Kim, Gi-Young;Lee, Goang-Jae;Ha, Myung-Gyu;Lee, Tae-Ho;Lee, Jae-Dong
Mycobiology
/
v.28
no.1
/
pp.11-16
/
2000
The nucleotide sequences of the internal transcribed spacer (ITS) regions of the ribosomal DNA including the 5.8S ribosomal RNA gene (rDNA) have been determined for 11 species in order to analyze their intrageneric relationships. The total length of these sequences ranged from 530 nucleotides for Trichoderma reesei KCTC 1286 to 553 nucleotide for Trichoderma koningii IAM 12534. Generally speaking, the length of ITS1 region was about 30 nucleotides longer than that of the ITS2 region. Also, the sequences of 5.8S rDNA were more conserved in length and variation than those of ITS regions. Although the variable ITS sequences were often ambiguously aligned, the conserved sites were also found. Thus, a neighbor-joining tree was constructed using the full sequence data of the ITS regions and the 5.8S rDNA. The Trichoderma genus used to be grouped on the basis of the morphological features and especially the shape of phialides needs to be reexamined. The phylogenetic tree displayed the presence of monophylogeny in the species of Trichoderma. Therefore, it was difficult to distinguish the intrageneric relationships in the Trichoderma genus.
C. sinensis total RMh was containing large amount of 185 rRNA but little 285 rRNA. The size of the double-stranded cDNA synthesized from poly $(A)^{+}$ mRNA was 0.4-4.2 kb long with tapering unto 9.5 kb. Degenerated oligonucleotides (as 2 sense and 3 antisense Primers) were designed on the conserved regions of the known tropomyosin amino acid sequences. From one out of the PCR amplifications using total CDNA and matrix of primers, a specific gene product, 580 bp in size, was produced. Upon Southern hybridization of the PCR products with Schistosomn mnnsoni tropomyosin (SMTM) CDNA, only one signal appeared at the band of 580 bp product. This 580 bp product was considered to encode C. sinensis tropomyosin (CSTM) and cloned in pGEM-3Zf(-) for DNA sequencing. CSTM cDNA was 575 bp containing one open reading frame of 191 predicted amino acids, which revealed 86.3% homology with SMTM and 51.1% with rrichostronsylur coeubnlormis tropomyosin. CSTM cDNA obtained will serve as a probe in the studies of molecular cloning of CSTM.
Kim, Dayeon;Kim, Byung-Yong;Ahn, Jae-Hyung;Weon, Hang-Yeon;Kim, Sung-Il;Kim, Wan-Gyu;Song, Jaekyeong
Korean Journal of Organic Agriculture
/
v.23
no.4
/
pp.847-858
/
2015
Bacillus amyloliquefaciens GR4-5 was isolated from the rhizosphere soil of Korean ginseng and displayed broad-spectrum suppression of ginseng root rot pathogens. The survivability of B. amyloliquefaciens GR4-5 in soil was investigated under three different conditions; indoor, outdoor - of which soil was put in 14 mL tube after treatment - and field environments. Soil samples were collected over a four-week period from three experimental designs, and assessed for 16S rRNA gene copy number by quantitative polymerase chain reaction (qPCR). In outdoor condition, the 16S rRNA gene copy number of Bacillus spp. was 8.35 log copies g $soil^{-1}$ immediately after the GR4-5 treatment. Two weeks later, the 16S rRNA gene copy number of Bacillus spp. (6.70 log copies g $soil^{-1}$) was similar to that of the control (6.38 log copies g $soil^{-1}$). In indoor condition, the 16S rRNA gene copy number of Bacillus spp. maintained in a certain level for a longer period than those in outdoor and field. The 16S rRNA gene copy number of Bacillus spp. in field experiment was reduced faster than that of outdoor condition. Our results show that B. amyloliquefaciens GR4-5 can survive in bulk soil for 1 week, indicating its potential use as a biocontrol agent following 7 day application intervals. This study presents that outdoor microcosm system design could be a useful method to assess easily the survivability of beneficial microorganisms.
