• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제11권2호
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• pp.302-309
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• 2001

Colony blot hybridization using a VVHP DNA probe derived from the sequence of the hemolysin gene, vvhA, was specific in identifying all V. vulnificus strains, thereby, eliminating the need for any additional phenotypic identification. The colony blot hybridization procedure revealed a sensitivity and broad applicability sufficient for the direct enumeration of V. vulnificus in various natural samples, without the use of enrichment or culturing on selective medis. V. vulnificus was detected in all natural samples collected during August and May at concentrations ranging from $2.1{\times}10^1\;to\;4.0{\times}10^3$ organisms per ml. However, during November and February, when the mean temperatures of the seawater were $12^{\circ}C$ and $5^{\circ}C$, respectively, V. vulnificus was not detected in any natural samples.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제31권4호
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• pp.319-323
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• 2004

Euphorbia lathyris의 유관세포로부터 분비되는 수용성 latex단백질을 10% SDS-polyacrylamide 전기영동으로 분리하여 특징적으로 잘 나타나고 있는 ELp65, ELp55, ELp43, ELp32 그리고 ELp23 등의 주요단백질을 확인하였다. 이들 latex 주요단백질들 중에서 ELp65는 ammonium sulfate 침전, gel permeation chromatography 그리고 ion exchange chromatography 등의 방법으로 순수 분리하였는데 ELp65의 N-terminal amino acid 서열분석에 의하면 이는 토마토의 p69a subtilisin-like pretense의 mature peptide의 앞부분과 강한 유사성을 지니고 있었으며 식물방어와 관련된 기능이 제시되었다. PCR증폭에 의하여 클로닝된 토마토의 p69a DNA를 probe로 이용하여 Southern blot hybridization을 수행한 결과 E. lathyris genome은 토마토의 subtilisin-like proteases와 유사한 정보를 지닐 수도 있는 3-5 유전자들로 구성된 gene family가 분석되었다.

• 생명과학회지
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• 제10권4호
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• pp.333-339
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• 2000

To identify genes involved in the decolorization of crystal violet, we isolated random mutants generated by transponson insertion in crystal violet-declorizing bacterium, Citrobacter sp. The resulting mutant bank yielded mutants with six distinct phenotypes, and Southern hybridization with a Tn5 fragment as a probe showed a single hybridized with six distinct phenotypes, and Southern hybridization with a Tn5 fragment as a probe showed a single hybridized band in the mutants Ctg 2, 5 an 6, whereas two and three bands were detected in Ctg1, 4 and 3, respectively. Tn5-inserted genes were isolated and the DNA sequence flanking Tn5 was determined. From comparison with a sequence database, putative protein product encoded by ctg 5 was identified as E. coli maltose transproter(Mal G) homolog, whereas the deduced amino acid sequence of the other ctg genes did not show any significant similarity with any DNA or protein sequency. Therefore, these results indicate that the other ctg genes except ctg 5 encode new proteins responsible for decolorization of crystal violet.

• 미생물학회지
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• 제37권2호
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• pp.120-123
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• 2001

Sphingomonas chungbukensis DJ77에서 난분해성 물질 분해 유전자가 chromosome 또는 plasmid 존재하는지를 규명하였다. 야생주 DJ77의 plasmid를 mitomycin C를 이용하여 curing 시킨 후, 각각 phenanthrene과 biphenyl이 단일 탄소원으로 첨가된 최소배지에서 배양한 결과 야생주는 성장을 하지만 plasmid가 제거된 DJ77은 성장하지 않았다. 각각의 plasmid DNA를 분리한 수 이미 클로닝된 방향족 탄화수소 분해에 관련된 DNA를 probe로 하여 Southern hybridization을 한 결과 야생주에서만 positive signal을 발견할 수 있었다.

