• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제21권4호
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• pp.421-429
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• 2011

For precise identification of a Lactobacillus K1 isolate, LC-MS/MS analysis of the putative surface layer protein was performed. The results obtained from LTQ-FT-ICR mass spectrometry confirmed that the analyzed protein spot is the surface layer protein originating from Lb. helveticus species. Moreover, the identified protein has the highest similarity with the surface layer protein from Lb. helveticus R0052. To evaluate the proteomic study, multilocus sequence analysis of selected housekeeping gene sequences was performed. Combination of 16S rRNA sequencing with partial sequences for the genes encoding the RNA polymerase alpha subunit (rpoA), phenylalanyl-tRNA synthase alpha subunit (pheS), translational elongation factor Tu (tuf), and Hsp60 chaperonins (groEL) also allowed to classify the analyzed isolate as Lb. helveticus. Further classification at the strain level was achieved by sequencing of the slp gene. This gene showed 99.8% identity with the corresponding slp gene of Lb. helveticus R0052, which is in good agreement with data obtained by nano-HPLC coupled to an LTQ-FT-ICR mass spectrometer. Finally, LC-MS/MS analysis of surface layer proteins extracted from three other Lactobacillus strains proved that the proposed method is the appropriate molecular tool for the identification of S-layer-possessing lactobacilli at the species and even strain levels.

• 미생물학회지
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• 제48권3호
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• pp.192-199
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• 2012

미세조류는 광합성을 통하여 바이오디젤과 같은 부가가치상품을 생산할 수 있으며, 미세조류를 이용한 생명공학 기술이 주목 받고 있다. 그러나 질소원과 탄소원은 미세조류 배양 비용을 높여 충분한 바이오매스 생산에 제한요소가 되고 있다. 미세조류를 배양하는데 도시하수를 이용하는 것은 생산단가를 낮추는 좋은 대안이 될 수 있으며, 본 연구에서는 옥외 수질정화 배양 시스템(mini raceway open pond)을 이용하여 적용했다. 실험에 사용한 도시하수는 하수종말처리장의 1차 침전지를 거친 유입수를 이용하였으며, 토착 미세조류를 mini raceway open pond에서 배양하였다. 체류시간 6일의 운전 후 TN, TP, COD-$_{Mn}$, $NH_3$-N의 평균 제거 효율은 80.18%, 63.56%, 76.34%, 96.74%로 각각 나타났다. 18S rRNA gene 분석결과 녹조류인 Chlorella, Scenedesmus가 우점하였으며, 16S rRNA gene 분석결과 Rhodobacter, Luteimonas, Agrobacterium, Thauera, Porphyrobacte의 5종의 bacteria가 동정되었다. 이러한 결과를 통하여 미세조류를 이용한 호기성 처리나 과도한 발전비용 없이 효과적인 하수처리를 할 수 있는 가능성을 확인하였다. 그리고 도시하수는 미세조류 배양에 필요한 탄소원과 질소원을 제공할 수 있으며 미세조류 바이오매스는 상업적 목적으로 이용될 수 있는 가능성을 확인할 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제45권2호
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• pp.193-199
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• 2009

오징어 젓갈로부터 호염성 균주를 분리하여 형태적, 생리 생화학적 특성 및 분자계통학적 분석을 통하여 동정하였고, 이 균주가 세포외로 생산하는 호염성 protease를 정제하여 그 특성을 분석하였다. 본 균주는 NaCl 0~14%, $20\sim55^{\circ}C$ 및 pH 5~8에서 성장하였으며, $35{\pm}5^{\circ}C$, pH 7 및 5% NaCl에서 최적으로 성장하였다. 주요 지방산 조성은 anteiso-$C_{15:0}$ (44.70%), anteiso-$C_{17:0}$ (15.76%) 및 $C_{16:0}$ (13.91%)이었고, menaquinone은 MK-7이었으며, DNA G+C 함량은 50.58 mol%였다. 16S rRNA 유전자 염기서열을 통한 계통분석 결과 Bacillus이었으며 Bacillus sp. SJ-10으로 명명하였다. SJ-10 균주 배양액으로부터 40% 황산암모늄 침전과 Mono Q 컬럼크로마토그래피 과정을 거쳐 collagen과 gelatin을 특이적으로 분해하는 약 40 kDa의 세포외 protease를 정제하였다. 이 효소는 $35{\pm}5^{\circ}C$, NaCl $5{\pm}1%$ 및 pH 8에서 최적 활성을 나타냈으며, pH 5~10 범위에서 안정하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권2호
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• pp.245-253
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• 2010

