• 농업과학연구
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• 제42권4호
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• pp.397-406
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• 2015

Quantitative traits are mostly controlled by a large number of genes. Some of these genes tend to have a large effect on quantitative traits in cattle and are known as major genes primarily located at quantitative trait loci (QTL). The genetic merit of animals can be estimated by genomic selection, which uses genome-wide SNP panels and statistical methods that capture the effects of large numbers of SNPs simultaneously. In practice, the accuracy of genomic predictions will depend on the size and structure of reference and training population, the effective population size, the density of marker and the genetic architecture of the traits such as number of loci affecting the traits and distribution of their effects. In this review, we focus on the structure of Hanwoo reference and training population in terms of accuracy of genomic prediction and we then discuss of genetic architecture of intramuscular fat(IMF) and marbling score(MS) to estimate genomic breeding value in real small size of reference population.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제52권2호
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• pp.97-102
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• 2010

본 연구의 목적은 과천경마공원과 부산 경남경마공원의 통합 자료를 이용한 유전능력 평가모형의 적합성을 구명하는데 있으며, 얻어진 결과는 다음과 같다. 1,400m 이하의 경주거리에서는 과천경마공원의 주파기록이 우수하였으나 1,800m 이상의 경주거리에서는 부산 경마공원의 주로에서 주파기록이 더 우수하였다. 동기그룹의 효과는 전체 변이의 42.7~70.2%를 차지하였으며, 이중 경주편성을 고려하는 참가경주의 효과는 일괄적으로 모든 경주거리에서 가장 크게 나타났다. 주파기록에 대한 유전력과 반복력은 각각 0.153~0.238과 0.401~0.498의 범위로 추정되었다. 통합자료에서 추정된 육종가와 과천경마공원과 부산 경마공원의 기록에서 추정된 육종가간의 상관계수는 각각 0.907과 0.803으로 나타났으며, 순위 상관은 각각 0.891과 0.846으로 나타났다. 통합자료의 연간자마수득상금과 과천경마공원과 부산 경마공원에서 취득한 연간자마수득상금간의 상관계수는 각각 0.943과 0.886으로 나타났으며, 순위 상관은 각각 0.938과 0.853으로 나타났다. 또한 과천경마공원과 부산경마공원에서 취득한 연간자마수득상금간의 상관계수는 0.742로 추정되었다. 이러한 결과에서 비추어 볼 때 부산 경남경마공원의 경주기록이 안정화되고 향후 경주자료가 더 많이 축적된다면 통합자료를 이용한 유전능력 평가는 충분한 설득력을 얻을 수 있을 것이라 생각된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제44권5호
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• pp.507-518
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• 2002

가축 육종 체계 또는 선발방법의 상호 비교를 할 수 있도록 다형질 컴퓨터 모의실험을 위한 확률모형을 개발하고, 기존 연구결과로부터 얻어진 평균과 상가적 유전효과 및 잔여오차의 분산 및 공분산 값을 실험 모수로 사용하여 모의실험 축군을 생성하였고, 선발방법은 임의교배, 표현형가, 참육종가 및 추정육종가에 의한 선발 중에서 선택할 수 있도록 하였다. 개체의 육종가는 MTDFREML package를 사용하여 추정하였다. 모의실험 프로그램의 정확성을 검증하기 위하여 크기가 다른 세 축군을 20년간 임의교배하여 모의실험한 결과, 평균값과 분산 및 공분산 값은 모의실험 모수로 주어진 값과 비슷하였고, 축군의 크기가 클수록 모의실험 모수로 주어진 값에 더욱 근접하였으며 표준오차가 작아졌다. 임의교배를 계속함에 따른 근교계수와 축군 평균 및 분산의 변화를 확인하기 위하여 종모우 1두, 종빈우 10두를 유지하는 소축군 10개를 500년간 모의실험 한 결과, 근교계수의 변화는 이론적 추정함수와 비슷하였으며, 평균값은 작은 축군에서 세대에 따라 임의부동현상을 보였지만 근교계수가 증가하여 1에 가까워지면 일정한 값으로 수렴하였다. 축군내 분산은 근교계수의 증가에 따라 감소하였다. 이상의 결과를 보면, 모의실험 모형에 의해 생성된 축군의 자료는 모의실험 모수와 같은 통계적 특성을 유지하는 것으로 사료된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제28권11호
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• pp.1551-1557
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• 2015

The missing heritability has been a major problem in the analysis of best linear unbiased prediction (BLUP). We introduced the traditional genome-wide association study (GWAS) into the BLUP to improve the heritability estimation. We analyzed eight pork quality traits of the Berkshire breeds using GWAS and BLUP. GWAS detects the putative quantitative trait loci regions given traits. The single nucleotide polymorphisms (SNPs) were obtained using GWAS results with p value <0.01. BLUP analyzed with significant SNPs was much more accurate than that with total genotyped SNPs in terms of narrow-sense heritability. It implies that genomic estimated breeding values (GEBVs) of pork quality traits can be calculated by BLUP via GWAS. The GWAS model was the linear regression using PLINK and BLUP model was the G-BLUP and SNP-GBLUP. The SNP-GBLUP uses SNP-SNP relationship matrix. The BLUP analysis using preprocessing of GWAS can be one of the possible alternatives of solving the missing heritability problem and it can provide alternative BLUP method which can find more accurate GEBVs.

