• Molecules and Cells
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• 제22권2호
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• pp.154-162
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• 2006

The entire gene cluster involved in the biosynthesis of angucyclines Sch 47554 and Sch 47555 was cloned, sequenced, and characterized. Analysis of the nucleotide sequence of genomic DNA spanning 77.5-kb revealed a total of 55 open reading frames, and the deduced products exhibited strong sequence similarities to type II polyketide synthases, deoxysugar biosynthetic enzymes, and a variety of accessory enzymes. The involvement of this gene cluster in the pathway of Sch 47554 and Sch 47555 was confirmed by genetic inactivation of the aromatase, including a portion of the ketoreductase, which was disrupted by inserting the thiostrepton gene.

• 한국컴퓨터정보학회:학술대회논문집
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• 한국컴퓨터정보학회 2023년도 제67차 동계학술대회논문집 31권1호
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• pp.169-171
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• 2023

Wolff Parkinson White Syndrome(WPW)은 일반인과는 다르게 선천적으로 심방과 심실 사이에 부전도로(Accessory Pathway)가 존재하여 정상 전도와 비교하였을 때, 빠른 속도로 심실을 자극하여 부정맥을 일으키는 것을 의미한다. WPW는 부정맥이 주된 증상이기는 하나, 평소에는 무증상인 경우가 많고, 성인이 되어 갑작스럽게 발생하는 경우가 존재하기 때문에 인지하지 못하고 살아가는 환자들이 많다는 것이 특징이다. 이러한 특징은 갑작스러운 건강 악화가 타인의 생명에 악영향을 줄 수 있는 트럭 운전기사나 의사와 같은 직업군 등의 경우 WPW를 조기에 발견하고 치료해 위험을 사전에 방지하는 것이 매우 중요하다. 따라서, 본 논문에서는 Electrocardiogram(ECG) 데이터를 기반으로 WPW를 자동으로 분류하기 위한 Feature Ensemble 기반 심층 학습 프레임워크를 제안한다. 제안된 기법의 경우 단일 1D-CNN과 GRU를 이용한 기법 대비 F1-Score, Accuracy 기준의 성능 향상을 달성하였기에 본 Task에 적합함을 보여준다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권10호
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• pp.1599-1605
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• 2015

The development of rapid and efficient genome sequencing methods has enabled us to study the evolutionary background of bacterial genetic information. Here, we present comparative genomic analysis of 17 Streptomyces species, for which the genome has been completely sequenced, using the pan-genome approach. The analysis revealed that 34,592 ortholog clusters constituted the pan-genome of these Streptomyces species, including 2,018 in the core genome, 11,743 in the dispensable genome, and 20,831 in the unique genome. The core genome was converged to a smaller number of genes than reported previously, with 3,096 gene families. Functional enrichment analysis showed that genes involved in transcription were most abundant in the Streptomyces pan-genome. Finally, we investigated core genes for the sigma factors, mycothiol biosynthesis pathway, and secondary metabolism pathways; our data showed that many genes involved in stress response and morphological differentiation were commonly expressed in Streptomyces species. Elucidation of the core genome offers a basis for understanding the functional evolution of Streptomyces species and provides insights into target selection for the construction of industrial strains.

• 대한의용생체공학회:의공학회지
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• 제24권5호
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• pp.459-464
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• 2003

심자도 신호로부터 전류원의 분포를 복원하는 알고리듬을 구성하고 이를 WPW 증후군 환자에 대해 적용하여 임상적 유용성을 검토하였다. 40 채널 superconducting quantum interference device (SQUID) 미분계를 이용하여 심자도를 측정하고 minimum norm estimation (MNE) 알고리듬과 truncated singular value decomposition (SVD)을 적용하여 2 차원 평면에서의 전류원 분포를 구하였으며. 전류원의 분포가 실제 전류원의 정보를 잘 반영하고 있음을 시뮬레이션으로 확인하였다. 또한 좌심방과 좌심실 사이에 부전도로를 가진 WPW 증후군 환자의 심자도를 측정하여 수술 전후의 전류원 분포를 비교한 결과 수술 전에는 부전도로를 통한 비정상전류의 흐름을 볼 수 있었으나 부전도로를 절제한 후에는 더 이상 볼 수 없었다. 이 결과는 심자도 선호로부터 구한 전류원 분포가 심장의 전기 활동을 잘 반영하고 있으며 임상적으로 유용하게 활용 될 수 있음을 보여준다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제30권4호
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• pp.505-514
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• 2020

