Objective: Karan Fries (KF), a high-producing composite cattle was developed through crossing indicine Tharparkar cows with taurine bulls (Holstein Friesian, Brown Swiss, and Jersey), to increase the milk yield across India. This composite cattle population must maintain sufficient genetic diversity for long-term development and breed improvement in the coming years. The level of linkage disequilibrium (LD) measures the influence of population genetic forces on the genomic structure and provides insights into the evolutionary history of populations, while the decay of LD is important in understanding the limits of genome-wide association studies for a population. Effective population size (Ne) which is genomically based on LD accumulated over the course of previous generations, is a valuable tool for e valuation of the genetic diversity and level of inbreeding. The present study was undertaken to understand KF population dynamics through the estimation of Ne and LD for the long-term sustainability of these breeds. Methods: The present study included 96 KF samples genotyped using Illumina HDBovine array to estimate the effective population and examine the LD pattern. The genotype data were also obtained for other crossbreds (Santa Gertrudis, Brangus, and Beefmaster) and Holstein Friesian cattle for comparison purposes. Results: The average LD between single nucleotide polymorphisms (SNPs) was r2 = 0.13 in the present study. LD decay (r2 = 0.2) was observed at 40 kb inter-marker distance, indicating a panel with 62,765 SNPs was sufficient for genomic breeding value estimation in KF cattle. The pedigree-based Ne of KF was determined to be 78, while the Ne estimates obtained using LD-based methods were 52 (SNeP) and 219 (genetic optimization for Ne estimation), respectively. Conclusion: KF cattle have an Ne exceeding the FAO's minimum recommended level of 50, which was desirable. The study also revealed significant population dynamics of KF cattle and increased our understanding of devising suitable breeding strategies for long-term sustainable development.
Objective: This study was to determine the relationship between estimated breeding value and phenotype information after farrowing when juvenile selection was made in candidate pigs without phenotype information. Methods: After collecting phenotypic and genomic information for the total number of piglets born by Landrace pigs, selection accuracy between genomic breeding value estimates using genomic information and breeding value estimates of best linear unbiased prediction (BLUP) using conventional pedigree information were compared. Results: Genetic standard deviation (${\sigma}_a$) for the total number of piglets born was 0.91. Since the total number of piglets born for candidate pigs was unknown, the accuracy of the breeding value estimated from pedigree information was 0.080. When genomic information was used, the accuracy of the breeding value was 0.216. Assuming that the replacement rate of sows per year is 100% and generation interval is 1 year, genetic gain per year is 0.346 head when genomic information is used. It is 0.128 when BLUP is used. Conclusion: Genetic gain estimated from single step best linear unbiased prediction (ssBLUP) method is by 2.7 times higher than that the one estimated from BLUP method, i.e., 270% more improvement in efficiency.
Kim, Jae Yoon;Moon, Jun-Cheol;Baek, Seong-Bum;Kwon, Young-Up;Song, Kitae;Lee, Byung-Moo
KOREAN JOURNAL OF CROP SCIENCE
/
v.59
no.2
/
pp.109-127
/
2014
Maize is one of the most important food and feed crops in the world including Southeast Asia. In spite of numberous efforts with conventional breeding, the maize productions remain low and the loss of yields by drought and downy mildew are still severe in Asia. Genetic improvement of maize has been performed with molecular marker and genetic engineering. Because maize is one of the most widely studied crop for its own genome and has tremendous diversity and variant, maize is considered as a forefront crop in development and estimation of molecular markers for agricultural useful trait in genetics and breeding. Using QTL (Quantitative Trait Loci) and MAS (Marker Assisted Breeding), molecular breeders are able to accelerate the development of drought tolerance or downy mildew resistance maize genotype. The present paper overviews QTL/MAS approaches towards improvement of maize production against drought and downy mildew. We also discuss here the trends and importance of molecular marker and mapping population in maize breeding.
Dhaka, S.S.;Chaudhary, S.R.;Pander, B.L.;Yadav, A.S.;Singh, S.