• 한국연초학회지
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• 제21권1호
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• pp.82-88
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• 1999

The present study was conducted to compare the relative efficiency of two different haploid breeding methods in tobacco varietal development. A single FI hybrid plant from cross of two flue-cured cultivars of Nicotiana tabacum L., Bright Yellow4(BY4) and NC95, was used to develop the 30 anther derived dihaploid (ADH) lines and maternally-derived dihaploid (MDH) lines utilizing Nicotiana africana, respectively. As compared with mid-parent, mean of ADH lines showed increase in number of leaves, delay in days to flower and narrow in width of leaf. However, no significant differences in the other investigated characters were recognized. MDH lines also showed narrow width of leaf, while no significant differences in the other characters were observed. The variations of the investigated characters were generally greater in ADH than MDH lines. MDH lines had higher height of plant and shorter days to flower than ADH lines, while the other characters did not show remarkable differences. The degree of heritability for each of the characters observed between ADH and MDH was almost the same. The characters showing high heritability value were height of plant, number of leaves, days to flower, and yield, while those showing relatively low value were length of leaf, width of leaf, and total alkaloid content. Predicted gains from selection for increased yield were calculated for both populations(ADH, MDH) and correlated responses associated with selection for yield were estimated. Height of plant, width of leaf, days to flower, and concentration of reduceing sugar would be expected to improve with selection for yield much faster in the MDH population than in the ADH.

• Molecules and Cells
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• 제20권2호
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• pp.201-209
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• 2005

We have constructed an AFLP-based linkage map of Japanese red pine (Pinus densiflora Siebold et Zucc.) using haploid DNA samples of 96 megagametophytes from a single maternal tree, selection clone Kyungbuk 4. Twenty-eight primer pairs generated a total of 5,780 AFLP fragments. Five hundreds and thirteen fragments were verified as genetic markers with two alleles by their Mendelian segregation. At the linkage criteria LOD 4.0 and maximum recombination fraction 0.25(${\theta}$), a total of 152 markers constituted 25 framework maps for 19 major linkage groups. The maps spanned a total length of 2,341 cM with an average framework marker spacing of 18.4 cM. The estimated genome size was 2,662 cM. With an assumption of equal marker density, 82.2% of the estimated genome would be within 10 cM of one of the 230 linked markers, and 68.1% would be within 10 cM of one of the 152 framework markers. We evaluated map completeness in terms of LOD value, marker density, genome length, and map coverage. The resulting map will provide crucial information for future genomic studies of the Japanese red pine, in particular for QTL mapping of economically important breeding target traits.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제62권6호
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• pp.960-960
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• 2020

• 원예과학기술지
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• 제32권1호
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• pp.77-83
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• 2014

동양배의 교배육종 효율을 증진시키기 위하여 13품종의 교배친을 이용한 15 조합으로부터 얻어진 교배실생 4,035주를 공시하여 과실의 품질과 밀접한 상관이 있는 육질관련 주요 형질에 대한 유전력, 양친평균과 실생평균과의 상관과 후대실생의 분포특성을 분석하였다. 배 과실 육질관련 형질의 유전력은 조합에 따라 차이는 있으나 경도, 육질경도, 육질밀도, 석세포 모두 대부분의 조합이 0.6 내외로 비교적 높았다. 그러나, 경도에 있어서는 조합별로 유전력의 차이가 다른 형질에 비해 큰 편이었고 '신고' ${\times}$ '장수' 조합에서는 유전력이 0.11로서 특이하게 낮았다. 배 육질관련 형질의 양친평균과 교배실생 평균 사이에 경도는 정의 상관이 있었으나 육질경도, 육질밀도, 석세포 함량에서는 상관이 인정되지 않았으며 회귀계수는 경도 0.778, 육질경도 0.343, 석세포는 0.313으로 산출되어 경도가 가장 높은 값을 나타낸 반면 육질밀도에서는 -0.273으로 부의 회귀값을 나타냈다. 배 과실 육질 관련 형질인 양친의 경도, 육질경도, 육질밀도, 석세포 함량에 대한 조합별 교배실생의 분포양상이 달랐으며 특히 경도는 양친이 모두 낮은 경우 낮은 쪽 낮음 ${\times}$ 높음의 경우 중간에, 높음 ${\times}$ 높음의 경우 높은 실생이 많이 분포되는 양상이었으며 석세포 함량이 적음 ${\times}$ 적음 조합에서는 실생의 분포가 적은 쪽으로, 적음-중간 ${\times}$ 중간-많음 조합에서는 중간에 많은 실생이 분포되는 양상을 보였다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제23권1호
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• pp.1-6
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• 2010

