• Molecules and Cells
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• 제24권1호
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• pp.105-112
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• 2007

Most neuroblastoma cells have chromosomal aberrations such as gains, losses, amplifications and deletions of DNA. Conventional approaches like fluorescence in situ hybridization (FISH) or metaphase comparative genomic hybridization (CGH) can detect chromosomal aberrations, but their resolution is low. In this study we used array-based comparative genomic hybridization to identify the chromosomal aberrations in human neuroblastoma SH-SY5Y cells. The DNA microarray consisting of 4000 bacterial artificial chromosome (BAC) clones was able to detect chromosomal regions with aberrations. The SH-SY5Y cells showed chromosomal gains in 1q12~ q44 (Chr1:142188905-246084832), 7 (over the whole chro-mosome), 2p25.3~p16.3 (Chr2:18179-47899074), and 17q 21.32~q25.3 (Chr17:42153031-78607159), while chromosomal losses detected were the distal deletion of 1p36.33 (Chr1:552910-563807), 14q21.1~q21.3 (Chr14:37666271-47282550), and 22q13.1~q13.2 (Chr22:36885764-4190 7123). Except for the gain in 17q21 and the loss in 1p36, the other regions of gain or loss in SH-SY5Y cells were newly identified.

• 생명과학회지
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• 제11권3호
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• pp.279-283
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• 2001

Amyotrophic lateral sclerosis(ALS) is a progressive neurologic disorder resulting from the degeneration of upper and lower motor neurons, and is inherited in 10% of cases. About 20% of familial ALS, clinically indistinguishable from sporadic ALS, is caused by mutations of Cu/Zn superoxide dismutase on chromosome 21q22.21 inherited as an autosomal dominant trait. We now report a new locus in the non-SOD1 dominantly inherited ALS. We screened a large ALS family with 11 affected individuals and one obligate gene carrier with genome-wide ABI polymorphic markers using the ABI 377 automated system. No evidence of linkage was obtained with the autosomal markers. We next screened this family with X chromosome markers as there was no evidence of male-to-male tran-smission of the disease. Linkage was established with several X chromosome markers with a lod score up to 3.8; almost the maximum possible score in this family. Our finding imply that a gene for the dominant expression of a neuronal degeneration is coded on X chromosome and raise the question of the role of X-linked genes that escape inactivation in this pathogenesis. More importantly, our finding that a gene causing ALS is localized on X-chromosome has direct investigational relevance to sporadic ALS, where epidemiological studies show male gender predominance(1.3:1) and earlier onset in men by 5-10 years.

• Molecules and Cells
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• 제22권3호
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• pp.360-363
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• 2006

Human endogenous retroviruses (HERVs) contribute to various kinds of genomic instability via rearrangement and retrotransposition events. In the present study the formation of a new human-specific solo-LTR belonging to the HERV-H family (AP001667; chromosome 21q21) was detected by a comparative analysis of human chromosome 21 and chimpanzee chromosome 22. The solo-LTR was formed as a result of an equal homologous recombination excision event. Several evolutionary processes have occurred at this locus during primate evolution, indicating that mammalian-wide interspersed repeat (MIR) and full-length HERV-H elements integrated into hominoid genomes after the divergence of Old World monkeys and hominoids, and that the solo-LTR element was created by recombination excision of the HERV-H only in the human genome.

• Neonatal Medicine
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• 제16권1호
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• pp.71-75
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• 2009

9번 염색체 장완의 중복은 거의 드문 형태의 염색체 이상이며, 특징적인 얼굴형태와 손가락 형태, 정신지체 등이 나타나는 것으로 알려져 있다. 얼굴 형태는 정상이었으나 선천성 심장기형과 수신증, 음낭 탈장이 동반된 미숙아에게서 46,X,Y,dup(9)(q21.2q22.1)를 확인하였고, 표현형이 정상인 환아의 아버지에게서 유래된 것으로 생각되어진 예를 경험하였기에 보고하는 바이다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제15권1호
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• pp.34-37
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• 2018

A 1q21.1 microdeletion is an extremely rare chromosomal abnormality that results in phenotypic diversity and incomplete penetrance. Patients with a 1q21.1 microdeletion exhibit neurological-psychiatric problems, microcephaly, epilepsy, facial dysmorphism, cataract, and thrombocytopenia absent radius syndrome. We reported a neonate with confirmed intrauterine growth restriction (IUGR), micrognathia, glossoptosis, upper airway obstruction, facial dysmorphism, and eye abnormality at birth as well as developmental delay at the age of 1 year. These clinical manifestations, except for the IUGR and upper airway obstruction, in the neonate indicated a 1q21.1 microdeletion. Here, we report a rare case of a 1q21.1 microdeletion obtained via paternal inheritance in a newborn with upper airway obstruction caused by glossoptosis and tracheal stenosis.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제7권1호
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• pp.82-86
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• 2010

