• Reproductive and Developmental Biology
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• 제28권1호
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• pp.37-43
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• 2004

본 연구는 319두의 서로 다른 품종에서 PSE육을 생산하는 PSS 돼지 출현빈도를 조사하였다(Yorkshire 150; Landrace 89 and Duroc 80). PCR-RFLP법을 이용하여 돼지의 모근을 DNA sample로 사용하여, PCR로 증폭된 유전자는 Cfo I 제한 효소로 절단하여 종돈에 존재하는 ryanodine receptor (RYR 1) 돌연변이 유전자의 출현빈도를 조사한 결과를 요약하면 다음과 같다. 모근에서 추출한 DNA를 주형으로 한 Primary PCR을 수행한 결과 ryanodine receptor 유전자 중 659bp의 증폭산물을 얻었으며, second PCR을 수행한 결과에서는 522 bp의 증폭산물을 얻었다. 이 증폭산물은 porcine ryanodine receptor 유전자의 exon 영역 중 PSS를 유발하는 point mutation(C\longrightarrowT; Arg\longrightarrowCys) 부분을 포함하고 있으므로 Cfo I 제한효소에 의해 분석될 수 있으며, agarose gel 전기영동에 의하여 세 가지의 유전자형으로 분류할 수 있다. 정상 homotype(NN)은 두 개의 DNA band(439, 83bp)로 나타나며, 열성 homotype(nn)은 552 bp의 단일 밴드로 출현한다. 그리고 세 개의 밴드(522, 439 그리고, 83 bp)는 heterotype(Nn)의 잠재성 돼지로 표현된다. Yorkshire종에서는 정상돼지가 98.00%로 나타났으며, hetero 돼지는 2.00% 그리고, PSS돼지는 출현하지 않았다. Landrace 돼지에서는 정상돼지가 87.64%로 나타났으며, hetero 돼지와 PSS패지가 각각 11.24와 1.12%로 나타났으나, Duroc종에서는 정장돼지(NN)만이 출현하였다. 대립 유전자 빈도는 Yorkshire종은 정상 N유전자가 0.990의 비율로 나타났으며, 열성 n 유전자는 0.010의 비율로 출현하였으며, Landrace종에서는 N유전자와 n유전자가 각각 0.933과 0.067의 빈도로 출현하였으며, Duroc종에서는 N 유전자의 빈도가 1.000의 빈도로 나타났으나, n유전자의 빈도는 0.000의 빈도로 나타났다. 3품종 집단 모두에서 Hardy-Weinberg 법칙과 일치하여 유전적 평형을 이루고 있었다.

• 한국진공학회:학술대회논문집
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• 한국진공학회 2013년도 제45회 하계 정기학술대회 초록집
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• pp.273-273
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• 2013

Recently, Point-of-care (POC) testing microdevices enable to do the patient monitoring, drug screening, pathogen detection in the outside of hospital. Immunochromatographic strip (ICS) is one of the diagnostic technologies which are widely applied to POC detection. Relatively low cost, simplicity to use, easy interpretations of the diagnostic results and high stability under any circumstances are representative advantages of POC diagnosis. It would provide colorimetric results more conveniently, if the genetic analysis microsystem incorporates the ICS as a detector part. In this work, we develop a reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) microfluidic device integrated with a ROSGENE strip for colorimetric influenza H1N1 virus detection. The integrated RT-PCR- ROSGENE device is consist of four functional units which are a pneumatic micropump for sample loading, 2 ${\mu}L$ volume RT-PCR chamber for target gene amplification, a resistance temperature detector (RTD) electrode for temperature control, and a ROSGENE strip for target gene detection. The device was fabricated by combining four layers: First wafer is for RTD microfabrication, the second wafer is for PCR chamber at the bottom and micropump channel on the top, the third is the monolithic PDMS, and the fourth is the manifold for micropump operation. The RT-PCR was performed with subtype specific forward and reverse primers which were labeled with Texas-red, serving as a fluorescent hapten. A biotin-dUTP was used to insert biotin moieties in the PCR amplicons, during the RT-PCR. The RT-PCR amplicons were loaded in the sample application area, and they were conjugated with Au NP-labeled hapten-antibody. The test band embedded with streptavidins captures the biotin labeled amplicons and we can see violet colorimetric signals if the target gene was amplified with the control line. The off-chip RT-PCR amplicons of the influenza H1N1 virus were analyzed with a ROSGENE strip in comparison with an agarose gel electrophoresis. The intensities of test line was proportional to the template quantity and the detection sensitivity of the strip was better than that of the agarose gel. The test band of the ROSGENE strip could be observed with only 10 copies of a RNA template by the naked eyes. For the on-chip RT-PCR-ROSGENE experiments, a RT-PCR cocktail was injected into the chamber from the inlet reservoir to the waste outlet by the micro-pump actuation. After filling without bubbles inside the chamber, a RT-PCR thermal cycling was executed for 2 hours with all the microvalves closed to isolate the PCR chamber. After thermal cycling, the RT-PCR product was delivered to the attached ROSGENE strip through the outlet reservoir. After dropping 40 ${\mu}L$ of an eluant buffer at the end of the strip, the violet test line was detected as a H1N1 virus indicator, while the negative experiment only revealed a control line and while the positive experiment a control and a test line was appeared.

