Seung Hyeok Soung;Jaeho Song;Seung Yeol Shin;Song-Ih Han
Journal of Species Research
/
v.12
no.4
/
pp.267-276
/
2023
To obtain unrecorded bacterial species in Korea, various soils of coastal areas were collected from the Republic of Korea in 2022. After plating the samples on marine agar and incubating aerobically and anaerobically, approximately 1,700 bacterial strains were isolated and identified using 16S rRNA gene sequences. A total of 20 strains showed ≥98.7% 16S rRNA gene sequence similarity with validly published bacterial species but not reported in Korea, indicating they are unrecorded bacterial species in Korea. The unrecorded bacterial strains belonged to four phyla, six classes, 15 orders, 16 families, and 19 genera which were assigned to Blastomonas and Sphingomonas of the class Alphaproteobacteria; Pseudidiomarina, Kushneria, Salinicola, and Salinisphaera of the class Gammaproteobacteria; Evansella, Virgibacillus, and Paenibacillus of the class Bacilli; Cyclobacterium of the class Cytophagia; Pedobacter of the class Sphingobacteriia; and Demequina, Ornithinimicrobium, Blastococcus, Jatrophihabitans, Kineococcus, Glaciihabitans, Aeromicrobium and Streptomyces of the class Actinomycetes. The details of the 20 unreported species, including Gram reaction, morphology, biochemical characteristics, and phylogenetic position are also provided in the description of the strains.
Da Som Kim;Seung Yeol Shin;Heeyoung Kang;Jae Ho Song;Song-Ih Han
Journal of Species Research
/
v.13
no.3
/
pp.310-317
/
2024
Various samples from island and coastal ecosystems in South Korea were investigated to discover unrecorded bacterial species. Soils from these areas, along with seawater samples, were plated on marine agar and R2A agar (containing 3% sea salt). From these samples, approximately 1,070 bacterial strains were isolated as single colonies and identified using 16S rRNA gene sequences. A total of 20 strains, which exhibited at least 98.7% similarity in their 16S rRNA gene sequences to those of validly published bacterial species not yet reported in Korea, were identified as unrecorded bacterial species. These strains belonged to three phyla, six classes, 10 orders, 14 families, and 16 genera. These were assigned as follows: Thioclava, Breoghania, Acidovorax, Erythrobacter, Paracoccus, Jiella, Aurantimonas, and Qipengyuania within the class Alphaproteobacteria; Pseudomonas, Cobetia, and Rheinheimera within the class Gammaproteobacteria; Aequorivita, Leeuwenhoekiella, and Polaribacter within the class Flavobacteriia; Algoriphagus within the class Cytophagia; and Microbacterium within the class Actinobacteria. The unreported species underwent further taxonomic characterization, which included assessments of Gram reaction, colony and cell morphology, biochemical and phylogenetic characteristics.
Various samples were collected from Korean islands in order to obtain unrecorded bacterial species in 2023. After aerobically incubating on marine agar and Reasoner's 2A agar, approximately 1,200 bacterial strains were isolated and identified using 16S rRNA gene sequences. A total of 36 strains showed ≥98.7% sequence similarity to previously published and validated bacterial species. However, these strains have not previously been reported in the Republic of Korea, indicating that they belong to Korean unrecorded bacterial species. The unrecorded bacterial species were assigned to the classes Actinomycetes, Bacilli, Bacteroidia, Flavobacteriia, Sphingobacteriia, Alphaproteobacteria, Betaproteobacteria, and Gammaproteobacteria. The information we obtained by examining the strains includes details of the Gram reactions, colony and cell morphology, biochemical characteristics, and phylogenetic positions of the unrecorded species.
Endophytic bacteria associated with the roots of coastal sand dune plants were isolated, taxonomically characterized, and tested for their plant growth-promoting activities. Ninety-one endophytic bacterial isolates were collected and assigned to 17 different genera of 6 major bacterial phyla based on partial 16S rDNA sequence analyses. Gammaproteobacteria represented the majority of the isolates (65.9%), and members of Pseudomonas constituted 49.5% of the total isolates. When testing for antagonism towards plant pathogenic fungi, 25 strains were antagonistic towards Rhizoctonia solani, 57 strains were antagonistic towards Pythium ultimum, 53 strains were antagonistic towards Fusarium oxysporum, and 41 strains were antagonistic towards Botrytis cinerea. Seven strains were shown to produce indole acetic acid (IAA), 33 to produce siderophores, 23 to produce protease, 37 to produce pectinase, and 38 to produce chitinase. The broadest spectra of activities were observed among the Pseudomonas strains, indicating outstanding plant growth-promoting potential. The isolates from C. kobomugi and M. sibirica also exhibited good plant growth-promoting potential. The correlations among individual plant growth-promoting activities were examined using phi coefficients, and the resulting data indicated that the production of protease, pectinase, chitinase, and siderophores was highly related.
