• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제50권4호
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• pp.221-226
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• 2007

The high molecular-weight mucilage extracted and purified from cactus fruit of Opuntia ficus-indica var. Saboten was degraded by the cell-free culture filtrate of a fungus isolated from soil. TLC analysis of the polymeric mucilage after incubation with the fungal culture filtrate confirmed its degradation. When the degradation products were tested for their qualitative reactions with ninhydrin and phenol-sulfuric acid, only phenol-sulfuric acid gave positive development, and ninhydrin did not show any observable color reaction. This coloring reaction suggested the presence of a carbohydrate without an amino group within the mucilage. Analyses by HPLC and liquid gel permeation chromatography on sephadex G-100 also provided additional information on degradation of the mucilage by the fungal culture filtrate. The sequences of ITS-5.8S rDNA from the fungal isolate that was cultivated for the preparation of mucilage-degrading enzyme showed 99% similarity to those of Pestalotiopsis aquatica.

• 한국균학회지
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• 제44권4호
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• pp.346-349
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• 2016

During a survey of fungal diversity of the order Mortierellales, a zygomycete strain, EML-YS717-1, was isolated from a freshwater sample collected from the Yeongsan River in Gwangju, Korea. Based on its morphological characteristics and a phylogenetic analysis of the internal transcribed spacer (ITS1 and ITS2) and 5.8S rDNA sequences, the strain was identified as Mortierella minutissima. To the best of our knowledge, M. minutissima, has not previously been authentically reported in Korea.

• 한국균학회지
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• 제49권2호
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• pp.175-181
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• 2021

A fungal strain was isolated from a soil sample collected in Korea and designated as YW23-8. Based on a sequence analysis of the internal transcribed spacer (ITS) regions, the isolate was assigned to the genus Sarcopodium. Moreover, a phylogenetic analysis based on the concatenated nucleotide sequences of the ITS regions and the large subunit of the nuclear ribosomal RNA (LSU) gene showed that the strain YW23-8 occupies a distinct phylogenetic position within Sarcopodium. The isolate had significant differences from its closest neighbors, S. circinosetiferum, S. circinatum, S. macalpinei, and S. vanillae. Morphological features such as different conidial structures, the absence of septation in conidia, and the presence of milky white watery droplets along with the results of the phylogenetic analysis clearly distinguish YW23-8 from the closest Sarcopodium species. We therefore conclude that strain YW23-8 represents a novel species of the genus Sarcopodium for which we propose the name Sarcopodium terrigenum.

• 식물분류학회지
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• 제35권4호
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• pp.273-285
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• 2005

국내에 분포하는 대표적 침입외래식물인 돼지풀과 단풍잎돼지풀이 나타내는 유전적 변이양상을 파악하기 위해 국내집단을 중심으로 돼지풀 157개체와 단풍잎돼지풀 46개체로부터 핵 rDNA의 ITS(Internal Transcribed Spacer)지역 염기서열을 분석하였다. 그 결과 돼지풀에서는 총 18개의 ITS 유형이, 단풍잎돼지풀에서는 4개의 유형이 각각 검출되었다. 돼지풀의 경우 각각의 ITS 유형간에는 1bp에서 7bp까지 차이가 나는 것으로 확인되었으며, 단풍잎돼지풀의 경우 각 유형 간에 1bp에서 2bp의 차이가 발견되었다. 돼지풀의 국내집단에서 18개에 이르는 다양한 ITS 유형이 검출되었다는 사실은 이 종이 우리나라에 여러 차례 반복해서 유입했기 때문인 것으로 풀이된다. 한편 일부 ITS 유형은 유전적 재조합에 의해 형성되었을 가능성이 있으며, 각각 한 개체에서만 발견된 12개의 소수 유형들은 점돌연변이 또는 그에 뒤이은 유전적 재조합에 의해 국내에서 독자적으로 기원했을 것으로 추정된다. 본 연구를 통해 침입과정에서 나타나는 돼지풀의 진화적 변화를 이해하는데 필요한 유용한 유전적 기초정보가 확보되었다.

