• Biomolecules & Therapeutics
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• 제29권5호
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• pp.527-535
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• 2021

Sclerostin (SOST), a regulator of bone formation in osteocytes, inhibits the canonical Wnt signaling by interacting with low-density lipoprotein receptor-related protein 5/6 (LRP5/6) to prevent Wnt binding. Loss-of-function mutations of the SOST gene caused massive bone outgrowth and SOST-null mouse exhibited a high bone density phenotype. Therefore, SOST has been suggested as a promising therapeutic target for osteoporosis. A few previous studies with X-ray crystallography identified the binding interfaces between LRP6 and SOST, but there are limitations in these studies as they used truncated SOST protein or SOST peptide. Here, we analyzed the conformational dynamics of SOST-LRP6 E1E2 complex using hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS). We examined the effect of the C-terminal tail of SOST on LRP6 conformation upon complex formation. HDX-MS analysis suggested a new potential binding interface for the C-terminal region of SOST that was missing from the previous crystal structure of the SOST-LRP6 E1E2 complex.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제27권1호
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• pp.185-202
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• 2013

In this study, we present the nearly complete mitogenome sequences of the garden chafer, Polyphylla laticollis manchurica, which is listed as an endangered species in Korea. The P. l. manchurica mitogenome, which includes unfinished whole A+T-rich region and a partial srRNA was 14,473-bp long, possessing typical sets of genes (13 PCGs, 22 tRNA genes, and 2 rRNA genes). Gene arrangement of the P. l. manchurica mitogenome was identical to the common one found in the majority of insects. The 5 bp-long motif sequence (TAGTA) that has been suggested to be the possible binding site for the transcription termination peptide for the major-strand was also found in the P. l. manchurica mitogenome between $tRNA^{Ser}$(UCN) and ND1. The start codon for COI gene and ATPase8 was designated as a typical TTG. All tRNAs of the P. l. manchurica showed a stable canonical clover-leaf structure of other mt tRNAs, except for $tRNA^{Ser}$(AGN), DHU arm of which could not form stable stemloop structure. As has been previously determined, the high A/T content was unanimously observed in P. l. manchurica in terms of A/T bias in the third codon position (73.5%) compared with the first (66.4%) and second codon position (66.2%). The PCGs encoded in major-strands are slightly T-skewed, whereas those of the minor-strand are A-skewed, indicating strand asymmetry in nucleotide composition in the Coleoptera including P. l. manchurica.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제32권3호
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• pp.237-252
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• 2016

Improved knowledge of the environmental factors affecting the natural regeneration of tree species in limestone forest is urgently required for species conservation. We examined the environmental factors and tree species characteristics that are important for colonization in diverse forest stands growing on a limestone hill in northern Thailand. Our analysis estimated the relative influence of forest structure and environmental factors on the regeneration traits of tree species. We established sixty-four $100-m^2$ plots in four forest stands on the limestone hill. We determined the species composition of canopy trees, regenerating seedlings, and saplings in relation to the physical environment. The relationships between environmental variables and tree species abundance were assessed by canonical correspondence analysis (CCA), and we used generalized linear mixed models to examine data on seedling/sapling abundances. The CCA ordination indicated that the abundance of tree species within the mixed deciduous forest was closely related to soil depth. The abundances of tree species growing within the sink-hole and hill-slope stands were positively related to the extent of rocky outcropping; light and soil moisture positively influenced the abundance of tree species in the hill-cliff stand. Physical factors had a greater effect on tree regeneration than did factors related to forest structure. Tree species, such as Ficus macleilandii, Dracaena cochinchinensis, and Phyllanthus mirabilis within the hill-cliff or sink-hole stand, colonized well on large rocky outcroppings that were well illuminated and had soft soils. These species regenerated well under conditions prevailing on the limestone hill. The colonization of several species in other stands was negatively influenced by environmental conditions at these sites. We found that natural regeneration of tree species on the limestone hill was difficult because of the prevailing combination of physical and biological factors. The influence of these factors was species dependent, and the magnitude of effects varied across forest stands.

