• 제목/요약/키워드: 실시간중합효소 연쇄반응

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과잉치 치수유래 줄기세포의 Real-time PCR에 의한 계대간 상아질모세포 발현 특성 (Characterization of Odontoblasts in Supernumerary Tooth-derived Dental Pulp Stem Cells between Passages by Real-Time PCR)

  • 지상은;송솔;이준행;김종빈;김종수
    • 대한소아치과학회지
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    • 제48권3호
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    • pp.291-301
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    • 2021
  • 이 연구의 목적은 발거 된 매복 상악 과잉치에서 얻은 치수유래 줄기세포의 초기 계대와 후기 계대의 상아질모세포 유전자의 특성을 알아보는 것이다. 전신 의과 병력이 없는 6 - 9세 사이의 남녀아이 12명에게서 서면동의를 얻고 모두 상악에 위치한 과잉치를 발거하여 당일 발거된 과잉치의 치수세포를 채취하였다. 12개의 세포를 각각 3계대와 10계대에서 골형성 유도 분화제를 처리한 군과 처리하지 않은 군을 나누어 실시간 중합효소 연쇄반응을 시행하여 상아질모세포의 특성을 알아보았다. 사용된 유전자는 osteonectin (ONT), alkaline phosphatase (ALP), osteocalcin (OCN), dentin matrix protein 1 (DMP-1), 그리고 dentin sialophosphoprotein (DSPP)였다. 유전자 발현양은, 분화제를 처리하지 않은 군 3계대에서는 ONT, ALP, OCN, DMP-1, DSPP순서로 많이 발현하였다. 분화제를 처리하지 않은 군 10계대에서는 ONT, DMP-1, OCN, ALP, DSPP순으로 ONT, OCN, DSPP의 순서에는 변화가 없지만 ALP, DMP-1의 순서는 서로 바뀌었다. 이상의 결과를 종합해 볼 때, ALP와 DMP-1은 3계대와 10계대 세포의 분화를 위한 중요한 표지자로 사용될 수 있다. 과잉치 치수유래 줄기세포는 상아질모세포의 특성을 가지며, 또한 과잉치가 어린 나이에 발거되고 10계대까지 소요되는 시간이 적게 걸린다는 것을 고려하면, 과잉치는 치아 유래 줄기세포의 공여부로서 훌륭한 활용가능성이 있음을 확인하였다.

국산 종계 개발을 위한 토종 계통들의 스트레스 반응 정도 분석 (Analysis of Stress Response of Domestic Chicken Breeds for the Development of a New Synthetic Parent Stock)

  • 손시환;조은정;박지애;홍영호;김종대
    • 한국가금학회지
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    • 제42권2호
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    • pp.157-167
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    • 2015
  • 본 연구에서는 국립축산과학원에서 보유하고 있는 토종닭 순계 12계통에 대한 계통 간 스트레스 반응 정도를 비교 분석하고자 하였다. 개체 별 스트레스 반응 정도 분석은 혈액으로부터 열 스트레스 단백질인 HSP-70, HSP-$90{\alpha}$, HSP-$90{\beta}$ 및 hydroxyl-3-methyl-glutaryl coenzyme A reductase(HMGCR)의 유전자 발현율과 텔로미어 함량을 반응 대상 표지로 하여 총 1,101수에 대해 정량 실시간 중합효소 연쇄반응법(real-time PCR)으로 분석하였다. 분석 결과 계통 간 HSP-70, HSP-$90{\alpha}$, HMGCR의 유전자 발현율과 텔로미어 함량의 차이가 있는 것으로 나타났으며, 암수 간에 있어서도 HSP-$90{\alpha}$, HSP-$90{\beta}$ 및 HMGCR의 발현율 차이를 나타내었다. 뿐만 아니라 닭의 연령 간에도 HSP-70 및 HSP-$90{\beta}$의 유전자 발현율과 텔로미어 함량의 차이가 있는 것으로 나타났다. 계통 간 HSP 유전자 발현율과 텔로미어 함량 분석의 결과에 따라 공시 계통들 중 R, L, Y 계통들이 상대적으로 외부 스트레스에 강한 계통으로 보여지고, 반면 S, O, W 계통들은 스트레스에 민감한 계통들로 판단된다. 암수 간 스트레스 반응 정도에 있어 열 스트레스 단백질의 표지들 중 일부가 성 간 유의적 차이가 나타나지만 표지들 간 서로 상반된 결과를 보이고 또한 계통과 성 간의 상호작용이 있음에 따라 닭의 암수 간 스트레스 반응 정도의 차이는 없는 것으로 판단된다. 더불어 연령 간에도 일부 열 스트레스 유전자 발현도의 유의적 차이가 있었지만 표지들 간에 일관성이 없어 닭의 연령 간 스트레스 반응 정도의 차이는 없는 것으로 사료된다.

