• Journal of the Korea Society of Computer and Information
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• v.14 no.7
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• pp.41-47
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• 2009

A solution to the problems of recognizing as one spot or detection failures for complex regions, in which many spots representing proteins are overlapped and saturated, is suggested. The accumulated gradients of each point in complex regions are calculated, and the resulting accumulated gradient image segmented using watershed technique. The suggested solution show better and efficient result than existing method for spot separation, detects more protein spots hidden in the image of 2-dimensional electrophoresis, and expands the scope of prediction.

• The Korean Journal of Zoology
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• v.24 no.4
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• pp.173-188
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• 1981

근세포의 분화에 있어서의 근특이 단백질의 합성 순서를 구명하기 위하여 계배 근세포를 2$\\sim$9일간 배양하면서 단백질합성야상을 SDS-polyacrylamide 겔전기 영동법, 등전점초점2차원 전기영동법 및 방사자기법으로 분석하였다. Actin은 분화의 초기부터 활발히 합성되어 그 양이 다량으로 축적되나, myosin은 배양 3일째부터 대량 합성되기 시작하였다. Myosin의 대량합성시기는 배양 근원세포가 융합을 활발히 일으키는 시기와 거의 같았다. Myoglobin은 분화초기부터 서서히 합성축적되기 시작하여 배양 5일에서 최대치에 달하였다. Creatine phosphokinase는 배양 3일만에, 그리고 glyceraldehyde dehydrogenase는 6일만에 전기영동상에 검출되었다. Tropomyosin $\\alpha$와 $\\beta$, 그리고 troponin C는 분화초기부터 비교적 다량 합성되고 있었다. 젖산탈수소효소의 활성은 배양 2$\\sim$5일 사이에서 급격히 증가하고 이후 거의 변화가 없었다. 이 효소의 동위효소 조성은 초기 근원세포에서는 $H_4$와 $H_3M$형이 많으나 분화가 진행됨에 따라 $HM_3 와 M_4$형이 서서히 출현하였다. 그리고 배양 5일만에 5종의 동위효소가 모두 검출되었다.

• Transactions of the Korean Society of Mechanical Engineers B
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• v.39 no.5
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• pp.425-433
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• 2015

In this paper, we have numerically investigated two-dimensional dielectrophoretic (DEP) motions of a single particle suspended freely in a viscous fluid, interacting with a nearby nonconducting planar wall, under an externally applied uniform direct-current electric field. Particularly, we solve the Maxwell equation with a large sharp jump in the electric conductivity at the particle-fluid interface and then integrate the Maxwell stress tensor to compute the DEP force on the particle. Results show that, under an electric field parallel to the wall, one particle is always repelled to move far away from the wall and the motion depends strongly on the particle-wall spacing and the particle conductivity. The motion strength vanishes when the particle is as conductive as the fluid and increases as the conductivity deviates further from that of the fluid.

• Korean journal of applied entomology
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• v.29 no.3
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• pp.157-164
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• 1990

The surface patterns and the structures of transverse section of the egg-shell of the sikmoth, Bombyx mandarina, have been described by scanning electron microscope. Three spatially differentiated cross section, called lamellar, conic pillar and cover layers, are found on the mature eg-shell. Silkmoth chorion proteins were detected more than 80 components from a single chorion by two-dimensional electrophoresis. Major protein components of the egg-shell have bee identified on the basis of their isoelectric points and molecular weights, pH 4-6 and 6-30 kd. Several protein components are found entirely or predominantly in th cover layers.

• KOGO NEWS
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• v.6 no.1
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• pp.24-28
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• 2006

프로테오믹스는 생물체 안에 포함되어 있는 단백질을 통합적으로 연구한다. 단백질을 동정(Protein identification)하고, 단백질의 상태를 분석(Protein characterization)하며, 단백질의 양적 변화를 관찰(Protein quantitation)한다. 단백질에 대한 분석, 특히 질량분석기에 의해 초고속으로 대량의 단백질 데이터를 생산하는 프테테오믹스의 연구는 정량적인 단백질 발현양상분석의 정확도를 높이고 분석시간을 단축하기 위해 다양한 실험기법과 데이터 분석기법을 동원하고 있다. 1) 단백질의 양적 차이나 양적 변화의 관찰은 바이오마커를 발굴하고 생명현상의 메카니즘을 규명하여 그 결과를 신약개발에 활용하기 위한 기초 연구이다. 이 글에서는 프로테오믹스 연구의 초창기부터 사용되어온 2차원 전기영동법에 의해 생성되는 2D-gel image에서의 스팟(spot)분석법과 함께, 탄뎀 질량분석기를 사용하는 ICAT, SILAC 등의 동위 원소를 사용한 라벨링(labeling) 방법, 라벨링을 하지 않는 label-free 방법 등 프로테오믹스에서의 정량분석법에 대한 기본 개념을 살펴보고, 이들에서의 데이터 분석 기술의 적용에 대해 간략히 소개하였다.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2006.02a
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• pp.38-44
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• 2006

