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계절별 온도에 따른 느타리 품종의 재배적 특성 (Culture characteristics of Pleurotus commercial strains at different temperature)

  • 유영복;서경인;공원식;장갑열;신평균;박윤정
    • 한국버섯학회지
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    • 제7권3호
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    • pp.122-129
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    • 2009
  • 최근까지 보급된 느타리버섯류 81개 품종을 URP를 이용하여 PCR에 의한 DNA 패턴으로 유연관계 분석과 자실체 특성조사로 품종간의 유사성을 결정하였고, 계절별로 상자재배 하여 온도 적응성에 대한 그 특성을 분석하였다. 재배품종의 DNA 패턴과 자실체 특성분석으로 품종의 유연관계를 조사한 결과 원형느타리는 1, 수한은 15, 왕흑평은 4, 춘추2호는 6, 신농11호는 1, 삼구01호는 2품종과 유사하거나 구별성이 뚜렷하지 않았다. 또한 수한 근연종으로는 5품종으로 나타났다. 느타리는 버섯 생육 시 산소공급을 위하여 환기가 필수적이므로 재배사내에서 외부기온의 영향을 크게 받는다. 따라서 계절에 따라 알맞은 품종을 선택하여야 에너지 절감과 생산량을 높일 수 있다. 봄~여름 재배 시 높은 온도($16^{\circ}C$ 이상)에 적응성이 강한 품종(내서성이 강함) 으로는 사철느타리종, 여름느타리종, 분홍느타리종의 8개 품종들이 속하였다. 봄~여름 재배 시 높은 온도에 적응성이 다소 강한 품종(내서성이 다소 강함)으로는 느타리종 51개 품종으로 나타났다. 가을~겨울 재배 시 낮은 온도($11^{\circ}C$ 이하)에 적응성이 다소 강한 품종으로는 느타리종 64품종으로 나타났다. 사계절 재배 시 적응성이 다소 강한 품종으로는 49개 품종으로 나타났다. 큰느타리, 아위느타리, 전복느타리종은 균사생장이 느려 오염이 심하여 상자 재배에서는 적합하지 않았다. 이러한 품종 특성 구명은 품종의 계절별 올바른 선택으로 에너지 절감과 생산성 향상에 의한 농가소득에 기여할 것이며, 나아가 농가와 종균배양소간의 분쟁해소, 품종육성자의 본인 개발 품종에 대한 상대적 위치, 육종모본 선택, 농가지도 사업에 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

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배 품종 및 유전자원에 대한 Microsatellite DNA 프로파일 데이터베이스 구축 (Construction of a Microsatellite DNA Profile Database for Pear Cultivars and Germplasm)

  • 홍지화;심은조;권용삼
    • 원예과학기술지
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    • 제35권1호
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    • pp.98-107
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    • 2017
  • 국내외에서 육성된 배 품종 및 유전자원에 대한 DNA 프로파일 데이터 베이스를 구축하여 유전적 연관성을 조사하고자 수행하였다. 배 동양 및 서양배 8품종을 387개의 microsatellite 마커를 이용하여 대립유전자의 패턴이 우수하면서 다형성 정도가 높은 11개를 선발하였다. 이들 마커와 배 품종 및 유전자원 72점에 대해 분석한 결과, 133개의 대립유전자가 검출되었으며, 분자 마커에 따라 4 ‚ 22개까지 다양한 대립유전자의 분포 양상을 나타냈다. PIC 값은 0.557 - 0.879 사이에 분포하였으며 평균 0.743으로 높게 나타났다. Microsatellite 마커에 의해 나타난 대립유전자를 근거로 계통도를 작성하였을 때 72품종 및 유전자원의 유전적 유사도는 0.02 ‚ 1.00까지 넓은 범위에 속하였고, 배나무의 식물분류학적 특성 및 품종 육성 계보에 따라 4개 대그룹으로 크게 나누어졌다. 대부분의 품종이 11개의 microsatellite 마커의 유전자형에 따라 식별이 가능하였다. 본 연구에서 microsatellite 마커에 기반한 배 품종 및 유전자원의 데이터베이스는 품종보호 출원품종의 구별성, 균일성, 안정성을 재확인하는데 매우 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