The symbiotic nature of the relationship between algae and marine bacteria is well-studied among the complex microbial interactions. The mutual profit between algae and bacteria occurs via nutrient and vitamin exchange. It is necessary to analyze the genome sequence of a bacterium to predict its symbiotic relationships. In this study, the genome of a marine bacterium, Pseudoruegeria sp. M32A2M, isolated from the south-eastern isles (GeoJe-Do) of South Korea, was sequenced and analyzed. A draft genome (91 scaffolds) of 5.5 Mb with a DNA G+C content of 62.4% was obtained. In total, 5,101 features were identified from gene annotation, and 4,927 genes were assigned to functional proteins. We also identified transcription core proteins, RNA polymerase subunits, and sigma factors. In addition, full flagella-related gene clusters involving the flagellar body, motor, regulator, and other accessory compartments were detected even though the genus Pseudoruegeria is known to comprise non-motile bacteria. Examination of annotated KEGG pathways revealed that Pseudoruegeria sp. M32A2M has the metabolic pathways for all seven vitamin Bs, including thiamin (vitamin B1), biotin (vitamin B7), and cobalamin (vitamin B12), which are necessary for symbiosis with vitamin B auxotroph algae. We also identified gene clusters for seven secondary metabolites including ectoine, homoserine lactone, beta-lactone, terpene, lasso peptide, bacteriocin, and non-ribosomal proteins.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제45권9호
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• pp.1097-1105
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• 2002

목 적 : 평소 건강한 학동전 아동에서 심전도 집단 검진을 이용한 WPW 증후군의 유병률을 조사하였고 심전도 이상 소견에 따른 WPW 증후군 유형을 분류하고 각 유형에 따른 심실 및 심중격 운동 이상 소견을 심초음파 검사로 관찰하였다. 방 법: 1999년 4월부터 2001년 8월까지 전북지역 4-7세 사이의 유치원생 77,824명을 대상으로 실시한 심전도 집단 검사에서 WPW 증후군으로 진단된 아동을 대상으로 심전도상 이상 소견에 따른 세부 분류와 심초음파 검사상 심벽 운동의 이상 여부를 조사하였다. 결 과: 총 77,824명 중 WPW 증후군으로 진단된 환아는 23명으로 유병률은 2.9/10,000명이었다. 대상 환아의 평균 연령은 5.4세이었고, 남아는 13명 여아는 10명으로 남녀비의 의의있는 차이는 보이지 않았다. 빈맥의 기왕력을 가진 환아는 2명이었으며, 2명의 환아는 남매간으로 가족력 소견을 보였다. Rosenbaum 등에 의한 부전도로 추정 위치에 따른 분류로 A형은 5명(21.8%), B형은 18명(78.2%)이었다. Boineau 등의 분류에 의한 I군 18명(78.2%), IV군은 3명(13.0%), III, V군은 각각 1명(4.3%)이었고, II군은 관찰되지 않았다. Gallagher 등의 분류에 의한 유형 중 1형 4명(17.3%), 2형 12명(52.1%), 3형, 5형, 6형, 10형은 각각 1명(4.3%), 9형은 3명(13.0%), 4형, 7형, 8형은 관찰되지 않았다. 19명의 환아에게 실시한 심초음파 검사에서 5명의 A형 환아 중 4명의 환아에서 좌심실 후벽의 초기 수축기 전방운동 소견을 보였으며, B형 환아 14명 중 12명의 환아에서 심중격의 초기 수축기 후방운동 소견이 관찰되었다. 결 론 : 학동전기 아동에서 WPW 증후군의 유병율은 10,000당 2.9명이었다. 심전도상 부전도로의 위치는 우심실이 우세하여 이전의 보고와 다른 소견을 보였고, 심초음파 검사 소견상 대부분의 무증상 WPW 증후군 환아에서 이상 심실운동 소견이 관찰되었다. WPW 증후군에서 부전도로의 위치를 추정할 수 있는 비침습적 검사 방법으로 심전도 소견 및 심초음파 검사가 이용될 수 있다.