• Title/Summary/Keyword: Local Alignment

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Gravity Modeling and Validation for High Accuracy Navigation Computation

  • Cho, Yun-Cheol;Shin, Yong-Jin;Park, Jeong-Hwa;Kim, Cheon-Joong;Choi, Kyung-Ryong
    • 제어로봇시스템학회:학술대회논문집
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    • 2001.10a
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    • pp.64.1-64
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    • 2001
  • Errors in inertial navigation system(INS) can be divided into two major groups which are system related errors and modeling errors due to approximation and linearization. Measurement noise, calibration, and alignment errors make up the first group, whereas the uncertainties in the gravity vector fall in the second category and are important error source for high quality INS, especially during high altitude and and/or long time missions, when the gravity errors tent to build up. The quality of a medium to high accuracy INS depends on the knowledge of the local gravity field. In this paper, the feasibility of improving airborns INS by use of more accurate gravity model is studied. To make consistent comparisons, WGS-84 parameters are used and ...

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Construction of a Genetic Information Database for Analysis of Oncolytic Viruses

  • Cho, Myeongji;Son, Hyeon Seok;Kim, Hayeon
    • International journal of advanced smart convergence
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    • v.9 no.1
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    • pp.90-97
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    • 2020
  • Oncolytic viruses are characterized by their ability to selectively kill cancer cells, and thus they have potential for application as novel anticancer agents. Despite an increase in the number of studies on methodologies involving oncolytic viruses, bioinformatic studies generating useful data are lacking. We constructed a database for oncolytic virus research (the oncolytic virus database, OVDB) by integrating scattered genetic information on oncolytic viruses and proposed a systematic means of using the biological data in the database. Our database provides data on 14 oncolytic viral strains and other types of viruses for comparative analysis. We constructed the OVDB using the basic local alignment search tool, and therefore can provides genetic information on highly homologous oncolytic viruses. This study contributes to facilitate systematic bioinformatics research, providing valuable data for development of oncolytic virus-based anticancer therapies.

Stress Analysis Crack of Double-lap Joint with an End Mismatch (End mismatch를 갖는 접착이음의 강도 평가)

  • Hyun, Cheol-Seung;Heo, Sung-Pil;Yang, Won-Ho;Ryu, Myung-Hae
    • Proceedings of the KSME Conference
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    • 2001.06a
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    • pp.465-470
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    • 2001
  • The adhesively-bonded joints considered in this investigation include single-lap joint and double-lap joint. For an adhesively bonded double-lap joint, end mismatch between the two cuter adherends(upper, lower) can not removed completely although it can be controlled within a manufacturing tolerance. This paper shows that the end mismatch introduces local bending and end mismatch affects the shear and peel stresses in the adhesive. The double-lap joint with an end mismatch is affected of adhesive thickness, material properties of adhesive and adherend etc. Also, we concluded that there are critical value of an end mismatch to provoke the interface fracture.

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An Adaptive Algorithm for Plagiarism Detection in a Controlled Program Source Set (제한된 프로그램 소스 집합에서 표절 탐색을 위한 적응적 알고리즘)

  • Ji, Jung-Hoon;Woo, Gyun;Cho, Hwan-Gyu
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2006.10b
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    • pp.580-585
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    • 2006
  • 본 논문에서는 대학생들의 프로그래밍 과제물이나 프로그래밍 경진대회에 제출된 프로그램과 같이 동일한 기능을 요구받는 프로그램 소스 집합들에서 표절 행위가 있었는지를 탐색하는 새로운 알고리즘을 제시한다. 본 논문에서는 프로그램의 소스 집합에서 추출된 키워드들의 빈도수에 기반한 로그 확률값을 가중치로 하는 적응적(adaptive) 유사도 행렬을 만들어 이를 기반으로 주어진 프로그램의 유사구간을 탐색하는 지역정렬(local alignment) 방법을 소개한다. 우리는 10여개 이상의 프로그래밍 대회에 제출된 실제 프로그램으로 본 방법론을 실험하였다. 실험결과 이 방법은 이전의 고정적 유사도 행렬(일치 +1, 불일치 -1, 갭(gap)을 이용한 일치 -2)에 의한 유사구간 탐색에 비하여 여러 장점이 있음을 알 수 있었으며, 보다 다양한 표절탐색 목적으로 제시한 적응적 유사도 행렬이 응용될 수 있음을 알 수 있었다.