The base sequences representing human- and cow-specific 168 rRNA gene markers identified in a T-RFLP analysis were recovered from clone libraries. The human- and cow-specific primers were designed from these sequences and their specificities were analyzed with fecal DNAs from human, cow, and pig. The AllBac primer set showed positive results for all human, cow, and pig samples, whereas the human-specific primer set showed positive result only for the human sample but not for the cow or pig samples. Likewise, the cow-specific primer set showed positive results only for the cow sample but not for the human or pig samples. Real-time PCR assay with these primers was developed for the identification and quantification of fecal pollution in the river water. The human- and cow-specific markers were detected in the order of 9 $\log_{10}$ copies per gram wet feces, which were two orders of magnitude lower than those of total Bacteroidales. For the river water samples, the human-specific marker was detected in $1.7-6.2\;\log_{10}$ copies/100 ml water, which was 2.4-4.9 orders of magnitude lower than those of total Bacteroidales. There was no significant correlation between total Bacteroidales and conventional fecal indicators, but there was a high correlation between Bacteroidales and the human-specific marker. This assay could reliably identify and quantify the fecal pollution sources, enabling effective measures in the watersheds and facilitating water quality management.

• 대한화장품학회:학술대회논문집
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• 대한화장품학회 2003년도 IFSCC Conference Proceeding Book II
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• pp.241-242
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• 2003

The effects of N-acetylphytospingosine(NAPS), one of the phytospingosine derivatives, on melanogenesis of B 16F 1 0 mouse melanoma cell lines were investigated. We assessed the effect of NAPS on the depigmentation of B16F10 cells. The melanin content of cells was significantly reduced by NAPS. We examined the inhibitory effect of NAPS on tyrosinase activity using L-dopa as a substrate and the results showed that tyrosinase activity was inhibited in a does-dependent manner. The mRNA level of tyrosinase as well as that of tyrosinase related protein-l (TRP-l) and tyrosinase related protein-2 (TRP-2) genes were not affected by NAPS based on a reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay. We also performed a Western blotting analysis using anti-tyrosinase antibody. It showed that there is no change in tyrosinase protein level after treatment of NAPS. These results suggest that the depigmenting mechanism of NAPS in B16F10 melanoma cells involves inhibition of melanosomal tyrosinase activity, rather than the mRNA expression or protein level of tyrosinase.

• Journal of Veterinary Science
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• 제22권3호
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• pp.37.1-37.14
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• 2021