• 대한본초학회지
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• 제24권3호
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• pp.59-68
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• 2009

Objectives : Bupleuri Radix (Siho) is prescribed as the root of different Bupleurum species on the pharmarcopoeia in Korea and China. Moreover, other species and varieties of the genus Bupleurum have been also distributed on the herbal market as Bupleuri Radix. However, due to the morphological similarity and frequent occurrence of intermediate forms, the correct identification of this radix is very difficult. To develop a reliable method for correct identification and improving the quality standards of official Bupleuri Radix, we analyzed sequences of the ribosomal RNA gene and internal transcribed spacer (rDNA-ITS) region. Methods : PCR amplification of rDNA-ITS region was performed using ITS1 and ITS4 primer from 6 Bupleurum species and 1 variety, B. falcatum L. (Siho), an improved breed of B. falcatum L. (Samdo-Siho), B. chinense DC. (Buk-Siho), B. scorzonerifolium Willd. (Nam-Siho), B. longiadiatum Turcz. (Gae-Siho), B. euphorbiodes Nakai (Deungdae-Siho) and B. latissimum Nakai (Seom-Siho), and nucleotide sequence was determined after sub-cloning into the pGEM-Teasy vector. Authentic marker nucleotides were estimated by the analysis of ClastalW using entire rDNA-ITS sequence of three samples per species. Results : In comparative analysis of the rDNA-ITS sequences, we found specific nucleotides to distinguish Korean (B. falcatum L. and its variety) and Chinese official species (B. chinense DC. and B. scorzonerifolium Willd.) from others at positions 411 and 447, and positions 89, 101, 415 and 599, respectively. Futhermore, we also found nucleotide indels (insertion and/or deletion) and substitutions to identify each of different Bupleurum species, 2 positions for B. falcatum L. and its variety, 6 positions for B. chinense DC., 49 positions for B. scorzonerifolium Willd., 8 positions for B. euphorbioides Nakai, 7 positions for B. longiradiatum Nakai and 9 positions for B. latissimum Nakai. These sequence differences at corresponding positions are avaliable nucleotide markers to determine the botanical origins of Bupleuri Radix. Moreover, we confirmed the phylogenetic relationship of B. latissimum Nakai, a Korean endemic speices, among Bupleurum species based on the rDNA-ITS sequence. Conclusions : These marker nucleotides would be useful to identify the official herbal medicines by the providing of definitive information that can identify each plant species and distinguish it from unauthentic adulterant Bupleurum species.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제5권4호
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• pp.194-199
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• 1995

A portion (7.4 kb) of ribosomal DNA tandem repeat unit from a genome of the mushroom T. matsutake has been cloned. A 1.75 kb EcoRI fragment was cloned first using S. cerevisiae 255 rRNA gene as a probe, and this was then used for further cloning. A chromosomal walking experiment was carried out and the upstream region of the 1.75 kb fragment was cloned using SmaI/BamHI enzyme, the size was estimated to be 5.2 kb in length. Part of the downstream region of the 1.75 kb fragment was also cloned using XbaI/BamHI enzymes. Restriction enzyme maps of three cloned DNA fragments were constructed. Northern hybridization, using total RNA of T. matsutake, and the restriction fragments of three cloned DNAs as probes, revealed that all four ribosomal RNA genes (large subunit[LSU], small subunit [SSU], 5.85 and 5S rRNA genes) are present in the cloned region. The gene organization of the rDNA are regarded as an intergenic spacer [IGS]2 (partial) - SSU rRNA - internal transcribed spacer [ITS]1 - 5.8S rRNA - ITS2 - LSU rRNA - IGS1 -5S rRNA - IG52 (partial).

• 생명과학회지
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• 제19권8호
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• pp.1003-1008
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• 2009

전복속에 속하는 종은 아시아를 포함한 세계에 광범위하게 서식한다. 전복속 종은 한국과 중국에서는 식용뿐만 아니라 약용으로도 이용된다. 한국내 전복속(genus Haliotis)에 속하는 분류군에 대해 ITS에 의한 계통관계를 조사하였다. 전복속 전체 종에서 5.8S exon은 160 핵산서열로 일정하였다. ITS1은 종에 따라 다양하였는데, 오분자기(H. diversicolor aquatilis)에서 272 핵산서열인 반면, 시볼트전복은 294 핵산서열이었다. ITS2 핵산서열 역시 종에 따라 다양하였다. 전체 서열은 오분자기는 722 핵산서열인 반면, 시볼트전복은 752 핵산서열이었다. ITS 전체 서열은 763 핵산서열에서 78개는 절약법에 정보적이었고, 57개는 변이로 비정보적이였고, 459는 일정하였다. 오분자기는 다른 전복속 종과 다른 분지를 나타내었다. ITS 서열로 한국내 분류군과 유럽종간 구분이 잘 되었다. ITS 서열로 종 동정에 이용할 수 있었으며, 종의 보전이나 생식질 보전에 기초로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국자원식물학회지
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• 제24권4호
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• pp.358-369
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• 2011