• 생명과학회지
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• 제17권5호
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• pp.671-677
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• 2007

발효 및 비발효 차가버섯 수용성 추출물이 정상 세포주 NIH3T3 mouse normal fibroblast cell 및 인체 종양 세포주 AGS human gastric cancer cell(위암), HCT-15 human colon cancer cell(대장암), Hep3B human hepatoma cancer cell(간암), MCF-7 human breast cancer cell(유방암), HeLa human cervical cancer cell(자궁경부암)에서 MTT(3-[4,5-dimethylthiazol-2-yl]-2,5-diphenyl tetrazolium bromide) assay 방법에 의한 세포 증식 억제와 암세포 증식억제의 기전 연구의 일환으로 apoptosis가 일어날 때 나타나는 DNA fragmentation을 agarose gel electrophoresis 방법으로 검토하였다. 인체 종양 세포주의 생육저해 효과가 발효 차가버섯 추출물이 비발효 차가버섯 추출물보다 강한 것으로 나타났다. 그러나 동일한 실험조건하에서 마우스 정상 세포주 NIH3T3은 80% 이상의 생존율을 나타내어 정상 세포주에는 큰 영향을 미치지 않는 것으로 나타났다. 특히, 발효 및 비발효 차가버섯 추출물에서 본 실험에 사용한 세포주 중에서 대장암 세포주 HCT-15에 대해 가장 세포 증식 억제효과가 뛰어났으며, 이러한 효과는 첨가 농도 의존적 이였다. 발효 및 비발효 차가버섯 추출물에 의한 암세포 증식억제가 기전 연구로 apoptosis가 일어날 때 나타나는 DNA fragmentation을 세포로부터 genomic DNA를 분리하여 agarose gel electrophoresis 방법으로 조사한 결과, 정상세포인 NIH3T3 세포는 DNA fragmentation이 거의 일어나지 않아 세포 생존율 결과와 유사한 경향을 보였으나, 특히 대장암 세포주인 HCT-15에서는 발효 차가버섯뿐만 아니라 비발효 차가버섯 추출물에서도 DNA fragmentation이 많이 일어나는 것이 관찰되어 암세포 증식억제 효과가 높다는 결과를 뒷받침 해주고 있다.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제21권1호
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• pp.21-28
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• 1979

원종 2품종과 교잡종 7품종을 공시하여 사료와 사육온도를 상이하게 조절하면서 각령기별로 혈액 중장 및 견사선의 Esterase 와 Acid Phosphatase의 활성을 Agarose gel 전기영동법에 의해서 조사한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 상엽육과 인공사료육잠아의 중장 Esterase영동상은 잠령기별로 서로 다르고 상엽육잠아에는 인공사료육잠아에 비하여 1~2개의 활성대가 더 많이 나타나고 있다. 2. 인공사료에 대한 섭식성이 양호한 중 15는 섭식성이 불량한 중 60희에 비하여 중사 Esterase활성대가 1~2개 더 많은 경향이 있었다. 3. 교잡종의 접잠및 1~2영잠의 전신마대액의 Esterase영동상은 각각 현저하게 상이하였지만 잠품 종간의 차이는 인정되지 않았다. 4. 사육온도별로 3~4영잠의 중장 Esterase영동상을 비교하면 28$^{\circ}C$구는 3, 4영 모두 5개활성대가 인정되었으며 35$^{\circ}C$구에서는 3영기에 4개활성대, 4영기에 6~7개의 활성대가 나타났다. 5. 중장 혈액 및 견사선의 Esterase영동상은 각기 상이하다. 즉 중장에는 5개활성대, 혈액에는 1개활성대, 견사선에는 3개활성대가 인정되며 발육계체에 따라 활성대수에 변화가 있었다. 6. 중장 혈액및 견사선의 Acid Phosphatase영동상을 보면 중장에는 3영잠에 1개, 4영잠에 2개, 5영잠에는 3개활성대가 인정되었으며 혈액에는 3,4영잠에 각 1개, 5영잠에는 3개활성대가 인정되었다. 중장과 혈액의 Acid phosphatase형은 잠품종이나 사육온도간에 약간의 차이가 있기는 하지만 뚜렷하지는 않았다. 견사선에는 활성대가 전혀 나타나지 않었다.