Background: Ticks are one of the most common external parasites in dogs, and are associated with the transmission of a number of major zoonoses, which result in serious harm to human health and even death. Also, the increasing number of pet dogs and pet owners in China has caused concern regarding human tick-borne illnesses. Accordingly, studies are needed to gain a complete understanding of the bacterial composition and diversity of the ticks that parasitize dogs. Objectives: To date, there have been relatively few reports on the analysis of the bacterial community structure and diversity in ticks that parasitize dogs. The objective of this study was to investigate the microbial composition and diversity of parasitic ticks of dogs, and assessed the effect of tick sex and geographical region on the bacterial composition in two tick genera collected from dogs in China. Methods: A total of 178 whole ticks were subjected to a 16S ribosomal RNA (rRNA) next generation sequencing analysis. The Illumina MiSeq platform targeting the V3-V4 region of the 16S rRNA gene was used to characterize the bacterial communities of the collected ticks. Sequence analysis and taxonomic assignment were performed using QIIME 2 and the GreenGene database, respectively. After clustering the sequences into taxonomic units, the sequences were quality-filtered and rarefied. Results: After pooling 24 tick samples, we identified a total of 2,081 operational taxonomic units, which were assigned to 23 phyla and 328 genera, revealing a diverse bacterial community profile. The high, moderate and low prevalent taxa include 46, 101, and 182 genera, respectively. Among them, dominant taxa include environmental bacterial genera, such as Psychrobacter and Burkholderia. Additionally, some known tick-associated endosymbionts were also detected, including Coxiella, Rickettsia, and Ricketssiella. Also, the potentially pathogenic genera Staphylococcus and Pseudomonas were detected in the tick pools. Moreover, our preliminary study found that the differences in microbial communities are more dependent on the sampling location than tick sex in the tick specimens collected from dogs. Conclusions: The findings of this study support the need for future research on the microbial population present in ticks collected from dogs in China.

• 한국식품영양학회지
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• 제19권4호
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• pp.496-501
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• 2006

본 연구는 대한민국 서해안 갯벌로부터 알칼리성 단백질 분해 효소를 생산하는 세균을 분리하고 분리된 세균으로부터 생산되는 단백질 분해 효소의 생화학적 특징을 조사하는 것이다. 분리 균주는 16S rRNA의 염기 서열, 그람 염색과 전자 현미경사진을 통해 Celidibacter sp. HK-1으로 명명하였다. 분리 균주의 증식과 pretense 생산을 위한 최적 온도는 $25^{\circ}C$이었다. 분리 균주의 증식은 접종 10시간후에 stationary phase에 도달하였다. 효소 생산은 14시간 후 최대 값을 보였다. 효소 활성의 최적 온도와 pH는 각각 $45^{\circ}C$와 pH 9이었다. Pretense의 분자량은 약 50KD이었고 pretense의 부분적인 아미노산 서열은 Ala-Try-Ala-Leu-Asn-Thr-Ser-Val-Thr-Glu-Thr-Phe-Ala-Lys이었다. Protease의 부분적인 아미노산 서열은 Streptomyces avemitilis의 pretense와 높은 상동성을 보였다.

• 미생물학회지
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• 제49권4호
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• pp.328-335
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• 2013

케라틴 단백질 분해 세균 Chryseobacterium sp. FBF-7(KACC 91463P)을 이용하여 대량생산한 닭우모 단백질 가수분해물(CPH)을 토마토에 처리한 결과, 토마토 줄기와 뿌리의 생장이 현저하게 증가되었다. 닭우모 가수분해물을 처리한 토마토 근권토양 내 세균군집 변동에 대한 계통학적 해석을 위하여 16S rRNA 유전자 서열을 기반으로 454 pyrosequencing을 수행하였다. 가수분해물을 처리하지 않은 토마토 근권토양(NCPH)의 16S rRNA 유전자 염기서열(3,281 reads)과 가수분해물을 처리한 토마토 근권토양(TCPH)의 16S rRNA 유전자 염기서열(2,167 reads)은 각각 6.33과 6.54의 다양성 지수를 나타내어 세균군집의 다양성에는 영향을 미치지 않는 것으로 확인되었다. 각 토마토 근권토양에는 총 19개의 문(phyla)의 세균이 존재하였고, 이중의 약 40%가 Proteobacteria이었다. Proteobacteria의 Bradyrhizobiaceae에 속하는 Bradyrhizobium, Agromonas, Nitrobacter 그리고 Afipia (BANA group)는 NCPH와 TCPH의 모든 근권토양에서 우점을 이루어 닭우모 가수분해믈 처리에 의해 토양 토착세균 군집에 영향을 미치지 않는 것으로 확인되었다.

