• 제목/요약/키워드: 유전다양성

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마이크로어레이 분석기법의 임상적용에 관한 연구 (Medical Implementation of Microarray Technology)

  • 강지언
    • 대한임상검사과학회지
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    • 제52권4호
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    • pp.310-316
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    • 2020
  • 마이크로어레이 진단 기법의 발달은 세포유전학적 관점에서, 다양한 종류의 유전학적 질병과 관련하여 새로운 정보를 제공하고, 질병에 대한 기본적인 통찰력을 제공하는데 매우 중요한 역할을 제공하고 있다. 그동안 많은 연구들에서, 마이크로어레이 기술을 활용한 인간 게놈의 유동성과 다양성을 입증해 주었으며, 게놈의 취약성을 식별하기 위한 보다 정확한 진단기법과 적절한 임상 관리 방법을 효율적으로 제공해 왔다. 앞으로 다양한 유전과 관련된 질병에 기존 세포유전학적 방법을 자동화된 마이크로어레이 방법으로 전환한다면, 보다 효율적인 방법으로 질병을 진단하고, 정확성을 향상시키며, 유전자 배열의 암호화 및 복잡한 특성을 밝히는데 매우 중요한 역할을 할 것으로 생각된다. 또한 이 분석 기법을 활용하여 게놈과 인간의 건강, 질병과의 관계를 분석하여 다양한 정보를 미리 제공하여 질병을 예방하고, 질병의 진단 및 치료에도 도움이 될 수 있는 새로운 혁명을 일으킬 수 있을 것으로 기대된다.

비자나무 집단(集團)에서의 I-SSR 변이체(變異體)의 다양성(多樣性) (Diversity of I-SSR Variants in the Populations of Torreya nucifera)

  • 홍용표;조경진;김용률;신은명;표선경
    • 한국산림과학회지
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    • 제89권2호
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    • pp.167-172
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    • 2000
  • 국내 5개 지역에서 채집한 비자나무(Torreya nucifera Siev. et Zucc.) 95개체를 대상으로 I-SSR 표지자를 분석하였다. 총 62개의 I-SSR 증폭산물(增幅産物)이 관찰되었으며, 그 중 7개의 증폭산물(增幅産物)은 분석된 95개 개체에서 단형성(單形性)이었다. 관찰된 전체 I-SSR 증폭산물(增幅産物)을 통합(統合)하여 분석한 결과 개체목에 대한 DNA지방판별(指放判別)이 가능하였다. 대부분의 유전다양성(遺傳多樣性)이 임분(林分)내의 개체목 간에 존재하는 것으로 나타났고(90.65%), 전체 5개 임분(林分)에서 유사한 수준의 유전다양성(遺傳多樣性)을 보였다. 집단간의 유전적(遺傳的) 분화(分化)정도는 심하지 않았다(${\phi}_{ST}=9.35%$). UPGMA법에 의한 유집분석(類集分析) 결과 각 집단의 유전적(遺傳的) 유연관계(類緣關係)는 임분(林分)의 지리적(地理的) 분포양상(分布樣相)과 일치(一致)하지 않았으며, 각 교점(交點)의 형성(形成)에 있어서 통계적 유의성이 없었고 따라서 전체 집단들이 유전적(遺傳的)으로 크게 분화(分化)되지 않았음을 알 수 있었다.

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I-SSR 표지자에 의한 눈측백나무 남한 잔존집단의 유전변이와 구조 (Genetic Variation and Structure of the Relict Populations of Korean Arborvitae (Thuja koraiensis Nakai) in South Korea, Employing I-SSR Markers)

  • 양병훈;송정호;이정주;허성두;홍용표
    • 한국산림과학회지
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    • 제98권1호
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    • pp.1-7
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    • 2009
  • 본 연구에서는 눈측백나무(Thuja koraiensis Nakai) 4개 천연집단을 대상으로 84개체를 선발한 뒤 다형성을 보인 29개의 I-SSR amplicons를 이용하여 유전변이를 조사하였다. 6개의 I-SSR primer로 유전다양성을 추정한 결과 평균 유효대립유전자의 수($A_e$)는 1.44개, 이형접합도의 기대치($H_e$)는 0.258, Shannon의 다양성 지수(S.I.)는 0.385로 크게 높지는 않은 것으로 추정되었다. 이를 다양한 표지자를 이용하여 측백나무과(Cupressaceae)에 속하는 지금까지 연구된 수종들과 비교하여보면 국내의 눈측백나무는 유사하거나 다소 높은 유전변이량을 보유하고 있는 것으로 나타났다. 조사된 4개의 집단을 대상으로 AMOVA를 수행한 결과 전체 유전변이 가운데 13%가 집단간 차이로부터 기인하는 것으로 나타났고, 나머지 87%는 집단내 개체간 차이로부터 기인한 것으로 나타났다. 유전적 거리에 의한 UPGMA 유집분석을 실시한 결과 지리적인 경향은 나타나지 않았다. 유전변이량이 가장 높은 장산집단과 유전적 조성에서 가장 이질적인 방태산집단이 보전 가치가 큰 것으로 판단된다.