• 대한방사선기술학회지:방사선기술과학
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• 제38권3호
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• pp.253-259
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• 2015

본 연구에서는 가돌리늄 조영제를 다양한 몰농도로 희석하여 T1 효과를 나타내는 펄스 시퀀스 중 고속스핀에코와 에코타임이 극도로 짧은 ultra short time echo에서 최대 신호 강도 분포를 나타내는 조영제 희석 몰농도를 3.0T에서 각각 알아보고자 하였다. T1 조영제인 gadoxetic acid 와 완충용액으로는 증류수, 2% agarose gel을 이용하여 다양한 몰농도로 조영제 팬텀을 제작하였다. 팬텀 제작의 정확성을 측정하기 위해 T1 이완시간 측정의 표준방식인 2D inversion recovery spine-echo 펄스시퀀스를 이용하였으며 팬텀의 중간 부의 한 개의 관상면 영상을 획득하여 T1 이완 시간을 계산하였다. 스핀에코에서는 1-2 mmol/L 조영제 몰농도에서 가장 높은 신호를 나타냈으며, ultra short time echo에서는 7 mmol/L에서 가장 큰 신호를 나타냈다. ultra short time echo 펄스 시퀀스를 이용한 조영증강 효과를 보기 위해서는 고속스핀에코 기법 보다 2-3배의 조영제 농도가 목적 장기에 유지하여야 하며 이와 관련된 조영제량 및 투여 방법의 연구가 이루어져야 한다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제52권4호
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• pp.157-162
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• 2009

한천분해세균 SC-22균을 대전 대청댐부근의 담수에서 분리하였다. 생화학적 분석 및 16S rRNA 염기서열 분석을 통한 계통학적 분류를 통해 SC-22는 Cellvibrio mixtus로 동정되었다. 분리균의 생육 및 agarase 효소 생성능을 검토한 결과, SC-22는 탄소원으로 0.2% agar를 첨가한 배지에서 배양 36시간에 최대 생육을, 배양 48시간에 58.5 units/mL의 최대 효소활성을 나타내었다. 분리균은 세포외 및 세포내 agarase를 생성하였으며, zymogram 실험에 의해 P1, P2 및 P3의 isoenzyme을 분비하는 것으로 확인 되었다. 배양여액으로부터 겔여과법과 이온교환수지법을 단계적으로 이용하여 SC-22 균주로부터 SDS-PAGE에 의해 25 kDa의 효소를 정제하였으며, 정제효소는 zymogram에서 확인된 주 단백질인 P2(29 kDa)과 동일한 단백질임이 확인되었다. 또한 정제한 agarase의 효소학적 성질을 검토한 결과, 효소의 최적 pH와 최적온도는 pH 7.0과 $50^{\circ}C$이었으며, 금속이온 효과의 경우 1 mM 농도의 수준에서도 $Fe^{2+}$, $Na^+$, $Ca^{2+}$ 이온 등은 정제효소의 활성을 10-20% 증가시킨 반면 $Hg^{2+}$, $Mn^{2+}$ 및 $Cu^{2+}$ 이온들은 효소 활성을 크게 저해하였다. 또한 TLC 분석을 통해 정제효소는 한천 분해 올리고당으로 주로 단당류와 이당류를 생성하므로 $\beta$-agarase의 작용특성을 보였다. 기질특이성 실험에서는 정제효소는 agar와 agarose만을 이용 하였고 유사 해조 다당류인 alginate는 물론 다른 다당류를 분해하지 못하였다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제30권4호
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• pp.293-299
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• 1987

