• 한국어병학회지
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• 제23권3호
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• pp.429-440
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• 2010

We constructed a rock bream (Oplegnathus fasciatus) gill cDNA library and a total of 1450 expressed sequence tag (EST) clones were generated. Gene annotation procedures and homology searches of the sequenced ESTs were locally done by BLASTX for amino acid similarity comparisons. Of the 1450 EST clones, 1022 EST clones showed significant homology to previously described genes while 428 ESTs were unidentified, and 259 clones were hypothetical, or unnamed proteins. Encoding 313 different sequences were identified as putative bio-defense genes or genes associated with immune response.

• 한국수산과학회지
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• 제35권6호
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• pp.676-681
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• 2002

우리나라 주요 해산 어종인 쥐노래미 (Hexagrammos otakii)로부터 성장호르몬 유전자 CDNA를 클로닝하고 이의 염기서열과 발현 특성을 분석하였다. 뇌하수체 조직으로부터 CDNA library를 제작하였으며 membrane filter hybridization 및 expressed sequence tag기술을 이용하여 성장호르몬 CDNA transcript들을 대량 발굴하였다. 총 확보된 full-length clone 39개중 31개가 동일한 형태로 나타났으나 나머지 클론들에서는 5'쪽의 염기서열 변이, ORF내의 염기서열 삽입, 3'쪽의 여기서열의 변이 등이 검출되었다. RT-PCR과 RNA dot blot 분석을 수행한 결과 본 연구에서 얻어진 쥐노래미 성장호르몬 transcript들은 뇌하수체 특이적인 전형적인 어류 성장호르몬 발현 특성을 나타내었다.

• Archives of Pharmacal Research
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• 제27권4호
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• pp.422-428
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• 2004

Expressed sequence tags (ESTs) were generated from two 3'-directed CDNA libraries constructed from quiescent and activated rat hepatic stellate cell (HSC) to analyze the expression profiles of active genes in both cells. From quiescent and activated HSC, 694 ESTs and 779 ESTs, respectively, were obtained after excluding those having shorter than 30 bp. Amonq ESTs obtained from quiescent and activated HSC, 68 and 73 kinds of ESTs (186 clones and 236 clones), respectively, appeared more than once, implying that their genes are expressed highly in each cell type. 52 among 73 ESTs appeared only in the activated HSC 47 amonq 68 ESTs only in the normal HSC, and 21 in both cells. The genes of these 52 ESTs were assumed to be expressed more highly in the activated HSC. To confirm the high expression of genes of which the ESTs appeared more than twice in the activated HSC, northern hybridization was carried out with RNAs derived from rat normal and fibrotic liver using each of 18 EST DNAs as probe. 13 ESTs showed more intense bands with RNA isolated from the fibrotic liver than normal liver. From these results, we confirm the positive correlation between abundance of transcript in activated HSCs and the expression level in fibrotic liver, The expression profile of the transcripts serves as an important tool in understanding the biological properties of HSC.

• Journal of Plant Biology
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• 제38권4호
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• pp.381-388
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• 1995

해녀콩(Canavalia lineata) 뿌리혹으로부터 만들어진 cDNA library를 뿌리의 총 RNA, leghemoglobin 및 uricasell cDNA를 competitor로 사용하여 차등 혼성화반응으로 후기 뿌리혹에서 발현되며 Cno이, Cne2, Cne3, Clb2로 명명된 4개의 cDNA 클론을 얻었다. Cnod1은 벼의 cysteine proteinase를 암호화하는 유전자와 유사한데 1450nt의 전사체외 혼성화 반응을 보였으며 뿌리혹에서만 발현되고 뿌리혹 발달 후기에서 가장 높은 발현을 보였다. Cne2는 벼의 Expressed Sequence Tag의 한 종류와 유사하고 900 nt의 전사체와 혼성화 반응을 보였으며 뿌리혹에서 주로 발현되었다. Cne2는 접종 후 13일째 발현이 증폭된 후 일정하게 유지되었다. Cne2는 완두의 tonoplast 막 내재 단백질 TRG31을 암호화하는 유전자와 유사하며 뿌리에서 가장 많이 발현되었다. Cne3는 1700 nt와 1400 nt의 전사체와 혼성화반응을 보였으며 뿌리혹의 성장, 발달과 일치하는 발현 양상을 보였다. Clb2는 800 nt의 전사체와 혼성화반응을 보였으며 접종 후 8일째부터 발현이 시작되어 13일째 증폭되고 그 이후 일정한 수준을 유지하였다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제21권1호
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• pp.11-18
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• 2008

We created a cDNA microarray representing approximately 3,500 pig genes for functional genomic studies. The array elements were selected from 6,494 cDNA clones identified in a large-scale expressed sequence tag (EST) project. These cDNA clones came from normalized and subtracted porcine adipose tissue cDNA libraries. Sequence similarity searches of the 3,426 ESTs represented on the array using BLASTN identified 2,790 (81.4%) as putative human orthologs, with the remainder consisting of "novel" genes or highly divergent orthologs. We used the gene microarray to profile transcripts expressed by adipose tissue of fatty Chinese Xiang pig (XP) and muscley Large White (LW). Microarray analysis of RNA extracted from adipose tissue of fatty XP and muscley LW identified 81 genes that were differently expressed two fold or more. Transcriptional differences of four of these genes, adipocyte fatty acid binding protein (aP2), stearyl-CoA desaturase (SCD), sterol regulatory element binding transcription factor 1 (SREBF1) and lipoprotein lipase (LPL) were confirmed using SYBR Green quantitative RT-PCR technology. Our results showed that high expression of SCD and SREBF1 may be one of the reasons that larger fat deposits are observed in the XP. In addition, our findings also illustrate the potential power of microarrays for understanding the molecular mechanisms of porcine development, disease resistance, nutrition, fertility and production traits.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제29권3호
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• pp.161-170
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• 2002