아데노바이러스를 이용한 바이러스 제거율 평가를 위한 기법 개발 (Development of Techniques for Evaluating the Virus Removal Rate using Adenovirus)

  • 조윤정;임재원;백다운;이상훈;이인수;이혜영;박동희;정동주;김태우
    • 상하수도학회지
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    • 제29권6호
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    • pp.633-641
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    • 2015
  • Waterborne infectious disease is induced by several pathogenic microbes such as bacteria, viruses and protozoans, and the cases caused by viral infection is currently increasing. Water treatment process could reduce the number of virus in the water, but there were many difficulties to completely remove the virus particles from water. Therefore, the membrane separation technology which was reported to effectively remove pollutants from raw water has attracted increasing attention and demand. Since its efficiency has been introduced, demands for evaluation method toward the membrane filtration process are increasing. However, progression of the method development is slow due to the difficulties in cultivation of several waterborne viruses from animal models or cell culture system. To overcome the difficulties, we used adenovirus, one of the commonly isolated pathogenic waterborne viruses which can grow in cell culture system in vitro. The adenovirus used in this study was identified as human adenovirus C strain. The adenovirus was spiked in the raw water and passed through the microfiltration membrane produced by Econity, a Korean membrane company, and then the viral removal rate was evaluated by real-time PCR. In the results, the amount of virus in the filtered water was decreased approximately by 5 log scale. Because coagulant treatment has been known to reduce filtering function of the membrane by inducing fouling, we also investigated whether there was any interference of coagulant. In the results, we confirmed that coagulant treatment did not show significant interference on microfiltration membrane. In this study, we found that waterborne virus can be effectively removed by membrane filtration system. In particular, here we also suggest that real-time PCR method can rapidly, sensitively and quantitatively evaluate the removal rate of virus. These results may provide a standard method to qualifying membrane filtration processes.

임상검체에서 분리된 그람음성막대균으로부터 카바페넴 내성 유전자 검출 (Detection of the Carbapenem Resistance Gene in Gram-negative Rod Bacteria Isolated from Clinical Specimens)

  • 양병선
    • 대한임상검사과학회지
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    • 제54권3호
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    • pp.179-191
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    • 2022
  • 본 연구는 공중보건에 위협이 되고 있는 carbapenemase 유전자형 중 blaKPC, blaNDM, blaIMP, blaVIM, blaOXA-48-like 유전자의 표현형적 검사 및 분자진단으로 검출하고 관련 유전자 분포 양상에 대해 알아보았다. 표현형적 검사결과 MHT는 41균주 모두에서 양성을 확인하고, CIT는 meropenem+PBA는 18균주 및 meropenem+EDTA에서 8균주의 양성을 확인하였다. PCR 결과 blaKPC 28균주, blaNDM 25균주, blaIMP 5균주, blaVIM 1균주, blaOXA-48-like 13균주에서 증폭 산물을 확인하였다. 또한 blaKPC+blaNDM 7균주, blaKPC+blaIMP 1균주, blaNDM+blaOXA-48-like 1균주, blaNDM+blaVIM 1균주, blaKPC+blaNDM+blaIMP 4균주, blaKPC+blaNDM+blaOXA-48-like 4균주를 확인하였다. 실시간 중합효소 연쇄반응을 이용한 융해 곡선 분석결과는 PCR 결과와 100% 일치함을 확인하였다. 결론적으로 real-time PCR을 이용한 신속하고 특이성이 높은 CRE 조기진단을 통한 유전자 확인은 제한된 치료 옵션과 높은 사망률로 공중 보건 위협을 고조하는 CRE의 감시, 진단 및 치료를 개선할 수 있으며 전염을 방지하기 위한 효과적인 항균 치료 및 시기적절한 감염 통제가 가능할 것으로 사료된다.

