• 제목/요약/키워드: Intra-species classification

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Molecular and Morphological Characterization of Green Mold, Trichoderma spp. isolated from Oyster Mushrooms

  • Choi, In-Young;Hong, Seung-Beom;Yadav, Mahesh C.
    • Mycobiology
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    • 제31권2호
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    • pp.74-80
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    • 2003
  • Isolates of Trichoderma spp. collected from Pleurotus ostreatus and P. eryngii beds, which included loosened substrate compactness and development of green colour, were grouped into three species. The occurrence of different species of Trichoderma was as T. cf. virens(70.8%), T. longibrachiatum(16.7%) and T. harzianum(12.5%). The conidia of Trichoderma spp. were ellipsoidal, obovoid and phialides were bowling pins, lageniform and the length of phialides was $3.5{\sim}10.0{\times}1.3{\sim}3.3{\mu}m$. Phialides of T. cf. virens and T. harzianum were tending clustered, but it was solitary disposition in T. longibrachiatum. T. cf. virens was characterized by predominantly effuse conidiation, sparingly branched, and fertile to the apex and it was penicillate type. RAPD analysis could detect variability amongst three different species of Trichoderma using two newly designed URP-primers. However, intra-specific variation could not be detected in all the isolates except for rDNA sequence data classified Trichoderma isolates into three distinct groups representing three species. The profiles of rDNA sequences of isolates representing a species showed high similarity in T. cf. virens and T. harzianum. However, there was a variation in rDNA sequences of isolates representing T. longibrachiatum. The results of present study reveals that molecular techniques of RAPD and rDNA sequencing can greatly aid in classification based on morphology and precise identification of fast evolving species of Trichoderma.

Identification of Different Species and Dultivars of Brassica by SDS-PAGE, Isozyme and Molecular Marker

  • Mukhlesur Rahman Md.;Hirata Yutaka
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제7권1호
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    • pp.27-35
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    • 2005
  • Eighty-five different cultivars of Brassica rapa, B. juncea, B. nap us, B. carinata, B. oleracea and hexaploid Brassica collected from Bangladesh, Japan, China and Denmark were analyzed by SDS-PAGE for seed and leaf protein variations, using esterase, acid phosphatase and peroxidase isozyme analysis. Ten polymorphic bands were identified from seed protein however no identifiable polymorphic band was found in the leaf protein. Polymorphic markers clearly distinguished the different Brassica species as well as yellow sarson (YS) and brown seeded (BS) cultivars of B. rapa. The $F_1$ cross between YS and brown seeded cultivars showed the existance of all poly-morphic bands of the respective parents. The Bangla-deshi and Japanese cultivars of B. rapa differed in the amount of seed protein. In the case of isozyme analysis, esterase showed the highest number of polymorphic bands (13) followed by acid phosphatase (9) and peroxidase (5). These polymorphic markers were very effec-tive for classification of all the species studied in this experiment. In parentage tests using isozymes, the hybridity of intra-and-interspecific crosses of almost all the seedlings could be identified from their respective cross combinations. Esterase polymorphism showed a clear differentiation between YS and BS types of B. rapa. In addition, two esterase polymorphic markers were iden ified to differentiate some cultivars of B. juncea. Segregation patterns in these two esterase bands showed a simple Mendelian monohybrid ratio of 3:1 in $F_2$, 1:1 in test cross and 1:0 in back cross progenies. No polymorphic band was identified to distinguish different cultivars of the same species by acid phosphatase or peroxidase. Polymerase Chain Reaction (PCR) was carried out with seed coat color specific marker of B. juncea. The yellow seeded cultivars produced a strong band at 0.5 kb and weak band 1.2 kb. In the addition of these two specific bands, Japanese yellow-seeded cultivars expressed two more weak bands at 1.0 kb and 1.1 kb. Where the brown seeded cultivars generated a single strong band at 1.1 kb. In segregating population, the yellow seed coat color marker segregated at a ratio 15 (brown) : 1 (yellow), indicating the digenic inheritance pattern of the trait.

