마비성 패독(paralytic shellfish poisoning, PSP)에 의한 중독은 와편모조류(Dinoflagellates)가 생성하는 saxitoxin (STX)이 이매패류 등의 먹이활동에 의해 축적되고 이를 사람이 섭취함으로써 발생한다. 최근 분석기술의 발전으로 와편모조류가 STX외에도 gonyautoxin (GTX) group 및 N-sulfo carbamoyl toxins (C toxin) group 등 다양한 유사체들을 생성하는 것으로 보고되고 있다. 이에 CODEX, EFSA에서는 STX외 유사체의 안전관리를 위해 STX 및 유사체를 STX group으로 관리하고자 하는 움직임을 보이고 있다. 국내의 경우도 STX 유사체를 생성하는 조류의 발생이 이미 보고되고 있으며 실제 홍합에서 유사체의 오염사례도 소수 보고되고 있다. 따라서 국제적인 움직임에 발맞추어 국내에서도 STX 및 유사체의 group 관리를 위한 준비가 필요할 것으로 사료된다. 본 연구에서는 STX 및 유사체의 체계적인 모니터링 및 안전관리의 기반을 마련하고자 STX 및 유사체의 이화학적 특성, 생성조류, 국내외 발생현황, 독성 및 상대독성계수, 분석법, 오염현황 및 관리현황에 대한 폭넓은 검토를 수행하고자 하였다.
전사체(transcript)는 유전자로부터 전사된 DNA 시퀀스 코드를 말한다. 전사체(transcript)의 발현된 형태에 따라 생성되는 단백질의 형태 역시 달라지므로 전사체 모델의 형태는 중요한 의미를 가지며 특정 위치의 전사체가 정상과 다르게 모델이 변할 경우 심각한 경우에는 유전자 질병에 노출될 수 있다. 현재 실험체에 대한 전사체 모형은 SpliceGrapher, Cufflinks와 같은 상용화된 도구들을 사용하여 얻을 수 있다. 하지만 이런 도구 간의 결과 값 및 어노테이션 정보와 결과 값 간의 유사도 비교를 위한 방법론은 현재 알려진 바 없다. 대신 전사체 비교를 위해 모형 간의 차이를 눈으로 하나씩 비교하거나 전사체 위치를 이용한 산수 값을 이용한다. 본 논문에서는 전사체 모형 간의 유사도를 비교하기 위한 방법론을 제시하고 Homo sapiens grch37 어노테이션 파일과 SRR387514 실험 데이터 간의 유사도를 제시한 방법론을 이용하여 측정한 결과 값을 분석하였다.
최근 Lee et al.$^{l-2)}$ 은 화강암질 편마암내 균열면의 방해석이 Eu의 변화에 큰 영향을 주며, 아울러 Eu 은 Am의 유사체로서 매우 적합한 원소라고 제안하였다. 이 논문에서는 1)희토류원소와 액티나이드 원소의 이온반경, 배위수 등의 상호비교와 2) 응집력(cohesive energy)의 유사성과 물리적/화학적 특성 그리고 3) 희토류원소 지구화학의 최근 연구결과를 토대로 하여, 고준위 방사성 핵종원소인 Am의 지질매체내 거동을 예측하기 위한 유사체(analog)로서 Eu이 매우 유용한 역할을 해준다는 가설2)을 검증한 결과를 보고하고자 한다. 연구방법으로서, 핵종원소의 지질매체별 흡착특성을 밝혀내기 위해 금번 실험에서는 희토류원소 암상별 분포의 특성을 고려하여 4종류(화강암질 편마암류 2종, meta-basalts, 응회암)의 시료를 선별하였다. 방사화학적 흡탈착 실험의 핵종동위원소로서는 152Eu와 241Am을 선택하였다. 이는 본 연구팀의 연구결과, Eu과 Am의 밀접한 물리적/화학적 상관관계 그리고 지질환경내에서의 거동특성을 고려한 것이다. 실험결과 양 동위원소의 지질매체와의 흡착 반응 특성을 비교해 볼 때, 시간의 경과에 따라 서로간에 매우 유사한 양상의 증감을 보여주면서 변화함을 알 수가 있었다. 이 결과는 희토류원소가 액티나이드 원소의 지질환경내 거동예측을 위한 유사체로서 매우 훌륭한 도구라는 것을 입증해 주는 것이라 할 수 있다.
Itraconazole은 다양한 항진균 활성을 가지고 있는 매우 중요한 화합물로써 histoplasmosis, blastomysosis의 경구용 항진균 치료제로 매우 중요하다. 본 연구에서는 Itraconazole 중간체 합성에 있어서 합성과정을 개선하고, 또 ltraconazole 중간체의 4-위치의 methoxy기 대신 2-, 3- 위치에 methoxy기를 가진중간체 화합물을 합성하고 이로부터 Itraconazole 유사체도 합성할 수 있었다.
1988년부터 1990년 6월까지 전국의 양돈장에서 수집된 돼지 유사산 태아 74복에서 바이러스성 원인체 분리 및 혈청학적 진단을 수행하였던 바 다음과 같은 결과를 얻었다. 공시한 74복의 유사산 태아중 44복의 태아 흉강액에서 면역 globulin이 검출되어 전염성 질병감염에 의한 유사산으로 추정되었다. 이중 37%가 바이러스성 유사산으로 나타났으며 유사산의 원인체별 분포를 살펴보면 돼지 파보바이러스가 21%로 가장 높았으며, 뇌심근염 바이러스가 11%, 일본뇌염 바이러스가 9% 등의 순으로 나타났다. 한편 돼지 콜레라바이러스 및 오제스키병 바이러스에 의한 유사산이 각각 1건씩 검출되었으며 동일 유사산 태아에서 2가지 병원체가 중복감염된 예도 관찰되었다.
