설정한 방형구의 조사자료를 기준으로 유집분석한 결과 상층식생의 군집은 신갈나무 우점 군집, 일본잎갈나무 우점 군집, 그리고 과거 산림벌채와 풍충성 고산지대의 영향으로 인한 초본식생 우점 군집으로 분류되었다. 하층식생의 분포양상은 임분 내 상층 및 중층식생의 군집구조와 어느 정도 연관성을 갖는 것으로 나타났지만, 다른 한편으로 교란에 따른 입지적 특성과 하층식생의 종 조성의 차이 및 경쟁압력으로 인하여 상당한 차이를 보였다. 따라서 산림유전자원인 주요 하층 식생의 보존을 위해서 상층식생의 밀도조절 등으로 인해 야기되는 하층식생의 동태 및 생육환경의 변화를 정확하게 파악 한 후 간벌 등 산림시업처리를 실행하는 것이 바람직할 것으로 판단되었다.

백두대간(깃대배기봉~청화산)에 분포하는 관속식물상 (Vascular Plants Distributed in Baekdudaegan Mountains (Gitdaebaegibong~Mt. Cheonghwasan))

  • 오현경;유주한
    • 한국환경생태학회지
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    • 제32권1호
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    • pp.1-22
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    • 2018
  • 본 연구의 목적은 백두대간 중 깃대배기봉부터 청화산까지 분포하는 관속식물상을 조사 및 분석하여 우리나라 산림생태계의 보전과 관리를 위한 기초자료 제공에 있으며, 연구결과를 요약하면 다음과 같다. 전체 조사구간의 식물상은 103과 379속 623종 4아종 121변종 23품종 등 771분류군이며, A구간은 377분류군, B구간은 395분류군, C구간은 278분류군, D구간은 325분류군, E구간은 534분류군, F구간은 406분류군이다. 희귀식물은 모데미풀, 도깨비부채, 꽃창포, 천마 등 32분류군이며, 멸종위기종(CR)은 1분류군, 위기종(EN)은 1분류군, 취약종(VU)은 11분류군, 약관심종(LC)은 18분류군, 자료부족종(DD)은 1분류군이다. 한국특산식물은 무늬족도리풀, 요강나물, 노랑갈퀴, 노각나무, 지리대사초, 두메꿩의밥 등 26분류군이다. 식물구계학적 특정식물은 총 143분류군이며, 이 중 V등급은 3분류군, IV등급은 12분류군, III등급은 41분류군, II등급은 42분류군, I등급은 45분류군이다. 귀화식물은 소리쟁이, 가죽나무, 붉은서나물, 개망초, 왕포아풀 등 41분류군이며, 생태계교란식물은 애기수영, 가시박, 돼지풀, 미국쑥부쟁이 등 4분류군이다. 기후변화 적응 대상식물은 43분류군이며, 특산식물계는 14분류군, 남방계 식물은 2분류군, 북방계 식물은 27분류군으로 나타났다.

부산광역시 금정산 소나무림 식생구조 연구 (Plant Community Structure of Pinus densiflora S. et Z. Forest in the Geumjeongsan (Mt.), Busan Metropolitan City)

  • 이경재;곽정인;곽남현;장종수
    • 한국환경생태학회지
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    • 제27권4호
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    • pp.462-472
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    • 2013
  • 본 연구는 부산광역시 금정산 소나무림의 식생구조 특성을 분석하여 문화경관림으로서의 소나무림 보전을 위한 기초자료 구축을 목적으로 수행하였다. 금정산 소나무 식생구조 분석을 위해 산성을 기준으로 내부 소나무림에 10개소, 외부 소나무림에 8개소, 총 18개소의 조사구(단위면적: $400m^2$)를 설정하였다. TWINSPAN분석결과 총 6개의 군집으로 구분되었다. 6개의 군집은 졸참나무-소나무군집, 소나무군집, 소나무-졸참나무군집, 곰솔-소나무군집, 소나무-곰솔-상수리나무군집, 소나무-굴피나무군집이었다. 각 군집의 층위별 상대우점치 및 주요 수종의 흉고직경급별 분포 분석결과 각각의 소나무군집은 졸참나무 또는 개서어나무군집으로 천이될 것으로 예측되었다. 수령분석결과 산성내부 군집은 32~37년생, 산성외부 소나무군집은 44~57년생이었다. Shannon의 종다양도지수는 0.4826~1.2499이었다. 소나무와 주요 수종간 상관관계는 때죽나무와 부의 상관관계를 보였다. 이상의 결과 산성내부는 소나무군집에서 졸참나무군집으로의 천이가 예측되었으며 산성외부는 소나무-곰솔군집에서 개서어나무-졸참나무군집으로의 천이가 예측되었다. 소나무 경관림 관리방안으로 아교목층과 관목층의 참나무류 및 교목성상의 낙엽활엽수 간벌과 소나무와 경쟁중인 낙엽활엽수의 수관전정 등의 관리가 필요하였다.