한국산 청개구리속 2조의 종분화에 관한 연구 (Speciation of the Two Species of the Genus Hyla (Anura) in Korea)

  • 양서영;박병상
    • 한국동물학회지
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    • 제31권1호
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    • pp.11-20
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    • 1988
  • 한국산 청개구리속 2종의 종분화를 구명하기 위하여 이들의 분포, 번식시기를 조사하고 7개 집단을 대상으로 형태 및 유전적 변이를 비교하여 다음의 결과를 얻었다. Hyla japonica의 번식 시기는 4월 초에 시작되어 5월 초에 그 절정에 달하는 반면 H.suweonensis는 5월 하순에 mating call정취되고 번식 시기는 6월 중순에 절정에 달하여 이들사이에는 약 45일간의 차이가 있다. H.japonica는 남한의 전역에 넓게 분포하는 반면 H.suweonensis는 경기도 일원의 평야 지대에 국한되어 분포하였다. 7개 형질을 이용하여 discriminant function analysis를 실시한 결과 두 종을 뚜렷이 구별할 수 있었다. 유전적 변이정도를 비교한 결과 H.japonica는 H.suweonensis에 비하여 약 2배 정도 변이가 컸다. H.japonica의 집단 간 평균 유전적 근연치는 S=0.893인 데 반하여 H.suweonensis의 집단간 평균 유전적 근연치는 S=0.964로 집단간의 차이가 매우 적었다. 반면 두 종의 평균 유전적 근연치는 S=0.520으로 이 값은 일반적으로 양서류의 종 간 근연치와 일치하였다. 번식시기, 분포, 종내 집단간 유전적 차이, 분화년대 및 분포경로 등을 종합검토한 결과 H.japonica에서 H.suweonensis가 분화되었다고 추정되며 분화시기는 플라이오세 말기에서 플라이스토세 초기 사이로 추측되었다.

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Bovine mastitis-associated Escherichia coli

  • Hong Qui Le;Se Kye Kim;Jang Won Yoon
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제39권3호
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    • pp.181-190
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    • 2024
  • 소 유방염 관련 대장균(BMEC)은 생산되는 우유의 양과 품질을 변화시키고 도태율을 높임으로써 전 세계 낙농 산업에 심각한 재정적 손실을 초래할 수 있는 주요 원인 물질로 간주된다. 연구자, 수의사, 농부가 가장 효과적인 치료법과 진단 기술을 이해하고 결정하는 것은 젖소 유방염을 극복하는데 중요하다. 특히 무증상 혹은 준임상형 유방염의 경우, 소는 뚜렷한 증상을 보이지 않고, 장기간에 걸쳐 겉보기에 정상적인 우유를 계속 분비하여 원인 병원체인 대장균이 무리 내에서 감염을 퍼뜨릴 수 있다. 유방염 예방을 위해서는, 병원균의 유방 내 침입, 감염 확립, 유방의 염증의 3단계 병인 과정에 대한 이해가 필수적이다. 지금까지 대장균 유방염의 임상적 중증도에 기여하는 독성 인자와 병원성 사이에 명확한 상관관계가 발견되지 않았다. 다제내성 대장균과 새로운 내성 기전의 진화는 유방염 치료에 항생제를 광범위하게 사용하고 있기 때문에 문제시 되고 있는 실정이다. 따라서 BMEC 치료의 효능을 향상시키기 위해서는 대체제 발굴이 중요하다. 지난 30년 동안 소 유방염의 역학 조사를 위해 다양한 유전자형 분석 기술이 사용되었다. 이러한 연구는 BMEC 계통 간의 진화 관련성 뿐 아니라 기원, 전염 경로, 개체군 구조에 대한 이해를 크게 향상시켰다. 따라서 본 리뷰에서는 BMEC의 전반적 개요를 제공하여 병인, 유전적 관계, 발병 기전, 관리 및 질병 통제를 위한 새로운 치료 옵션에 대한 통찰력을 제공하고자 한다.