ITS 염기서열에 의한 복수초속 복수초절(미나리아재비과)의 계통분류학적 연구 (Phylogenetic study of the section Adonanthe of genus Adonis L. (Ranunculaceae) based on ITS sequences)

  • 손동찬;박범균;고성철
    • 식물분류학회지
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    • 제46권1호
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    • pp.1-12
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    • 2016
  • 복수초속 복수초절 식물 12종 1변종과 4종의 외군을 대상으로 복수초절 내 분류체계의 타당성을 검증하고 각 분류군 간의 유연관계를 규명하기 위하여 ITS 염기서열에 기초한 계통분류학적 연구를 수행하였다. 계통수 제작 결과 분석에 포함된 복수초(A. amurensis Regel et Radde) 7개체 중 일본에서 채집된 2개체가 일본 고유종인 가지복수초(A. ramosa Franch.)와 더 가까운 유연관계를 보였다. 이는 복수초가 단계통군이 아님을 말해주며, A. amurensis의 분류학적 정체성에 대한 재검토가 필요함을 암시한다. 국내에서 흔히 가지복수초로 동정되고 있는 개복수초(A. pseudoamurensis W. T. Wang)는 계통수 상에서 독자적인 그룹을 이루는 것으로 확인되었고, 따라서 개복수초를 가지복수초와 같은 종으로 보는 견해를 뒷받침하지 않았다. A. shikokuensis Nishikawa et Koji Ito, 세복수초(A. multiflora Nishikawa et Koji Ito), 및 개복수초를 대표하여 분석에 포함된 개체들은 하나의 분기군(clade)을 이루었으나 각 종은 계통수 상에서 명확히 구분되지 않았다. 본 연구 결과 ser. Amurenses와 ser. Coeruleae가 다계통군을 이루거나 측계통군을 이루는 것으로 확인되었으며, 따라서 복수초절을 4개의 열(series)로 분류한 Wang의 분류체계는 타당하지 않은 것으로 밝혀졌다.

RAPD에 의한 한국내 마가목속 식물의 유전적 다양성과 분류학적 연구 (Study of Genetic Diversity and Taxonomy of Genus Sorbus in Korea Using Random Amplified Polymorphic DNA)

  • 박소혜;김세현;서희원;허만규
    • 생명과학회지
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    • 제17권4호
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    • pp.470-475
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    • 2007
  • 마가목 속(genus Serbus)은 아시아와 유럽에 분포되어 있는 목본이다. 유럽마가목(Sorbus commixta)은 유럽에 일차적으로 분포한다. 마가목 속 식물은 한국과 중국에서 약용으로 쓰인다. 한국내 마가목 속 식물에 대해 RAPD에 의한 유전적 변이와 계통관계를 조사하였다. 한국 내 마가목 속 식물은 비록 패치분포를 보이나 높은 유전적 다양도를 가지고 있었다. 26 시발체로 205 유전자좌위를 얻었으며 그 중 128 개(62.4%)는 다형성을 나타내었다. 마가목(S. commixta)이 가장 높은 유전적 다양도를 나타낸 반면(0.165), 유럽마가목(S. aucuparia)이 가장 낮은 유전적 다양도를 나타내었다(0.109). 종간 세대를 통해 이주하는 유전자수(Nm)는 매우 낮았다(평균 Nm=0.755). 분류군간 유사도는 0.786에서 0.963사이에 있었다. 이 분자마크(RAPD)로 한국내 분류군과 유럽종간 구분이 잘 되었다. 또한 종 특이 마크로 종 동정에 이용할 수 있었으며, 종의 보전이나 생식질 보전에 기초로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

삼척과 원산의 지리적 민들조개(Gomphina aequilatera, Sowerby) 집단의 유전적 변이 (Genetic Variations in Geographic Venus Clam(Gomphina aequilatera, Sowerby) Populations from Samcheok and Wonsan)