The objectives of this study were to i) investigate genetic performance for linear type traits of individual Holstein dairy cows, especially focusing on comparative traits, and to estimate genetic variances for these traits using actual data, and ii) compare genetic performance and improvement of progeny by birth country of the cows. Linear type traits defined with five comparative traits on this study were general stature composite (GSC), dairy capacity composite (DCC), body size composite (BSC), foot and leg composite (FLC), and udder composite (UDC). These traits were scored from 1 to 6 with 1 = poor, 2 = fair, 3 = good, 4 = good plus, 5 = very good and 6 = excellent. Final scores (FS) were also included in this study. Data used was collected from the years 2000 to 2004 by the Korea Animal Improvement Association (KAIA). Only data of more than five tested cows by herd appraisal date and by sires having more than ten daughters were included to increase the reliability of the data analyses. A total of 30,204 records of the selected traits, which was collected from 26,701 individuals having pedigree information were used. Herd appraisal date, year of age, lactation stage (grouped by month), and time lagged for milking (in hours) were assumed as fixed effects on the model. Animal additive genetic effects considering pedigree relationship and residual errors were assumed with random effects. Year of age at appraisal date was classified from one to nine years of age, assigning the value of nine years of age for animals that were greater than or equal to nine years of age. From our results, the estimate for heritability was 0.463, 0.346, 0.473, 0.290, and 0.430 on GSC, DCC, BSC, FLC and UDC, respectively. The estimate for FS heritability was 0.539. The greatest breeding values for GSC were estimated for Canada, with the breeding values for American lines increasing for 10 years starting in 1989 but tending to decrease after that until 2004. For DCC, the breeding values for American and Canadian lines showed similar patterns until 1999, after which the breeding values for the American lines declined sharply. For BSC, data from Korea, Canada and the USA followed similar trends overall except when the breeding values of the American lines decreased starting in 1999. Overall, the methods used to evaluate genetic performance in this study were acceptable and allowed for the discovery of differences by country of genetic origin, likely due in part to the American use of selection indexes based primarily on milk yield traits until methods for evaluating other traits began to emerge.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권2호
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• pp.89-94
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• 2012

본 연구에서는 18,668두의 농장 검정된 종돈 자료를 이용하여 유전모수 및 육종가를 추정하였다. 2007년부터 5월부터 2011년 4월까지 영광 소재 N종돈장에서 검정된 Duroc, Berkshire, Landrace 및 Yorkshire종 18,668두에 대한 자료를 근거로 하여 돼지의 주요 경제형질인 90 kg 도달일령, 등지방두께 및 등심단면적에 대한 유전력, 유전상관, 표현형상관 및 육종가를 다형질 Animal model을 이용하여 추정하였다. 본 연구에서 추정된 Duroc종에 대한 90kg 도달일령, 등지방두께 및 등심단면적에 대한 유전력은 0.22, 0.62, 0.37로 추정되었으며 Berkshire종의 유전력은 0.52, 0.57 및 0.32로 나타났고 Landrace종의 각 형질의 유전력은 0.26, 0.51 및 0.23이었으며 Yorkshire종의 유전력은 0.29, 0.47 및 0.26을 나타내었다. 본 연구에서 추정된 Duroc의 주요 경제 형질간의 유전 상관 및 표현형 상관은 90 kg 도달일령과, 등지방두께, 등심단면적, 등지방와 등심단면적간에 각각 유전, 표현형상관 0.24, -0.25과 0.11, -0.21 그리고 -0.41 및 -0.19로 추정되었으며 Berkshire종 유전 상관 및 표현형 상관은 -0.01, -0.35 및 0.01, -0.28 그리고 등지방두께에 대한 등심단면적은 -0.68 및 -0.22를 나타내었다. Landrace종의 경우 유전 상관 및 표현형 상관이 90 kg 도달일령과, 등지방두께, 등심단면적, 등지방두께와 등심단면적간에 각각 유전, 표현형 상관 0.01,.-0.23과 0.03, -0.37 그리고 -0.17 및 -0.24로 추정 되었으며 Yorkshire종은 0.01, -0.23 및 0.03, -0.37 그리고 -0.17, -0.24로 추정 되었다. 연도별 유전적 개량 추세를 살펴보면 90 kg 도달일령의 경우 매년도달일령이 짧아지는 것을 나타냈으며 등지방두께의 경우 모든 품종에서 매년 두꺼워지는 것을 보였고 등심단면적은 각 품종이 매년 증감을 반복하는 것을 나타냈다.