• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2004년도 봄 학술발표논문집 Vol.31 No.1 (B)
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• pp.295-297
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• 2004

유전자의 생물학적 기능을 밝히고 세포 내 상호작용을 이해하는 것은 post-genome era의 가장 중요한 작업 중 하나이다. 이러한 세포 내 상호작용은 복잡한 생화학적 네트워크를 형성하게 되며 그 중 Metabolic pathway(대사 경로)는 생물 시스템을 이해하는데 가장 중요한 부분을 차지하게 된다. 대사 경로를 분석하기 위하여 분자의 기능 및 생화학적 프로세스에 대한 정보를 데이터베이스에 저장.관리해야하고, 사용자의 다양한 질의에 대하여 관련정보를 검색하여 GUI환경에서 제공해야 한다. 이 논문은 대사 경로 정보를 객체 데이타베이스 형태로 모델링하여 구축하고, 사용자가 관심있는 정보를 SBML형태로 제공하는 대사경로 데이타베이스의 설계 및 구현에 관해 다룬다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제33권3호
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• pp.209-222
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• 2006

애기 장대와 벼의 전체 게놈 염기서열 분석이 완료되었고, 다량의 EST 데이터가 많은 식물에서 이용 가능하게 되었다. 또한, 방대한 양의 다양한 생물학적 데이터들이 transcriptomics, proteomics, metabolomics와 같은 여러 '-omics' 기술에 의하여 만들어져 왔다. 생물정보학은 이런 방대한 양의 생물학적 데이터로부터 유용한 정보를 얻는데 필수적이고도 매우 중요한 역할을 수행한다. 이 총설에서, 우리는 대량의 데이터를 생성하는 실험적 방법들과, 식물 병 저항성과 분자 육종과 같은 식물 연구분야로의 응용, 그리고 식물 생명공학의 연구 개발에 유용한 생물정보학적 기술과. 인터넷 정보 사이트들을 소개하였다. 우리는 새로운 실험 방법들과 생물정보학적 분석 기술들이 식물 생명공학 발전에 중요하게 기여할 것으로 기대하고 있으며, 생물정보학은 식물 생명공학의 연구 개발에 있어서 결정적인 요소가 될 것이라 생각한다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.11-18
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• 2006

바이오칩의 대표 주자인 DNA 칩은 점차 분자생물학의 주요 도구로 인식되고 있다. 쓰임새 또한 다양해져 기초 생물학, 기능 유전체학 연구뿐만 아니라 임상 현장에서의 적용을 위한 연구가 활발히 진행되고 있다. 임상분야에서 최근 주목 받고 있는 분야가 DNA 칩을. 이용한 질병진단 및 예후 측정이다. 개별 환자 세포의 분자유전학적 상태는 DNA 칩의 유전체 프로파일링(genome-wide profiling)으로 상세히 파악될 수 있으므로, DNA 칩은 질병의 세부아형 진단, 약물에 대한 개인 민감도 측정, 정확한 예후 측정을 통한 환자의 세심한 관리 등 미래 의료의 핵심이라 할 수 있는 개인별 맞춤 치료(personalized medicare)를 가능하게 하는데 지대한 역할을 할 것으로 기대되고 있다. 특히 수많은 질병 중에서 현대인의 난치병으로 손꼽히는 암은 DNA 칩 분석의 주요 적용 대상이다. 암에 연관된 복잡한 메커니즘을 기존의 단일 표지자로 진단하는 데는 한계가 있기 때문에, DNA 칩을 이용해 질병의 특정 phenotype과 관련 있는 암의 특이 패턴을 전사체 수준에서 분석하여 새로운 형태의 분자유전학적 표지자(transcriptional molecular signature)를 발굴하는 것이다 본 발표에서는 이러한 연구에 쓰이는 DNA 칩 분석 방법들과 실제 위암 데이터에 적용한 사례에 대해 논의하고자 한다. 연세의대 암전이 연구센터의 17K cDNA 칩을 이용하였으며, 진단 및 예후 측정을 위한 여러 분석 방법을 수행하였다.

• 한국임상수의학회지
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• 제23권4권
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• pp.405-410
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• 2006

피부사상균증이 있는 개와 고양이에서 분리한 9주의 Microsporum canis와 5주의 Microsporum gypseum에서 ribosomal DNA를 추출하여 internal transcribed spacer 1 (ITS1) gene을 PCA로 증폭한 후 sequencing을 실시하여, 각 사상균의 계통학적 관계를 조사하였다. M canis 분리주 9주의 ITS1 gene의 nucleotide sequence는 100% 일치하였으며 M gypseum 분리주 5주의 nucleotide sequence도 100% 일치하였다. M canis 분리주 9주의 계통분석 결과 미국, 일본, 호주 및 유럽에서 분리된 M canis와 같은 cluster에 속하였으며 다른 Microsporum spp와는 유전적으로 다른 cluster를 형성하였다. 그러나 M canis와 M distortum, M equinum, M ferrugineum은 유전적으로 매우 가까운 위치에 있었다. M gypseum 분리주는 M canis와는 다른 cluster를 형성하였다. ITS1 gene의 분자생물학적 분석은 Microsporum spp를 확인하고 그들의 유전학적 관계를 이해하는 유용한 정보를 제공하는 것으로 생각된다.