국내에서 분리된 Verticillium dahliae의 유전적 유연관계 분석 (Genetic Relationship between Korean Verticillium dahliae Isolates and the Other Verticillium Species)

  • ;최유리;송정영;김홍기
    • 한국균학회지
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    • 제39권1호
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    • pp.11-15
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    • 2011
  • 국내 Verticillium dahliae 균주를 공시하여 다른 Verticillium 종과의 유전적 차이와 다양성을 밝히고자 국내 두 지역으로 부터 분리한 V. dahliae를 포함한 7종의 Verticillium속 14균주를 대상으로 mitochondrial small subunit rRNA gene (rns) 영역 염기서열 분석과 random-amplified polymorphic DNA(RAPD)를 실시하였다. rns 영역 염기서열의 분석에서 국내 분리균인 5개의 V. dahliae균주는 Verticillium속 내 다른 종들과 달리 하나의 그룹을 형성하였고, 외국 균주들과도 동일한 그룹을 이루었다. rns 영역 염기서열 분석뿐만 아니라 RAPD 분석에서도 Verticillium속의 다른 종들과 구별되어 V. dahliae가 한 그룹을 형성하였으나 V. dahliae 균주간에 형성된 세 개의 소그룹을 통하여 동일한 국화과 작물로 부터 분리한 V. dahliae 간에 분리된 지역에 따라 유전적 다양성이 존재함을 확인하였다. 이러한 결과는 국내 V. dahliae의 유전적 다양성연구와 유연관계분석에 기초적인 자료로 사용될 것이다.

군집화와 유전 알고리즘을 이용한 거친-섬세한 분류기 앙상블 선택 (Coarse-to-fine Classifier Ensemble Selection using Clustering and Genetic Algorithms)

  • 김영원;오일석
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제34권9호
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    • pp.857-868
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    • 2007
  • 좋은 분류기 앙상블은 분류기간에 상호 보완성을 갖추어 높은 인식 성능을 보여야 하며, 크기가 작아 계산 효율이 좋아야 한다. 이 논문은 이러한 목적을 달성하기 위한 거친-섬세한 (coarse-to-fine)단계를 밟는 분류기 앙상블 선택 방법을 제안한다. 이 방법이 성공하기 위해서는 초기 분류기 풀 (pool)이 충분히 다양해야 한다. 이 논문에서는 여러 개의 서로 다른 분류 알고리즘과 아주 많은 수의 특징 부분집합을 결합하여 충분히 큰 분류기 풀을 생성한다. 거친 선택 단계에서는 분류기 풀의 크기를 적절하게 줄이는 것이 목적이다. 분류기 군집화 알고리즘을 사용하여 다양성을 최소로 희생하는 조건하에 분류기 풀의 크기를 줄인다. 섬세한 선택에서는 유전 알고리즘을 이용하여 최적의 앙상블을 찾는다. 또한 탐색 성능이 개선된 혼합 유전 알고리즘을 제안한다. 널리 사용되는 필기 숫자 데이타베이스를 이용하여 기존의 단일 단계 방법과 제안한 두 단계 방법의 성능을 비교한 결과 제안한 알고리즘이 우수함을 입증하였다.

3형 아데노바이러스의 면역조절 유전자 다양성 (Genetic Variation in the Immunoregulatory Gene of Adenovirus Type 3)

  • 최은화;김희섭;이환종
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제16권2호
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    • pp.199-204
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    • 2009
  • 목 적: 아데노바이러스 early region 3 (E3) 유전자 단백은 세포독성 세포와 다양한 싸이토카인이 매개하는 세포파괴를 저해하는 기능을 한다. 본 연구는 E3 유전자의 다양성이 아데노바이러스의 분자생물학적 다양성을 설명할 수 있는지 밝히기 위하여 시행되었다. 방 법: 1990년부터 2000년까지 10년 동안 서울대학교 어린이병원에서 하기도 감염증으로 치료받은 소아로부터 분리 된 3형 아데노바이러스 14 주를 대상으로 하여 E3 유전자의 변이와 유전체형과의 연관성을 분석하였다. 결 과: 3형 아데노바이러스의 E3 유전자는 표준 주(M15952)와 비교하여 98%의 일치도를 보였으며, 국내 분리 주간의 일치도는 98.7%이었다. 아미노산 서열의 변이는 20.1 kDa, 20.6kDa, truncated 7.7 kDa, 10.3 kDa, 14.9 kDa, 그리고 15.3kDa에 나타났다. 또한, 14 주 모두에서 truncated 7.7 kDa의 시작 코돈에 missense 변이가 있었으며, 58개(10주) 혹은 94개(4주)의 염기쌍이 소실되는 변이가 동반되었다. 유전체형에 따른 E3 유전자의 변이는 대개 유전체형에 특이하게 나타나 연관성이 높은 것을 알 수 있었다. 결 론: 3형 아데노바이러스 주의 면역기능 조절 유전자 E3의 다양성은 유전체형과의 연관성이 높은 것으로 나타났다.

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