프로테오믹스는 생물체 안에 포함되어 있는 단백질을 통합적으로 연구하는 학문이다. 단백질을 동정(Protein identification)하고, 단백질의 상태를 분석(Protein characterization)하며, 단백질의 양적 변화를 관찰(Protein quantitation)한다. 유전자로부터 mRNA 로 복제되고 codon 의 규칙에 따라 합성되는 단백질이 세포 내에 얼만큼 존재하는가라는 단백질의 양적인 변화는 세포 내의 환경에 따라 시시각각 변화할 수 있으며, 이러한 변화의 추적은 단백질의 기능을 밝히는 기초자료로서 중요성을 가진다. 특히 질병의 조기 진단을 위한 바이오마커를 발굴하기 위한 스크리닝 역할로서, 단백질의 발현 양상을 비교하는 프로테오믹스는 기대를 모으고 있다. 단백질에 대한 분석, 특히 질량분석기에 의해 초고속으로 대량의 단백질 데이터를 생산하는 프로테오믹스의 연구는 정량적인 단백질 발현양상 분석의 정확도를 높이기 위해 다양한 실험기법과 데이터 분석기법을 동원하고 있다. 이번 발표에서는 프로테오믹스에서 단백질의 양을 측정하기 위한 실험 방법들과 그에 따른 데이터 분석 방법들을 소개하고자 한다. 프로테오믹스 연구의 초창기부터 사용되어온 2차원 전기영동법에 의해 생성되는 2D-gel image 에서의 spot 분석법으로부터, 탄뎀 질량분석기를 사용하는 ICAT, iTRAQ 등의 labeling 방법에 의한 정량분석, 그리고 질량분석기의 정확도를 최대한으로 활용하는 label-free 방법에 대한 기본 개념을 살펴보고 데이터 분석 기술의 적용 방법을 알아본다.

• Korean Journal of Food Science and Technology
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• v.18 no.5
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• pp.339-344
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• 1986

The specific reaction of trypsin inhibitors with trypsin to form stable complexes was successfully applied for detection of trypsin inhibitors in soybean. Soybean extract was treated with $Ca^{++}$ to remove globulin fraction, followed by digestion with trypsin and fractionated by chromatography on Sephadex G-50. The void volume fraction contained the trypsin-trypsin inhibitor complexes as well as trypsin. The trypsin inhibitors were then detected by their molecular weight differences on SDS-polyacrylamide gel electrophoresis, in which the complexes dissociate into trypsin and its inhibitors. With the method proposed, trypsin inhibitors were indentified by their ability forming the stable complexes with trypsin and their anti-tryptic moiety. The formation of the complexes with trypsin was further confirmed by two dimensional electrophoresis and DEAE-Sephadex A-25 chromatography. Employing the proposed method, it was found that soybean (Glycine max cv. Hill) contained 7 trypsin inhibitors.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• v.59 no.2
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• pp.142-150
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• 2005

Background : Continuous growth stimulation by various factors, as well as chronic oxidative stress, may co-exist in many solid tumors, such as lung cancer. A new family of antioxidant proteins, the peroxiredoxins (Prxs), have been implicated in the regulation of many cellular processes, including cell proliferation, differentiation and apoptosis. However, a real pathophysiological significance of Prx proteins, especially in lung disease, has not been sufficiently defined. Therefore, this study was conducted to investigate the distribution and expression of various Prx isoforms in lung cancer and other pulmonary conditions. Method : Patients diagnosed with lung cancer, and who underwent surgery at the Ajou Medical Center, were enrolled. The expressions of Prxs, Thioredoxin (Trx) and Thioredoxin reductase (TR) were analyzed using proteomic techniques and the subcellular localization of Prx proteins was studied using immunohistochemistry on normal mouse lung tissue. Result : Immunohistochemical staining has shown the isoforms of Prx I, II, III and V are predominantly expressed in bronchial and alveolar lining epithelia, as well as in the alveolar macrophages of the normal mouse lung. The isoforms of Prx I and III, and thioredoxin were also found to be over-expressed in the lung cancer tissues compared to their paired normal lung controls. There was also an increased amount of the oxidized form of Prx I, as well as a putative truncated form of Prx III, in the lung cancer samples when analyzed using 2-dimensional electrophoresis. In addition, a 43 kDa intermediate molecular weight protein band, and other high molecular weight bands of over 20 kDa, recognized by the anti-Prx I antibody, were present in the tissue extracts of lung cancer patients on 1-Dimensional electrophoresis, which require further investigation. Conclusion : The over-expressions of Prx I and III, and Trx in human lung cancer tissue, as well as their possible chaperoning function, may represent an attempt by tumor cells to adjust to their microenvironment in a manner advantageous to their survival and proliferation, while maintaining their malignant potential.