Bradyrhizobium japonicum ROKS 26 균주를 glycine및 Iysozyme을 처리하여 spheroplast를 형성시킨 후 Agrobacterium tumefaciens에서 분리한 Ti plasmid를 분리하여 형질전환 시키고 octopine 영양 요구성에 의하여 transformants를 분리하였다. 그 결과 Ti plasmid가 도입된 transformants의 형질전환율은 $1{\times}10^{-7}$ 정도 되었다. 얻어진 transformant의 plasmid를 조사한 결과 도입된 Ti plasmid 존재가 확인되었으며, 2차원 전기영동법으로 균체 단백질을 분석한 결과 수용세포인 Bredyrhizobium japonicum ROKS 26과 transformant간의 단백질 구성 차이도 화인되었다. 또한 transformant의 근류 형성력을 조사한 결과 본래의 근류의근류형성력을 가지고 있었으나, crown gall형성에 있어서는 Agrobacterium tumefaciens 15955에 의한 gall보다는 크기에 있어 차이가 있었다.

• Genomics & Informatics
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• 제1권1호
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• pp.50-54
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• 2003

Genome of an extreme thermophile, Thermus caldophilus GK24 has been analyzed to construct the genomic map. The genomic DNAs encapsulated in agarose gel were digested with SspI, EcoRI, SpeI, and HpaI restriction endonucleases, and then the resulting genomic DNA fragments were analyzed by pulsed-field gel electrophoresis. Its restriction map has been constructed by analyzing sizes of the restriction fragments obtained from both complete and partial digestions. The circular form of its genome was composed of about 1.98 Mbp and a megaplasmid. The genomic loci for the genes of xylose isomerase, thioredoxin, tRNA-16S rRNA, 23S rRNA, L5 ribosomal protein, ADP-glucose pyrophosphorylase, DNA-ligase, and Tca DNA polymerase were determined by both Southern hybridization and PCR.

• The Plant Pathology Journal
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• 제16권2호
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• pp.110-117
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• 2000

Potato virus X (PVX-KO) showing mild mosaic and stunting symptoms on potato (Solanum tuberosum) in Kangwon area has been isolated and characterized. EM observation of the purified virus particles showed flexuous rod shape of about 520 nm in length. The coat protein (CP) of the virus had a molecular weight of 31 kDa in SDS-PAGE analysis, and the viral RNA was approximately 6.4 kb in size in denatured agarose gel electro-phoresis. In gel-immunodiffusion tests, it reacted strongly with an antiserum to common PVX from BIOREABAAG (USA). A rabbit antiserum was produced using purified virus and used for routine PVX detection by ELISA. Cultivated potatoes in Kangwon and other areas were frequently infected with PVX-KO. Both Datura stramonium and Nicotiana tabaccum cultivars developed necrotic local lesions 5 days after inoculation, and systemic mosaic symptoms with vein clearing 2 weeks after inoculation. All the features agree with the description of other PVX strains. To confirm and determine PVX strains, reverse transcription-polymerase chain reaction experiment was conducted using specific primers for viral CP. Amplified DNA fragments were cloned and sequenced. Results showed nucleotide sequence homologies of about 88 to 99% to other PVX strains. Based on CP amino acid sequence deduced from nucleotide sequences and host range studies PVX-KO is considered a member of the type X subgroup of PVX.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권17호
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• pp.7409-7414
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• 2015

Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) developed by Notomi et al. (2000) has made it possible to amplify DNA with high specificity, efficiency and rapidity under isothermal conditions. The ultimate products of LAMP are stem-loop structures with several inverted repeats of the target sequence and cauliflower-like patterns with multiple loops shaped by annealing between every other inverted repeats of the amplified target in the similar strand. Because the amplification process in LAMP is achieved by using four to six distinct primers, it is expected to amplify the target region with high selectivity. However, evaluation of reaction accuracy or quantitative inspection make it necessary to append other procedures to scrutinize the amplified products. Hitherto, various techniques such as turbidity assessment in the reaction vessel, post-reaction agarose gel electrophoresis, use of intercalating fluorescent dyes, real-time turbidimetry, addition of cationic polymers to the reaction mixture, polyacrylamide gel-based microchambers, lateral flow dipsticks, fluorescence resonance energy transfer (FRET), enzyme-linked immunosorbent assays and nanoparticle-based colorimetric tests have been utilized for this purpose. In this paper, we reviewed the best-known techniques for evaluation of LAMP amplicons and their applications in molecular biology beside their advantages and deficiencies. Regarding the properties of each technique, the development of innovative prompt, cost-effective and precise molecular detection methods for application in the broad field of cancer research may be feasible.