실시간 중합효소연쇄반응 방법을 이용한 새로운 치아우식 활성 검사법의 유효성 (Validity of the New Caries Activity Test using Real-Time Polymerase Chain Reaction)

  • 권도윤;김희진;남옥형;김미선;최성철;김광철;이효설
    • 대한소아치과학회지
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    • 제45권3호
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    • pp.354-362
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    • 2018
  • Periogen은 실시간 PCR 방법을 이용한 우식활성 검사법으로, 치아우식 유발균에 대한 정량적인 분석을 통해 개개인의 치아우식 위험도를 평가한다. 이 연구는 소아에서 Periogen과 치아우식 경험 지수(dmft, dmft indices)와의 상관성을 평가하고, 기존의 치아우식 위험 검사법인 Cariview, 치아우식 평가 도구(Caries Assessment Tool)와 비교할 목적으로 시행되었다. 만 6세 미만 83명의 소아를 대상으로 실험이 진행되었다. 시진을 통해 치아우식 경험 지수(dmft, dmft indices)가 기록되었으며, 간단한 설문 조사를 통해 CAT 평가 시행되었다. Periogen, Cariview는 제조사의 지시에 따라 치아우식 위험도 평가 시행되었다. 그 결과 Periogen, Cariview 그리고 CAT는 dmfts index와 상관계수가 각각 0.38, 0.56, 0.66을 보여 모두 중등도의 상관관계를 보였다(p < 0.01). Periogen, Cariview 그리고 CAT의 민감도와 특이도 분석의 경우, 민감도는 각각 43%, 76%, 95%를 보였으며, 특이도는 각각 80%, 72%, 74%를 보였다. ROC 곡선의 곡선하면적(AUC)는 각각 0.69, 0.81, 0.85를 보였다. Periogen의 경우 다른 기존의 두 가지 검사법에 비해 치아우식 위험도 평가에 있어 더 낮은 유효성을 보였다. 따라서 임상적으로 사용되기 위해서는 더 나은 유효성을 위한 개량이 필요할 것으로 보인다.

만성육아종질환 환자 단핵구에서 TNF-α 자극에 의한 IL-8과 IL-10의 발현 양상 (TNF-α stimulated IL-8 and IL-10 expression in monocytes from patients with chronic granulomatous disease)

  • 신경수
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제51권10호
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    • pp.1096-1101
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    • 2008
  • 목적: 만성 육아종 질환은 백혈구 내에서 반응성 산소 대사물을 생성하는 효소인 NADPH oxidase의 유전적인 결함으로 인하여 반복적이고 치명적인 세균 감염과 진균 감염이 발생되는 유전성 면역 결핍 질환이다. 만성적인 염증 상태의 원인과 염증성 육아종 형성의 기전은 잘 알려져 있지 않으나 만성육아종질환의 염증 조절 부전과 관련이 있을 것으로 생각된다. 본 연구는 만성육아종질환 환자의 단핵구에서 $TNF-{\alpha}$의 자극으로 발현되는 IL-8과 IL-10을 측정하여 염증성 시토카인과 항염증성 시토카인의 발현 양상과 만성육아종질환 환자의 만성적인 염증 상태와의 관련성을 알아보고자 하였다. 방법: 만성 육아종 질환 환자 8명과 건강 대조군 10명의 말초 혈액에서 magnet cell isolation kit를 이용하여 단핵구를 분리하고, $TNF-{\alpha}$ (10 ng/mL)로 6시간 동안 자극한 후 실시간 정량적 중합효소 연쇄반응과 ELISA법으로 IL-8과 IL-10의 발현 정도를 측정하였고, 건강 대조군의 단핵구에 항산화제를 전처리한 후 $TNF-{\alpha}$로 자극하여 IL-8과 IL-10의 발현 정도를 측정하였다. 결 과: 만성육아종질환 환자에서 $TNF-{\alpha}$ 자극에 의한 IL-8의 발현 양상은 건강 대조군과 달리 최고 발현치가 60분 정도 늦게 관찰되었고, IL-8의 발현도 자극 시간이 경과하여도 지속되었다. 그리고 건강 대조군의 단핵구에 항산화제를 처리하여 만성육아종질환과 유사한 조건하에서 IL-8을 측정하였을 때 항산화제를 처리한 군에서 처리하지 않은 대조군에 비하여 IL-8의 발현이 증가하였고, catalase와 apocynin을 처리한 군에서 DPI를 처리한 군보다 IL-8의 발현이 증가하였다. $TNF-{\alpha}$ 자극에 의한 IL-10의 발현도 IL-8의 발현 양상과 유사하게 지연 반응과 과발현이 관찰되었다. 그러나 건강 대조군의 단핵구에 항산화제를 처리하였을 때의 IL-10 발현은 처리하지 않은 군과 큰 차이를 보이지 않았다. 결 론: 만성육아종질환 환자의 단핵구에서 $TNF-{\alpha}$ 자극에 의하여 염증성 시토카인인 IL-8과 항염증성 시토카인인 IL-10의 지연 반응과 과발현이 동시에 관찰되었으며, 건강 대조군의 단핵구에 항산화제를 처리하였을 때 IL-8의 발현 증가가 관찰되었다. 이는 만성육아종질환의 만성 염증 상태가 시토카인의 생성 조절의 부전과 연관이 있고, NADPH oxidase의 결함에 의한 반응성 산소대사물의 생성 부전과도 연관되어 있음을 알 수 있다.

