Proceedings of the Korean Society of Computer Information Conference (한국컴퓨터정보학회:학술대회논문집)
- 2016.07a
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- Pages.21-24
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- 2016
Design of a Fast Algorithm for Computing Contingency Tables that are Used to Construct Epistasis Networks of SNPs
단일염기다형성 상위성 네트워크를 구성하기 위한 분할표를 생성하는 빠른 알고리즘의 설계
- Wang, Sehee (Dept. of Software and Computer Engineering, Ajou University) ;
- Wee, Kyubum (Dept. of Software and Computer Engineering, Ajou University)
- Published : 2016.07.12
Abstract
전장유전체 연관성 연구에서 상위성 탐색은 많은 단일염기다형성 수로 인해 계산이 어렵기 때문에 네트워크에서의 탐색을 이용한 방법이 사용되고 있다. 그러나 전장유전체 연관성 연구에서 단일염기다형성들의 상위성 네트워크의 구성 역시 큰 계산 비용을 필요로 한다. 본 논문에서는 단일염기다형성과 표현형의 상호정보량을 이용한 네트워크를 구성하는데 드는 시간을 줄이는 알고리즘을 제안한다. 또한 표본 크기별로 계산 시간을 실험해 보았으며, 기존의 방법과 비교해 실행 속도가 향상됨을 보였다.
Keywords
- genome-wide association study;
- single nucleotide polymorphism;
- epistasis;
- mutual information;
- contingency table
- 전장유전체 연관성 연구;
- 단일염기다형성;
- 상위성;
- 상호정보량;
- 분할표;