Jumping translocation (JT)은 여러 세포주에서 하나의 공여 염색체가 둘 이상의 수여 염색체와 염색체 재배열을 보이는 염색체의 구조적 이상으로 종양 세포인 림프성 혈액암에서 빈번하게 관찰되는 획득성(acquired) JT에 비해 체질성(constitutional) JT는 매우 드물게 보고되고 있다. 본 증례에서는 자연 유산된 수태산물에서 관찰된 체질성 JT 2례를 보고하고자 한다. 증례 1은 임신 7주 유산아 조직의 세포유전학적 검사에서 핵형분석 결과는 46,XY,add(18)(p11.1)[61]/45,XY,der(18;21)(q10;q10)[32]/46,XY,-18,+mar[16]/46,XY,i(18)(q10)[9]/45,XY,der(15;18)(q10;q10)[6]/46,XY,+1,dic(1;18)(p22;p11.1)[2]/45,XY,der(13;18)(q10;q10)[1]/46,XY[32]로 관찰되었다. 공여 염색체는 18번이고 수여 염색체는 1, 13, 15, 18, 21번이었다. 증례2는 임신 6주째 자연 유산된 유산아 조직으로부터 세포 유전학적 검사를 실시한 결과, 핵형은 46,XY,der(22)t(9;22)(q12;q13)[22]/46,XY,der(22)t(1;22)(q21;q13)[13]/46,XY,add(22)(q13)[5]/46,XY[23]고 관찰되었다. 공여 염색체는 22번이고 수여 염색체는1, 9번이었다. 2례모두de novo였고 acrocentric 염색체를 수반하였으며 절단점은 대부분 중심절과 중심절 주위, 말단체에 존재하였다. 본 증례는 매우 드물게 관찰되는 체질성 JT로서 임신 초기 세포 분열 단계에서 발생했고 다양한 세포주에서 나타난 비정상 핵형으로 인해 정상적인 배발달이 이루어지지 못하여 자연 유산된 것으로 생각된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권11호
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• pp.5391-5397
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• 2012

Background: Neuroblastoma (NB), like most human cancers, is characterized by genomic instability, manifested at the chromosomal level as allelic gain, loss or rearrangement. Genetics methods, as well as conventional and molecular cytogenetics may provide valuable clues for the identification of target loci and successful search for major genes in neuroblastoma. We aimed to investigate AURKA and MYCN gene rearrangements and the chromosomal aberrations (CAs) to determine the prognosis of neuroblastoma. Methods: We performed cytogenetic analysis by G-banding in 25 cases [11 girls (44%) and 14 boys (66%)] and in 25 controls. Fluorescence in situ hybridization (FISH) with AURKA and MYCN gene probes was also used on interphase nuclei to screen for alterations. Results: Some 18.4% of patient cells exhibited CAs., with a significant difference between patient and control groups in the frequencies (P<0.0001). Some 72% of the cells had structural aberrations, and only 28% had numerical chnages in patients. Structural aberrations consisted of deletions, translocations, breaks and fragility in various chromosomes, 84% and 52% of the patients having deletions and translocations, respectively. Among these expressed CAs, there was a higher frequency at 1q21, 1q32, 2q21, 2q31, 2p24, 4q31, 9q11, 9q22, 13q14, 14q11.2, 14q24, and 15q22 in patients. 32% of the patients had chromosome breaks, most frequently in chromosomes 1, 2, 3, 4, 5, 8, 9, 11, 12, 19 and X. The number of cells with breaks and the genomic damage frequencies were higher in patients (p<0.001). Aneuploidies in chromosomes X, 22, 3, 17 and 18 were most frequently observed. Numerical chromosome abnormalities were distinctive in 10.7% of sex chromosomes. Fragile sites were observed in 16% of our patients. Conclusion: Our data confirmed that there is a close correlation between amplification of the two genes, amplification of MYCN possibly contributing significantly to the oncogenic properties of AURKA. The high frequencies of chromosomal aberrations and amplifications of AURKA and MYCN genes indicate prognostic value in children with neuroblastomas and may point to contributing factors in their development.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제49권1호
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• pp.49-59
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• 2000

