• 식물병연구
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• 제19권1호
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• pp.12-20
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• 2013

상추 균핵병균에 대하여 길항력을 나타내는 세균을 분리하기 위해 2007년부터 2008년에 걸쳐 초봄에 경기도 남양주시 관내 상추 시설재배지에서 균핵병이 발병한 포장의 토양을 수집하였다. 수집한 토양을 희석평판법을 이용하여 총 196개의 세균을 분리하였고, 분리한 세균을 실험실에서 균핵병균(Sclerotinia sclerotiorum)과의 대치배양을 통해 균사생장억제율이 80% 내외로 우수한 길항력을 나타내는 26개 균주를 선발하였다. 선발된 26개 균주를 16S rDNA염기서열분석으로 동정한 결과 Bacillus megaterium, B. cereus, B. muralis, B. velezensis, Arthrobacter nicotianae, A. oryzae, Pseudomonas fuscovaginae, P. flavescens, Stenotrophomonas maltophilia, Sphingobacterium faecium으로 동정되었다. 길항세균의 균사생장억제율이 높게 나타낸 10개 균주를 대상으로 여름철 포트실험을 통해 균핵 생존에 미치는 영향을 조사한 결과 B. cereus(C210)와 B. megaterium(DK6)이 각각 20%와 35%의 균핵 생존율을 나타냈다. 겨울철에 온실 내에서 포트실험을 통해 상추 균핵병에 대해 방제효과를 조사한 결과 대조구가 80%의 발병율을 나타냈으나, 26개 균주 중 9개 균주가 20% 정도의 발병율을 나타내 향후 상추 균핵병의 생물적 방제를 위한 길항세균으로서의 활용가치가 기대된다.

• 한국균학회지
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• 제41권1호
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• pp.47-51
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• 2013

국내 자연환경의 효모 균총을 확인함으로써 유용한 효모자원을 확보하기 위한 연구의 일환으로 대전 계족산, 충남 오서산 그리고 전북 백암산 지역에 서식하는 야생화들을 채집하여 이들로부터 효모들을 분리, 동정하였다. 대전의 계족산에서 수집한 야생화로부터는 10종에 속하는 12균주의 효모들을 분리하였고, 충남의 오서산에서 수집한 야생화로부터는 10종의 효모들 17균주를 분리하였다. 또한 전북 백암산의 야생화로부터 모두 24종에 속하는 38균주의 효모들을 분리하였다. 계족산, 오서산, 그리고 백암산에서 모두 발견된 효모는 Cryptococcus 속, Pseudozygoma 속, Rhodotorula 속, Sporobolomyces 속에 속하는 9종의 효모들이었다. 특히 3개 지역에서 수집한 야생화들로부터 Cryptococcus 속에 속하는 Cryptococcus aureus만이 모두 분리되었는데, 이 결과는 각 지역마다 독특한 효모 다양성을 보이고 있음을 시사하는 것이다.

• 한국동물위생학회지
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• 제33권3호
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• pp.223-231
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• 2010

A total of 191 samples collected from the commercial swine farms located in Chungnam province were investigated by PCR to estimate the prevalence of Lawsonia (L.) intracellularis infection. In the group of the pigs with proliferative enteritis, 14 (93.3%) of 15 intestinal samples and 12 (80.0%) of 15 feces were positive in PCR. In contrast, a relatively low positive rate (18.0%, 29 of 161 samples) was determined in the group of normal healthy pigs. The group of pigs over 120 days showed the highest positive rates (26.8%, 15 of 56 samples). In the comparison of the sequences of 210bp for species specific fragments and 301bp for outer membrane protein, the isolates (L1. L2) showed almost 100% identity with the reference L. intracellularis (L08049, USA). For the sequences of partial 16s rDNA, the homologies among the 5 isolates (L1-L5) were 97.4% to 99.3%, and those of 5 sequences (L1-L5) versus 5 overseas reference strains of L. intracellularis ranged from 98.6% to 99.8%. In the comparison of the nucleotide sequences among 5 isolates and other species in Desulfovibrionales showed 82.4 to 99.5% identities. The 5 isolates shared relatively low identities (76.9% to 84.4%) with the species of alpha-proteobacteria. In phylogenetic analysis based on the 16s rDNA sequences, all of the 5 isolates (L1-L5) were located in the same branch with the strains of L. intracellularis that were previously isolated from the pigs in USA and China. Seven strains of Desulfovibrio sp. were clustered in the neighboring branches, whereas alpha and gamma Proteobacteria showed distant relationship with L. intracellularis strains. The present findings suggest that L. intracellularis infection is endemic in the swine farms in the regions, and that the domestic isolates maintained very limited genetic variation.

