• 한국식품위생안전성학회지
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• 제18권4호
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• pp.229-236
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• 2003

본 연구는 식품을 오염시켜 식중독을 유발하는 주요 식중독 세균인 Escherichi, Salmonella, Shigella, Vibrio, Listeria등 5속의 병원성 세균들을 반복성 염기서열을 이용한 ERIC-PCR을 이용하여 동시에 동정할 때 이용되는 주요 PCR 반응성분인 $MgCl_2$, dNTPs, primers, template DNA의 최적 농도를 결정하였다. ,$MgCl_2$ 반응성분은 2 mM을 적용하였을 때부터 일정한 fingerprinting pattern을 얻을 수 있었으므로 2 mM을 $MgCl_2$의 최적농도로 결정하였다. dNTPs의 농도는 250 ${\mu}M$까지 증가함에 따라 6균주 모두 200 ${\mu}M$까지는 농도 증가와 비례하여 단편의 수와 강도가 점증하였으나 그 이상의 농도에서는 단편의 수와 강도가 일정하였다. 그러므로 일정한 ,fingerprinting pattern 을 얻기 위하여 200 ${\mu}M$의 dNTPs만으로도 충분하였다. ERIC primer들은 2 ${\mu}M$의 농도를 적용했을 때부터 일정한 fingerprinting pattern을 나타낼 수 있었으며, 그 이상의 농도를 적용했을 때 단지 단편들의 강도만이 증가하였다. Template DNA도 다른 PCR 반응성분에 대한 실험과 마찬가지로 적용한 DNA 양의 증가에 따라 단편의 간도가 증가하였다. 그러나 대부분의 적용 균주들에 대하여 DNA의 양이 최고일 때와 최대일 때 각각의 얻어지 fingerprinting pattern들을 비교할 때 단편의 수는 별 차이가 없었다.

• 한국토양비료학회지
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• 제33권4호
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• pp.266-274
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• 2000

토양과 작물근계의 유용미생물을 이용하여 작물생산성을 증대하고 병충해의 생물학적 방제를 위해서는 토양-근계의 미생물군집을 분석하고 그 기능을 밝히는 것이 전제가 되어야한다. 그러나 희석평판법으로는 극히 일부분만이 배양된다는 점을 고려할 때, 생존하지만 배양 불가능한 미생물의 군집 분석도 반드시 병행할 필요가 있다. 따라서 본 연구에서는, 고추재배지의 토양, 근권토양, 근면의 세균군집 구조해석을 위해서, 배양을 거치지 않고 각 시료로부터 직접 DNA를 추출하여 PCR증폭, 16S rDNA cloning, sequencing, 계통 해석을 행했다. 그 결과, 토양중에는 근권세균보다 미지의 동정이 되지 않는 세균이 우점하고 있었다. 27 clones 중에서 16 clones이 그램음성세균의 대표격인 Proteobacteria였으며, 방선균 등이 속해있는 고(高) G+C 그램양성세균군은 1 clone이 검출되었다. 그 외는 CFB 군이 2 clones, Verrucomicrobia가 1 clone이었고, Nitrospira가 1 clone이었으며 4 clones은 어느 군에도 속하지 않았다.

• 미생물학회지
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• 제30권1호
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• pp.53-59
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• 1992

자연계로부터 4-chlorobiphenyl (4CB) 을 분해하는 P08, P20, 027 그리고 P1242 균주를 불리하였다. 이들 분해 균주들의 4CB 분해 과정을 UV-spectrophotometry 방법으로 분석한 결과, 4-CB 로 부터 2-hydroxy-6-oxo-6-(4'-chlorophenyl)hexa-2, 4-dienoic acid 와 4-chlorobenzoate(4CBA) 가 생성되었다. 따라서 분해균주들은 공통적으로 meta-cleavage pathway에 의하여 4CB 를 분해하는 것으로 확인되었다. 그러나 DJ-12, P08 그리고 P27 균주는 4CBA 를 계속 분해하여 4-hydroxybenzoate 를 생성하였으나, P20 과 P1242 균주들은 4CBA 를 더이상 분해하지 못 하였다. 각 분해 균주에서 cbp 유전자군의 상동성을 분석하기 위하여 P. pseudoalcaligenes KF707 의 bphABC 유전자군을 DNA probe 로 이용하여 Southern hybridization 을 실시한 결과, DJ-12, P08 그리고 P27 균주들은 XhoI 에 의한 2.2kb 와 1.8 kb, 그리고 EcoRI 에 의한 11 kb 의 genomic DNA 의 절편에서 hybridization 이 일어났다. 따라서 본 연구에서 분리한 4CB 분해 균주들의 cbp 유전자군은 분해경로 및 bph 유전자군과의 상동성에 의거하여 부 group 으로 구분되었다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제47권4호
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• pp.615-624
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• 2005