  • 김종래;정창호;김용호;윤종만
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제10권4호
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    • pp.227-238
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    • 2006
  • 한반도의 동쪽에 위치해 있는 삼척(venus clam from Samcheok; VCS)과 원산(venus clam from Wonsan; VCW) 지역에서 채취된 민들조개(Gomphina aequilatera)에서 genomic DNAs(gDNAs)를 분리 추출하였다. 증폭산물은 primer agarose 전기영동법에 의해서 생성되었고, EtBr에 의해서 염색된 이후에 자외선에 의해서 확인되었다. 150 bp에서 2,400 bp에 해당되는 shared loci, polymorphic 및 specific loci를 얻기 위해서 BION-21, BION-23, BION-25, BION-27, BION-29, BION-31 및 BION-33와 같은 7개의 primer를 사용하였다. 본 연구에서 7개의 primer는 VCS 민들조개 집단에서 147개의 polymorphic loci(147/954 loci, 15.41%)와 VCW 집단에서 274개의 polymorphic loci(274/996 loci, 27.51%)를 확인하였다. 이것은 VCS 민들조개 집단에서 보다 VCW 집단에서 더 높은 유전적 변이를 나타내고 있다는 것을 제시하고 있다. 특히 BION-21 primer에 의해서 나타난 700 bp는 민들조개 2개 집단에서 공통적으로 확인되었으며, 이러한 것은 집단이나 종을 확인할 수 있는 marker로서 활용이 가능할 것이다. 이러한 특이한 primer는 개체, 종 및 집단에서 서로 다른 DNA 다형성을 나타내며, 개체나 집단을 확인하는 데 유용하다는 것을 알 수 있다. 2개 민들조개 집단의 개체들을 비교해 보았을 때 SAMCHEOK no. 03와 WONSAN no. 22에서 가장 긴 유전적 거리(0.696)를 나타내었다. 3개의 genetic groupings and dendrogram을 포함한 complete linkage cluster analysis을 통해서 볼 때 지리적 거리가 있었지만 삼척과 원산 2 민들조개 집단의 개체 정체성과 다소 가까운 친척관계를 확인시켜 주었다. 분자적인 표지인자로부터 얻어진 종내 분류와 clustering analyses은 패각 크기, 패각 형태 및 패각 색깔과 같은 형태적인 형질을 기초한 재래적인 종 분류를 지원하고 있다. 따라서 위에서 언급된 바와 같이 RAPD 분석은 VCS 민들조개 집단이 VCW 집단과 어느 정도 차이가 있다는 것을 확인시켜 주었다.

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도입된 상업용 거저리(Zophobas atratus)의 분류 및 형태유사종 갈색거저리 (Tenebrio molitor)와 대왕거저리(Promethis valgipes)와의 DNA 바코드 특성 분석 (Taxonomy of introduced commercial insect, Zophobas atratus (Coleoptera: Tenebrionidae) and a comparison of DNA barcoding with similar tenebrionids, Promethis valgipes and Tenebrio molitor in Korea)

  • 박해철;정부희;한태만;이영보;김성현;김남정
    • 한국잠사곤충학회지
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    • 제51권2호
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    • pp.185-190
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    • 2013
  • 2011년부터 수입되어 사육 유통되는 슈퍼밀웜의 국내 샘플들은 형태 분류학적 검토를 통하여 Zophobas atratus란 종으로 밝혀졌고, Z. morio란 학명은 이 종의 동물이 명임이 확인되었다. 이 외래종은 자원 관리측면에서 국명을 '아메리카왕거저리'로 신칭하였다. 이 종과 형태적으로 유사한 자생종 P. valgipes 및 사육종 T. molitor와 DNA 바코드 분석 결과, Zophobas atratus와 P. valgipes는 평균 21.4%, Zophobas atratus와 Z. morio는 20.9%의 염기분화율을 보여 DNA 바코드로 쉽게 종 동정할 수 있음을 확인하였다. Z. atratus의 국내집단은 모두 동일 일배체형을 갖고 있어 국외의 동일 지역 개체군이 국내로 유입된 것으로 추정된 반면에 Z. molitor는 동일 사육집단 내에서도 두 개의 종내 집단이 뚜렷이 구분되고 서로의 염기 분화율이 1.17 ~ 2.19%로 갭을 형성한 것으로 보아 국내 Z. molitor 사육개체들은 서로 다른 지역 집단이 혼입되어 대량 사육에 이용되어진 것으로 추정된다. 이번 연구를 통하여 분석된 상업적으로 도입, 이용되는 2종의 거저리류의 분류학적 기초 정보가 국내 곤충자원 관리를 위하여 유용하게 이용될 것으로 판단된다.