경기도 식중독에서 분리된 Clostridium perfringens의 유전적 특성 분석 (Genetic diversity of Clostridium perfringens form food-poisoning outbreak in Gyeonggi-do, 2013-2014)

  • 박성희;최옥경;정진아;김운호;이예은;박광희;윤미혜
    • 미생물학회지
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    • 제52권3호
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    • pp.286-297
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    • 2016
  • 질병관리본부에서 2012년 이후 수인성식품매개질환 실험실 진단실무지침에 cpb2 유전자를 포함시킨 후, 2013-2014년 경기도의 C. perfringens에 의한 식중독이 원인불명을 제외하고 가장 많이 발생되었으며, 그 발생률이 2011-2012년에 비해 큰 폭으로 증가하였다. 따라서 경기도내 유행하는 toxinotype을 파악하고, PFGE, MLST를 통해 이들의 분자역학적 연관성을 연구함으로서 C. perfringens에 의한 식중독 발생 시 역학조사 기초자료로 활용하고자 하였다. 2013-2014년 경기도에서 분리된 120주의 C. perfringens 중 cpe 보유균주는 49주, cpb2 보유균주는 71주였다. 발생건별로 살펴보면, cpe 단독발생건은 2건(10주), cpb2 단독발생건은 7건(45주), cpe, cpb2 혼합발생건은 7건(65주)로 cpb2 단독발생과 cpe, cpb2 혼합발생이 대부분을 차지하였다. Toxinotype PCR 결과, 120주 모두 C. perfringens에 의한 식중독의 주요 타입인 A로 밝혀졌다. PFGE 분석 결과, 53.5-100%의 유사도와 75 유형으로 나뉘었다. 65% 이상을 기준으로 했을 때 5가지 그룹으로 나뉘어졌다. A, C, D, E 그룹은 1개의 균주를 제외하고 모두 cpb2 보유균주로 이루어졌고, B 그룹은 1개의 균주를 제외하고 모두 cpe 보유균주로 구성되었다. 2014년 안산상록구 식중독 4주와 2014년 수원 권선구 식중독 3주를 제외하고, 64 cpb2 보유균주들은 대부분 다양한 유전자패턴을 보였다. 41 cpe 보유균주 중 3개의 균주를 제외하고, 2013년 부천원미구, 성남분당구, 2014년 안산상록구, 평택, 김포, 화성 식중독 모두 각각 동일한 유전자 패턴을 보였다. 2013 수원영통구 식중독은 2가지 cpe 유전형 패턴을 보였다. MLST 분석 결과, 크게 P-cpe 및 cpb2 그룹과 C-cpe 그룹으로 나뉘어 졌고, 세세하게 11개의 cluster로 나뉘어졌다. 경기도에서 분리된 31개 균주 중, 16 cpb2 보유균주와 2014-06-03 cpe 보유균주는 1-7 cluster에 속해있었고, 14 cpe 보유균주는 모두 8-11 cluster에 속해있었다. 하나의 cpe 보유균주를 포함하여 cpb2 보유균주들은 P-cpe 그룹과 건강한 사람에서 분리된 cpb2 그룹들 사이에 산재되어 cluster되었고, cpe 보유균주는 C-cpe 그룹에 속해있었다. 2014-06-03주의 cpe gene은 plasmid에 존재하고, 나머지 cpe 보유균주의 cpe gene은 모두 chromosome에 존재함을 추정 할 수 있었다. PFGE 및 MLST 분석 결과, cpe 보유균주에 비해 cpb2 보유균주가 훨씬 다양하고 복잡한 유전자패턴을 나타내며, cpe 유전자 보유균주의 경우 단일 유전자형이거나 유사도가 높은 유전자형으로 이루어져 있음을 알 수 있었다. cpe 보유균주의 경우 집단식중독의 원인균 파악이 용이하였으나, cpb2 보유균주의 경우 2 발생건을 제외하고 역학적인 연관성이 낮음을 확인 할 수 있었다.