본 연구는 배양초기 pH 조건이 F. succino- genes의 섬유소 부착과 섬유소 소화에 미치는 영향을 보고자 실시하였다. 선정된 specific primer를 이용하여 F. succinogenes의 genomic DNA로부터 445bp의 16S rDNA 절편을 증폭하여 205bp의 internal control을 제작하였고, cPCR 결과로부터 박테리아 수를 계산할 수 있는 표준곡선의 회귀식($r^2$>0.99)을 얻을 수 있었다. In vitro 배양초기 pH에 따른 F. succ- inogenes의 cellulose 부착을 cPCR로 모니터링한 결과, 발효과정 전 기간동안 초기 pH가 6.8과 6.2일 때 cellulose 건물 g당 부착 균주의 수가 pH 5.6일 때 보다 높았으나, pH 6.8과 6.2 사이에서는 큰 차이는 없었다(p>0.05). Cellulose 분해는 배양시간이 진행됨에 따라 증가 되었으며, 분해 정도는 pH가 증가함에 따라 더 높았다. 배양초기 pH가 6.8, 6.2 그리고 5.8일 때 48시간동안 감소한 pH는 각각 0.24, 0.58 그리고 0.16 이었다. 가스 생산량은 발효 시간이 경과함에 따라 pH가 높을수록 더 많았다. 결론적으로 발효 초기 pH는 F. succinogenes에 의한 cellulose 소화, 가스 생산, pH 변화 및 cellulose 부착에 큰 영향을 주었으며, 특히, 낮은 pH(5.8)에서는 섬유소 소화 및 박테리아 부착을 현저한 감소 시켰다.

• Journal of Ecology and Environment
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• 제31권2호
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• pp.131-137
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• 2008

This study investigated the population densities and diversity of heterotrophic bacteria, and the rhizosphere-to-soil ratios (R/S) in the rhizosphere soil of halophyte Phragmites communis at the western coastal mudflats of Korea. The population densities of aerobic heterotrophic bacteria on the rhizosphere soil of P. communis were in the range of $3.3\;{\pm}\;0.9\;{\times}\;10^7\;{\sim}\;1.2\;{\pm}\;0.5\;{\times}\;10^8\;cfu\;g^{-1}$ dry weight (d. wt.). Population densities of amylolytic bacteria ranged from $1.1\;{\pm}\;0.2\;{\times}\;10^6$ to $3.0\;{\pm}\;1.2\;{\times}\;10^6\;cfu\;g^{-1}\;d.\;wt.$, while those of cellulolytic bacteria and proteolytic bacteria ranged from $5.6\;{\pm}\;2.3\;{\times}\;10^6$ to $1.5\;{\pm}\;0.3\;{\times}\;10^7\;cfu\;g^{-1}\;d.\;wt.$ and from $1.4\;{\pm}\;0.3\;{\times}\;10^6$ to $3.5\;{\pm}\;2.3\;{\times}\;10^7 \;cfu\;g^{-1}\;d.\;wt.$, respectively. The R/S ratios ranged from 2.26 to 6.89. Genetic (16S DNA) analysis of fifty-one isolates from the roots of P. communis suggested that the dominant species were closely related to the ${\gamma}$-proteobacteria group (18 clones) and the ${\alpha}$-proteobacteria group (14 clones). We found that halophyte species and mudflat environment both affected the rhizosphere bacterial communities.

• 미생물학회지
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• 제51권3호
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• pp.312-317
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• 2015

울릉도에서 7곳의 항구(천부항, 현포항, 태하항, 남양항, 사동항, 도동항, 저동항)와 1곳의 해변(구암)에서 표층해수를 채취하였다. 배양하지 않은 시료(uncultured samples)와 배양한 시료(cultured samples)에서 각각 미생물의 16S rDNA를 pyrosequencing하여 해양미생물의 분포를 조사하였다. 태하항과 사동항의 해수처럼 청정한 해수에서는 Alphaproteobacteria 분포율이 높았고, 남양항, 도동항, 저동항의 해수처럼 생활하수나 하천수의 유입이 많은 곳에서는 Gammaproteobacteria 분포율이 증가하였다. Marine broth로 배양한 시료(cultured samples)에서는 Alteromonas (천부항, 태하항, 구암해변, 남양항, 사동항), Shewanella (저동항), Vibrio (현포항, 도동항) 속이 우점으로 분포하였다. 본 연구결과는 항구로 유입되는 하천수나 생활하수가 해양미생물의 분포에 큰 변화를 초래한다는 것을 시사한다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권1호
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• pp.169-178
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• 2010