• 미생물학회지
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• 제49권4호
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• pp.336-342
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• 2013

산업에서 널리 사용되고 있는 Trichloroethylene (TCE)은 토양 및 지하수의 오염을 일으키며, 암 유발물질로 환경에서 반드시 제거해야 하는 물질이다. 본 연구에서는 미생물 고정화 담체를 이용한 TCE로 오염된 지하수 처리 시스템의 세균 군집구조를 조사하고, 우점종을 분리 및 동정하고 TCE 제거특성을 확인하였다. TCE로 오염된 지하수 처리공정의 세균군집을 16S rRNA 유전자 라이브러리의 염기서열 분석방법을 이용하여 조사한 결과, 주요 개체군은 BTEX 분해세균으로 알려진 Pseudomonas 속이었으며 Pseudomonas putida 그룹이 가장 우점하였다. Pseudomonas putida 그룹의 우점은 높은 toluene과 TCE의 농도에서 기인한 것으로 생각된다. TCE로 오염을 제거하기 위한 미생물 반응기에서 toluene과 TCE 분해 세균을 분리 배양하였으며 Pseudomonas sp. DHC8로 명명하였다. 형태학적 특징, 생리 생화학적 특징, 16S rRNA 유전자 염기서열분석 결과 DHC8 균주는 P. putida 그룹에 속하는 것으로 확인되었다. Pseudomonas sp. DHC8을 이용하여 TCE (0.83 mg/L)와 toluene (60.61 mg/L)에 대해 분해실험을 실시하였을 때 12.5시간 동안 TCE는 72.3%, toluene은 100.0% 제거되었다. 또한, TCE와 toluene의 제거속도는 각각 0.02 ${\mu}mol/g$-DCW/h와 2.89 ${\mu}mol/g$-DCW/h였다. 본 연구 결과는 TCE의 생물정화를 위한 반응기의 최대 효율을 유지하기 위한 노력에 도움이 될 것이다.

• 미생물학회지
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• 제50권1호
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• pp.8-14
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• 2014

본 연구는 home-made 요구르트에서 분리한 Lactobacillus casei SK-7과 시중에서 판매되고 있는 요구르트에서 분리한 Lactobacillus bulgaricus YK-11의 기능성을 비교 분석하기 위해 실시하였다. 먼저 분리세균인 SK-7과 YK-11의 생리화학적 특성조사를 진행하였다. 이들 균주는 16S rRNA 염기서열을 이용한 계통유전학적 분석방법으로 동정하여, 각각 L. casei SK-7와 L. bulgaricus YK-11로 명명하였다. 16S rRNA 염기서열을 바탕으로 SK-7과 YK-11의 유전적 계통수를 작성하였다. 72시간 동안 SK-7과 YK-11 배양에서 lactic acid와 acetic acid의 생산, 그리고 pH 변화를 조사하였다. 배양기간 동안 L. casei SK-7과 L. bulgaricus YK-11의 몇가지 기능성을 조사하였다. L. casei SK-7과 L. bulgaricus YK-11 배양상등액은 주어진 nitrite를 각각 93.9%와 88.2% 소거하였다. SK-7 and YK-11 배양상등액의 항산화능은 각각 62.6%와 54.9%였으며, ${\beta}$-galactosidase 활성은 14.9 units/mg과 13.1 units/mg로 측정되었다. 항미생물능력은 SK-7과 YK-11 배양의 20배 배양농축액으로 조사되었으며, SK-7은 이 조사에 사용된 모든 미생물에서 명백한 것으로 관찰되었으나, YK-11에서는 관찰되지 않았다. 부가적인 기능성 연구가 이루어져야 되겠지만, 본 연구에서는 home-made 요구르트에서 분리된 젖산균의 기능성은 시판요구르트에서의 기능성과 비교하여 우수한 것으로 조사되었다.