• Journal of Plant Biology
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• v.35 no.2
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• pp.155-163
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• 1992

To elucidate the regulatory mechanism of virE operon in Agrobacterium tumefaciens pTiA6 plasmid at the molecular level, the regulatory site of virE promoter was determined using truncated virE recombinant plasmids obtained by 5' deletion analysis of virE promoter. The size of deleted nucleotides of p]S201, a functional recombinant plasmid, was found to be about 130 nucleotides from 5'-end of virE promoter. On the other hand the size of deleted nucleotides of p]S301, nonfunctional recombinant plasmid, was identified 263 nucleotides by DNA sequencing. Hence it was thought that the essential site of virE promoter was located between about 130th nucleotide and 263th nucleotide. Since the inverted repeat sequence (AACTTTGCGCTATAGGCAMGTT) is included in this essential site of virE promoter, it could be the first recognition site of the RNA polymerase in virE promoter.omoter.

• Journal of Aquaculture
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• v.22 no.1
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• pp.79-82
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• 2009

Reciprocal interspecific hybrids between two bitterling species Rhodeus uyekii (RU) and R. notatus (RN) were genetically identified based on the partial sequence analysis of recombination activating gene-1 (RAG-1) gene. Out of 863 bp positions analyzed, 13 nucleotide substitutions were detected between the two parental species (RU and RN genotypes). Both the induced hybrids (RU female$\times$RN male; UN genotype) and their reciprocal counterparts (RN female$\times$RU male; NU genotype) displayed the double peaks (or polymorphism) of sequence chromatograms at the 13 diagnostic positions, indicating that those hybrids were actual karyogamy derived from the two parental haploid genomes. However, it was not possible to distinguish between the reciprocal interspecific hybrids.

• Journal of Genetic Medicine
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• v.7 no.2
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• pp.119-124
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• 2010

More than 7,000 rare Mendelian diseases have been reported, but less than half of all rare monogenic disorders has been discovered. In addition, the majority of mutations that are known to cause Mendelian disorders are located in protein-coding regions. Therefore, exome sequencing is an efficient strategy to selectively sequence the coding regions of the human genome to identify novel genes associated with rare genetic disorders. The "exome" represents all of the exons in the human genome, constituting about 1.5% of the human genome. Exome sequencing is carried out by targeted capture and intense parallel sequencing. After the first report of successful exome sequencing for the identification of causal genes and mutations in Freeman Sheldon syndrome, exome sequencing has become a standard approach to identify genes in rare Mendelian disorders. Exome sequencing is also used to search the causal genes and variants in complex diseases. The successful use of exome sequencing in Mendelian disorders and complex diseases will facilitate the development of personalized genomic medicine.

• Proceedings of the Membrane Society of Korea Conference
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• 1992.10a
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• pp.55-56
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• 1992

본 연구에서는 산/염기 수용액의 탈수분리에 이미 complex site를 가진 막을 투과증발에 응용하는 것이 아니라, 공급액으로 사용되는 산/염기와 complex를 형성할수 있는 작용기를 가진 막을 그들 수용액의 탈수분리에 응용함으로써 형성된 complex site로 분리성능의 향상을 도모하였다. 또한, 분리대상물내의 한성분이 couter ion으로 작용하는 점을 이용하여 long-term stability의 문제도 해결하고자 하였다.

• Proceedings of the Korean Society of Computer Information Conference
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• 2016.07a
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• pp.21-24
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• 2016

전장유전체 연관성 연구에서 상위성 탐색은 많은 단일염기다형성 수로 인해 계산이 어렵기 때문에 네트워크에서의 탐색을 이용한 방법이 사용되고 있다. 그러나 전장유전체 연관성 연구에서 단일염기다형성들의 상위성 네트워크의 구성 역시 큰 계산 비용을 필요로 한다. 본 논문에서는 단일염기다형성과 표현형의 상호정보량을 이용한 네트워크를 구성하는데 드는 시간을 줄이는 알고리즘을 제안한다. 또한 표본 크기별로 계산 시간을 실험해 보았으며, 기존의 방법과 비교해 실행 속도가 향상됨을 보였다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.24 no.2
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• pp.79-85
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• 1986

We have determined the sequence of $tRNA^{Arg}$ of A. nidulans partially by enzymatic rapid RNA sequencing technique. The sequence was 5'GGCCGGCUGGCCCAAXUGGCAAGGXUCUGAXUACGAAXCAGGAGAUUGCACXXXXXGAGCXXUXXGUCGGUCACCA3' The cloverleaf structure was made from above data. As a result, the anticodon sequence was identified as ACG. This result was confirmed with charging test. The complete sequence was proposed by supplementing the DNA sequence to and by assigning the position of minor bases to this RNA sequence.