The microbial community structure in Thailand soils contaminated with low and high levels of arsenic was determined by denaturing gradient gel electrophoresis. Band pattern analysis indicated that the bacterial community was not significantly different in the two soils. Phylogenetic analysis obtained by excising and sequencing six bands indicated that the soils were dominated by Arthrobacter koreensis and $\beta$-Proteobacteria. Two hundred and sixty-two bacterial isolates were obtained from arsenic-contaminated soils. The majority of the As-resistant isolates were Gramnegative bacteria. MIC studies indicated that all of the tested bacteria had greater resistance to arsenate than arsenite. Some strains were capable of growing in medium containing up to 1,500 mg/l arsenite and arsenate. Correlations analysis of resistance patterns of arsenite resistance indicated that the isolated bacteria could be categorized into 13 groups, with a maximum similarity value of 100%. All strains were also evaluated for resistance to eight antibiotics. The antibiotic resistance patterns divided the strains into 100 unique groups, indicating that the strains were very diverse. Isolates from each antibiotic resistance group were characterized in more detail by using the repetitive extragenic palindromic-PCR (rep-PCR) DNA fingerprinting technique with ERIC primers. The PCR products were analyzed by agarose gel electrophoresis. The genetic relatedness of 100 bacterial fingerprints, determined by using the Pearson product-moment similarity coefficient, showed that the isolates could be divided into four clusters, with similarity values ranging from 5-99%. Although many isolates were genetically diverse, others were clonal in nature. Additionally, the arsenic-resistant isolates were examined for the presence of arsenic resistance (ars) genes by using PCR, and 30% of the isolates were found to carry an arsenate reductase encoded by the arsC gene.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제12권6호
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• pp.929-935
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• 2002

The 5-stage biological nutrient removal (BNR) process with step feed system showed a very stable organic carbon and nutrient removal efficiency ($87\%\;COD\,;79\%\;nitrogen,\;and\;87\%$ phosphorus) for an operation period of 2 years. In each stage at the pilot plant, microbial communities, which are important in removing nitrogen and phosphorus, were investigated using fluorescence in-situ hybridization (FISH) and 165 rDNA characterization. All tanks of 5-stage sludge had a similar composition of bacterial communities. The totat cell numbers of each reactor were found to be around $2.36-2.83{\times}10^9$ cells/ml. About $56.5-62.0\%$ of total 4,6-diamidino-2-phenylindol (DAPI) cells were hybridized to the bacterial-specific probe EUB388. Members of ${\beta}$-proteobacteria were the most abundant proteobacterial group, accounting for up to $20.6-26.7\%$. The high G+C Gram-positive bacterial group and Cytophaga-Flexibacter cluster counts were also found to be relatively high. The beta subclass proteobacteria did not accumulate a large amount of polyphosphate. The proportion of phosphorus-accumulating organisms (PAOs) in the total population of the sludge was almost $50\%$ in anoxic-1 tank. The high G+C Gram-positive bacteria and Cytophaga-Flexibacter cluster indicate a key role of denitrifying phosphorus-accumulating organisms (dPAOs). Both groups might be correlated with some other subclass of proteobacteria for enhancing nitrogen and phosphorus removal in this process.

• 한국환경보건학회지
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• 제37권2호
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• pp.124-132
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• 2011

Biofilm and aeration tank of pilot and full RABC (rotating activated Bacillus contactor) plant were analyzed to characterize and determine bacterial community structure in food wastewater treatment system at winter. Concentration of heterotrophic bacteria and Bacillus group was $10^7$ and $10^5$ CFU/ml, respectively, at biofilm of pilot-plant while others represented $10^6$ and $10^4$ CFU/ml, respectively. Five and eight phyla were detected at biofilm of pilot- and full-plant, respectively, by 16S rDNA sequencing. Biofilm of pilot-plant was dominated by ${\beta}$-Proteobacteria (38.8%), ${\gamma}$-Proteobacteria (22.4%), and Bacteroidetes (12.2%), and the most dominant genus was Zoogloeae genus (22.4%). Candidate division TM7 (12.5%) was only detected at biofilm of full-plant and it was dominated by Bacteroidetes (33.3%), ${\gamma}$-Proteobacteria (29.2%), and ${\beta}$-Proteobacteria (20.8%). Clostridium genus specific primer set enabled to detect the sequences of Clostridium genus. These suggested that anaerobic and aerobic bacteria were coexisted even from the initial period of biofilm formation and ${\beta}$-Proteobacteria, ${\gamma}$-Proteobacteria and Bacteroidetes were major phyla in biofilm of food wastewater treatment system at winter.

• The Plant Pathology Journal
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• 제22권2호
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• pp.119-124
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• 2006

Kudzu vine(Pueraria montana var. lobata) is an invasive climbing woody vine that envelops trees and shrubs, pressing physically and shutting out sunlight, which needs to be controlled. Kudzu vine pathogens were surveyed as a way to seek its biocontrol agents in 2002. Occurrence of a bacterial halo blight disease of kudzu vine was observed at several localities in Korea including Euiwang and Suwon in Gyeonggi Province, Daejon, and Gochang and Buan in Jeonbuk Province. Symptoms of brown to black spots with a surrounding yellowish halo appeared from June and lasted till the rainy season without much expansion, but accompanying often leaf blight and defoliation. Isolated bacteria were identified as Pseudomonas syringae pv. phaseolicola based on physiological and cultural characteristics, Biolog, fatty acid and 16S rDNA sequencing analyses. In artificial inoculation test, these bacteria produced the same halo spot symptoms on kudzu vine and bean plants. They also induced hypersensitive responses (HR) on tobacco, tomato, and chili pepper leaves. This is the first report of a bacterial disease of kudzu vine in Korea, and the bacterial pathogen can be used as a biocontrol agent against the pest plant.