괭이눈속 식물에 대한 계통 유연관계를 알아보기 위하여 핵 rDNA의 internal transcribed spacer(ITS) 지역에 대한 염기서열을 분석하였다. 5.8s를 포함한 ITS 염기서열은 647-653 bp로 그중 219개의 염기에서 유전적 다양성을 나타내었다. 정렬된 염기서열은 bootstrap을 포함한 parsimony 방법과 neighbor-joining 방법을 통하여 계통수를 평가하였다. 그 결과 C. pseudofauriei(선괭이눈)이 군내군의 가장 기부에 분계조를 형성하였고, Ser. Pilosa and Ser. Oppositifolia와 Ser. Alternifolia and Ser. Flagellifera가 높은 bootstrap 값으로 두 개의 분계조를 각각 형성하였다. Neighbor-joining 분석의 결과도 일치하였다. 본 연구결과 핵 rDNA의 ITS 염기서열 분석은 괭이눈속의 계통학적 연구에 유용한 마커로 확인되었으며, 최종적으로 ITS 염기서열과 종자 형태형질을 바탕으로 C. sphaerospermum Maxim. and C. valdepilosum (Ohwi) S.H. Kang & J.W. Han에 대한 분류학적 검토를 하였다.

• Journal of Life Science
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• 제11권2호
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• pp.126-134
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• 2001

The phylogenetic tree displayed the presence of five groups in the Phellinus genus, which were distinguished based on their morphology. Most of the p. linteus appeared a cluster which was highly significant with the exception of P. linteus KACC 500122 and KACC 500411. They formed the sister taxa of P 1inteus where P. baumii, Phellinus sp. MPNU 7003, MPNU 7007, and MPNU 7010 had similar morphological characteristics. Also, P. nigricans IMSNU 32024 and P. pini var, carniformans IMSNU 32031 were grouped in the same cluster with P. igniarius KCTC 6227, KCTC 6228, and P. chrysoloma KCTC 6225 extracted from the Gen-Bank database. P. torulosus IMSNU 32028 and Phellinus sp. MPNU 7011 formed a closed group, however, these species had a distant taxa when compared with the other Phellinus species. The nucleotide sequences of the internal transcribed spacer (ITS) regions of ribosomal DNA (rDNA) including the 5.85 rDNA were determined from 24 strains of the Phellinus genus in order to analyze their phylogenetic relationship. These fungi were divided into two basic groups based on their ITS length, however, this grouping was different from that based on their morphological characteristics. Although various ITS sequences were ambiguously aligned, conserved sites were also identified. Accordingly, a neighbor-joining tree was constructed using the nucleotide sequence data of the conserved sites of the ITS regions and the 5.8S rDNA.

• 식물분류학회지
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• 제52권2호
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• pp.85-96
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• 2022

홍도고들빼기는 이전 연구에서 형태적 특성과 지리적 분포를 바탕으로 이고들빼기와 갯고들빼기의 잡종인 Crepidiastrum ×muratagenii로 제안된 바 있지만, 이에 대한 분자적 증거를 제시하지 못하였다. 본 연구는 홍도고들빼기의 잡종 기원을 밝히기 위하여 홍도고들빼기와 그 근연종의 추가적인 형태적 형질을 관찰하였으며, 핵리보솜 internal transcribed spacer (ITS) 구간과 엽록체 구간(trnT-L, trnL-F, rpl16 intron, rps16 intron)의 염기서열을 비교·분석하였다. 형태적 특성을 검토한 결과, 잡종형은 생육형, 줄기잎, 외총포편, 수과의 특성을 바탕으로 세 가지 유형으로 구분되었다. 분자 분석 결과, Type 1형과 Type 2형은 ITS 구간의 종식 별부위에서 혼성화가 관찰되었으며, 엽록체 구간에서는 Type 1형은 이고들빼기, Type 2형은 갯고들빼기 서열이 각각 관찰되었다. Type 3형은 ITS와 엽록체 구간 모두 이고들빼기와 동일한 서열을 보였다. Type 1형과 Type 2형은 이고들빼기와 갯고들빼기의 형태가 혼합되어 나타날 뿐 아니라, 분자 분석에서도 절영풀이 아닌, 갯고들빼기와 이고들빼기의 종식별부위에서 혼성화가 관찰되어 이고들빼기와 갯고들빼기의 잡종임을 지지하였다. 그러나 Type 3형은 형태적 형질이 다른 잡종형과 유사하나 외총포편이 이고들빼기와 유사한 점에서 구분되며, 분자 분석에서도 이고들빼기 서열과 동일하여, 이고들빼기의 생태변이로 판단되었다.