• Journal of Ecology and Environment
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• 제45권4호
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• pp.264-276
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• 2021

Background: Salt marshes provide a variety of ecosystem services; however, they are vulnerable to human activity, water level fluctuations, and climate change. Analyses of the relationships between plant communities and environmental conditions in salt marshes are expected to provide useful information for the prediction of changes during climate change. In this study, relationships between the current vegetation structure and environmental factors were evaluated in the tidal flat at the southern tip of Ganghwa, Korea, where salt marshes are well-developed. Results: The vegetation structure in Ganghwa salt marshes was divided into three groups by cluster analysis: group A, dominated by Phragmites communis; group B, dominated by Suaeda japonica; and group C, dominated by other taxa. As determined by PERMANOVA, the groups showed significant differences with respect to altitude, soil moisture, soil organic matter, salinity, sand, clay, and silt ratios. A canonical correspondence analysis based on the percent cover of each species in the quadrats showed that the proportion of sand increased as the altitude increased and S. japonica appeared in soil with a relatively high silt proportion, while P. communis was distributed in soil with low salinity. Conclusions: The distributions of three halophyte groups differed depending on the altitude, soil moisture, salinity, and soil organic matter, sand, silt, and clay contents. Pioneer species, such as S. japonica, appeared in soil with a relatively high silt content. The P. communis community survived under a wider range of soil textures than previously reported in the literature; the species was distributed in soils with relatively low salinity, with a range expansion toward the sea in areas with freshwater influx. The observed spatial distribution patterns may provide a basis for conservation under declining salt marshes.

• 한국산림과학회지
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• 제81권4호
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• pp.310-319
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• 1992

백두산(白頭山) 삼림군집(森林群集)의 구조(構造) 및 종(種) 조성(組成)과 입지(立地)와의 관계(關係)를 구명(究明)하기 위하여 TWINSPAN과 DCCA를 사용(使用)여 분석(分析)한 결과(結果)는 다음과 같다. 중요치(重要値)가 높은 종(種)은 해발(海拔) 1,700m-1,950m 대(帶)에 서 Betula ermanii, Larix olgensis, Abies nephrolepis, Picea jezoensis 등(等)의 순(順)이고, 해발(海拔) 1,300-1,500m 대(帶)에서 Abies nephrolepis, Pinus koraiensis, Larix olgensis, Betula mandshurica, Picea jezoensis 등(等)의 순(順)이다. 삼림토양(森林土壤)은 유효인산량(有效燐酸量)에서 7ppm-1,153ppm으로 과대치를 보이고 있다. 백두산(白頭山)의 삼림군집(森林群集)과 해발고(海拔高)와의 관계를 살펴보면, 해발고(海拔高)가 높은 곳에서 낮은 곳으로 덤불오리나무, 사스래나무, 만주잎갈나무, 분비나무, 가문비나무, 잣나무, 신갈나무군집(群集) 등(等)의 순(順)으로 분포(分布)하고 있다. 사스래나무군락(群落)이 우점(優占)한 곳을 중심(中心)으로 사스래나무, 만주잎갈나무, 분비나무 사이의 관계(關係)을 살펴보면, 사스래나무군집(群集)은 해발고(海拔高)가 가장 높은 곳에, 사스래나무-만주잎갈나무군집(群集)은 유기물함량(有機物含量)과 $K^+$의 함량이 많은 곳에, 분비나무군집(群集)은 $Mg^{{+}{+}}$와 $Ca^{{+}{+}}$의 함량(含量)이 많은 곳에 주로 분포(分布)하고 있다. 군집(群集) 분포(分布)에 영향(影響)을 미치는 주요(主要) 환경요인(環境要因)은 해발고(海拔高)이다.

• 환경생물
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• 제28권3호
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• pp.115-124
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• 2010