한국산(韓國産) 피(Echinochloa crus-galli (L.) Beauv.) 수집종(蒐集種)의 잡초생태학적(雜草生態學的) 분류(分類)에 관(關한) 연구(硏究) - 제(第)III보(報) 수집종(蒐集種) 피의 제초제(除草劑) 반응(反應)에 대(對)한 종내변이(種內變異) (Weed-Ecological Classification of the Collected Barnyardgrass [Echinochloa crus-galli(L.) Beauv.] in Korea - III. Intra-specific variation of collected barnyardgrass species and accessions to herbicides response)

  • 임일빈;구자옥;이도진
    • 한국잡초학회지
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    • 제9권1호
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    • pp.16-27
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    • 1989
  • 1986년(年)에 전국적(全國的)으로 수집(蒐集)한 강피 6 수집종(蒐集種)과 피(돌피, 물피) 17수집종(蒐集種)을 곤시(供試)하여 pyrazolate, bifenox 및 quinclorac 에 대한 감수성(感受性)및 내성반응(耐性反應)을 검정(檢定)한 결과(結果)는 다음과 같다. 1. Pyrazolate에 의한 백화고사반응(白化枯死反應)은 강피종(種)보다 피종(種)이 감수적(感受的)이었으며, 피종(種) 중(中)에서도 구미, 이천(利川)-A, 이천(利川)- B, 부은(報恩)-B 및 광주(光州)-B 종(種)은 특(特)히 감수성(感受性)이 컸고, 격주(慶州), 안성(安城), 보은(報恩)-A, 정주(井州)-A 및 광주(光州)-A 종(種)은 강피보다 내성(耐)性이 컸다. 2. Bifenox에 의한 twisting 및 생장억제반응(生長抑制反應)은 강피 종(種이) 내성(耐性)이면서 종내변이(種內變異)가 작았던 반면(反面), 피종(種)은 감수성(感受性)이면서종내변이(種內變異)가 컸다. 피종중(種中)에서도 보은(報恩)- B, 안성(安城), 이천(利川)-A, 이천(利川)- B, 원주(原州) 및 광주(光州)-B 종(種)은 특(特)히 감수성(感受性)이었던 반면(反面)에, 진양(晋陽), 정주(井州)-A, 정주(井州)-B, 대전(大田), 구례(求禮) 및 광주(光州)-A종(種)은 강피와 비등(比等)한 내성(耐性)올 보였다. 3. Quinclorac에 의한 생장억제(生長柳制) 및 고사반응(枯死反應)은 강피종(種)이 감수성(感受性)이면서 종내변이(種內變異)가 작았던 반면(反面), 피종(種)은 내성(耐性)이면서도 종내변이(種內變異)가 컸다. 피종(種)가운데 보은(報恩)-A, 이리(裡里), 정주(井州)-A, 정주(井州)-B, 광주(光州)-A 및 광주(光州)-B는 강피와 비등(比等)한 감수성(感受性)이었으나, 김해(金海), 경주(慶州), 구미, 원주(原州), 이천(利川)-A. 이천(利川)-B 및 안성종(安城種)은 강(强)한 내성(耐性)을 보였다. 4. 강피종(種)은 pyrazolate와 bifenox에 내성(耐性)이면서 quinclorac 에는 감수성(感受性) 경향(傾向)이었고, 피종(種)은 이들 반응(反應)에 일양성(一樣性)이 없었다. 즉, 3 약제(藥劑) 모두에 내성(耐性)인 피종(種)은 구례(求禮), 김해(金海) 및 대전종(大田種)이었고. pyrazolate 및 bifenox 에 내성(耐性)이면서 quinclorac에 감수성(感受性) 종(種)은 이리, 정주(井州)-A, 정주(井州)-B, 광주(光州)-A종(種)이었으며. 이와 반대반응(反對反應)을 보인 것은 구미, 원주(原州), 이천(利川)-A, 이천(利川)-B, 보은(報恩)-B 및 광주(光州)-B종(種)이었다. 5. 피 수집종(蒐集種)에 대한 반응경향(反應傾向)으로 볼 때, pyrazolate와 bifenox는 서로 유사(類似) 경향(傾向)이었으나 quinclorac은 이들과 상치(相値)되는 반응경향(反應傾向)이었다.

