• 대한세포병리학회지
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• 제19권2호
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• pp.194-199
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• 2008

The recent WHO classification has recognized mucinous tubular and spindle cell carcinoma (MTSCC) as a distinct entity of renal cell carcinoma, exhibiting a mixed pattern of tubules and a surrounding spindle cell proliferation within a myxoid stroma, with low-grade nuclear features. A 51-year-old woman had an incidentally discovered renal mass. Radiologic examination revealed a large, well defined mass in the lower pole of the right kidney; a right radical nephrectomy was performed. Imprint cytologic smears from fresh surgical specimens showed cellular, cohesive clusters with thick, broad trabecular arrangements and branching structures. On high power fields, the tumor was composed of round-to-oval low-grade nuclei with vesicular chromatin and small nucleoli. The tumor cells had indistinct borders and pale, eosinophilic cytoplasm, In some areas, round-to-elongated tubular structures and spindle cell patterns were noted. Chronic inflammatory cell infiltration was noted, along with a mucinous back-ground and occasional psammoma bodies. Neither significant cytologic atypia nor mitosis was seen.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제24권6호
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• pp.441-452
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• 2020

In vivo animal models are limited in their ability to mimic the extremely complex systems of the human body, and there is increasing disquiet about the ethics of animal research. Many authorities in different geographical areas are considering implementing a ban on animal testing, including testing for cosmetics and pharmaceuticals. Therefore, there is a need for research into systems that can replicate the responses of laboratory animals and simulate environments similar to the human body in a laboratory. An in vitro two-dimensional cell culture model is widely used, because such a system is relatively inexpensive, easy to implement, and can gather considerable amounts of reference data. However, these models lack a real physiological extracellular environment. Recent advances in stem cell biology, tissue engineering, and microfabrication techniques have facilitated the development of various 3D cell culture models. These include multicellular spheroids, organoids, and organs-on-chips, each of which has its own advantages and limitations. Organoids are organ-specific cell clusters created by aggregating cells derived from pluripotent, adult, and cancer stem cells. Patient-derived organoids can be used as models of human disease in a culture dish. Biomimetic organ chips are models that replicate the physiological and mechanical functions of human organs. Many organoids and organ-on-a-chips have been developed for drug screening and testing, so competition for patents between countries is also intensifying. We analyzed the scientific and technological trends underlying these cutting-edge models, which are developed for use as non-animal models for testing safety and efficacy at the nonclinical stages of drug development.

• Molecules and Cells
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• 제44권11호
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• pp.784-794
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• 2021

Leiomyosarcoma (LMS) is a mesenchymal malignancy with a complex karyotype. Despite accumulated evidence, the factors contributing to the development of LMS are unclear. Here, we investigated the role of tight-junction protein 1 (TJP1), a membrane-associated intercellular barrier protein during the development of LMS and the tumor microenvironment. We orthotopically transplanted SK-LMS-1 cells and their derivatives in terms of TJP1 expression by intramuscular injection, such as SK-LMS-1 Sh-Control cells and SK-LMS-1 Sh-TJP1. We observed robust tumor growth in mice transplanted with LMS cell lines expressing TJP1 while no tumor mass was found in mice transplanted with SK-LMS-1 Sh-TJP1 cells with silenced TJP1 expression. Tissues from mice were stained and further analyzed to clarify the effects of TJP1 expression on tumor development and the tumor microenvironment. To identify the TJP1-dependent factors important in the development of LMS, genes with altered expression were selected in SK-LMS-1 cells such as cyclinD1, CSF1 and so on. The top 10% of highly expressed genes in LMS tissues were obtained from public databases. Further analysis revealed two clusters related to cell proliferation and the tumor microenvironment. Furthermore, integrated analyses of the gene expression networks revealed correlations among TJP1, CSF1 and CTLA4 at the mRNA level, suggesting a possible role for TJP1 in the immune environment. Taken together, these results imply that TJP1 contributes to the development of sarcoma by proliferation through modulating cell-cell aggregation and communication through cytokines in the tumor microenvironment and might be a beneficial therapeutic target.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제49권3호
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• pp.458-465
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• 2021