7'-Aldehyde-nucleoside 유사체(2a, 2c)을 6-N-benzoyl-2',3'-O-isopropylideneadenosiner과 uridine으로부터 합성하였다. 2와 Wittig reagent인 ethoxycarbonylmethylene을 축합시켜 ethoxycarbonyl group을 갖는 탄소수를 증가시킨 공액 이중 결합을 지닌 nucleosi de 유사체, ethyl-1',5',6',7',8'-pentadeoxy-1'-(adenin-9-yl)-$\beta$-D-ribo-nnona-5'(E).7'(E)-dienofuranuronate(4b), ethyl-1',5',6',7',8'-pentadeoxy-1'-(uracyl-1-yl)-$\beta$-D-ribo-nona-5'(E),7'(E)-dienofuranuronate(4c)을 얻었다. 또한 2와 CBr4, Ph3P을 반응시켜 공액 이중 결합을 지닌 9-[8',8'-dibromo-5',6',7',8'-tetradeoxy-$\beta$-D-ribo-octa-5'(E),7'(E)-diene]nucleosides (6b,6c) 유사체를 각각 합성하였다.
인돌리시딘(indolicidin)은 소의 호중구(bovine neutrophils)로 부터 분리된 13개의 아미노산 잔기로 이루어 지고, 트립토판(tryptophan)을 많이 함유한 항균 펩타이드(antimicrobial peptide)이다. 인돌리시딘은 강력한 항균활성과 더불어 mammalian cells에 대해 독성을 나타낸다. 본 연구에서는 인돌리시딘 보다 서열이 짧으며, 보다 증가된 원핵세포 선택성(박테리아세포에 대해 독성을 나타내지만 mammalian cells에 대해서는 독성을 나타내지 않음을 의미함)을 지닌 새로운 짧은 항균 펩타아드를 개발하기 위해, 몇 종의 인돌리시딘 유사체 펩타이드를 설계하고 합성하였다. 결과적으로, 인돌리시딘 보다 서열이 짧으며(10개의 아미노산 잔기로 이루어짐), 증가된 원핵세포선택성을 지닌 4종의 새로운 펩타이드(SI, SI-PA, SI-WF 및 SI-WL)를 개발하였다. 본 연구를 통하여 가장 높은 원핵세포선택성을 나타내는 인돌리시딘 유사체 펩타이드 SI의 항균활성에는 중앙부위에 위치하는 소수성 및 방향족 아미노산이 중요하며, 2군데의 프로린(proline) 잔기는 중요하지 않다는 것을 알았다. 인돌리시딘과 유사체 펩타이드에 대한 원핵세포 선택성은 SI>SI-PA>SI-WF>SI-WL>ID>SI-WA의 순서 이였다. 따라서, 본 연구에서 설계되고 합성한 4종의 인돌리시딘 유사체 펩타이드(SI, SI-PA, SI-WF 및 SI-WL)는 박테리아 감염의 치료제로서 개발될 수 있을 것이다.
유전체 데이터의 급증 및 정밀의료 등 응용 분야 확대에 따라 유전체 데이터베이스의 효율적 관리에 대한 중요성이 커지고 있다. 전통적인 압축 기법을 통해 유전체 데이터를 압축할 경우, 압축효과는 크지만, 압축된 상태에서 데이터베이스를 비교하거나 검색하는 등의 작업이 용이하지 않게 된다. 유전체 데이터 분석에 소요되는 시간은 데이터베이스에 존재하는 시퀀스 수에 비례하며, 중복되거나 유사한 시퀀스가 다수 존재한다는 점에 착안하여, 본 논문에서는 유전체 데이터베이스 상에 존재하는 유사 시퀀스를 제거함으로써 전체 데이터베이스 크기를 줄이는 기법을 제안한다. 실험을 통해 시퀀스 유사도 1% 기준으로도 전체의 약 84% 시퀀스가 제거되며, 약 10배 빠른 분류분석이 가능함을 보인다. 또한 큰 폭의 압축효과에도 불구하고, 범주 다양성 및 분류 분석 등에 미치는 변화가 미미함을 확인함으로써, 시퀀스 유사도 기반의 제안 압축 기법이 유전체 데이터베이스 압축에 효과적인 방법임을 제시한다.
Dolastatin 10의 유사체를 합성하기 위한 연구의 일환으로 여러 형태의 펩티드 화합물의 합성 경로를 연구하였다. 유사체의 합성에 사용된 4-amino-3-hydroxy acid는 에폭시 화합물의 아민에 의한 고리열림에 의하여 합성하였다. 이 비단백질 아미노산응로부터 주로 DCC 축합에 의하여 펩티드 화합물을 합성하였다.
Folate 유사체의 anti-folate 활성과 물리적 성질의 상관성을 찾기 위하여 기하구조 파라미터, 쌍극자 모멘트, net charg, HOMO, LUMO 에너지 등 전자의 구조적 특성을 MM2와 MOT에 의해 검토하였다. 전자적 성질은 folate 유사체의 inhibition과 어떠한 상관성도 보이지 않았으며 형태분석에 의한 기하구조 파라미터가 상관성을 나타내었다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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