흰점박이꽃무지 유래 항균 펩타이드 프로테티아마이신 2의 항염증활성 (Anti-inflammatory Activity of Antimicrobial Peptide Protaetiamycine 2 Derived from the Protaetia brevitarsis seulensis)

  • 이준하;백민희;이화정;김인우;김선영;서민철;김미애;김성현;황재삼
    • 생명과학회지
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    • 제29권11호
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    • pp.1218-1226
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    • 2019
  • 흰점박이꽃무지는 약용으로서 매우 유용하고 중요한 곤충종이다. 선행연구를 통해 전사체 분석결과를 바탕으로 인실리코(in silico) 분석을 실시하여 전사체유래 항균 펩타이드를 스크리닝하고 선발하여 항균활성 및 용혈활성을 확인하였다. 그 결과 선발된 항균 펩타이드들은 박테리아와 칸디다 진균에 강한 항균활성을 나타낸 반면 적혈구에 대한 용혈활성은 전혀 없었다. 선발한 펩타이드들 중 프로테티아마이신 2로 명명한 양이온 항균 펩타이드를 이용하여 항균활성뿐만 아니라 마우스의 대식세포 Raw264.7 세포주를 이용하여 프로테티아마이신 2의 항염증활성을 확인하였다. 그 결과 프로테티아마이신 2는 LPS로 유도된 Raw264.7 세포들의 산화질소 생성을 감소시키는 결과를 보여주었다. 또한 프로테티아마이신 2가 산화질소 합성효소(iNOS), 고리형 산소화 효소-2(COX-2)의 발현을 감소시킨다는 것을 실시간 역전사 중합효소 연쇄반응(qRT-PCR) 방법과 웨스턴 블랏(western blot)을 통해 확인하였다. 더욱이 Raw264.7 세포에서 전염증성 사이토카인($TNF-{\alpha}$, IL-6, $IL-1{\beta}$)의 발현이 MAPKs와 $NF-{\kappa}B$ 신호전달과정을 통해 약화되어짐을 알 수 있었다. 게다가 프로테티아마이신 2가 LPS와 상호작용을 통해 결합한다는 것을 확인하였다. 종합하여 보면 프로테티아마이신 2는 항균활성과 함께 LPS로 유도된 Raw264.7 세포에서 항염증활성도 가지고 있음을 나타내었다.

폐결핵 진단을 위한 실시간중합효소연쇄반응과 AFB 염색진단검사의 정량적 연관성 비교 (Comparison of Quantitative Relationship between Real-Time PCR and Acid Fast Bacilli Staining for Diagnosis of Pulmonary Tuberculosis)

  • 정태원;김상하;김성현;최재선;김영권
    • 대한임상검사과학회지
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    • 제52권4호
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    • pp.335-341
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    • 2020
  • 본 연구는 Cobas TaqMan MTB 검사(CTM test, Roche Diagnostics, Basel, Switzerland)와 항산균 도말염색검사의 연관성을 확인하고 그에 따른 반정량적 판정기준을 확립하고자 하였다. 2015년 1월부터 2015년 12월까지 삼성서울병원 진단검사의학과에 의뢰된 8,389개의 검체에 대해 결핵균 도말 검사, 배양 검사 및 CTM 검사를 동시에 실시하였으며, 그 결과를 분석하여 AFB 염색과주기의 연관성을 후향적으로 분석하였다. CTM 검사의 임계 값(Ct)값으로, 결핵균 검출방법의 반정량적 판정기준을 설정 하였다. CTM 검사의 135개의 양성 표본에 대한 Ct값은 항산균 도말염색과 반비례적 상관관계가 있었다(rs=-0.545, P<0.01). CTM 검사와 항산균 염색 등급의 음의 상관관계가 입증되었으며, 임상 기준에 이러한 기준을 적용하여 임상적 의의를 검증하였다. 이 연구의 반정량적 기준은 병원에서 활동성 결핵 및 감염을 일으킬 수 있는 환자의 빠른 진단의 판단에 도움이 될 것으로 사료된다.