Tubulysin은 다양한 암세포주에 대해 강한 항암활성을 보이는 점액세균 유래 이차대사 생리활성물질이다. 본 연구에서는 tubulysin을 생산하는 두 균주의 점액세균 Archangium gephyra MEHO_002와 MEHO_004의 유전체 분석을 통해 tubulysin 생합성 유전자들로 추정되는 유전자군을 발견하였으며, 플라스미드 삽입에 의한 유전자 불활성화를 통해 이들 유전자들이 tubulysin 생산과 직접 연관되어 있음을 확인하였다. A. gephyra MEHO_002와 MEHO_004 균주의 tubulysin 생합성 유전자군(tubA~tubF)은 DNA 염기서열이 서로 97% 동일하였으며, 암호화하는 단백질들의 아미노산 서열도 서로 97-100% 유사하였다. MEHO_002와 MEHO_004 균주의 tubulysin 생합성 유전자군은 tubulysin 생산 점액세균으로 알려진 Cystobacter sp. SBCb004의 tubulysin 생합성 유전자군과 DNA 염기서열이 86% 동일하였다. 유전자군의 구성은 tubZ 유전자가 존재하지 않는다는 점을 제외하고는 SBCb004의 tubulysin 생합성 유전자군 구성과 동일하였다. 각 유전자가 암호화하는 단백질의 아미노산 서열은 Cystobacter sp. SBCb004의 tubulysin 생합성 유전자가 암호화하는 단백질들과 88-97% 유사하였으며, 각 단백질들의 도메인 구성도 동일하였다.

• 원예과학기술지
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• 제31권4호
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• pp.407-414
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• 2013

본 연구는 '만풍배'의 생육단계 및 괘대 유무에 따른 과실의 해부학적 차이를 알아보고, 수확기 과실의 품질 및 착색특성 관찰을 통하여 '만풍배'의 생리적 특징을 이해하기 위하여 수행되었다. 만개기의 과실구조는 바깥쪽으로부터 외표피층, 아표피층, 유조직층, 내표피층으로 구성되어 있으며 아표피층을 이루는 세포 층수는 만개기부터 만개 후 77일까지 9-13층까지 최대로 증가하여 '만풍배'의 세포 분열 기간은 만개 후 77일까지로 조사되었다. 이 기간 동안 아표피층에서 유관속조직까지의 두께는 $73.1{\mu}m$부터 $195{\mu}m$까지 증가하였다. 석세포는 만개 후 7일부터 관찰되어 만개 후 49일에는 석세포군이 형성되어 있었다. 코르크층은 만개 후 49-77일 사이에 형성되었다. 성숙기인 만개 후 161일 '만풍배' 과실의 과피는 바깥쪽부터 코르크층은 4.5층, 아표피층은 7개의 세포층으로 구성되어 있었고 아표피층에는 탄닌이 분포해 있었다. '만풍배'의 괘대 유무에 따른 과실비대 및 조직발달을 비교한 결과, 괘대 초기에는 코르크층이 유대재배구에서 더 빨리 생겨나는 것으로 관찰되었으나 성숙기에는 3층 정도 무대재배구에서 더 두꺼워지는 것을 관찰할 수 있었다. 석세포군의 크기는 두 실험구 모두 불균일하게 분포되어 있었으며 과중은 무대재배구에서 더 높았으나 수확기의 당도는 괘대 유무에 따른 차이를 보이지 않았다. '만풍배'의 수확기 과중 등급은 301g부터 900g 이상까지 분포하였고, 그 중 551-800g의 과실이 총 수확량의 71.6%로 가장 많았으며 이 범위의 평균 과중은 677.2g이었다. 과실품질은 가용성 고형물 함량 $10.1-12.1^{\circ}Brix$, 산도 0.10-1.24%, 당산비 9.76-14.31로 분포하였으며 과중과 가용성 고형물 함량은 매우 높은 정의 상관관계를 나타내어 과실 크기가 클수록 가용성 고형물 함량도 높았다. 반면에 경도는 과중 및 가용성 고형물 함량과 높은 부의 상관관계를 나타내어 과실크기가 클수록 낮은 경향을 나타냈다. 과피의 황갈색 부분과 녹색 부분을 구분하여 코르크층 수와 함께 엽록소 함량을 조사한 결과, 코르크층은 황갈색 부분은 3.8층, 녹색부분은 3.5층으로 거의 차이를 보이지 않았으나 엽록소 함량은 녹색부분이 많은 것으로 조사되었다.