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Optimum Rotor Shaping for Torque Improvement of Double Stator Switched Reluctance Motor

  • Tavakkoli, Mohammadali;Moallem, Mehdi
    • Journal of Electrical Engineering and Technology
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    • v.9 no.4
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    • pp.1315-1323
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    • 2014
  • Although the power density in Double Stator Switched Reluctance Motor (DSSRM) has been improved, the torque ripple is still very high. So, it is important to reduce the torque ripple for specific applications such as Electric Vehicles (EVs). In This paper, an effective rotor shaping optimization technique for torque ripple reduction of DSSRM is presented. This method leads to the lower torque pulsation without significant reduction in the average torque. The method is based on shape optimization of the rotor using Finite Element Method and Taguchi's optimization method for rotor reshaping for redistribution of the flux so that the phase inductance profile has smoother variation as the rotor poles move into alignment with excited stator poles. To check on new design robustness, mechanical analysis was used to evaluate structural conformity against local electromagnetic forces which cause vibration and deformation. The results show that this shape optimization technique has profound effect on the torque ripple reduction.

Fast Fingerprint Alignment Method using Local Ridge Direction (지역적 융선의 방향성을 이용한 빠른 지문 정렬 방법)

  • 문성림;김동윤;정석재
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2003.10b
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    • pp.580-582
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    • 2003
  • 특징점 기반 지문 인식 방법은 지문 영상의 전처리 과정을 포함한 특징점 추출 과정과 추출된 특징점들의 유사도를 판단하는 정합 과정으로 구성된다. 특징점들의 정합과정을 수행하는 여러 가지 방법들 중 Hausdorff 거리 기반 정합 방법은 이동과 회전이 적은 지문의 특징점들에 대해 빠르게 계산할 수 있는 장점을 갖는다. 그러나, 이 방법은 이동과 회전이 많은 지문 영상의 경우 연산이 많아지는 단점을 가진다. 본 논문에서는 정합을 실행하기 전 지문의 중심점과 지역적인 블럭들의 방향성을 기준으로 정렬을 수행하여 비교되는 지문 특징점간의 회전 오차와 이동 오차를 줄임으로써, 기존의 정합 방법의 불필요한 연산량을 줄일 수 있는 방법을 제안하였다. 제안된 방법을 검증하기 위해 Hausdorff 거리 기반 정합 방법을 구현하고 그것에 대한 결과와 선정렬을 사용한 후의 정합 결과를 실험, 비교하였다. 이때의 평균 Hausdorff 거리는 Genuine의 경우 0.095가 줄어들었고, Improster의 경우 0.655가 늘어나는 성능 향상을 나타냈다.

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Plagiarised Reports Detection System using Characteristcs of Korean Language and Local alignment Algorithm (한글 구조특성과 지역정렬 알고리즘을 사용한 표절 판정 시스템의 개발)

  • 전명재;박상돈;박웅;허진영;조환규
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2004.10a
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    • pp.727-729
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    • 2004
  • 최근 논문의 표절 및 저작권과 관련하여 여러 가지 사건들이 일어나 많은 관심과 우려를 불러일으키고 있다. 특히 인터넷 통신의 발달 및 워드프로세서의 기능 향상으로 인해 일선 교육현장에서의 표절에 간한 문제는 더욱 커지고 있다. 하지만 문서의 표절 여부를 가려내는 작업은 쉬운 일이 아니다. 과제로 제출되는 일반 문서의 경우 본문의 내용이나 문서의 개수를 고려해 볼 때 사람이 직접 표절 여부를 검사하는 것은 매우 힘든 작업이다. 그리고 어간, 어미의 변형이 쉽게 일어날 수 있는 한글의 경우에는 영어에서처럼 어절 단위로 두 문서를 비교하여 표절여부를 판정하는 기존의 방법은 적합하지가 않다 본 논문에서는 한글로 작성된 텍스트 문서의 표절 여부를 효과적으로 검출해 내기 위한 새로운 방법들을 제시하고 있다. 그리고 실제로 수집된 다양한 문서 데이터 집합들에 대해 각각의 방법들을 테스트해 보고 실제 데이터에서 가장 효율적인 방범이 어떤 깃인지 제시한다

