• 생명과학회지
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• 제14권4호
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• pp.577-581
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• 2004

Azo계 염색 폐수 처리에 활용되었던 활성 슬러지의 미생물 군집체로부터 diazo계 반응성 염료인 Reactive Black 5를 유일 탄소원으로 성장할 수 있는 Comamonas sp. AEBL-85를 분리ㆍ동정하고, Comamonas sp. AEBL-85를 이용한 Reactive Slacks에 대한 회분식 탈색 특성을 평가하였다. 염료탈색 반응 효율 향상을 위해 보조 탄소원 및 질소원 첨가하고, pH, 온도 등의 분해조건이 탈색율에 미치는 영향을 분석한 결과, 3% (w/v)의 포도당, 0.5% (w/v)의 yeast extract를 첨가한 MSM에서 pH 6.0, 온도 35$^{\circ}C$의 조건에서 탈색효율이 가장 높았다. 초기농도 50 mg/l의 Reactive Black 5에 대하여 40시간의 회분식 탈색반응을 통해 약 95% 이상의 탈색율을 얻을 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제40권2호
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• pp.121-126
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• 2004

4-chlorobiphenyl (4CB)의 분해균주인 Pseudomonas sp. strain DJ-12의 16S rDNA의 염기서열을 분석한 결과 Comamonas sp. strain DJ-12로 재분류 되었다. Pseudomonas sp. strain DJ-12로부터 4CB의 분해결과 생성되는 2,3-dihydroxybiphenyl을 계속 분해하는데 관여하는 pcbC1Dl 유전자를 이미 보고된 바 있다. 이번 연구에서는 Comamonas sp. strain DJ-12로부터 4CB 분해에 관여하는 pcbABC2D2 유전자를 클로닝하여 염기서열을 분석하였다. PcbAB 및 pcbCD 유전자들의 염기서열은 48, 65％, 추정 아미노산 서열은 33, 42％의 낮은 유사도를 보였다. 본 연구에서 얻어진 pcbC2D2 유전자는 이미 보고만 pcbCIDl 유전자와 염기의 개수와 서열의 유사도가 서로 다름을 보여 주었다. Comamonas sp. strain DJ-12의 두 가지 pcbCD유전자들은 Southern hybridization 결과에서도 유사성을 보이지 않았으며, 서로 다른 위치에 존재함을 보여주었다. 그러나 2,3-dihydroxybiphenyl의 분해 특성은 동일하였다. 이와 같은 결과는 Comamonas sp. strain DJ-12 균주가 2조의 pcbCD 유전자를 가지고 있다는 것을 의미하는 것이다.

• Journal of Microbiology
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• 제41권2호
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• pp.89-94
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• 2003

Bacterial strain No. P08 isolated from wastewater at the Cheongju industrial complex was found to be capable of degrading 4-chlorobenzoate under aerobic condition. P08 was identified as Comamonas sp. from its cellular fatty acid composition and 16S rDNA sequence. The fcb genes, responsible for the hydrolytic dechlorination of 4-chlorobenzoate, were cloned from the plasmid pJJl of Comamonas sp. P08. The fcb gene cluster of comamonas sp. PO8 was organized in the order fcbB-fcbA-fcbTl-fcbT2-fcbT3-fcbC. This organization of the fcb genes was very similar to that of the fcb genes carried on the chromosomal DNA of pseudomonas sp. DJ-12. However, it differed from the fcbA-fcbB -fcbC ordering of Arthrobacter sp. SU. The nucleotide sequences of the fcbABC genes of strain P08 showed 98% and 53% identities to those of Pseudomonas sp. DJ-12 and Arthrobacter sp. SU, respectively. This suggests that the fcb genes might have been derived from Pseudomonas sp. DJ-12 to form plasmid pJSl in Comamonas sp. P08, or that the fcb genes in strain DJ-12 were transposed from Comamonas sp. P08 plasmid.

• 미생물학회지
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• 제41권3호
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• pp.195-200
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• 2005