아메리카왕거저리 유래 항균 펩타이드 조포바신 1의 항염증활성 (Anti-inflammatory Activity of Antimicrobial Peptide Zophobacin 1 Derived from the Zophobas atratus)

  • 신용표;이준하;김인우;서민철;김미애;이화정;백민희;김성현;황재삼
    • 생명과학회지
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    • 제30권9호
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    • pp.804-812
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    • 2020
  • 본 연구에서는 아메리카왕거저리에 대한 기능성 연구의 일환으로 아메리카왕거저리 유충의 유전체 분석을 통해 선별된 조포바신 1의 항균 및 항염증 활성을 확인하였다. 선행연구에서 RNA 시퀀싱을 통해 아메리카왕거저리의 전사체를 분석하였으며, 결과를 바탕으로 인실리코(in silico) 분석을 수행하여 전사체 유래 항균 펩타이드를 스크리닝하고 선발하였다. 수행된 항균활성 및 용혈활성 테스트에서 조포바신 1은 세균 및 칸디다 진균에 대해 광범위한 항균활성을 나타낸 반면 마우스 적혈구에 대한 용혈활성은 전혀 없었다. 다음으로 마우스 대식세포주 Raw264.7 세포를 이용하여 조포바신 1의 항염증활성을 확인하였다. 그 결과 조포바신 1은 LPS로부터 유도된 Raw264.7 세포들의 산화질소 생성을 감소시키는 결과를 보여주었다. 뿐만 아니라 실시간 역전사 중합효소 연쇄반응(qRT-PCR) 방법과 효소결합면역흡착측정법(ELISA)을 통해 조포바신 1이 Raw264.7 세포에서 전염증성 사이토카인(IL-6, IL-1β)의 발현을 감소시킨다는 것을 확인할 수 있었다. 또한 염증반응의 신호전달인자들(MAPKs, NF-κB)의 인산화를 억제하는 것을 확인하였다. 게다가 조포바신 1은 LPS와의 상호작용을 통해 결합한다는 것을 확인하였다. 이러한 연구결과들은 아메리카왕거저리 유전체 분석을 통해 확인된 조포바신 1이 항균 및 항염증 치료를 위한 물질로서 개발하는데 가능성이 있을 것으로 사료된다.

호랑나비 유래 항균 펩타이드 파필리오신 3의 항염증 활성 (Anti-inflammatory Activity of Antimicrobial Peptide Papiliocin 3 Derived from the Swallowtail Butterfly, Papilio xuthus)

  • 신용표;이준하;김인우;서민철;김미애;이화정;백민희;김성현;황재삼
    • 생명과학회지
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    • 제30권10호
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    • pp.886-895
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    • 2020
  • 본 연구에서는 호랑나비 유충의 유전체 분석을 통해 선별된 파필리오신 3의 항균 및 항염증 활성을 확인하였다. 선행연구에서 RNA 시퀀싱 분석을 통해 호랑나비의 전사체를 분석하였으며, 결과를 바탕으로 인실리코(in silico) 분석을 진행하여 전사체 유래 항균 펩타이드를 스크리닝하고 선발하였다. 수행된 항균 활성 및 용혈 활성 테스트에서 파필리오신 3은 그람음성균인 E. coli와 그람양성균인 S. aureus에 대해 강력한 항균활성을 나타낸 반면 마우스 적혈구에 대한 용혈 활성은 전혀 없었다. 다음으로 마우스 대식세포주 Raw264.7 세포를 이용하여 파필리오신 3의 항염증 활성을 확인하였다. 그 결과 파필리오신 3은 LPS로부터 유도된 Raw264.7 세포들의 산화질소 생성을 감소시키는 결과를 보여주었다. 뿐만 아니라 실시간 역전사 중합효소 연쇄반응(qRT-PCR) 방법과 효소결합면역흡착측정법(ELISA)을 통해 파필리오신 3이 Raw264.7 세포에서 전염증성 사이토카인(IL-6, IL-1β)의 발현을 감소시킨다는 것을 확인할 수 있었다. 또한, 염증반응의 신호전달인자들(MAPKs, NF-κB)의 인산화를 억제하는 것을 확인하였는데, 이는 파필리오신 3이 LPS와의 상호작용을 통해 결합하여 효과를 나타낸다는 것을 확인할 수 있었다. 이러한 결과들은 호랑나비 유전체 분석을 통해 확인된 파필리오신 3이 새로운 항균 및 항염증 치료제로서 개발하는데 가능성 있는 물질로 사료된다.