하기도 감염 환아에서 분리된 Adenovirus 1, 2, 5 혈청형의 유전체형 분석 (Genome Type Analysis of Adenovirus Serotypes 1, 2 and 5 Isolated from Children with Lower Respiratory Tract Infections in Korea)

  • 박기원;최은화;정지태;이환종;박기호
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제12권2호
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    • pp.166-177
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    • 2005
  • 목 적 : DNA 제한 효소 분석법을 이용한 아데노바이러스의 유전체형 분석 방법은 많은 연구자들이 서로 다른 종류의 제한 효소와 명명법을 사용하여 분류함으로써, 아직까지 체계적인 분류 체계가 정립되어 있지 않다. 본 연구는 Li와 Wadell이 제안한 제한 효소 분석법과 명명법을 이용하여 국내에서 최근 14년 동안 분리된 아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형에 대한 유전체형을 분류하고, 그 분자 역학과 유전체형 상호 간의 연관성을 밝히고자 시행하였다. 방 법 : 1990년 11월부터 2003년 2월까지 하기도 감염으로 서울대학교병원 소아과에 입원하였거나, 인접 지역의 종합병원 소아과에 입원한 소아들로부터 채취한 비인두 흡인물을 검체로 하여 HEp-2 세포주에서 배양 후 간접면역형광검사로 확인하고, 분리된 아데노바이러스를 항혈청 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 11에 대한 세포독성 효과를 관찰함으로 혈청형을 결정하였다. 혈철형 1, 2, 5형을 대상으로 DNA를 추출하고 12가지 제한 효소 BamHI, BcI, BglI, BglII, BstEII, EcoRI, HindIII, HpaI, SalI, SmaI, XbaI, XhoI로 절단한 후 전기영동 시키고 나타나는 분절 형태를 각 혈청형의 표준주와 비교하여 분석하였다. 유전체형간의 상관성을 비교하기 위하여 PCRF 분석을 시행하였다. 결 과 : 아데노바이러스 분리주 382주를 대상으로 혈청형을 확인한 결과, 1형 33(9%), 2형 45(12%), 3형 107(28%), 4형 16(4%), 5형 24(6%), 6형 8(2%), 7형 116(30%), 11형 9(2%), 그 외의 형들이 24(6%)주로 각각 나타났다. 변이 유전체형은 혈청형 1형 18종류, 2형 25종류, 5형 10종류가 분류되었으며 Ad1p1-Ad1p7, Ad1a, Ad1b, Ad1b1-Ad1b3, Ad1c, Ad1d, Ad1e, Ad1e1, Ad1e2, Ad1f; Ad2p1-Ad2p11, Ad2a, Ad2a1-Ad2a6, Ad2b, Ad2c, Ad2d, Ad2e, Ad2e1-Ad2e3; Ad5p1, Ad5p2, Ad5a, Ad5a1-Ad5a7로 명명되었다. 본 연구에서는 표준주나 이전에 보고 된 유전체형과 일치하는 유전체형은 분리되지 않았다. 대부분의 유전체형은 전 연구기간 동안 1~2주만 분리되었고 일부 유전체형들은 산발적으로 2회 이상 반복 분리되었다. 유전체형 Ad1p5나 Ad5a1와 같이 유행성으로 분포하는 유전체형도 관찰되었다. 혈청형 1형 유전체형 간의 PCRF는 79~99%로 Genomic cluster 1과 2로 구분되었고, 2형과 5형은 각각 82~99%와 84~99%로 모두 80% 이상이었다. 결 론 : 본 연구를 통하여 국내에서 분리된 아데노바이러스 혈청형 1, 2, 5형의 다양한 유전체형을 체계적으로 분석할 수 있었다. 혈청형 1, 2, 5형이 주로 산발성 감염을 일으키는 것으로 알려져 왔으나, 유전체형에 따라 역학적 특징이 다르게 나타날 수 있으며, 이는 DNA의 변형에 의한 유전체형의 변화가 바이러스의 감염력과 생존력에 변화를 일으켰을 가능성을 시사한다. 본 연구 결과는 혈청형 1, 2, 5형의 비교 자료로 활용될 수 있을 뿐만 아니라, 변이 유전체형들에 대한 정보를 제공함으로써 백신 개발을 위한 기초 자료로 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