Kim, Tae-Yoon;Lee, Jin-Jae;Kim, Bong-Soo;Choi, Sang Ho
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.27
no.10
/
pp.1753-1762
/
2017
Sea cucumber (Apostichopus japonicus) is a popular seafood source in Asia, including South Korea, and its consumption has recently increased with recognition of its medicinal properties. However, because raw sea cucumber contains various microbes, its ingestion can cause foodborne illness. Therefore, analysis of the microbiota in the whole body of sea cucumber can extend our understanding of foodborne illness caused by microorganisms and help to better manage products. We collected 40 sea cucumbers from four different sites in August and November, which are known as the maximum production areas in Korea. The microbiota was analyzed by an Illumina MiSeq system, and bacterial amounts were quantified by real-time PCR. The diversity and bacterial amounts in sea cucumber were higher in August than in November. Alpha-, Beta-, and Gammaproteobacteria were common dominant classes in all samples. However, the microbiota composition differed according to sampling time and site. Staphylococcus warneri and Propionibacterium acnes were commonly detected potential pathogens in August and November samples, respectively. The effect of experimental Vibrio parahaemolyticus infection on the indigenous microbiota of sea cucumber was analyzed at different temperatures, revealing clear alterations of Psychrobacter and Moraxella; thus, these shifts can be used as indicators for monitoring infection of sea cucumber. Although further studies are needed to clarify and understand the virulence and mechanisms of the identified pathogens of sea cucumber, our study provides a valuable reference for determining the potential of foodborne illness caused by sea cucumber ingestion and to develop monitoring strategies of products using microbiota information.
Polyhydroxyalkanoate (PHA) is a class of biodegradable plastics that have great potential applications in the near future. In this study, the micro-biodiversity and productivity of PHA-accumulating bacteria in activated sludge from a domestic wastewater treatment plant were investigated. A previously reported primer set and a self-designed primer set (phaCF1BO/phaCR2BO) were both used to amplify the PHA synthase (phaC) gene of isolated colonies. The new primers demonstrated higher sensitivity for phaC, and combining the PCR results of the two primer sets was able to widen the range of detected genera and raise the sensitivity to nearly 90%. Results showed that 85.3% of the identified bacteria were Gram-negative, with Ralstonia as the dominant genus, and 14.7% were Gram-positive. In addition, Zoogloea and Rhizobium contained the highest amounts of intracellular PHA. It is apparent that glucose was a better carbon source than pentone or tryptone for promoting PHA production in Micrococcus. Two different classes, class I and class II, of phaC were detected from alphaproteobacteria, betaproteobacteria, and gammaproteobacteria, indicating the wide diversity of PHA-accumulating bacteria in this particular sampling site. Simultaneous wastewater treatment and PHA production is promising by adopting the high PHA-accumulating bacteria isolated from activated sludge.
In this study, the phylogenetic diversities of bacterial and archaeal communities in a plant-microbial fuel cell (P-MFC) were investigated together with the environmental parameters, affecting its performance by using rice as a model plant. The beneficial effect of the plant appeared only during a certain period of the rice-growing season, at which point the maximum power density was approximately 3-fold higher with rice plants. The temperature, electrical conductivity (EC), and pH in the cathodic and anodic compartments changed considerably during the rice-growing season, and a higher temperature, reduced difference in pH between the cathodic and anodic compartments, and higher EC were advantageous to the performance of the P-MFC. A 16S rRNA pyrosequencing analysis showed that the 16S rRNAs of Deltaproteobacteria and those of Gammaproteobacteria were enriched on the anodes and the cathodes, respectively, when the electrical circuit was connected. At the species level, the operational taxonomic units (OTUs) related to Rhizobiales, Geobacter, Myxococcus, Deferrisoma, and Desulfobulbus were enriched on the anodes, while an OTU related to Acidiferrobacter thiooxydans occupied the highest proportion on the cathodes and occurred only when the circuit was connected. Furthermore, the connection of the electrical circuit decreased the abundance of 16S rRNAs of acetotrophic methanogens and increased that of hydrogenotrophic methanogens. The control of these physicochemical and microbiological factors is expected to be able to improve the performance of P-MFCs.