인삼 모상근의 프로테옴 분석에 의해 얻은 질량분석 스펙트럼 데이터는 MALDI/TOF/MS에서 얻는 질량 스펙트럼과 ESI/Q-TOF/MS에서 얻는 탄뎀 질량 스펙트럼으로 구분된다. 질량 스펙트럼은 단백질이 효소에 의해 분해된 펩타이드들의 분자량 정보를 제공하며, 탄뎀 질량 스펙트럼에서는 아미노산 단위로 분해된 절편 단백질의 분자량으로부터 아미노산 서열을 결과로 얻는다. 펩타이드의 아미노산 서열을 BLAST로 검색하면 유사한 단백질을 GenBank에서 검색할 수 있다. 이러한 단백질 동정 방법은 완전한 유전체 서열이 알려진 생물체의 경우 높은 정확도로 단백질을 동정할 수 있으나, 그렇지 않은 경우는 유사한 단백질이 데이터베이스에 존재하지 않아 분석이 용이하지 않다. 본 연구에서는 질량 스펙트럼 및 절편 단백질의 아미노산 서열을 EST (expressed sequence tag) 서열과 비교하여 프로테옴 데이터와 일치하는 EST 서열을 찾아내고 이를 BLAST검색에 의해 단백질 동정에 활용하였다. ESI/Q-TOF/MS 에서 얻은 아미노산 서열은 길이는 짧지만 데이터의 신뢰도가 높으므로 EST 서열과의 연관 관계를 밝힘으로써 단백질에 대한 정보를 보완할 수 있었다. ESI/Q-TOF/MS에서 얻은 펩타이드의 아미노산 서열을 EST 서열과 비교한 결과 90%의 아미노산 서열이 EST DB에서 발견되었다. NCBI의 nr 데이터베이스에서 아미노산 서열을 검색하여 찾은 단백질이 68%임에 비하여, 인삼 EST 서열에 의한 검색이 22% 더 많은 결과를 얻었다. MALDI/TOF/MS의 질량 스펙트럼에서 nr 데이터베이스로 검색한 결과와 인삼 EST 데이터베이스를 검색한 결과가 일치하는 경우는 47개 중 9개인 19%에 불과하여, 탄뎀 질량 분석으로 아미노산 서열을 얻지 않고, 단지 질량 스펙트럼으로부터 단백질을 동정하는 방법으로는 단백질 동정의 정확한 결과를 기대하기 어려움을 확인하였다.

• 한국발생생물학회:학술대회논문집
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• 한국발생생물학회 2005년도 제5회 발생공학 국제심포지엄 및 학술대회
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• pp.76-77
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• 2005

• 한국수정란이식학회:학술대회논문집
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• 한국수정란이식학회 2005년도 제5회 발생공학 국제심포지엄 및 학술대회
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• pp.76-77
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• 2005

• 한국양식학회지
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• 제18권2호
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• pp.81-85
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• 2005

We isolated two parvalbumin cDNAS by expressed sequence tag analysis (1,577 ESTs in total) from the self-fertilizing fish Rivulus marmoratus (Cyprinodontiformes, Rivulidae). Two isoforms of parvalbumin genes showed high similarity to those of carp at 88% and 91% amino acid residues identity, respectively, and showed 79.8% similarity between two parvalbumin isoforms. Of 1,577 ESTs from R. marmroatus sequenced, parvalbumin 1 gene was most abundant. This gene was strongly expressed in the order of muscle, eye, and brain, while it was expressed slightly in other tissues. In this paper, we discussed on the R. marmoratus parvalbumin genes on its sequence and basic characteristics.

• 한국어류학회지
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• 제18권4호
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• pp.283-292
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• 2006

넙치 (Paralichthys olivaceus) 신장에서 추출한 mRNA로부터 cDNA library를 제작하고 이를 이용하여 EST (Expressed sequence tag) 분석을 하였다. 넙치의 신장 cDNA library에서 무작위로 선별한 390개의 EST를 조사한 결과, 250개의 EST는 이미 밝혀진 유전자와 유사성이 있는 것으로 나타났으며, 140개의 EST는 새로운 유전자로 밝혀졌다. 유전자의 기능이 밝혀진 250개의 EST 중 14 (5.6%)개의 EST는 이미 알려진 넙치 EST와 상동성이 있는 유전자로 확인되었고, 198 (79.2%)개의 EST는 다른 생물에서 알려진 유전자와 상동성이 있는 것으로 나타났다. 그러나 38 (15.2%)개의 EST는 전혀 기능이 알려지지 않은 새로운 유전자로 밝혀졌다. EST 분석은 새로운 유전자 뿐만 아니라 기능적으로 중요한 유전자를 탐색하는데도 아주 강력한 연구 방법이다. 이에 따라 본 연구에서는 넙치 신장 EST 분석을 통해 C-, L-type lectin과 MHC class II-invariant chain like proteins (li) 같은 면역기능과 관련이 있는 여러 개의 유전자를 확인하였고, 이들 유전자들은 질병감염 후 유전자 발현에서 나타나는 차이를 분석하는데 이용되는 cDNA microarray 연구에 유용하게 사용될 것으로 보인다.