• KSBB Journal
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• 제21권6호
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• pp.451-455
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• 2006

본 실험실에서는 음식폐기물을 효율적으로 소화처리하기위해 Pilot 규모 (10톤)의 3단계 메탄 발효 공정을 개발하여 운전하고 있다. 3단계 메탄발효시스템은 반혐기성 가수분해조, 혐기성 산발효조, 혐기성 메탄발효조로 구성되어 있으며, 이 가운데 두 번째 공정인 혐기성 산발효조로부터 알코올발효능이 우수한 균주 KA4를 분리하였다. 세포의 형태는 타원형 모양이며, 크기는 $5.5-6.5{\times}3.5-4.5\;{\mu}m$ 이었고, 26S rDNA D1/D2 rDNA sequence를 분석한 결과를 바탕으로 Saccharomyces cerevisiae KA4로 명명하였다. 이 균주를 YM 배지에서 배양하였을 경우 $30-35^{\circ}C$에서 최대 생장을 보였으며, 배지내의 초기 에탄올 농도가 5% (v/v)까지는 생장에 영향을 받지 않았으나 그 이상에서는 생장에 저해를 받았고 7% 이상에서는 생장하지 못하였다. 한편 초기 50% (w/v)까지의 당 농도에서는 생장이 가능하였으나 잔류 당 농도를 고려할 때 에탄올 발효를 위한 최적 당 농도는 10%이었다. 이 농도의 당을 이용하여 초기 pH4에서 10까지의 넓은 범위에서 에탄올 발효가 가능하였으며 최적 pH는 6이었다 이 때 에탄올 생산량은 7.4%이었으며, 에탄올 생산수율은 2.87 mol EtOH/mol glucose이었다.

• Genomics & Informatics
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• 제13권2호
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• pp.26-30
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• 2015

nc886 (=vtRNA2-1, pre-miR-886, or CBL3) is a newly identified non-coding RNA (ncRNA) that represses the activity of protein kinase R (PKR). nc886 is transcribed by RNA polymerase III (Pol III) and is intriguingly the first case of a Pol III gene whose expression is silenced by CpG DNA hypermethylation in several types of cancer. PKR is a sensor protein that recognizes evading viruses and induces apoptosis to eliminate infected cells. Like viral infection, nc886 silencing activates PKR and induces apoptosis. Thus, the significance of the nc886:PKR pathway in cancer is to sense and eliminate pre-malignant cells, which is analogous to PKR's role in cellular innate immunity. Beyond this tumor sensing role, nc886 plays a putative tumor suppressor role as supported by experimental evidence. Collectively, nc886 provides a novel example how epigenetic silencing of a ncRNA contributes to tumorigenesis by controlling the activity of its protein ligand.

• 생명과학회지
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• 제25권11호
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• pp.1319-1323
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• 2015

매년 어류 양식의 생산량은 증대되고 있으며, 생산량 증가를 위한 고밀도 사육은 수질 악화 및 어류들의 스트레스를 증가시켜 질병들이 잦아지게 된다. 이로 인한 경제적 피해는 어류 양식 어민들에게 있어 막대한 피해를 입게 되며, 이를 예방하기 위해 화학 요법인 항생제를 투여하게 된다. 본 연구에서는 항생제 대체 물질 및 안전 요법으로 알려진 프로바이오틱스를 분리하기 위해, 한국전통식품인 고추 장아찌와 갈치 젓갈에서 다양한 세균을 분리하였다. 분리 된 균주들은 16S rDNA 염기서열을 분석 및 동정하고, 상층액 및 균체로 나뉘어 항균 활성을 측정하였다. 고추 장아찌에서 분리된 4종과 갈치 젓갈에서 분리된 7종은 상층액 보다 균체에서 항균 활성이 높게 나타나는 것을 확인할 수 있었다. 그 중 JKM-2는 43 mm(S. iniae), 40 mm(S. parauberis), 35 mm(S. mutans), 26.5 mm(V. vuinificus)로 가장 높은 항균 활성을 나타냈다. 본 균주의 염기서열 분석 결과, Bacillus subtilis 97.71%, Bacillus tequilensis 97.71%, Brevibacterium halotolerans 97.71%, Bacilus subtils 97.63%, Bacillus subtlis 97.63%, Bacillus mojavensis 97.54%, Bacillus vallismortis 97.46%, Bacillus nanillea 97.45%, Bacillu smethylotrophicus 97.37%, Bacillu ssiamensis 97.37%로 분석되었다. 추후 JKM-3의 신종 균주 확인과 균체 물질 규명 및 분석을 통하여 충분한 안정성을 확보하고 양식 산업에 적용시켜 항생제 대체 물질로서의 이용가치를 확인하고자 한다.