• The Korean Journal of Zoology
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• v.37 no.4
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• pp.554-564
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• 1994

세균이 세포내 공생하는 xD strain과 모 세포주인 tD strain Amoeba proteus의 열충격 대응의 차이를 알아 보기 위하여 방사선 동위원소로 표지된 아미노산을 Ca2+_less Chalkley's 용액에서 음작용 경로를 통하여 90분 동안 흡수하게 하고, 저온 및 고온 스트레스에 대하여 새로 합성되는 스트레스 대응 단백질의 양상을 1, 2차원 전기영동 및 자기방사 사진법에 의해서 비교하였다 저온(10"C) 충격에 대응하여 아메바는 두 strain 모두 56.0 kDa, pl 6.0 단백질을 강하게 발현하였으며, xD strain에서는 tD strain과 달리 저온 충격 초기에 66 0 kDa, pl 5.5 단백질의 발현이 중단되었다. 한편 고온(33"C) 열충격에 대하여 두 strain 아메바에서 모두 10여종의 단백질이 새합성되는 것으로 확인되었으며, tD 아메바에는 이들 단백질의 새합성이 완만하게 이루어지는데 비하여 xD 아메바에서는 그중 66.0 kDa 단백질이 고온 대응 단백질로서 신속하게 새합성되는 것으로 나타났다. 이외에도 2차원 전기 영동 분석을 통하여 열충격에 의해서 발현이 촉진되는 다수의 단백질들을 탐지하였다 탐지된 아메바의 열충격 단백질은 분자량에 따라 hsp100군 2종, hsp90군, 3종, hsp70군 및 hsp60군 각 1종, 그리고 small csp군 4종으로 분류해 볼 수 있었다 두 분석의 결과를 종합해 보면 tD 아메바에는 저온 및 고온 충격에 대하여 열충격 단백질의 합성이 완만하게 상승하는 데 비하여 xD strain에서는 신속하게 이루어졌다. 이상의 결과로 보아 아메바의 세포내 공생 세균은 숙주의 열충격 대응기작에 변화를 야기한 것으로 판단된다한 것으로 판단된다. 10mg과 20mg의 estrogen 처리구 사이에 유두 직경, 길이 그리고 용적의 증가량에 있어서는 차이가 없었다. 10mg 및 20mg의 estrogen 처리는 초발정일령을 각각 20일 및 124일 단축시켰다. 전체적으로 이러한 결과는 송아지에 estradiol의 삽입은 성장과 유선 발달을 촉진시키고 초발정일령을 단축시킬수 있다는 것을 강력하게 지적한다. 일치하지 않으므로 더욱 정밀한 조사를 실시하여 분류학상의 위치를 정확히 밝혀 볼 필요가 있을 것으로 생각되었다.연한 도구이자 정신활동으로 보게함으로써, 주제 및 연구방법에서 획일성보다 다양성과 창조성이 강조되고 있다. 그리고 연구에 있어서 주제 의 다양성을 통해 보다 현실생활에 밀접하게 연결되어야 할 필요성은 학문이나 과학의 사회 성에 대한 새로운 인식을 가져다 주고 있다. 이러한 지리교육과정의 좌표의 변화된 측면들 을 고려하여, 지리교육과정의 새로운 방향은 다음의 세가지로 모색될 수 있다. 첫째, 爭點中 心 地理敎育課程이다. 사회쟁점에 대한 접근은 쟁점의 이해와 문제해결에의 지리적 관점의 활용을 통해 학습내용의 시사성과 사실성을 높힐 수 있다. 이때 문제해결능력을 통해 현대 시민의 자질 및 능력을 기를 수 있음은 물론, 다른 한편으로 실제세계 즉 학생의 실생활, 사 회, 국가, 세계에서 일어나는 일들과의 관련성을 갖게 함으로써, 내적 동기화와 외적인 자극 을 강력하게 결합할 수 있을 것이다. 이는 개인적 유관적합성과 사회적 유관적합성을 동시 에 확보하는 데 유리할 것이다. 둘째, 思考中心 地理敎育課程이다. 지리교육은 학생들을 지 식 및 기능의 숙달자가 되도록 할 것이 아니라 기본적 문장해독력의 수준을 넘어 능력있는 사고자로 길러내는 것을 목표로 하여야 한다.

• Journal of the Korea Society for Simulation
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• v.20 no.2
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• pp.77-85
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• 2011

It is believed that the anomalies or diseases of human organs are identified by the analysis of the patterns. This paper proposes a new classification technique for the identification of cancer disease using the proteome patterns obtained from two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis(2-D PAGE). In the new classification method, three different classification methods such as support vector machine(SVM), multi-layer perceptron(MLP) and k-nearest neighbor(k-NN) are extended by multi-boosting method in an array of subclassifiers and the results of each subclassifier are merged by ensemble method. Genetic algorithm was applied to obtain optimal feature set in each subclassifier. We applied our method to empirical data set from cancer research and the method showed the better accuracy and more stable performance than single classifier.