Comamonas sp. strain DJ-12의 pmcABCDEFT 유전자군은 protocatechuate (PCA)의 분해과정에 관여하는 PCA 4,5-dioxygenase, 4-carboxy-2hydroxymuconic semialdehyde (CHMS) dehydrogenase, 2-pyrone04,5-dicarboxylate(PDC) hydrolase, 4-oxalomesaconate (OMA) hydratase, 그리고 4-oxalocitramalate (OCM) aldolase 등의 효소들을 생산하는 유전자들과 transporter의 역학을 하는 유전자로 각각 확인되었다. 이 유전자군은 Comamonas sp. strain DJ-12의 chromosomal DNA로부터 얻은 PCR 산물들을 T-vector에 ligation하여 재조합 플라스미드 pMT1, pMT2, pMT3, pMT4, pMT5, pMT6, pMT7, pMT8, pMT9, pMT10을 제조하였다. 이들 재조합 플라스미드의 염기서열을 분석한 결과 PCA 4,5-dioxygenase 유전자는 alpha(pmcA)와 beta(pmcB) 두 개의 subunit으로 구성 되어있으며, 각각 450 bp와 870 bp이었다. CHMS dehydrogenase 유전자(pmcC)는 960 bp, PDC hydrolase 유전자(pmcD)는 918 bp이였으며, OMA hydratase 유전자(pmcE)는 1029 bp, OCM aldolase 유전자 (pmcF)는 689 bp, 그리고 transporter 유전자(pmcT)는 1,398 bp이였다. 이들 pmc 유전자들은 pmcT-pmcE-pmcF-pmcD-pmcA-pmcB-pmcC의 순서로 배열되어 있었다. Comamonas sp. strain DJ-12의 pmcABCDEFT 유전자산물의 아미노산 서열을 분석한 결과, Comamonas testosteroni BR6020 및 Psedomonas ochraceae NG.J1와 $94{\~}98\%$의 높은 유사성을 보였고, 그 유전자들의 배열 순서도 동일하였다. 그러나 Sphingomonas paucimobilis SYK-6, Sphingomonas sp. LB126, 그리고 Arthrobacter keyser 12B와는 아미노산 서열이 $52{\~}74\%$의 유사성을 보였고, 그 유전자의 배열 구조도 상이하였다.

• 미생물학회지
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• 제41권1호
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• pp.13-17
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• 2005

본 연구에서는 이 전 연구에서 단일 탄소원과 질소원 및 에너지원으로 aniline을 이용하는 Delftia sp. JK-2에서 분리, 정제된 바 있는 C2,3O의 N-말단 아미노산과 DNA 서열을 분석하였다. Aniline에서 배양한 Delftia sp. JK-2에서 분리된 약 35kDa의 C2,3O의 N-말단 아미노산 서열을 분석 한 결과 $^1MGVMRIGHASLKVMDMDAAVRHYENV^{26}$로 Pseudomonas sp. AW-2와 Comamonas sp. JS765의 C2,3O와 일치하는 것으로 나타났다. 위에서 확인된 아미노산 서열을 바탕으로 제작된 primer와 JK-2의 total genomic DNA를 기질로 사용하여 PCR을 수행한 결과 약 950 bp의 유전자 증폭산물을 획득하였다. 이 증폭산물 중 정확히 확인된 890 bp의 염기서열을 분석한 결과 Delftia JK-2의 C2,3O유전자 염기서열은 Pseudomonas su. AW-2의 C2,3O와 일치하였으며 Comamonas sp. Js765의 C2,3O와 $97\%$의 높은 상동성을 나타내었다.

• 미생물학회지
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• 제55권3호
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• pp.309-312
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• 2019

본 연구에서는 폐수처리장의 바이오필터로부터 Comamonas sp. NLF-7-7 균주를 분리하고 유전체서열을 PacBio RS II와 Illumina HiSeqXten 플랫폼을 사용하여 분석하였다. 염색체의 크기는 3,333,437 bp로 G + C 구성 비율은 68.04%, 총 유전자수는 3,197개, rRNA는 9개 및 tRNA는 49개로 구성되었다. 본 유전체는 오염물질분해와 플록형성에 관여하는 황산화 경로 유전자(SoxY, SoxZ, SoxA 및 SoxB)와 플록형성 경로 유전자(EpsG, EpsE, EpsF, EpsG, EpsL 및 glycosyltransferase)를 포함하고 있다. 이러한 Comamonas sp. NLF-7-7 균주는 폐수를 정화하는데 활용될 수 있다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제13권4호
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• pp.487-494
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• 2003

2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase (23DBDO), an enzyme of the biphenyl biodegradation pathway encoded by the bphC gene of Comnmonas sp. SMN4, was expressed and purified using column chromatographies. SDS-PAGE of purified 23DBDO showed a single band with a molecular mass of 32 kDa, which was consistent with the data from the gel filtration chromatography (GFC). The purified enzyme exhibited a maximum 23DBDO activity at pH 9.0 and was stable at pH 8.0. The enzyme showed maximum activity at $40^{\circ}C$ and maintained activity at $30^{\circ}C$ for 24 h. Kinetic parameters represented by Michaelis-Menten constants such as $K_m\;and\;V_{max}$ values for various substrates were determined by Lineweaver-Burk plots: The purified enzyme 23DBDO from Comamonas sp. SMN4 had the highest catalytic activity for 2,3-dihydroxybiphenyl and 3-methylcatechol, and had very poor activity with catechol and 4-methylcatechol.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제16권12호
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• pp.1795-1798
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• 2003