• Journal of Life Science
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• 제10권1호
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• pp.10-13
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• 2000

To develope the genetic source of oak wild silkworm, Antheraea yamamai, the cDNA library was constructed with poly A+ mRNA isolated from posterial silk gland of fifth instar larvae. Titer of the cDNA library was about 5.1$\times$105 pfu in total. We presumed that the titer covered almost all transcripts existed in Antherea yamamai. From cDNA library of Antheraea yamamai, fibroin heavy chain gene, which is specifically expressed from posterial silk gland of Antheraea yamamai, was screened using oligonuclotide probe specific to alanine rich motif of fibrin heavy chain gene of Antheraea pernyi. As a result, fibroin clones isolated from 5$\times$104 plaques showed the highest homolgy (95%) with that of Antherea pernyi in nucleotide of Anthereaea yamamai and Bombyx mori shows that there is no homologous sequence in the 3+ partial 채야후 region Genomic southern hybridization suggested that one copy is present. Northern hybridization showed that fibroin transcript was approximateely 9 kb in length.

• 한국통신학회논문지
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• 제28권8C호
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• pp.803-810
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• 2003

본 논문은 여성 자궁경부암의 원인이 되는 인두유종 바이러스(papillomavirus)를 진단하기 위한 HPY-DNA 칩의 영상으로부터 탐촉자(probe)의 위치를 찾아내고 각 탐촉자에서의 교잡반응(hybridization) 여부를 결정하기 위한영상리 방법의 구현에 관한 것이다. HPV-DNA 칩은 22종의 HPV를 알아내기 위한 탐촉자들과 환자 샘플과 항상 반응하는 마커들로 구성되어 있다. 침 영상에서 탐촉자 들의 위치는 마커와 상대적으로 고정되어 있어서 도터(dotter)와 스캐너(scanner)의 정밀도에 따른 오차만을 갖는다. 한편 각 탐촉자는 진단신뢰도를 높이기 위하여 4번 씩 인쇄된다. 본 논문은 마커들간의 상대거리와 탐촉자의 중복 인쇄라는 사전정보를 템플릿 정합방법과 결합하여 안정적으로 마커를 찾고, 교잡반응 여부를 정확히 분류하는 방법을 제시한다. 정규화된 상관도를 정합도(matching measure)로 채택하여, 마커들의 상대적 위치에 대하여 평균을 취하면 안정적으로 마커를 찾을 수 있다는 것을 실험을 통하여 보인다. 또한 이미 계산된 정합도를 특징(feature) 값으로 사용하여 4개의 중복 탐촉자에 대한 평균 특징 값을 분류(classification)하면 탐촉자의 교잡반응 여부를 정확히 알아낼 수 있다는 실험 결과를 보인다.

• Journal of Radiation Protection and Research
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• 제26권2호
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• pp.101-111
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• 2001

본 연구는 염색체 1, 2, 4, 7, 8, 9 및 21번 염색체의 DNA probe를 이용하여 2Gy의 방사선을 조사한 후 DNA 양을 감안한 기대치와 관찰치의 차이를 비교함으로서 각 염색체의 방사선에 대한 감수성을 평가하여 궁극적으로 방사선 피폭시 생물학적 선량계로서 FISH기법의 타당성을 평가하고자 하였다. 1번 및 4번 염색체의 경우 상호전좌와 이동원 염색체의 관찰치가 기대치보다 더 높게 나타났으며 이와 반대로 2, 7, 8 및 9번 염색체의 경우 상호전좌와 이동원염색체의 관찰치 모두 기대치보다 낮게 나타났다. 2번 및 4번 염색체의 경우 1번 염색체보다 더 많은 acentric fragment의 빈도를 나타내었다. 1, 2, 및 4번 염색체 3종을 조합했을 때 상호전좌의 경우 관찰치와 기대치는 세포 100개당 25.5 및 25.40으로 차이가 없었으며 이동원염색체의 경우 13.25 및 13.2로 역시 거의 차이가 없게 나타났다. 따라서 본 연구결과 방사선 피폭시 발생하는 염색체이상 빈도는 염색체마다 DNA 양에 비례해 나타나지 않을 수 있어 각 염색체마다 방사선 감수성에 차이가 있을 것으로 판단된다. 또한 방사선 피폭시 생물학적 선량계로서 1, 2 및 4번을 동시에 관찰 할 경우 염색체 FISH 법을 활용하기 위하여 적절한 염색체 조합이라고 판단된다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제19권1호
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• pp.51-55
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• 1995