• 식물병연구
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• 제26권1호
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• pp.53-56
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• 2020

2019년 5월, 잎 표면에서 적색 반점이 관찰되는 참소리쟁이를 충북 괴산군 인근 야산에서 채집하였다. 관찰된 병반의 앞면은 적색 및 황색의 병반이 관찰되었고, 뒷면에는 백색의 돌기가 관찰되었다. 다양한 현미경으로 자세하게 관찰한 결과, 돌기는 녹포자기로 확인되었으며, 많은 녹포자가 확인되었다. 녹포자는 구형 또는 난형이었고 19.0-24.4×19.0-24.5 ㎛의 크기를 가지면서 표면은 무사마귀형으로 관찰되었다. 계통학적 유연관계 분석을 위하여, large subunit rDNA 영역 및 cytochrome c oxidase subunit 3 (CO3) 유전자 영역을 이용하여 계통학적 유연관계를 분석한 결과, 참소리쟁이에서 관찰된 녹병균은 Puccinia pritzliana와 매우 근연한 관계를 가지고 있었다. 관찰된 기주, 포자세대, 형태 및 계통학적 유연관계 결과를 종합해 볼 때, 분석된 녹병균은 국내 미보고 녹병균인 P. phragmitis로 확인하였으며, 위 병원균에 의해 발생한 녹병을 참소리쟁이 잎녹병으로 제안하고자 한다.

• 한국균학회지
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• 제42권3호
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• pp.201-206
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• 2014

전라북도 고군산열도 선유도 일대에서 2014년 4월에 개화한 야생화들로부터 효모들을 분리한 후 이들의 26S rDNA의 D1/D2 부위의 염기서열을 결정한 다음 NCBI의 BLAST database에 등록되어 있는 효모들과의 상동성을 비교 분석하여 동정하였다. 야생화 51점에서 21종의 효모들을 61 균주 분리하였고, 이들 중 Cryptococcus aureus SY1-4 등의 Cryptococcus 속 균들이 가장 많았고, Metschnikowia reukaufii SY20-1등 Metschnikowia 속 균과 Rhodotorula ingeniosa SY1-1등 Rhodotorula 속 균들도 비교적 많이 분리되었다. 이들 61 균주들의 배양상등액과 무세포추출물을 제조한 후 생리기능성을 측정한 결과 M. reukaufii SY44-6의 배양상등액이 각각 49.6%의 XOD 저해활성과 38.4%의 미백성 Tyrosinase 저해활성을 보여 우수하였다.

• Journal of Ecology and Environment
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• 제31권2호
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• pp.131-137
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• 2008

This study investigated the population densities and diversity of heterotrophic bacteria, and the rhizosphere-to-soil ratios (R/S) in the rhizosphere soil of halophyte Phragmites communis at the western coastal mudflats of Korea. The population densities of aerobic heterotrophic bacteria on the rhizosphere soil of P. communis were in the range of $3.3\;{\pm}\;0.9\;{\times}\;10^7\;{\sim}\;1.2\;{\pm}\;0.5\;{\times}\;10^8\;cfu\;g^{-1}$ dry weight (d. wt.). Population densities of amylolytic bacteria ranged from $1.1\;{\pm}\;0.2\;{\times}\;10^6$ to $3.0\;{\pm}\;1.2\;{\times}\;10^6\;cfu\;g^{-1}\;d.\;wt.$, while those of cellulolytic bacteria and proteolytic bacteria ranged from $5.6\;{\pm}\;2.3\;{\times}\;10^6$ to $1.5\;{\pm}\;0.3\;{\times}\;10^7\;cfu\;g^{-1}\;d.\;wt.$ and from $1.4\;{\pm}\;0.3\;{\times}\;10^6$ to $3.5\;{\pm}\;2.3\;{\times}\;10^7 \;cfu\;g^{-1}\;d.\;wt.$, respectively. The R/S ratios ranged from 2.26 to 6.89. Genetic (16S DNA) analysis of fifty-one isolates from the roots of P. communis suggested that the dominant species were closely related to the ${\gamma}$-proteobacteria group (18 clones) and the ${\alpha}$-proteobacteria group (14 clones). We found that halophyte species and mudflat environment both affected the rhizosphere bacterial communities.

• 한국균학회지
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• 제42권1호
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• pp.21-27
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• 2014

충청남도 예산군 신암면 일대 과수원들의 과일과 꽃에서 효모들을 분리한 후 이들의 26S rDNA의 D1/D2 부위의 염기서열을 결정한 다음 NCBI의 BLAST 데이터베이스에 등록되어 있는 효모들과의 분자생물학적 유연관계를 비교, 분석하여 동정하였다. 2013년 4월부터 10월 사이의 과일 19점으로부터 모두 25종의 효모들을 48균주 분리하였고 Pichia kluyveri, Hanseniaspora uvarum, Rhodotorula mucilaginosa, Torulaspora delbrueckii 등 4종의 효모 등이 많이 분포하고 있었다. 과수원 주위의 꽃 39점에서 48종의 효모 등을 108균주 분리하였고 이 중 Microstroma juglandis와 Pseudozyma aphidis가 가장 많이 분리되었다.