• 제목/요약/키워드: 3-D PCA

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멜론 유전자원의 생육 평가와 과육색 유전형 분석 (Characterization of Phenotypic Traits and Application of Fruit Flesh Color Marker in Melon (Cucumis melo L.) Accessions)

  • 배익현;강한솔;정우진;유재황;이오흠;정희
    • 한국자원식물학회지
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    • 제34권5호
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    • pp.478-490
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    • 2021
  • 멜론은 세계 각지에서 재배되는 경제적으로 중요한 작물중의 하나이다. 본 연구는 농업유전자원센터에서 수집 보관중인 멜론 유전자원을 대상으로 다양한 생육 특성을 특성을 조사하고, 멜론의 중요한 육종 형질중의 하나인 과육색의 유전형과 표현형을 조사하여 멜론 육종에 필요한 육종 재료 확보를 위한 기초 자료를 마련하고자 수행되었다. 총 219개의 멜론 유전자원을 대상으로 19개의 생육 특성과 PCA분석을 수행하고, 멜론의 중요한 육종 형질중의 하나인 과육색의 유전형을 조사하여 표현형과 비교하였다. 과육색은 오렌지색, 백색, 녹색, 유백색, 황색의 5가지로 분류하였으며, 이중 오렌지색이 87개로 가장 많았으며, 그 다음으로 백색이 75개였다. 그리고, 오렌지색과 녹색 과육 구별용 마커를 적용한 결과, 녹색 과육 21개의 경우는 표현형과 유전형 일치율이 100%였으며, 오렌지색의 경우는 98%, 백색은 97%, 유백색의 경우는 80%의 일치율을 보였다. 표현형과 유전형이 일치하는 않는 총 8개 유전자원의 염기서열을 분석한 결과, 3곳의 위치에서 단일염기다형성(SNP; single nucleotide polymorphism)이 있었다. 이러한 결과는 멜론의 과육색을 결정하는 아직 알려지지 않은 유전기작이 존재한다는 것을 제시하였으며, 본 연구에서 얻어진 다양한 유전자원의 생육조사 결과는 멜론 육종에 유용하게 쓰일 것으로 생각된다.

한강 하구 해역에서 개량안강망 및 해선망으로 어획된 수산생물의 계절별 종 조성 (Seasonal variations in species composition by the stow nets and the stow net on boat fisheries in the Han River Estuary, Korea)

  • 오택윤;이재봉;서영일;이종희;최정화;김정윤;이동우
    • 수산해양기술연구
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    • 제48권4호
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    • pp.452-468
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    • 2012
  • 한강 하구 해역에서 2010년 4월부터 2011년 11월까지 총 9회에 걸쳐 출현한 생물은 5 분류군 61과 126종이었다. 갑각류는 18과 34종, 두족류는 3과 5종, 어류는 35과 79종으로 분류되었으며, 그 외 종단위로 분류되지 않은 자포동물류인 해파리류와 포유류에 속하는 상괭이가 출현하였다. 한강 하구 해역의 출현종의 대부분은 어류와 갑각류로 구성되었다. 연구기간동안 주된 우점 종은 그라비새우, 꽃게, 밀새우, 갯가재 등이었으며, 어류로는 웅어와 싱어이었다. 우점한 6종에 대한 체장조성 및 평균체장을 살펴보면, 하나 이상의 체장모드를 가지는 것으로 나타났다. 하나 이상의 모드를 가지는 것은 한강 해역에 출현하는 종들이 일정시기 또는 일생동안 한강 하구 해역에서 서식하며, 산란장 또는 성육장으로 이용하고 있다는 것을 반영한다. 한강 하구 해역중 강과 가장 가까운 정점인 더리미에서는 민물어류가 출현하였으며, 홍수 등 담수의 대량 방류 시기와 조사 시기가 일치하는 경우에 민물어류가 하구 해역에서 채집되는 것으로 생각된다. 연도별 정점별 종조성을 이용하여 주성분분석을 실시하였다. 그 결과 종조성은 조사시기별 정점별 차이를 나타내었다.