The DNA fragment containing ginseng ribulose-1,5-bisphosphate carboxytase/oxygenase large subunit(rbcL) gene was cloned from the ginseng chloroplast EcoRl library by colony lift hybridization with tobacco rbcL gene probe. From the screened clone, the DNA fragment containing ginseng rbcL gene was digested with several restriction enzyme and analyzed by Southern blot hybridization for the construction of restriction map. The ginseng rbcL gene fragment was subcloned in pBluescript II SK + vector and sequence analysis was performed. The nucleotide sequence of ginseng rbcL gene was compared with those of petunia, tobacco, alfalfa, rice and barley, which showed a homology of 93.1%, 95.2%, 90.5%, 85.5% and 84.3%, respectively.

• Journal of Yeungnam Medical Science
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• 제9권2호
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• pp.248-255
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• 1992

S. typhimurium의 세포내생존을 가능케하는 유전자가 다른 세균에서도 존재하는지를 조사하기 위해 8주의 세균주를 사용하였다. phoP-PhoQ operon은 세포내 환경의 자극을 인지하고 그 환경의 적응에 관여하는 유전자의 유전자표현을 조절한다고 알려져 있다. S. typhimurium의 phoP region의 514 basepairs EcoRV DNA fragment를 probe로 dot blot hybridization을 실시하였다. K. pneumoniae, P. aeruginosa, S. marscescens, E. cloacae, S. typhimurium의 phoP/phoQ gene과 유사한 DNA sequence를 가지지 않았으며 E. coli, S. dysenteriae, E. cloacae에서는 세포내 생존가능세균이 아님에도 불구하고 positive signal을 나타내었다. 이상의 결과에서 S. typhimurium외의 세포내 생존가능세균에는 phoP/PhoQ operon이 없다는 것을 알게 되었고 세포내 생존이 가능하지는 않지만 S. typhimurium과 계통발생학적으로 가까운 세균주에서 phoP/phoQ operon이 발견되었다. L. monocytogenes의 세포내 생존에는 phoP/phoQ에 의존하지 않는 어떤 다론 기전이 존재할 것으로 사료된다.

• Journal of Radiation Protection and Research
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• 제24권1호
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• pp.45-53
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• 1999

각 염색체에 특이한 DNA probe를 이용하는 FISH기법은 방사선에 의해 유발된 상호전좌 및 삽입 등의 염색체의 구조적 변화를 측정하는 매우 효과적인 방법으로서 그 활용성이 증가되고 있다. 본연구는 방사선 피폭시 생물학적 선량측정법으로서 FISH기법을 활용하기 위하여 사람의 1, 2, 4번 염색체에 특이한 probe를 이용하여 고선량 단일 피폭시 유발된 각종 염색체 이상빈도를 관찰하고 이를 PAINT분류체계에 의해 분석하였다. 방사선 조사에 의한 염색체 이상빈도는 상호전좌(t)와 이동원염색체(dic)의 수가 선량 증가에 따라 같이 증가하는 것을 알 수 있으며 color junction의 수도 선량에 따라 증가하는 것을 알 수 있었다. 상호전좌의 빈도는 이동원 염색체의 빈도보다 상대적으로 높게 나타났다. 삽입(ins), 무동원염색체(ace), 및 환상염색체(r)의 수도 선량 증가에 따라 같이 증가하는 것을 알 수 있었다. 기존의 염색체재배열 분석방법과 비교해 볼 때 FISH기법은 다양한 형태의 염색체재해열을 보다 쉽게 관찰할 수 있게 하며 생물학적 선량제로서 중요한 역할을 할 것이라 기대된다.