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
/
v.15
no.4
/
pp.466-469
/
2002
The data on 512 Hariana cows, progeny of 20 sires calved during period from 1974 to 1993 maintained at Government Livestock Farm, Hisar were considered for the estimation of genetic parameters. The means for first lactation milk yield (FLY), wet average (WA), first lactation peak yield (FPY), first lactation milk yield per day of first calving interval (MCI) and first lactation milk yield per day of age at second calving (MSC) were 1,141.58 kg, 4.19 kg/day, 6.24 kg/day, 2.38 kg/day and 0.601 kg/day, respectively. The effect of period of calving was significant (p<0.05) on WA, FPY and MCI while the effect of season of calving was significant only on WA. Monsoon calvers excelled in performance for all the production efficiency traits. The effect of age at first calving (linear) was significant on all the traits except on MCI. Estimates of heritabilty for all the traits were moderate and ranged from 0.255 to 0.333 except for WA (0.161). All the genetic and phenotypic correlations among different production efficiency traits were high and positive. It may be inferred that selection on the basis of peak yield will be more effective as the trait is expressed early in life and had reasonably moderate estimate of heritability.
This report describes recent advances in tissue culture, genetic transformation of commercial rose (Rosa hybrida) and in development of new rose cultivars by molecular breeding. Rose is one of major cut-flowers in global horticulture industry. Successful progresses were made in development of new cultivars for pathogen resistant, environmental stress resistant and petal color modification by molecular breeding. New cultivars, however, has not reported yet in korea, although lots of progresses were achieved in each field of conventional breeding, tissue culture and genetic transformation. Cooperation in these research fields will promote screening of useful genes to have specific traits on rose and exploiting of processes to improve in the efficiency of tissue culture and genetic transformation of rose, therefore, we hopefully expect that new rose cultivars by molecular breeding will be released in the near future.
This study was conducted to examine the relationships between the methods used to determine the number of transferable embryos collected per flush and the estimated cumulative genetic improvements in the Japanese Holstein MOET breeding population. Cumulative genetic improvements were predicted by Monte Carlo simulation using three different determination methods (MODEL 1, MODEL 2, and MODEL 3), for calculating the number of embryos collected per flush. Moreover EBVs were estimated including or ignoring coefficients of inbreeding in MME. Inbreeding coefficients were also predicted. The number of transferable embryos was determined using normal, gamma, and Poisson distributions in MODEL 1, gamma and Poisson distributions in MODEL 2, and only the Poisson distribution in MODEL 3. The fitness of MODEL 2 in relation to field data from Hokkaido Japan was the best, and the results for MODEL3 indicated that this model is unsuitable for determining the number of transferable embryos. The largest cumulative genetic improvement (3.11) in the 10th generation was predicted by MODEL 3 and the smallest (2.83) by MODEL 2. Mean coefficients of correlation between the true and estimated breeding values were 0.738, 0.729, and 0.773 in MODELS 1, 2, and 3, respectively. It is suggested that the smallest genetic improvement in MODEL 2 resulted from the smallest correlation coefficient between the true and estimated breeding values. The differences in milk, fat, and protein yields between MODELS 2 and 3 were 182.0, 7.0, and 5.6 kg, respectively, in real units when each trait was independently selected. The inbreeding coefficient was the highest (0.374) in MODEL 2 and the lowest (0.357) in MODEL 3. The effects of different methods for determining the number of transferable embryos per flush on genetic improvements and inbreeding coefficients of the simulated populations were remarkable. The effects of including coefficients of inbreeding in MME, however, were unclear.
Osman, S.A.-M.;Sekino, M.;Nishibori, M.;Yamamoto, Y.;Tsudzuki, M.
Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
/
v.18
no.6
/
pp.755-761
/
2005
Blood samples were collected from eight native Japanese breeds of chickens (Miyadi-dori, Ohiki, Onaga-dori, Shoukoku, Tosa-Jidori, Tosa-Kukin, Toutenkou and Uzurao) and two foreign breeds of chickens (White Leghorn and Rhode Island Red) to examine the genetic variability and relationships among the breeds by using a microsatellite DNA technique. Except for the Shoukoku breed, the other Japanese chicken breeds all originate from Kochi Prefecture. Ohiki, Onaga-dori, Tosa-Jidori, Toutenkou and Uzurao are fancy fowl, and Miyadi-dori and Tosa-Kukin are utility fowl. Among the fancy fowl, Ohiki, Onaga-dori, and Toutenkou males have thick and long feathers in the saddle and tail. Genetic variabilities of the 20 microsatellites examined, varied depending on the breed: the mean number of alleles per locus ranged from 2.05 (Miyadi-dori) to 3.90 (Rhode Island Red); proportion of polymorphic loci ranged from 0.75 (Miyadi-dori) to 1.00 (Rhode Island Red, Shoukoku and Uzurao); and mean expected heterozygosity ranged from 0.330 (Miyadi-dori) to 0.607 (Rhode Island Red). Unique microsatellite alleles were detected in each breed. Using the neighbour-joining method, phylogenetic trees were constructed based on the genetic distances of D$_{A}$ and D$_{ST}$. Among the breeds originating from Kochi Prefecture, fancy and utility breeds belonged to different clusters. Among the fancy breeds, those having thick and long feathers in the tail and saddle showed a close genetic relationship to the Shoukoku breed, which also has thick and long feathers in the tail and saddle.
Objective: Alongside the rise of animal-protection awareness in Taiwan, the public has been paying more attention to dog genetic deficiencies due to inbreeding in the pet market. The goal of this study was to isolate novel microsatellite markers for monitoring the genetic structure of domestic dog populations in Taiwan. Methods: A total of 113 DNA samples from three dog breeds-beagles (BEs), bichons (BIs), and schnauzers (SCs)-were used in subsequent polymorphic tests applying the 14 novel microsatellite markers that were isolated in this study. Results: The results showed that the high level of genetic diversity observed in these novel microsatellite markers provided strong discriminatory power. The estimated probability of identity (P(ID)) and the probability of identity among sibs (P(ID)sib) for the 14 novel microsatellite markers were 1.7×10-12 and 1.6×10-5, respectively. Furthermore, the power of exclusion for the 14 novel microsatellite markers was 99.98%. The neighbor-joining trees constructed among the three breeds indicated that the 14 sets of novel microsatellite markers were sufficient to correctly cluster the BEs, BIs, and SCs. The principal coordinate analysis plot showed that the dogs could be accurately separated by these 14 loci based on different breeds; moreover, the Beagles from different sources were also distinguished. The first, the second, and the third principal coordinates could be used to explain 44.15%, 26.35%, and 19.97% of the genetic variation. Conclusion: The results of this study could enable powerful monitoring of the genetic structure of domestic dog populations in Taiwan.
Recently, DNA fingerprinting has been utilized as the most powerful tool for genetic analysis and improvement of poultry. This technique enables us to solve several problems of poultry breeding ; traits of low heritability, difficulty in keeping the performance records, measuring in late of life, and sex limited traits. Application of DNA fingerprinting is chiefly focused to individual and population identification, evolution force, quantitative trait marker, introgression of new gene, and prediction of heterosis. Thus, research work on DNA fingerprinting will he accelerated to analyze genetic components exactly and improve the performance of poultry.
International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
/
v.19
no.2
/
pp.249-253
/
2009
Raily ecorace of Indian tasar silkworm is wild in nature and distributed abundantly in dense deciduous forest on Shorea robusta (Sal) in Bastar ($17^{\circ}4'$ and $20^{\circ}34'$ N, $80^{\circ}15'$ and $82^{\circ}15'$ E and altitude ranging from 150 to 1200 mMSL) forest ranges of Chhattisgarh, India. It is represented by about 20 populations. Out of those, eleven populations showed intra- as well as inter- population variability based on phenotypic expression and also in major economic traits viz. cocoon weight, shell weight, filament length and denier. Genetic diversity in these eleven populations was studied using Inter-Simple Sequence Repeat (ISSR) markers. The band profiles generated with eight ISSR primers have depicted variation in band size. All the primers exhibited polymorphism which is an indicative of the genetic variation in individual Raily silkworm. Among the populations, total polymorphism recorded was 76%. The population genetic aspects assessed through POPGENE software package are discussed in the paper. Nei's gene diversity (h) ranged from 0.194 to 0.337 exhibiting high heterozygosity. Relevance of the present study is of high significance in formulating conservation strategies and sustainable utilization of the economically important Raily ecorace of Antheraea mylitta.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.