제주도 민간요법에 관한 조사연구 (Survey on Personal Medicines in Cheju Island)

  • 이경희
    • 동서간호학연구지
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    • 제2권1호
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    • pp.37-53
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    • 1997
  • The purpose is to inspect the personal medicines in Cheju island that are used traditionally and to get their characteristics. The subjectives are 39 Cheju people, men 10, women 29, who were horned, grown up in Cheju and agreed with this study. The ranges of age are 10 persons(m : 1, w: 9) over 40 less 50 years old, 14(m : 7, w : 7) over 50 less 60, 5(m : 1, w : 4) over 60 less 70, 6(m : 0, w : 6) over 70 less 80, and 4(m : 1, w : 3) over 80. The average age is 64.5 years old. The method to collect the data is 20 structured opening questionaires that are based on references. The duration to collect datas is 11days from 4th, Aprill 1997 to 14th, Aprill 1997. The workers who are trainned the interview methods went their villages and got answers after explaining the purpose and contents to them. Somtimes they used to record the answers. The analysis was identified the subjectives to four regions of Cheju, arranged answers with items, rearranged the same answers, counted with number and percentage. And classified the materials and characteristics. The results of this study are followed: The things that is used as personal medicines are the effects through experiences ans misteries that have hand down by word of mouth, even though they are not scientific. People used the materials arround their circumference. It is an accumulation of experiences. The ways used in eating, doing acupuncture or sting, exposing to smoke, wheedling, fixing after pounding. Almost materials are plants. Mugwort is effective in fever, gastritis, hemorrhoid, diarrhea, edematous hands or feet and dermatitis. Citron and Arrowroot in fever, gastritis. Seeds of Pumpkin in indigestive, hemorrhoid, edematous hands or feet. Gallic in fever, diarrhea, frostbite, dermatitis, and toothache. Motherwort in diarrhea, gastritis. Radish juice in indigestive, jaundice. Bean paste in burn, wound. Acupuncture in fever, gastritis, indigestive, back pain, edematous hands or feet. Sting as similar with it in fever, indigestive, edematous hands or feet. Cigarrette in hemorrhoid, wound, toothache. Cowstools in edematous hands or feet, wound. Sault is usded a lot in fever, gastritis, indigestive, hemorrhoid, uneffective voiding, edematous hands or feet, dermatitis, having a boil around the mouth, toothache, and eye disease. Japanese Parsley in fever, gastritis. Egg Apple in diarrhea, edematous hands or feet, frostbite. And Wild Chrysanthemum is effective in jaundice. In the conclusion, people used the things arround. A things is effective in several symptoms. If these are not effective, they would used the magic as god's anger. As locally, they used the grasses and fruits in the middle of Mt. Halla and seafood on the sea village.

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대북 사회공헌형 산림탄소상쇄사업 모니터링 여건평가 (Evaluating Monitoring Condition for Forest Carbon Offset Project to Demonstrate CSR in North Korea)