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한국산(韓國産) 피(Echinochloa crus-galli(L.) Beauv.) 수집종(蒐集種)의 잡초생태학적(雜草生態學的) 분류(分類)에 관한 연구(硏究) - 제(第) I 보(報) 수집종(蒐集種) 피의 양적(量的) 및 질적형질(質的形質)의 변이(變異) (Weed-Ecological Classification of the Collected Barnyardgrass [Echinochloa crus-galli (L.) Beauv]) in Korea - I. Variation of quantitative and attributable characters in collected barnyardgrass [Echinochloa crus-galli (L.) Beauv.] accessions)

  • 임일빈;구자옥;이재와;조용섭
    • 한국잡초학회지
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    • 제8권3호
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    • pp.273-282
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    • 1988
  • 1986년(年)에 전국적(全國的)으로 수집(蒐集)한 피(Echinochloa crusgalli (L.) Beauv.)를 1987년(年)에 2회(回)에 걸쳐 증식(增殖) 및 선발(選拔)하였으며 선정(選定)된 피 17종(種)을 1980년(年)에 공시(供試)하였다. 시험(試驗)은 P.E. film house내(內)의 1/5000 a의 Wagner pot에 의하여 수행(遂行)되었으며, 피 수집종(蒐集種)에 대한 잡초(雜草)로서의 생태적(生態的) 특성(特性)을 파악(把握)할 목적(目的)으로 이루어진 결과(結果)는 다음과 같다. 수집종(蒐集種) 피의 양적(量的) 및 질적형질(質的形質) 차이(差異)를 보면 57종목(種目)의 조사형질(調査形質) 가운데서 종내변이(種內變異)가 컸던 형질(形質)은 종실(種實) 100 입중(粒重), 이식후(移植後) 30일(日)까지 분벽증가속도(分蘗增加速度) 및 분벽수(分蘗數) 및 파종후(播種後) 15일(日)부터 22일(日) 사이의 건물중증가속도(乾物重增加速度)는 변이계수(變異係數)가 30---- 이상(以上)이었으며, 제(第)1엽(葉)의 크기, 22일묘(日苗)의 생체중(生體重)과 건물중(乾物重), 유효경(有效莖) 비율(比率), 주당수수(株當穗數) 및 분벽개각도(分蘗開角度)는 25---- 내외(內外)였다. 반면(反面)에 종내변이(種內變異)가 극(極)히 작았던 형질(形質)은 파종(播種)이 늦었을 때 (6월(月) 6일(日))의 출수소요일수(出穗所要日數), 22일묘(日苗)의 건물중(乾物重) 생체중비(生體重比) 및 초장(草長)으로서 변이계수(變異係數)가 5---- 내외(內外)였다. 질적형질(質的形質)로서도 엽(葉), 엽초(葉鞘), 중조(中助), 절(節), 수(穗) 및 종실(種實)의 색깔과 입상(立狀), 엽록(葉綠)의 거치장단(鋸齒長短), 종보형상(種寶形狀), 엽면(葉面)의 자색(紫色)띠 유무(有無)는 종(種) 특성(特性) 판별(判別)에 유용(有用)할 것으로 판단(判斷)되었다.

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