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ITS 부위의PCR-RFLP 및 STS 마커를 이용한 차가버섯의 종 및 계통간 유연관계 분석 (Identification and Phylogenetic Relationships of Inonotus obliquus Strains by PCR-RFLP of ITS sequences and STS markers)

  • 신평균;공원식;유영복;이금희;오세종;최만수
    • 한국버섯학회지
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    • 제7권4호
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    • pp.150-155
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    • 2009
  • 최근들어 수입량이 급증되고 있는 차가버섯의 분류체계를 확립하고, 이들 종 및 계통간의 유연관계 확립과 품종 구분을 위해 계통학적 정보를 지닌 ITS 영역의 염기서열, PCR-RFLP 및 STS 프라이머를 사용하여 종 특이적인 마커를 개발하였다. 시베리아 캄차카 반도에서 수집된 74008 균주의 염기서열을 이용하여 Inonotus spp.의 유연관계를 분석한 결과 2개의 그룹으로 나뉘어 졌고, I. obliquus DSM 856P균주와 약 98%의 가장 높은 유사성을 나타내어 차가버섯임이 확인되었다. 또한 ITS 증폭산물을 제한효소로 처리하여 밴드 패턴을 비교하였을 때 종 및 계통에 따라 밴드가 다르게 나타났으며, STS primer를 이용하여 증폭산물을 비교하였을 때 종간에는 밴드패턴이 다르나 계통내에서는 동일한 밴드패턴을 보였다. 따라서 차가버섯의 품종 구분을 위해서는 STS 마커와 PCR-RFLP를 동시에 사용함으로서 품종 구분이 좀 더 명확하리라 사료된다.

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Whole-genome association and genome partitioning revealed variants and explained heritability for total number of teats in a Yorkshire pig population

  • Uzzaman, Md. Rasel;Park, Jong-Eun;Lee, Kyung-Tai;Cho, Eun-Seok;Choi, Bong-Hwan;Kim, Tae-Hun
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제31권4호
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    • pp.473-479
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    • 2018
  • Objective: The study was designed to perform a genome-wide association (GWA) and partitioning of genome using Illumina's PorcineSNP60 Beadchip in order to identify variants and determine the explained heritability for the total number of teats in Yorkshire pig. Methods: After screening with the following criteria: minor allele frequency, $MAF{\leq}0.01$; Hardy-Weinberg equilibrium, $HWE{\leq}0.000001$, a pair-wise genomic relationship matrix was produced using 42,953 single nucleotide polymorphisms (SNPs). A genome-wide mixed linear model-based association analysis (MLMA) was conducted. And for estimating the explained heritability with genome- or chromosome-wide SNPs the genetic relatedness estimation through maximum likelihood approach was used in our study. Results: The MLMA analysis and false discovery rate p-values identified three significant SNPs on two different chromosomes (rs81476910 and rs81405825 on SSC8; rs81332615 on SSC13) for total number of teats. Besides, we estimated that 30% of variance could be explained by all of the common SNPs on the autosomal chromosomes for the trait. The maximum amount of heritability obtained by partitioning the genome were $0.22{\pm}0.05$, $0.16{\pm}0.05$, $0.10{\pm}0.03$ and $0.08{\pm}0.03$ on SSC7, SSC13, SSC1, and SSC8, respectively. Of them, SSC7 explained the amount of estimated heritability along with a SNP (rs80805264) identified by genome-wide association studies at the empirical p value significance level of 2.35E-05 in our study. Interestingly, rs80805264 was found in a nearby quantitative trait loci (QTL) on SSC7 for the teat number trait as identified in a recent study. Moreover, all other significant SNPs were found within and/or close to some QTLs related to ovary weight, total number of born alive and age at puberty in pigs. Conclusion: The SNPs we identified unquestionably represent some of the important QTL regions as well as genes of interest in the genome for various physiological functions responsible for reproduction in pigs.