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Inference of Gene Regulatory Program using Local Alignment (지역정렬을 이용한 유전자 발현 조절 프로그램 예측)

  • Lee, Ji-Yeon;Jin, Hee-Jeong;Cho, Hwan-Gue
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2006.10a
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    • pp.11-16
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    • 2006
  • 세포의 활동은 단순히 하나의 유전자의 발현으로 설명되기보다 여러 유전자와 그로 인해 생성된 단백질의 상호 작용에 의해 나타난다. 또한 마이크로어레이 실험을 통해 세포 내의 유전자 발현에 대한 정보를 알 수 있게 되고, Chromatin IP 마이크로어레이 실험을 통해 신뢰도가 높은 유전자 발현 조절 관계 데이터를 얻을 수 있게 되면서, 유사한 기능과 유사한 발현 패턴을 보이는 유전자들을 그룹으로 묶어 유전자 모듈로 규정하고 이를 하나의 유전자 조절 네트워크로 구성하고, 분석하는 연구들이 진행되고 있다. 본 논문에서는 ChIP 실험 데이터와 유전자 발현 데이터를 이용하여 지역 정렬을 수행해 하나의 유전자 모듈을 조절하는 조절 프로그램을 예측하는 알고리즘에 대해 기술한다. 조절 프로그램은 유전자 조절 모듈을 조절하는 조절자들의 역할 및 발현 여부에 따른 유전자 조절 모듈 내 유전자들의 발현을 설명할 수 있는 것이다.

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NBLAST: a graphical user interface-based two-way BLAST software with a dot plot viewer

  • Choi, Beom-Soon;Choi, Seon Kang;Kim, Nam-Soo;Choi, Ik-Young
    • Genomics & Informatics
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    • v.20 no.3
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    • pp.36.1-36.6
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    • 2022
  • BLAST, a basic bioinformatics tool for searching local sequence similarity, has been one of the most widely used bioinformatics programs since its introduction in 1990. Users generally use the web-based NCBI-BLAST program for BLAST analysis. However, users with large sequence data are often faced with a problem of upload size limitation while using the web-based BLAST program. This proves inconvenient as scientists often want to run BLAST on their own data, such as transcriptome or whole genome sequences. To overcome this issue, we developed NBLAST, a graphical user interface-based BLAST program that employs a two-way system, allowing the use of input sequences either as "query" or "target" in the BLAST analysis. NBLAST is also equipped with a dot plot viewer, thus allowing researchers to create custom database for BLAST and run a dot plot similarity analysis within a single program. It is available to access to the NBLAST with http://nbitglobal.com/nblast.

Isolation and characterization of unrecorded yeast species from Korea in the families Debaryomycetaceae and Piskurozymaceae

  • Lee, Sang Eun;Oh, Hye Jin;Kim, Myung Kyum
    • Journal of Species Research
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    • v.10 no.4
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    • pp.344-349
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    • 2021
  • The purpose of this study was to isolate and identify wild yeasts from soil of Gyeongju city, and Haemadipsa rjukjuana of Gageodo Island, characterizing unrecorded yeast strains from Korea. The molecular analysis of the D1/D2 domain of 26S rDNA of yeast was performed using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). No official report exists describing these three species: one species in the genus Candida, one species in the genus Debaryomyces, and one species in the genus Solicoccozyma. Candida saitoana YL9, Debaryomyces fabryi YL1, and Solicoccozyma terrea 20g9-1 are recorded for the first time from Korea. All three strains were oval shaped and polar binding, while positive for glucose, ᴅ-xylose, and ᴅ-cellobiose. Morphological, physiological, and biochemical properties are described in the species descriptions.