  • 주승민;허만호;김종달;엄정섭
    • Spatial Information Research
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    • 제23권2호
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    • pp.11-20
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    • 2015
  • 모니터링은 북한지역을 대상으로 하는 사회공헌형 산림탄소상쇄 사업을 진행하는 과정에서 핵심요건으로 부각되고 있다. 온실가스 감축 여건에 대한 모니터링이 잘못되었을 경우, 입증수단과 방법을 사전에 점검하여 리스크와 불확실성을 최소화하여야 한다. 따라서 본 연구의 목적은 산림탄소상쇄사업에서 발생할 수 있는 입증책임에 관련된 쟁점들을 사전에 점검하고자 백두산을 대상으로 모니터링 여건(사업대상지의 적합성, 산림 바이오매스 성장에 따른 탄소축적, 바이오매스의 손실, 삼림 전용 및 훼손 여부, 환경, 사회, 경제적 영향에 의한 탄소 배출량)을 평가하였다. 인공위성 영상은 백두산의 산림현황을 가시적인 기록으로 제시하였는데, 대북 산림탄소상쇄사업에서 모니터링이 필요한 지표를 대부분 충족하는 것으로 확인되었다. 본 연구 결과는 북한에서 산림탄소상쇄 사업을 수행하려는 한국기업에게 중요한 참고자료로 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

WPMM 방법을 이용한 레이더 강수량 추정 : 1. 1998년 여름철 관악산 DWSR-88C를 위한 Ze-R 관계식 산출 (Radar Rainfall Estimation Using Window Probability Matching Method : 1. Establishment of Ze-R Relationship for Kwanak Mt, DWSR-88C at Summer, 1998)

  • 김효경;이동인;유철환;권원태
    • 한국수자원학회논문집
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    • 제35권1호
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    • pp.25-36
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    • 2002
  • 1998년 여름철, 기상레이더와 레이더 주위의 고밀도 우량계 관측자료를 이용하여 $Z_{e}-R$ 관계식을 산출하기 위하여 관악산 레이더 자료와 강우강도 자료의 확률밀도함수를 구해 확률이 같은 지점을 매치시키는 Window Probability Matching Method(WPMM)라는 통계적 방법을 사용하였다. 레이더 반사도의 확률 분포는 약 15dBZ에서 가장 많은 빈도 분포를 보였고 강우강도의 확률분포는 대부분의 영역에서 시간당 10mm 이하의 비가 내리는 것으로 나타났다. WPMM을 이용한 $Z_{e}-R$ 관계식은 로그 좌표계에서 곡선형의 분포를 가지고 있어 직선형의 분포를 가지는 멱급수 형태의 관계식에 비해 반사도를 강우량으로 전환하는데 있어 더 나은 것으로 나타났다. 특히, 3개월 동안의 누적 강수량 산출시 $Z=200R^{1.6}$ 식은 실제 우량계 강수량의 44%만을 추정하는데 반해 WPMM의 경우는 실제 강수량의 80%까지 근접하는 것으로 나타났다.

산지소유역의 토사유실량 예측을 위한 RUSLE와 MUSLE 모형의 적용성 평가 (Application of RUSLE and MUSLE for Prediction of Soil Loss in Small Mountainous Basin)

  • 정유경;이상원;이기환;박기영;이헌호
    • 한국산림과학회지
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    • 제103권1호
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    • pp.98-104
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    • 2014
  • 본 연구는 산지소유역에서 예측한 토사유실량 모형과 실측한 토사유실량을 비교함으로써 예측모형의 적용성 여부를 검토하였다. 또한, 정량적인 토사량 산정을 위하여 72개의 조사지점별로 각각의 영향인자를 산정하여 토사유실량 모형의 정확도를 높이고자 하였다. 토사유실량 산정에 영향을 주는 인자로는 LS 인자가 영향성이 가장 높은 것으로 나타났다. RUSLE, MUSLE 모형과 실측된 토사유실량의 총량을 비교한 결과, 두 모형은 실측치에 비하여 다소 높은 값을 보였으며, RUSLE 모형이 실측치와 근사한 값을 나타내었다. 조사 지점별 값의 비교에서는 MUSLE 값의 변동계수가 더 낮았으나, 값의 차이가 크지 않았다. 따라서 산지소유역에서의 RUSLE와 MUSLE 모형을 이용한 토사유실량의 예측은 적합한 것으로 보여진다. 또한, 산지소유역에서 토사유실량 예측 정도를 높이기 위해서는 강우사상에 대한 데이터 수집과 기존 토사유실 예측 모형에 사용되는 인자의 보완 및 개선에 대한 연구가 요구된다.