The specific freshwater environment of reservoirs formed by streams has not been well studied. In this paper, the bacterioplankton community in such a reservoir, the Huangqian Reservoir in eastern China, was described using culture-independent molecular methods. We found that the most dominant bacterioplankton were affiliated with Cyanobacteria, followed by Betaproteobacteria, Bacteroidetes, Gammaproteobacteria, and Actinobacteria. Both bacterial abundance and diversity increased along the direction of water flow, and the 16S rRNA gene copy number in the water outlet was nearly an order of magnitude higher than that in the water inlet. Pearson correlation analyses indicated that nitrate had a significantly negative correlation with the bacterial abundance (p < 0.05) and that ammonium was positively correlated with bacterial abundance (p < 0.05). Interestingly, owing to a remarkably negative correlation (p < 0.01), the ratio of nitrate and ammonium might serve as a good pre dictor of the relative abundance of bacterioplankton. According to redundancy analysis, nitrate and dissolved oxygen were the major factors influencing the bacterial communities. In addition, we attempted to determine the reasons why such a reservoir could maintain good ecological balance for a period of decades, and we found that the environmental factors and bacterial communities both played critical roles. This research will benefit our understanding of bacterial communities and their surrounding environments in freshwater ecosystems.
An agar-degrading bacterium, designated as the GNUM08123 strain, was isolated from samples of red algae collected from the Yongil Bay near East Sea, Korea. The isolated GNUM08123 strain was gram-negative, aerobic, motile, and beige-pigmented, with $C_{16:0}$ (25.9%) and summed feature 3 (comprising $C_{16:1}{\omega}7c/iso-C_{15:0}2-OH$, 34.4%) as its major cellular fatty acids. A similarity search based on the 16S rRNA gene sequence revealed that it belonged to class Gammaproteobacteria and shared 97.7% similarity with the type strain Vibrio chagasii $R-3712^T$. The DNA G+C content of strain $GNUM08123^T$ was 46.9 mol%. The major isoprenoid quinone was ubiquinone-8. The results of DNA-DNA relatedness and 16S rRNA sequence similarity analyses, in addition to its phenotypic and chemotaxonomic characteristics, suggest that strain GNUM08123 is a novel species within genus Vibrio, designated as Vibrio sp. GNUM08123. Agarase production by strain GNUM08123 was induced by agar and sucrose, but was repressed probably owing to carbon catabolite repression by glucose and maltose.
Park Myung Soo;Jung Se Ra;Lee Myoung Sook;Kim Kyoung Ok;Do Jin Ok;Lee Kang Hyun;Kim Seung Bum;Bae Kyung Sook
Journal of Microbiology
/
v.43
no.3
/
pp.219-227
/
2005
Little is known about the bacterial communities associated with the plants inhabiting sand dune ecosystems. In this study, the bacterial populations associated with two major sand dune plant species, Calystegia soldanella (beach morning glory) and Elymus mollis (wild rye), growing along the costal areas in Tae-An, Chungnam Province, were analyzed using a culture-dependent approach. A total of 212 bacteria were isolated from the root and rhizosphere samples of the two plants, and subjected to further analysis. Based on the analysis of the 16S rDNA sequences, all the bacterial isolates were classified into six major phyla of the domain Bacteria. Significant differences were observed between the two plant species, and also between the rhizospheric and root endophytic communities. The isolates from the rhizosphere of the two plant species were assigned to 27 different established genera, and the root endophytic bacteria were assigned to 21. Members of the phylum Gammaproteobacteria, notably the Pseudomonas species, comprised the majority of both the rhizospheric and endophytic bacteria, followed by members of Bacteroidetes and Firmicutes in the rhizosphere and Alphaproteobacteria and Bacteroidetes in the root. A number of isolates were recognized as potentially novel bacterial taxa. Fifteen out of 27 bacterial genera were commonly found in the rhizosphere of both plants, which was comparable to 3 out of 21 common genera in the root, implying the host specificity for endophytic populations. This study of the diversity of culturable rhizospheric and endophytic bacteria has provided the basis for further investigation aimed at the selection of microbes for the facilitation of plant growth.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.