Fecal malodor is an acute environmental issue to be solved for the intensive animal agriculture in Japan. Among these substances volatile sulfur such as hydrogen sulfide (HS), methanethiol, and dimethyl sulfide, and dimethyl disulfide are the ones most strictly controlled in the Japanese national regulations. In this experiment, we have screened a range of standard strains of chemoheterotrophic bacteria and of the presently isolated soil bacteria for their capacity to decompose HS. We have demonstrated that Comamonas testosteroni $JCM5832^T$ and our isolate Bacillus sp. had a potential to reduce malodor when applied to the pig feces.

• 미생물학회지
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• 제39권1호
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• pp.1-7
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• 2003

단일 탄소원과 질소원 및 에너지원으로 aniline을 이용하는 Delftia sp. JK-2에서 분리 정제한 catechol 2,3-dioxygenase (C2,3O)의 특성과 N-말단 아미노산 및 DNA 서열을 분석하였다. C2,3O의 특성을 조사하기 위하여 aniline에서 배양한 Delftia sp. JK-2를 초음파 분쇄기로 파쇄하였으며, ammonium sulfate precipitation과 DEAE-sepharose로 정제하였다. 정제된 C2,3O의 고유활성(specific activity)은 약4.72 unit/mg이었으며, C2,3O는 catechol과4-methylcatechol 대해서 효소활성을 나타내었다. C2,3O는$30^{\circ}C$와pH 8.0에서 최적 활성을 나타내는 것으로 조사되었으며, $Ag^{+}$, $Hg^{+}$,그리고 $Cu^{2+}$는 Deftia sp. JK-2의 C2,3O 활성을 억제하였다. SDS-PAGE에 의해 측정 된C2,3O의 분자량은 약 35 KDa이었으며, N-말단 아미노산 서열을 분석한 결과, $^{1}MGVMRIG-HASLKVMDMDA- AVRHYENV^{26}$로 확인되었다. 이 N-말단 아미노산 서열은 Pseudomonas sp. AW-2와 Coma-monas sp. Js765의 C2,30와 일치하는 것으로 나타났으며, 얻어진 결과를 토대로 primer를 제작하여 polymerase chain reaction (PCR)을 실시하였다. PCR을 통해 얻어진 Delftia sp. JK-2의 C2,30유전자 DNA서열을 분석하여 상동성 조사를 하였다. DNA서열의 상동성 조사는 유추되는 아미노산 서 열로 바꾸어서 실시하였으며,그 결과 Deftia JK-2의 C2,3O는Pseudomonas sp. AW-2의 C2,3O(100%)와 Coma-monas sp. JS76S의 C2,3O(97%)에서 높은 상동성 이 확인되었다.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2001년도 추계학술대회
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• pp.16-25
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• 2001

A genomic library of biphenyl-degrading strain Comamonas sp. SMN4 was constructed by using the cosmid vector pWE15 and introduced into Escherichia coli. Of 1,000 recombinant clones tested, two clones that expressed 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase activity were found (named pNB 1 and pNB2). From pNB1 clone, subclone pNA210, demonstrated 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase activity, is isolated. 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase (23DBDO, BphC) is an extradiol-type dioxygenase that involved in third step of biphenyl degradation pathway. The nucleotide sequence of the Comamonas sp. SMN4 gene bphC, which encodes 23DBDO, was cloned into a plasmid pQE30. The His-tagged 23DBDO produced by a recombinant Escherichia coli, SG 13009 (pREP4)(pNPC), and purified with a Ni-nitrilotriacetic acid resin affinity column using the His-bind Qiagen system. The His-tagged 23DBDO construction was active. SDS-PAGE analysis of the purified active 23DBDO gave a single band of 32 kDa; this is in agreement with the size of the bphC coding region. The 23DBDO exhibited maximum activity at pH 9.0. The CD data for the pHs, showed that this enzyme had a typical a-helical folding structures at neutral pHs ranged from pH 4.5 to pH 9.0. This structure maintained up to pH 10.5. However, this high stable folding strucure was converted to unfolded structure in acidic region (pH 2.5) or in high pH (pH 12.0). The result of CD spectra observed with pH effects on 23DBDO activity, suggested that charge transition by pH change have affected change of conformational structure for 23DBDO catalytic reaction. The $K_m$ for 2,3-dihydroxybiphenyl, 3-metylcatechol, 4-methylcatechol and catechol was 11.7 $\mu$M, 24 $\mu$M, 50 mM and 625 $\mu$M.