전자궁적출술 후 경막외 Bupivacaine과 Fentanyl에 첨가된 Ketamine이 술 후 통증에 미치는 영향 (Influence of Ketamine on the Analgesic Effect of Epidural Bupivacaine and Fentanyl after a Transabdominal Hysterectomy)

  • 정재윤;방경호;김상현;김용익
    • The Korean Journal of Pain
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    • 제18권2호
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    • pp.138-141
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    • 2005
  • Background: There have been many attempts to alleviate pain after surgery, but there is no common approach to the control of postoperative pain. The use of epidural opioids, with local anesthetics, has been a widely employed formula to date. Ketamine, an N-methyl-d-aspartate receptor antagonist, has an excellent analgesic effect. Although there have been many reports on the dose and route of administrating analgesics, there have been few concerning the continuous epidural infusion of ketamine with fentanyl. We designed this study to find the effects of ketamine compared to those of epidurally injected bupivacaine and fentanyl, and used this trial to study any potential side effects. Methods: In a double blind trial, 55 patients received either fentanyl, $0.3{\mu}g/kg/h$ (Group F), or fentanyl, $0.3{\mu}g/kg/h$, and ketamine, 0.1 mg/kg/h (Group FK), added to 0.125% bupivacaine, at rates as high as 2 ml/h, for patient controlled epidural analgesia (PCEA) following a transabdominal hysterectomy. Ten minutes before the operation, patients received 10 ml of 0.125% bupivacaine, with either 0.5 mg/kg ketamine or the same amount of normal saline with $50{\mu}g$ fentanyl added. The pain scores and the side effects were recorded at 1, 3, 6 and 24 hour post operation. Results: There were no differences in the pain scores or side effects between the two groups. Conclusions: We failed to find any effect of the addition of epidural ketamine compared to the that of the bupivacaine and fentanyl formula. However, it is suggested that further investigations will be required on the dose and route of administration.

얼굴의 물리적 특징 분석 및 얼굴 관련 감성 어휘 분석 - 20대 한국인 여성 얼굴을 대상으로 - (The analysis of physical features and affective words on facial types of Korean females in twenties)

  • 박수진;한재현;정찬섭
    • 인지과학
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    • 제13권3호
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    • pp.1-10
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    • 2002
  • 본 연구는 복잡한 얼굴 자극을 구성하고 있는 물리적인 특징들을 추출하여 얼굴을 수치 구조면에서 분석하고, 얼굴에서 파악되는 감성과 그들 간의 관계를 파악하기 위해 수행되었다. 이를 위해 본 연구에서는 먼저 얼굴 내부에 36개의 세부 요소들 및 요소들 간 관계를 설정하였다. 또한 얼굴 외곽형의 분류를 위해 얼굴 윤곽선 부위에 14개의 특징점을 찍고 코끝에서부터 이들 지점까지의 거리를 측정하였다. 사람마다 기본적인 얼굴 크기가 다르다는 점을 감안하여 이들 특징값들 중 비율값을 제외한 길이값들을 얼굴 좌우폭 또는 얼굴 상하길이를 기준으로 정규화(normalization)하였다. 그런 다음 35개의 얼굴 내부 특징요소들과 다섯 가지 얼굴 외곽형을 입력값으로 하여 주성분분석(PCA: principal component analysis)을 실시하였으며, 그 결과 얼굴의 물리적 특징 요소들은 얼굴외곽형 성분, 눈 세로 성분, 가로 성분, 눈썹부위 성분의 네 성분으로 대략 묶일 수 있었다. 여기에 한 개의 성분을 더하여 다섯 개의 요인점수를 기반으로 얼굴에 대한 5차원 공간을 가정하였다. 이 공간에서 얼굴을 고루 선정하되 해당 얼굴이 있다고 보기 어려운 영역은 제외하고 평균에 해당하는 얼굴을 추가하여 총 30가지 대표 얼굴 유형을 선정하였다. 다른 한편에서는 얼굴의 감성 구조를 파악하기 위하여 잡지와 설문을 통해 어휘를 수집하고 이를 정리하였다. 요인분석(factor analysis)과 다차원척도 분석(MDS: multidimensional staling) 결과 얼굴과 관련된 감성 어휘는 '날카롭다-부드럽다', '앳되다-성숙하다'의 2차원 공간에서 표현될 수 있었다.>$H_2O$/g membrane, 고정이온농도가 5.25 meq/g $H_2O$인 PVA/PAA-$160^{\circ}C$ 15% 막으로 예측된다. 첨가시에 무첨가시보다 접착정도가 더 높았으며, 가장 높은 접착율은 $\beta$-GlcNAc'ase 첨가시 나타났다. 또한 모든 glycosidase 처리시 2시간 배양한 정자보다는 배양하지 않은 정자에서 투명대에 대한 접착정도가 높게 나타났으며, $\alpha$-D-mannosidase의 처리시 유의적인 차이를 보였다 (P<0.05). 본 연구의 결과, $\beta$-GlcNAc'ase가 주로 돼지정자의 원형질막내에 존재하는 것으로 추측되며, 배양된 정자에 의한 투명대 접착정도와 침입율이 낮았음에도 불구하고 glycosidase activity가 증가하는 것으로 나타났다. 마련되어져야 할 것으로 판단되어진다. 와이어형, 기본형의 순으로 작게 나타났다.한 인자로 제시 되었다. 따라서 채식을 하는 폐경 후 여성의 경우 골격건강을 위하여 단백질의 급원이 되는 식품의 섭취에 더욱 관심이 필요한 것으로 보여 진다. 그러나 본 연구의 경우 대상자의 수가 적은 제한점이 있기 때문에 보다 많은 연구가 계속적으로 수행되어야 할 것으로 생각된다.reas(RW-2 and RW-3), lower part of the dam (RW-1) and seawater areas(RW-4 and RW-5).하는 비율이 가장 높았다. 에너지 섭취를 고려한 INQ는 칼슘과, 비타민 A는 남녀 모두, 비타민 B$_2$는 여자가