• 한국산림과학회지
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• 제81권2호
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• pp.183-190
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• 1992

기내배양된 현사시나무의 조직배양세포로부터 안토시아닌 생성과 세포생장에 적합한 요인을 구명하여 차후 기내배양을 통한 2차대사산물생산의 기초자료를 제공하고자 연구를 수행하였다. Callus는 0.5mg/l 2, 4-D, 0.1mg/l BAP을 첨가한 MS배지에서 유발시켜 같은 배지에서 증식하였다. 안토지아닌 생산은 MS 기본배지를 기준으로 하여 질산염은 12.5% 감량시키고 인산염은 400%로 증가시켜 5% sucrose와 1.0mg/l IAA 및 1.0mg/l BAP를 첨가한후 7,000 lux의 연속광 하에서 배양했을 때 가장 높게 나타났다. 그러나 세포의 생장은 MS 기본배지를 기준으로 하여 질산염은 50% 감량시키고 인산염은 400%로 증가시켜 5% sucrose와 0.5mg/l 2, 4-D를 첨가한 배지에서 가장 양호한 결과를 얻었다. 안토시아닌의 동정은 1% 염산-메탄올의 유기용매로 추출하여 정제 후 TLC와 UV spectrophotometer로 확인한 결과 pelargonidin 3-rhamnoside-5-glucose로 추정되었다.

• 대한세포병리학회지
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• 제9권2호
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• pp.169-180
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• 1998

Fine needle aspiration cytology(FNAC) has been used effectively as the initial modality in evaluating various thyroid lesions. We correlated cytologic and histopathologic features to investigate the diagnostic pitfalls of FNAC of the thyroid. A total of 1,593 FNACs of the thyroid were diagnosed at the Department of Pathology, Hanyang University Hospital, from January 1993 to December 1997 There were 963 cytologically benign cases(60.5%), 97 suspicious cases(6.1%), and 75 malignant cases(4.71%). The remaining 458 cases(28.8%) were unsatisfactory. Subsequent surgical resection was done in 192 cases. Seventy-two cases(37.5%) were cytologically diagnosed as benign, 45 cases(23.4%) suspicious, 56 cases(29.2%) malignant, and 19 cases(9.9%) unsatisfactory. Histopathologically, 101 cases were benign(11 thyroidites, 52 adenomatous hyperplasias, 34 follicular adenomas, and four Hurthle cell adenomas), and 91 cases malignant(72 papillary carcinomas, 16 follicular carcinomas, one medullary carcinoma, one anaplastic carcinoma, and one granular cell tumor). After excluding 19 unsatisfactory cases, 63 were misdiagnosed. They included 17 benign(three thyroidites and 14 adenomatous hyperplasias), 27 suspicious(10 follicular adenomas, four Hurthle cell adenomas, and seven follicular carcinomas), and 19 malignant(16 papillary carcinoma, one medullary carcinoma, one anaplastic carcinoma. and one granular cell tumor) lesions. The accuracy rates in the benign, suspicious, and malignant categories were 54.9%, 49.8%, & 92.8%, respectively. The cytological pitfalls were as follows: (1) background, (2) crowded follicular cell clusters indistinguishable between follicular neoplasia and adenomatous hyperplasia, (3) papillary structure, irregular nuclear membrane and pleomorphism mimicking those of papillary carcinoma, (4) indistinct eosinophilia in follicular epithelial cells, (5) unusual cellular components not commonly seen in FNACS of the thyroid.