A bacterium producing the extracellular mannanase was isolated from Korean soybean paste. The isolate WL-8 has been identified as Bacillus subtilis on the basis on its 16S rRNA sequence, morphology and biochemical properties. The mannanase productivity of strain WL-8 was increased in LB broth by addition of wheat bran. The maximum mannanase productivity was reached to approximately 20 U/ml in LB medium supplemented with 6% wheat bran. A gene encoding the mannanase of WL-8 was cloned into Escherichia coli and its nucleotide sequence was subsequently determined. The mannanase gene consisted of 1,086 nucleotides encoding a polypeptide of 362 amino acid residues. The deduced amino acid sequence was highly homologous with those of several mannanases from B. subtilis belonging to GH family 26. Reaction temperature and pH profiles were investigated using the culture filtrate and cell-free extract of the recombinant E. coli carrying a WL-8 mannanase gene, respectively. Optimal conditions for the two fractions occurred at pH 5.5 and $60^{\circ}C$. The cell-free extract showed higher mannanase activity than the culture filtrate at above $60^{\circ}C$.
Trichloroethylene (TCE) is a widely used substance in commercial and industrial applications, yet it must be removed from the contaminated soil and groundwater environment due to its toxic and carcinogenic nature. We investigated bacterial community structure, dominant bacterial strain, and removal efficiency in a TCE contaminated groundwater treatment system using immobilized carrier. The microbial diversity was determined by the nucleotide sequences of 16S rRNA gene library. The major bacterial population of the contaminated groundwater treatment system was belonging to BTEX degradation bacteria. The bacterial community consisted mainly of one genus of Pseudomonas (Pseudomonas putida group). The domination of Pseudomonas putida group may be caused by high concentration of toluene and TCE. Furthermore, we isolated a toluene and TCE degrading bacterium, named Pseudomonas sp. DHC8, from the immobilized carrier in bioreactor which was designed to remove TCE from the contaminated ground water. Based on the results of morphological and physiological characteristics, and 16S rRNA gene sequence analysis, strain DHC8 was identified as a member of Pseudomonas putida group. When TCE (0.83 mg/L) and toluene (60.61 mg/L) were degraded by this strain, removal efficiencies were 72.3% and 100% for 12.5 h, respectively. Toluene removal rate was 2.89 ${\mu}mol/g$-DCW/h and TCE removal rate was 0.02 ${\mu}mol/g$-DCW/h. These findings will be helpful for maintaining maximum TCE removal efficiency of a reactor for bioremediation of TCE.
International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
/
v.8
no.1
/
pp.51-59
/
2004
Phylogenetic relationships were analyzed among bumblebees using a portion of mitochondrial (mt) 16S ribosomal RNA (16S rRNA). Eight species of true bumblebees and one species of cuckoo bumblebee (Bombini, Apidae), collected from Korea were included in the analysis. Also, one species of true bumblebee imported from several foreign countries for pollination was included. The length of mt 16S rRNA sequence ranged from 496 bp to 508 bp and sequence divergence ranged from 1.4% (7 bp) to 15.49% (77bp). As expected, a high A+T content was observed (78.5% on average). According to the phylogeny tree derived from parsimony and maximum likelihood analysis, a monphyletic Bombus species, excluding a single cuckoo bumblebee, Psithyrus coreanus, was obtained, but the bootstrap estimate at the node supporting the monophyletic group was very weak (40% or 46%), suggesting a very close relationship of the cuckoo bumblebee to the true bumblebee. Within Bombus species belonging to identical subgenera subgeneric specific clustering was formed with high bootstrap values, implying validity of the subgeneric names of each species: Pyrobombus for B. ardens and B. modeatus; Megabombus for B. consobrinus wittenburgi and B. koreanus; and Bombus s. str. for B. ignitus, B. hypocrita sapporoensis, and B. terrestris.
Journal of the Korean Applied Science and Technology
/
v.39
no.5
/
pp.605-613
/
2022
The genus Flavobacterium, type genus of the family Flavobacteriaceae and a member of the phylum Bacteriodetes includes gram-negative and yellow-pigmented rods. Those bacteria have been isolated from various environments of the earth. A yellow-pigmented, gram-negative rod was isolated from a pond in the campus of the Changwon University, Changwon, Kyeongnam and designated as strain B1. Strain B1 was further analyzed physiologically, biochemically and phylogenetically, and concluded to be a member of genus Flavobacterium. BLAST search of the 16S rRNA gene sequence of strain B1 shows homology no higher than 99.0% with those sequences of other bacteria. The major fatty acids of strain B1 are iso-C15:0 (19.6%), summed feature 3(C16:1 ω7c and/or C16:1 ω6c, 16.1%), iso-C17:0 3OH(10.2%), iso-C15:0 3OH(8.4%) and iso-C15:1 G(6.6%) showing significant differences in fatty acid compositions between strain B1 and the other known Flavobacterium species. DNA sequence of 16S rRNA gene of strain B1 was deposited in genbank under accession number OP060681.
Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
/
v.21
no.7
/
pp.312-320
/
2020
The objective of the study was to undertake a phylogenetic diversity census of ruminal archaea based on a meta-analysis of 16S rRNA gene sequences that were publicly available in the Ribosomal Database Project. A total of 8,416 sequences were retrieved from the Ribosomal Database Project (release 11, update 5) and included in the construction of a taxonomy tree. Species-level operational taxonomic units (OTUs) were analyzed at a 97% sequence similarity by using the QIIME program. Of the 8,416 sequences, 8,412 were classified into one of three phyla; however, the remaining four sequences could not be classified into a known phylum. The Euryarchaeota phylum was predominant and accounted for 99.8% of the archaeal sequences examined. Among the Euryarchaeota, 65.4% were assigned to Methanobrevibacter, followed by Methanosphaera (10.4%), Methanomassillicoccus (10.4%), Methanomicrobium (7.9%), Methanobacterium (1.9%), Methanimicrococcus (0.5%), Methanosarcina (0.1%), and Methanoculleus (0.1%). The 7,544 sequences that had been trimmed to the V2 and V3 regions clustered into 493 OTUs. Only 17 of those 493 OTUs were dominant groups and accounted for more than 1% of the 7,544 sequences. These results can help guide future research into the dominant ruminal methanogens that significantly contribute to methane emissions from ruminants, research that may lead to the development of anti-methanogenic compounds that inhibit these methanogens regardless of diet or animal species.
Yang, Sung Jun;Kim, Chang Yong;Lee, Jo Byoung;Kang, Sung Sun;Lee, Jong Jin
Journal of Sericultural and Entomological Science
/
v.51
no.2
/
pp.99-106
/
2013
The purpose of this study is to investigate the effects of supplementation of mulberry powder, mulberry extract and silkworm powder during the 8 weeks of resistance exercise on Androgen receptor(AR) mRNA and Myogenic regulatory factors(MRFs) expression of rats muscle. Fifty males, Sprague-Dawley rat, were randomly divided into 5 groups: CON(control group, n = 10), REG(resistance exercise group, n = 10), MP REG(mulberry powder intake and resistance exercise group, n = 10), ME REG(mulberry extract intake and resistance exercise group, n = 10) and SP REG(silkworm powder intake and resistance exercise group, n = 10). After climbing the ladder without weights during the 1 week of adaptation period, the rats in the resistance exercise group were trained to climb a 0.98-m vertical(80 degree incline) ladder with weights in their tail during 7 weeks(10 times each day, 2 days per week). After exercise, the skeletal muscle was extracted from the flexor hallucis longus. After separating the total ribonucleic acid (RNA) of each group, quantitative polymerase chain reaction was used to analyze RNA quantitatively. AR mRNA and MRFs expression revealed that all of the treated groups had significantly difference. AR mRNA expression increased in ME REG $6.24{\pm}1.85$ and SP REG $9.68{\pm}0.28$ fold compared to CON. Myod mRNA expression increased in MP REG $6.04{\pm}0.47$, ME REG $4.31{\pm}1.58$ and SP REG $8.11{\pm}0.57$ fold compared to CON. And myogenin mRNA expression increased in MP REG $4.11{\pm}0.42$, ME REG $4.12{\pm}0.45$ and SP REG $6.50{\pm}0.61$ fold compared to CON. In conclusion, during the resistance exercise, providing mulberry and silkworm gives positive effect on AR mRNA and MRFs expression increase.
The phylogeny of the family Tephritidae (Diptera: Tephritidae) was reconstructed from mitochondrial 12S, 16S, and COII gene fragments using 87 species, including 79 tephritid and 8 outgroup species. Minimum evolution and Bayesian trees suggested the following phylogenetic relationships: (1) A sister group relationship between Ortalotrypeta and Tachinisca, and their basal phylogenetic position within Tephritidae; (2) a sister group relationship between the tribe Acanthonevrini and Phytalmiini; (3) monophyly of Plioreocepta, Taomyia and an undescribed new genus, and their sister group relationship with the subfamily Tephritinae; (4) a possible sister group relationship of Cephalophysa and Adramini; and (5) reconfirmation of monophyly for Trypetini, Carpomyini, Tephritinae, and Dacinae. The combination of 12S, 16S, and COII data enabled resolution of phylogenetic relationships among the higher taxa of Tephritidae.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.