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Effect of Fluoxetine on the Induction of Long-term Potentiation in Rat Frontal Cortex

  • Kim, Hwang-Soo;Kim, Hyun-Sok;Hahn, Sang-June;Kim, Myung-Jun;Yoon, Shin Hee;Jo, Yang-Hyeok;Kim, Myung-Suk;Rhie, Duck-Joo
    • The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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    • 제8권6호
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    • pp.295-300
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    • 2004
  • Serotonin (5-hydroxytroptamine, 5-HT) has been shown to affect the induction of long-term potentiation (LTP) in the cortex such as the hippocampus, the visual cortex and the prefrontal cortex. Fluoxetine, as a selective serotonin reuptake inhibitor, is used in the management of a wide variety of psychological diseases. To study the effect of fluoxetine on the induction of LTP, we recorded the field potential in layer II/III of the frontal cortex from 3-wk-old. LTP was induced in horizontal input by theta burst stimulation (TBS). TBS with two-folds intensity of the test stimulation induced LTP, which was blocked by application of D-AP5 $(50 {\mu}M)$, an NMDA receptor antagonist. Whereas bath application of 5-HT $(10 {\mu}M)$ inhibited the induction of LTP, treatment with the 5-HT depleting agent, para-chloroamphetamine $(PCA,\;10{\mu}M)$, for 2hr did not affect the induction of LTP. Bath application of fluoxetine (1, 3, and $10 {\mu}M)$ suppressed the induction of LTP in concentration-dependent manner, however, fluoxetine did not inhibit the induction of LTP in 5-HT-depleted slices. These results indicate that fluoxetine may inhibit the induction of LTP by modulating serotonergic mechanism in the rat frontal cortex.

Evaluation of Glucosinolate Content and Composition Contained in Korean Leaf Mustard (Brassica juncea var. integrifolia) Germplasm Using Liquid Chromatography Electrospray Ionization Mass Spectrometry(LC-ESI-MS/MS)

  • Kim, Jung-Bong;Kim, Heon-Woong;Ko, Ho-Cheol;Kim, So-Young;Kim, Se-Na;Jin, Yong-Xie;Kim, Jae-Hyun
    • 한국자원식물학회:학술대회논문집
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    • 한국자원식물학회 2010년도 정기총회 및 춘계학술발표회
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    • pp.18-18
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    • 2010
  • Glucosinolates(GSLs) are major secondary products($\beta$-thioglucoside N-hydroxysulfates) containing sulfates that are found mainly in Cruciferae family such as cabbage, broccoli, radish, turnip, kale, mustard and rapeseed as the important crops in agronomic and economic aspects. Especially, isothiocyanates(ITCs) have been shown to inhibit carcinogenesis with regulation cancer cell development followed by regulating target enzymes, inducing cell cycle arrest and apoptosis against various human cancer cell lines. Total desulfo(DS)-GSLs of nine type in 210 Korean leaf mustard accessions were isolated and confirmed using electrospray ionization mass spectrometric(ESI-MS/MS) method and DS-GSLs powerful library maked from several reference data. The isolated individual DS-GSLs were identified by removed $\beta$-D-glucopyranose residue ($C_6H_{11}O_5$, MW 163) from MS/MS data. Among them sinigrin(41.7%), glucoiberverin(21.7%) and gluconasturtiin(12.6%) were major components, Especially, despite gluconapin was minor component, accession K046197-1 and K046197-2 showed higher content of 4.11 and 3.31 mg/g(DW), respectively. The total GSLs contents in 210 accessions were ranged from 5.3 to 23.2 mg/g(DW) with a mean value of 13.0 mg/g(DW). As a result of principal component analysis(PCA), the individual GSLs loading plots were composed of three groups and components belonged to each group showed correlationship in quantitative pattern.