• Annual Conference of KIPS
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• 2017.04a
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• pp.442-444
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• 2017

유전체는 생명체의 구성에 관련된 모든 정보를 포함하고 있다. 특정 종을 하나의 유전체로 표현하지만, 해당 종에 속하는 개체의 염색체는 조금씩 차이가 있어 개체별로 고유의 특성이 나타난다. 바이러스와 같이 개체 변이가 많이 일어나는 종에서는 종내에서 변이가 심할 수 있다. 종내에서 변이에 따른 특성을 파악하기 위해, 각 염기 위치별로 염기분포를 관찰하는 연구들이 진행되고 있다. 이 논문에서는 염기분포의 변화를 쉽게 분석할 수 있도록, 각 염기 위치에서의 분포변화를 시각화하는 방법을 제안하고 구현 결과를 소개한다.

• Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference
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• 2006.05a
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• pp.37-40
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• 2006

계통분석을 하는 생물학자들은 관련된 분석대상에 대한 정보를 확보하여 비교분석하기 위해 NCBI 등으로부터 염기서열을 확보하여 아미노산 서열로 변환하는 작업을 수행하게 된다. 많은 서열 데이터에 대해서 데이터베이스로부터 데이터를 검색하고 이를 변환하는 작업을 순차적으로 분석자가 관여하여 작업하는 것이 현재 분석환경이다. 따라서 본 논문에서는 분석의 효율성을 향상시키기 위해, 관심서열의 등록번호(Accession Number) 리스트를 입력하면 해당 서열에 대항 정보를 NCBI로부터 웹로봇을 통해 자동으로 확보한 다음, 확보된 염기서열 전체를 아미노산 서열로 자동 변환하여 가장 긴 ORF(Open Reading Frame)을 추천해주기 위해 설계된 지능형 다중 염기서열 변환 도구에 대해서 소개한다.

• Korean Journal Plant Pathology
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• v.12 no.2
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• pp.182-186
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• 1996

국내에서 재배되고 있는 고추(Capsicum annuum L.)로부터 분리된 TMV pepper 계통을 density gradient centrifugation을 이용하여 순화하였다. 이로부터 바이러스의 total RNA를 분리하였고 RT-PCR에 의하여 TMV pepper 계통의 외피단백질 cDNA를 합성, 증폭하였으며 이를 pBluescript II SK- 벡터에 재조합하였다. 본 실험에서 바이러스 외피단백질과 3` non-coding region을 포함하는 재조합 클론 p1561과 p1562로부터 염기서열을 분석하였고 그 결과로 477 염기의 외피단백질 유전자를 포함하는 691 염기가 합성되었음을 확인하였으며 이것과 TMV common 계통으로부터 합성된 외피단백질 cDNA와의 최대 유사도는 69%였다. 또한 유추된 아미노산 서열에서 이들 두 계통간의 최대 유사도는 81%였다.

• Journal of Life Science
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• v.2 no.2
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• pp.108-119
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• 1992

근년에 개발된 효소적인 DNA증폭법을 이용하면 일차구조상의 단편적인 정보만 알면 단 수시간내 해석에 필요한 양의 DNA가 증폭되어 cDNA의 염기배열결정의 신속화, 간편화가 가능하게 되었다. 그러므로 유전자증폭법으로써 PCR법에 관해 기술한다. 그리고 리보좀 RNA는 분자시계로서 생물의 계통을 논하는 데에 있어서는 최적의 조건을 갖춘 고분자화합물이다. 이에 PCR법을 이용한 16S like 리보좀DNA의 증폭법을 다루고, PCR증폭산물의 염기배열결정법에 대해 서술한다. 또한 인위적인 leading error 등을 배제하고 신속한 자동해독과 시간적인 절약이 자동 DNA sequencer의 개발과 시판으로 가능하게 되어 cDNA의 형광색소표식 염기배열결정법에 대해서도 서술한다.