진해만 광역해역에서 하계 식물플랑크톤의 수평적 군집 구조를 파악하기 위해서 16개 정점에서 식물플랑크톤 개체수 밀도와 환경요인을 조사하였다. 식물플랑크톤은 총 66종이 출현하였고, 전체의 80% 이상이 규조류의 점유율을 보였고, 다음으로 와편모조류와 라피도조류순으로 관찰되었다. 규조류의 우점종은 Chaetoceros affinis, C. didymus, C. pseudocurvisetus, Leptocylindrus danicus, Pseudo-nitzchia pungens, Skeletonema costatum으로 나타났고, 와편모조류는 Cochlodinium polykrikoides, Gymnodinium impudicum, Karenia mikimotoi, Prorocentrium minimum, Protoperidium bipes, Scrippsiella trochoidea로 관찰되었다. 각 정점별 식물플랑크톤의 군집구조를 바탕으로 한 MDS와 Cluster 분석에서 하계 진해만 광역해역은 크게 2그룹으로 나누어졌다. 제1그룹은 마산만 내측 정점으로 담수기원으로 높은 영양염 농도와 낮은 염분농도의 영향을 강하게 받은 곳이다. 제2그룹은 나머지 다른 외측 정점으로 구분되었다. 정준대응을 근거로 한 분석(CCA)에서도 만 내측에 우점 출현한 크기가 작은 와편모조류 K. mikimotoi, P. minimum, P. bipes, S. trochoidea와 중심목 규조류 S. costatum, C. pseudocurvisetus는 DIN (암모니윰, 질산염, 아질산염)과 상관관계를 보였다. 이러한 결과는 본 해역에서 만 내측과 외측의 정점으로 식물 플랑크톤의 군집조성이 확연히 구분되고 있고, 특히 만내측에서 높은 Chl.a농도와 더불어 식물플랑크톤의 현존량이 높게 나타나고 있다는 것을 의미한다. 결과적으로 내만의 얇은 수심에서 하계 식물플랑크톤의 대증식을 유발할 수 있었던 것은 높은 질소기원의 영양염과 수온에 의한 영향으로 사료된다.

• 광물과 암석
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• 제36권4호
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• pp.221-232
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• 2023

탄소중립을 위한 이산화탄소 저감 기술 및 대체 에너지에 대한 수요가 계속 증가하고 있다. 팔리고스카이트(palygorskite)는 리본 구조를 가지는 점토광물로 넓은 표면적의 나노크기의 공극을 가지고 있어, 지구온난화의 주범인 이산화탄소(CO₂)를 포집하고 친환경 대체 에너지인 수소(H₂)를 저장할 수 있는 물질로 제안된 바 있다. 이번 논문에서는 대정준 몬테 카를로(grand canonical Monte carlo) 시뮬레이션을 사용하여 팔리고스카이트 나노공극으로의 CO₂ 및 H₂ 분자의 흡착 등온선과 기작에 대한 기초연구의 예비 결과를 보고한다. 실온에서 기체의 분압 관련 변수인 화학 포텐셜(chemical potential)의 증가에 따라 나노공극에 흡착되는 CO₂ 및 H₂ 함량은 증가하였다. CO₂와 비교하여, H₂의 흡착은 더 높은 화학 포텐셜, 즉 높은 에너지가 필요하였다. 이론 계산으로 얻은 나노공극에서의 평균 제곱 변위(mean squared displacement)는 CO₂ 보다 H₂가 훨씬 높았으며 기존 실험 결과와 일치했다. CO₂는 나노공극에서 일렬로 배열된 반면, H₂는 매우 불규칙한 배열을 보였다. 이번 연구 방법은 CO₂ 및 H₂를 저장 가능한 지구물질 광물을 찾는 개발연구뿐만 아니라, 지중환경에서 유체와 광물의 반응을 근본적으로 이해하는 데 기여할 것으로 기대한다.

• 대한음성학회:학술대회논문집
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• 대한음성학회 1996년도 10월 학술대회지
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• pp.109-116
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• 1996