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HPLC-tandem Mass Spectrometric Analysis of the Marker Compounds in Forsythiae Fructus and Multivariate Analysis

  • Cho, Hwang-Eui;Ahn, Su-Youn;Son, In-Seop;Hwang, Gyung-Hwa;Kim, Sun-Chun;Woo, Mi-Hee;Lee, Seung-Ho;Son, Jong-Keun;Hong, Jin-Tae;Moon, Dong-Cheul
    • Natural Product Sciences
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    • 제17권2호
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    • pp.147-159
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    • 2011
  • A high-performance liquid chromatography-electrospray ionization-tandem mass spectrometric method was developed to determine simultaneously eight marker constituents of Forsythiae fructus, and subsequently applied it to classify its two botanical origins. The marker compounds of Forsythia suspensa were phillyrin, pinoresinol, phillygenin, lariciresinol and forsythiaside; those of F.viridissima were arctiin, arctigenin and matairesinol. Separation of the eight analytes was achieved on a phenyl-hexyl column (150${\times}$2.0 mm i.d., 3 ${\mu}M$) using gradient elution with the mobile phase: (A) 10% acetonitrile in 0.5% acetic acid, (B) 40% aqueous acetonitrile. A few fragment ions specific to the types of lignans, among the product ions generated by collisonally induced dissociation (CID) of molecular ion clusters, such as [M-H]$^-$ or [M+OAc]$^-$ were used not only for fingerprinting analysis but for the quantification of each epimer by using multiple-reaction monitoring mode. It was shown good linearity ($r^2{\geq}$ 0.9998) over the wide range of all analytes; intra- and inter-day precisions (RSD, %) were within 9.14% and the accuracy ranged from 84.3 to 115.1%. The analytical results of 40 drug samples, combined with multivariate statistical analyses - principal component analysis (PCA) and hierarchical cluster analysis (HCA) - clearly demonstrated the classification of the test samples according to their botanical origins. This method would provide a practical strategy for assessing the authenticity or quality of the herbal drug.

Possibility of Wood Classification in Korean Softwood Species Using Near-infrared Spectroscopy Based on Their Chemical Compositions

  • Park, Se-Yeong;Kim, Jong-Chan;Kim, Jong-Hwa;Yang, Sang-Yun;Kwon, Ohkyung;Yeo, Hwanmyeong;Cho, Kyu-Chae;Choi, In-Gyu
    • Journal of the Korean Wood Science and Technology
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    • 제45권2호
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    • pp.202-212
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    • 2017
  • This study was to establish the interrelation between chemical compositions and near infrared (NIR) spectra for the classification on distinguishability of domestic gymnosperms. Traditional wet chemistry methods and infrared spectral analyses were performed. In chemical compositions of five softwood species including larch (Larix kaempferi), red pine (Pinus densiflora), Korean pine (Pinus koraiensis), cypress (Chamaecyparis obtusa), and cedar (Cryptomeria japonica), their extractives and lignin contents provided the major information for distinction between the wood species. However, depending on the production region and purchasing time of woods, chemical compositions were different even though in same species. Especially, red pine harvested from Naju showed the highest extractive content about 16.3%, whereas that from Donghae showed about 5.0%. These results were expected due to different environmental conditions such as sunshine amount, nutrients and moisture contents, and these phenomena were also observed in other species. As a result of the principal component analysis (PCA) using NIR between five species (total 19 samples), the samples were divided into three groups in the score plot based on principal component (PC) 1 and principal component (PC) 2; group 1) red pine and Korean pine, group 2) larch, and group 3) cypress and cedar. Based on the chemical composition results, it was concluded that extractive content was highly relevant to wood classification by NIR analysis.