• 응용통계연구
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• 제33권4호
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• pp.511-526
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• 2020

단세포 RNA 시퀀싱 데이터(single-cell RNA-sequencing data, 이하 단세포 RNA 데이터)는 세포 조직으로부터 추출한 각 단세포 별 유전자의 신호를 기록한 데이터로, 세포 간의 이질성을 파악하는 것을 주요 목적으로 한다. 그러나 단세포 RNA 데이터는 샘플링 및 기술적인 한계로 인해 결측비율이 높고, 노이즈가 크다. 이러한 이유 때문에 기존의 군집화 방법을 적용하는 데에 한계가 존재한다. 본 논문에서는 단세포 RNA 데이터 분석에서 모티브를 얻어 스펙트럼 군집화(spectral clustering) 기반의 방법을 제안한다. 특히 유사도 행렬(similarity matrix) 계산에서 유전자 별로 가중치를 부여하여 기존의 단세포 데이터 분석 방법과 차별화하였다. 제안하는 군집화 방법은 유전자별 가중치를 부여함과 동시에 세포를 군집화한다. 군집화는 반복 알고리즘을 통해 제안하는 비볼록식(non-convex optimization)을 풀어 진행한다. 또한 실데이터 적용과 시뮬레이션을 통해 제안하는 군집화 방법이 기존의 방법보다 군집을 잘 구분하는 것을 보인다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제15권12호
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• pp.2697-2704
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• 2011

조직 공학에서는 하이드로 젤 내 3차원 세포 배양 과정에서 세포와 세포간의 공생관계를 관찰하게 되는데, 시간이 경과함에 따라 세포들의 증가나 상호작용, 분화, 사멸되는 과정들을 고배율 공초점 현미경을 이용하여 단층 촬영하고, 촬영된 이미지들로부터 세포의 공생 메커니즘이나 변화 과정을 관찰 및 분석하기 위한 연구가 진행되고 있다. 본 연구에서는 하이드로 젤 내 3차원 세포 배양 과정에서 단층 촬영된 세포 이미지로부터 클러스터 경계선 정보를 추출하기 위한 수준별 잡음 제거 방법과 클러스터 경계선 추출 방법을 제안하였다. 실험을 통해 제안된 방법은 하이드로젤로 인한 좁쌀 모양의 잡음에 뛰어난 잡음 제거 성능을 보여 줄 뿐만 아니라 복잡한 클러스터들에 대해서 도 정확한 클러스터 경계선을 추출함을 보여 주었다.

• 대한세포병리학회지
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• 제16권2호
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• pp.106-109
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• 2005

We report a case of Warthin's tumor of the parotid gland in a 53 year old man, which is incorrectly diagnosed as squamous cell carcinoma. Fine needle aspiration cytology(FNAC) smear obtained from the right parotid gland revealed scattered epithelial cell clusters or nests in a diffuse inflammatory and necrotic background. Some epithelial cells had squamoid appearance showing variable sized bizarre shaped nuclei. They had abundant of dense eosinophilic keratinized cytoplasm. Occasionally, parakeratotic cells were also present. These cytologic findings with significant atypia and necrotic background made diagnosis as squamous cell carcinoma. But, the resection specimen from this patient showed classic Warthin's tumor in addition to abundant areas of inflammation and squamous metaplasia. Metaplastic or infarcted Warthin's tumor in the salivary gland may be confused with false positive diagnosis of malignancy on FNAC. Therefore, cytopathologist should have adequate awareness of potential of erroneous diagnosis in FNAC of Warthin's tumor.