연구배경 : 암 발생 및 진행 과정 중 암유전자의 활성화, 종양억제유전자의 불활성화 등이 중요한 역할을 한다고 알려져 있으며, 종양억제유전자의 불활성화는 많은 경우에서 하나의 대립형질의 돌연변이와 다른 대립 형질의 결손에 의한다고 한다. 따라서 암 발생 및 진행에 관여하는 특이 종양 억제유전자를 찾고자 종양 억제유전자 불활성의 특성인 LOH를 분석하는 다양한 연구를 시행하여 왔다. 아직까지 소세포폐암과 관련된 특이 유전자가 확인되지 않았기 때문에 원발성 소세포폐암의 발생과 진행에 병인적 중요성을 갖는 종양억제 유전자를 찾고자 시행하였다. 대상 및 방법 : 연세대학교 의과대학 세브란스병원에서 원발성 소세포폐암으로 진단된 15명의 남자 환자를 대상으로 하였다. 암 조직과 이에 대응하는 정상 조직의 파라핀포매 블록으로부터 DNA를 추출하였으며, 염색체 5번 장완에 위치하는 19개의 현미부수체 표지자들을 이용하여 PCR-LOH 분석을 시행하였다. 결과 : 1) 15예 중에서 LOH가 1개라도 관찰된 경우는 10예로 66.7%이었다 (Fig. 1). 2) LOH가 있는 10예 중 검사를 시행한 모든 표지자들의 결혼이 있는 경우는 2예(SCLC1, SCLC3)로써 13%이었다 (Fig. 1). 3) 경사를 시행한 19개의 표지자들중 5개에서 50% 이상의 LOH 빈도를 확인할 수 있었는데 5q14-15에 위치하는 D5S409와 5q23-31에 위치하는 D5S404와 사이인 18.3 cM 간격에서 57.1%, 5q31.l에 위치한 IRF-1에서 63.6%, 5q31.3-33.3에 위치하는 D5S209에서 54.5%, 5q34-35에 위치하는 D5S400에서 54.5%, 그리고 5q34-qter에 위치하는 D5S429와 5q35.2-35.3에 위치하는 D5S498사이인 5.5cM 간격에서 75%의 빈도로 관찰되었다(Table 1, Fig. 1, Fig. 2). 4) Shifted bands는 15예 중 3예에서 관찰되었는데 SCLC8에서 26.3%, SCLC 6 에서 5.3%, SCLC14 에서 5.3%의 altered loci가 관찰되었다 (Fig. 1, Fig. 2). 5) Shifted bands는 검사한 총 285 loci 중 2.5%인 7 loci에서 관찰되었다 (Fig. 1). 결론 : 염색체 5번의 장완에는 원발성 소세포폐암 일부에서 발생 및 진행에 관여하는 최소 5개의 종양억제유전자좌가 존재할 것으로 생각되며, 향후 특이 유전자를 찾기 위한 추가적인 노력이 있어야 할 것으로 생각된다.

• IMMUNE NETWORK
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• 제13권5호
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• pp.222-226
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• 2013

Translocations involving chromosome 21q22 are frequently observed in hematologic malignancies including acute myeloid leukemia (AML), most of which have been known to be involved in malignant transformation through transcriptional dysregulation of Runt-related transcription factor 1 (RUNX1) target genes. Nineteen RUNX1 translocational partner genes, at least, have been identified, but not Homeobox A (HOXA) genes so far. We report a novel translocation of RUNX1 into the HOXA gene cluster in a 57-year-old female AML patient who had been diagnosed with myelofibrosis 39 months ahead. G-banding showed 46,XX,t(7;21)(p15;q22). The involvement of RUNX1 and HOXA genes was confirmed by fluorescence in situ hybridization.

• Journal of Chest Surgery
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• 제42권2호
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• pp.141-147
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• 2009

배경: 폐암의 암화과정에 관여하는 21번 염색체 장완에 존재하는 종양억제유전자를 발굴하고자 하였다. 대상 및 방법: 21q11.2 구역의 USP25, 21q21.2 구역의 NCAM2, ADAMTS1, 그리고 21q22.1 구역의 Claudin-8 (CLDN8), Claudin-17 (CLDN17), TIAM1 유전자를 대상으로 비소세포폐암 세포주에서 이들 유전자의 발현 정도와 돌연변이 및 촉진자 메틸화 유무를 조사하였다. 결과: 13가지 비소세포폐암 세포주 가운데 7가지 세포주(L132, H157, H358, H522, H1299, H1703, HCC2108)에서 CLDN8, CLDN17의 발현이 유의하게 감소되었고, ADAMTS1의 경우 6가지 세포주(A549, SW900, H1299, H1373, H1703, H1793)에서 발현양이 유의하게 감소되었다. 유전자 발현의 감소가 있는 세포주와 그렇지 않은 세포주간의 PCR-SSCP의 band pattern의 차이가 없으며 염기서열의 분석에서도 genetic alteration은 관찰되지 않았다. 발현이 감소되어 있는 세포주에 5-Aza-CdR을 처리한 경우 유전자의 발현양이 유의하게 증가되었다. 결론: ADMTS1, CLDN8, CLDN17 유전자는 폐암의 암화과정에 관여하는 종양억제유전자일 가능성을 시사하며, 유전자의 발현 감소는 유전자 촉진자 부위의 methylation에 의함을 시사한다.