서울지역 소아에서 분리된 Nontyphoid Salmonella의 항생제 내성과 Integron의 특징 (Characterization of Antimicrobial Resistance Patterns and Integrons of Nontyphoid Salmonella Isolates from Infants in Seoul)

  • 진영희;김진아;정지헌;전수진;이재규;오영희;한기영;이영기
    • 미생물학회지
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    • 제46권4호
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    • pp.326-333
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    • 2010
  • 2003년부터 2009년까지 서울지역 소아에서 분리된 nontyphoid Salmonella 105주에 대해서 혈청형, 항생제 내성양상, integron의 특징과 PFGE를 수행하였다. 혈청형은 총 18종으로 S.Enteritidis가 가장 많이 분리되었고, 그 다음은 Montevide였다. 항균제 내성은 혈청형별로 차이가 있었으나 전체 살모넬라에 대해서 10종의 항균제에 대한 내성률은 ampicillin이 60%로 가장 높았으며, tetracycline 46.7%, streptomycin 35.2%, nalidixic acid 28.6% 순이었다. 다재내성 유형을 알아본 결과 nalidixic acid 단독 내성이 15.7%로 가장 많았고, ampicillinampicillin/sulbactam-tetracycline형이 14.5%, ampicillin-streptomycin-chloramphenicol-tetracycline형이 10.8%였다. Integron에 대한 연구 결과 integron 보유율은 19%로 20주에서 class 1 integron을 가지고 있었고 gene cassette는 20%만 확인이 되었다. 확인된 gene cassette는 aadA2, blaP1과 dfrA12-aadA2, dfr17-aadA5, aadA7이였다. 연도별 분리균의 유연관계를 확인 하고자 가장 분리율이 높은 S. Enteritidis 50주에 대해서 PFGE를 수행한 결과 3가지 Pulsotype으로 나눠어졌다. 3주를 제외한 모든 균주는 similarity 89.8%의 비교적 유연관계가 높은 균임을 확인할 수 있었다.

Colistin resistance and plasmid-mediated mcr genes in Escherichia coli and Salmonella isolated from pigs, pig carcass and pork in Thailand, Lao PDR and Cambodia border provinces

  • Pungpian, Chanika;Lee, Scarlett;Trongjit, Suthathip;Sinwat, Nuananong;Angkititrakul, Sunpetch;Prathan, Rangsiya;Srisanga, Songsak;Chuanchuen, Rungtip
    • Journal of Veterinary Science
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    • 제22권5호
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    • pp.68.1-68.15
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    • 2021
  • Background: Colistin and carbapenem-resistant bacteria have emerged and become a serious public health concern, but their epidemiological data is still limited. Objectives: This study examined colistin and carbapenem resistance in Escherichia coli and Salmonella from pigs, pig carcasses, and pork in Thailand, Lao PDR, and Cambodia border provinces. Methods: The phenotypic and genotypic resistance to colistin and meropenem was determined in E. coli and Salmonella obtained from pigs, pig carcasses, and pork (n = 1,619). A conjugative experiment was performed in all isolates carrying the mcr gene (s) (n = 68). The plasmid replicon type was determined in the isolates carrying a conjugative plasmid with mcr by PCR-based replicon typing (n = 7). The genetic relatedness of mcr-positive Salmonella (n = 11) was investigated by multi-locus sequence typing. Results: Colistin resistance was more common in E. coli (8%) than Salmonella (1%). The highest resistance rate was found in E. coli (17.8%) and Salmonella (1.7%) from Cambodia. Colistin-resistance genes, mcr-1, mcr-3, and mcr-5, were identified, of which mcr-1 and mcr-3 were predominant in E. coli (5.8%) and Salmonella (1.7%), respectively. The mcr-5 gene was observed in E. coli from pork in Cambodia. Two colistin-susceptible pig isolates from Thailand carried both mcr-1 and mcr-3. Seven E. coli and Salmonella isolates contained mcr-1 or mcr-3 associated with the IncF and IncI plasmids. The mcr-positive Salmonella from Thailand and Cambodia were categorized into two clusters with 94%-97% similarity. None of these clusters was meropenem resistant. Conclusions: Colistin-resistant E. coli and Salmonella were distributed in pigs, pig carcasses, and pork in the border areas. Undivided-One Health collaboration is needed to address the issue.