In this paper, I would like to explore the possibility that the nature of place assimilation can be captured in terms of the OCP within the Optimality Theory (Mccarthy & Prince 1999. 1995; Prince & Smolensky 1993). In derivational models, each assimilatory process would be expressed through a different autosegmental rule. However, what any such model misses is a clear generalization that all of those processes have the effect of avoiding a configuration in which two consonantal place nodes are adjacent across a syllable boundary, as illustrated in (1):(equation omitted) In a derivational model, it is a coincidence that across languages there are changes that have the result of modifying a structure of the form (1a) into the other structure that does not have adjacent consonantal place nodes (1b). OT allows us to express this effect through a constraint given in (2) that forbids adjacent place nodes: (2) OCP(PL): Adjacent place nodes are prohibited. At this point, then, a question arises as to how consonantal and vocalic place nodes are formally distinguished in the output for the purpose of applying the OCP(PL). Besides, the OCP(PL) would affect equally complex onsets and codas as well as coda-onset clusters in languages that have them such as English. To remedy this problem, following Mccarthy (1994), I assume that the canonical markedness constraint is a prohibition defined over no more than two segments, $\alpha$ and $\beta$: that is, $^{*}\{{\alpha, {\;}{\beta{\}$ with appropriate conditions imposed on $\alpha$ and $\beta$. I propose the OCP(PL) again in the following format (3) OCP(PL) (table omitted) $\alpha$ and $\beta$ are the target and the trigger of place assimilation, respectively. The '*' is a reminder that, in this format, constraints specify negative targets or prohibited configurations. Any structure matching the specifications is in violation of this constraint. Now, in correspondence terms, the meaning of the OCP(PL) is this: the constraint is violated if a consonantal place $\alpha$ is immediately followed by a consonantal place $\bebt$ in surface. One advantage of this format is that the OCP(PL) would also be invoked in dealing with place assimilation within complex coda (e.g., sink [si(equation omitted)k]): we can make the constraint scan the consonantal clusters only, excluding any intervening vowels. Finally, the onset clusters typically do not undergo place assimilation. I propose that the onsets be protected by certain constraint which ensures that the coda, not the onset loses the place feature.

• 한국어류학회지
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• 제34권2호
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• pp.73-85
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• 2022

참서대과 어류는 한국, 중국, 일본 등 전 세계적으로 식용으로 인기가 있으며, 그중에서도 흑대기(Paraplagusia japonica)는 한국 전 해역에 서식한다. 적절한 관리방안 수립을 위해서는 형태학적, 분자적 관점에서 흑대기의 집단구조를 명확히 하는 것이 필수적이다. 본 연구에서는 2008년부터 2021년까지 국내 6개 지역에서 총 132개체의 흑대기를 채집했다. 계측 형질에서 정준판별분석(CDA) 결과 서해(인천) 집단은 남해(통영·부산)와 동해(포항·동해·속초) 집단과 약간 차이가 있는 것으로 나타났다. 계수 형질에 대한 Kruskal-Wallis test에서도 유사한 결과가 나타났다. 또한, 미토콘드리아 DNA Cytochrome b 염기서열 849 bp를 기반으로 한 neighbor-joining과 maximum-likelihood tree는 흑대기가 높은 유의성(Φst=0.0781, P<0.001)을 갖는 두 lineage (A와 B로 지정)로 나뉘어져 있음을 보여주었다. 그러나 흥미롭게도 혼합 해역(동남해)의 두 lineage는 형태학적 특징에서 유의한 차이가 없었다. 본 연구 결과는 한국산 흑대기가 플라이스토세 후기 동안 분화된 역사를 겪었으나, 혼합 해역에서 2차 접촉이 발생할 수 있다는 가능성을 시사한다.

• 한국산림과학회지
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• 제113권1호
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• pp.51-65
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• 2024

본 연구는 도시숲 이용 및 관리방안에 필요한 식생구조 정보를 제공하기 위하여 수행되었다. 세종특별자치시 괴화산을 대상으로 상관우점종 및 종조성에 의한 식생유형을 분석한 결과, 2개의 군락군(졸참나무-생강나무군락군과 큰금계국군락군)으로 대별되었다. 졸참나무-생강나무군락군은 인공림과 천연림 식생을 포함하고 있는데, 인공림은 리기다소나무군락, 밤나무군락, 아까시나무군락, 천연림은 굴참나무군락, 상수리나무군락, 소나무군락의 6개 단위로, 큰금계국군락군은 임연부의 식생을 구성하고 있는 큰낭아초군락, 싸리군락, 족제비싸리군락, 비수리군락의 4개 단위로 각각 분류되어 총 10개의 식생단위 체계로 나타났다. 중요치 분석결과 전체 종에서 밤나무가 6.7%로 가장 높게 나타났으며, 리기다소나무 6.4%, 아까시나무 6.3% 순으로 나타나 괴화산은 인공조림 수종의 생태적 영향력이 큰 것으로 나타났다. 군락유사도에서 인공림과 천연림은 서로 간 종 구성이 동질적이나 임연부와는 이질적인 것으로 나타났으며, DCA분석에서도 동일한 결과로 나타났다. CCA분석 결과, 인공림과 천연림은 해발고도, 암석노출도, 출현종수에서 양의 상관관계로 나타났으며 임연부와는 음의 상관관계로 나타났다.