AT9283, 1-Cyclopropyl-3-(3-(5-(Morpholinomethyl)-1H-Benzo[d] Imidazole-2-yl)-1H-Pyrazol-4-yl) Urea, Inhibits Syk to Suppress Mast Cell-Mediated Allergic Response

  • Kim, Su Jeong;Choi, Min Yeong;Min, Keun Young;Jo, Min Geun;Kim, Jie Min;Kim, Hyung Sik;Kim, Young Mi
    • Biomolecules & Therapeutics
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    • 제30권6호
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    • pp.520-528
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    • 2022
  • Mast cells are an effector cell that plays a pivotal role in type I hypersensitive immune responses. Mast cells exist in connective tissues, such as skin and mucosal tissue, and contain granules which contain bioactive substances such as histamine and heparin in cells. The granules of mast cells are secreted by antigen stimulation to cause the type I allergic hypersensitivity. In addition, stimulated by antigen, mast cells synthesize and secrete various eicosanoids and cytokines. While AT9283 is known to have anticancer effects, the therapeutic effect of AT9283 on allergic disorders is completely unknown. In this study, it was found that AT9283 reversibly inhibited antigen-IgE binding-induced degranulation in mast cells (IC50, approx. 0.58 μM) and suppressed the secretion of the inflammatory cytokines IL-4 (IC50, approx. 0.09 μM) and TNF-α (IC50, approx. 0.19 μM). For a mechanism of mast cell inhibition, while not inhibiting Syk phosphorylation, AT9283 suppressed the activation of LAT, a downstream substrate protein of Syk, in a dose-dependent manner. As expected, AT9283 also inhibited the activation of PLCγ1 and Akt, downstream signaling molecules of Syk/LAT, and MAP kinases such as JNK, Erk1/2, and P38. In an in vitro protein tyrosine kinase assay, AT9283 directly inhibited Syk activity. Next, AT9283 dose-dependently inhibited passive cutaneous anaphylaxis (PCA), an IgE-mediated allergic acute response, in mice (ED50, approx. 34 mg/kg, p.o.). These findings suggest that AT9283 has potential to use as a new drug for alleviating the symptoms of IgE-mediated allergic disorders.

홍국쌀 에탄올 추출물과 Diacylglycerol Oil을 이용하여 제조한 기능성 유지의 이화학적 특성 연구 (Physiochemical Properties of Functional Oils Produced Using Red Yeast-Rice Ethanol Extracts and Diacylglycerol Oil)

  • 김남숙;이기택
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제36권2호
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    • pp.201-208
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    • 2007
  • 홍국쌀을 $35^{\circ}C$, 175 rpm에서 80% ethanol을 이용하여 0.5, 1, 2, 4, 8, 24시간 단위로 개별적으로 에탄올 추출한 결과, 1시간(yield, 1.203%) 이후의 추출 시간 증가는 추출율의 증가에 큰 영향을 미치지 않았다. 1시간 추출한 홍국쌀 에탄올 추출물을 각각 600(A), 1200(B), 1800(C), 2280(D) ppm 함유하는 기능성 유지를 제조하였다. 기능성 유지의 색도는 추출물의 함유 농도가 높아짐에 따라 $L^*$ 값이 유의적으로 감소되며, $a^*$ 값 및 $b^*$ 값은 유의적으로 증가되는 경향을 나타내었다(p<0.05). 기능성 유지의 monacolin K 및 총 페놀 함량은 추출물 첨가량의 증가에 따라 유의적으로 증가되는 경향을 보였다(p<0.05). Rancimat$(98^{\circ}C)$ 분석을 실시한 결과, 기능성 유지의 induction time이 각각 control(4.3 hr), A(3.2 hr), B(2.6 hr), C(2.4 hr), D(2.2 hr)로 추출물 첨가 농도의 증가에 따라 다소 감소하는 경향을 나타내어 산화 안정성의 보강이 필요할 것으로 판단된다. 전자코에 의해 얻어진 각 시료의 센서의 감응도$({\Delta}R/R_0)$를 이용한 주성분분석 및 MANOVA 분석 결과, 제1주성분 기여율은 99.66%로 분석되었으며 함유된 추출물의 함량 증가에 따라 각각 차별적인 향 패턴(odor difference)을 보이는 것으로 확인되었다. SPME-GC/MS에 의한 휘발성분 분석 결과, 기능성 유지에서 홍국쌀 에탄올 추출물로부터 기인되는 특유의 휘발성분은 관찰되지 않았으나, RT=12.1 min인 hexanal의 함량이 control에 비하여 유의적인 감소 경향을 나타내는 것이 확인되었다(p<0.05).