• 생태와환경
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• 제46권2호
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• pp.301-309
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• 2013

2012년 북한강수계 전역에 걸쳐 대발생을 일으킨 남조 Anabaena의 분자생물학적 특성을 검토하였다. 시료는 2012년 7월 13일에 남조 Anabaena 밀도가 높았던 3개 호소- 의암호, 청평호, 팔당호에서 각각 채집하였다. 분석은 선행연구 문헌을 근거로 하는 형태학적 분석, 16S rRNA 염기서열 분석을 통한 분자계통학적 분석을 동시에 실시하였다. 결과를 종합하면 북한강수계 3개 호소에서 조류 대발생을 일으킨 남조 Anabaena는 모두 동일종 Anabaena crassa (Lemmermann) Komark.-Legn. & Cronberg이며, 동시에 출현하고 본 종과 형태 및 분자생물학적으로 매우 유사한 A. circinalis는 환경요인에 따라 형태변이가 쉽게 일으키는 동일종으로 밝혀졌다.

• 한국식품과학회지
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• 제41권6호
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• pp.662-667
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• 2009

국내 복분자 생산 주요 산지인 고창, 순창, 정읍과 횡성산 복분자를 수거하여 각 산지별 복분자주를 제조하고 이들 시료의 발효 및 숙성과정에서 이화학적 성분 변화를 관찰하였다. 원료 복분자의 pH는 3.43-3.52 수준으로 산지별 차이가 없었고 발효과정 중에도 pH는 산지별 비슷한 수치를 보이며 변화하였다. 총산도는 고창산 복분자주가 발효초기(9.98 g/L)와 발효 후(13.43 g/L) 모두 다른 산지의 복분자에 비해 낮게 나타났다. 원료 복분자의 초기 당도는 $6.9-7.8^{\circ}Bx$로 비슷하였고, 발효 후 복분자주의 알코올 함량은 15.8-16.4% 범위였다. 환원당 함량은 원료복분자의 경우 2.57-4.49 g/100 mL이었고, 복분자주의 발효가 진행됨에 따라 당이 알코올로 발효되면서 감소하여 최종 1.3-1.47 g/100 mL로 나타났다. 산지별 차이를 많이 보인 이화학적 특성으로는 총 페놀함량과 색도, hue, intensity를 들 수 있다. 총 페놀함량은 정읍산 복분자주(4405.5 mg/L)가 다른 지역산 시료에 비해 2배 정도 높은 수준을 나타내었고, 색도 또한 정읍산이 원료 복분자와 최종 복분자주에서 모두 다른 시료에 비해 낮게 나타나 가장 짙고 불투명한 붉은색을 나타내었다. 전반적으로 고창, 횡성, 순창산 복분자주는 유사한 수준을 나타내었고, 정읍 제품은 차이를 보였다. 향후 복분자주에 대한 품질 관리 및 개선을 위해 연도별 및 지역별 복분자 및 복분자주의 다양한 이화학적 및 생물학적 특성에 대한 데이터베이스화 작업이 필요하리라 사료된다.

• 한국어업기술학회:학술대회논문집
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• 한국어업기술학회 2000년도 춘계수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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• pp.159-160
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• 2000

조개류중 가리비는 품질면에서 경제적 가치가 우수한 종으로서 어류나 갑각류 양식에 비해 조개류 양식은 동물성 단백질 생산에 있어 가장 합리적인 방법 중의 하나로 우리나라에서도 이미 양식을 하고 있거나 추진 중에 있다. 가리비 종류는 전세계적으로 360여종이 있으며, 우리나라에는 참가리비, 비단가리비, 해가리비, 국자가리비등 6종이 보고되고 있다. 가리비는 패각의 형태로 구분을 하는 데 이것만으로는 가리비속을 다 분류하기란 힘이든다. (중략)

• The Korean Journal of Physiology
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• 제23권1호
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• pp.79-87
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• 1989

Bombesin (BBS)은 유럽에 서식하는 무당개구리(Bombina bombina)의 피부로 부터 발견되었으며 이것은 14개의 amino acid로 구성되어 있음이 잘 알려져 있다. 한국에도 유럽의 무당개구리와 종(species)이 다른 무당개구리인 Bombina orientalis가 서식함이 알려졌으나 이 무당개구리의 피부에 BBS가 존재하는 지는 확실치 않다. 그러므로 본 실험에서는 한국에 서식하는 무당개구리의 피부로부터 BBS 유사물질(BBS-LS)을 추출하여 분자적 이질성과 생물학적 활성을 측정하고자 하였다. 박리한 무당개구리 피부를 100% methanol로 처리하여 얻은 추출물의 일부를 Sephadex G-50, superfine column에 부하하고 여기에서 얻은 chromatogram을 분석한 결과 BBS-LS의 3.5%는 합성 gastrin releasing peptide (GRP-27) 보다 앞에 용출되었으며 나머지 96.5%는 GRP-27과 합성 BBS-14의 사이에 용출되었다. alkaline alumina column과 Sephadex G-10, fine column 그리고 Sephadex G-50, superfine column을 연속적으로 이용하여 methanol 추출물로 부터 BBS-LS를 정제 하였다. 정제된 BBS-LS를 Sephadex G-50, superfine column으로 분석한 결과 합성 GRP-27과 합성 BBS-14 사이에 용출되어 BBS-LS가 이미 알려진 BBS-14와 분자의 크기에 있어서 다른 물질임을 알 수 있었다. 정제된 BBS-LS를 reversed phase HPLC로 분석한 실험은 이러한 결과를 더욱 확실히 뒷받침하였다. 정제된 BBS-LS를 합성 BBS-14와 비교하여 생물학적 활성을 검토한 결과 흰쥐에서 gastrin의 분비, 췌장액의 분비, 회장의 수축을 촉진하고 guinea pig 담낭의 수축을 증가시키는 등 이들 두물질이 매우 유사한 생물학적 활성을 지니고 있음을 발견하였다. 이러한 결과로 보아 한국에 서식하는 무당개구리의 피부는 서로 다른 두가지 형태의 BBS-LS를 함유하고 있으며 그 중에서 96.5%를 차지하는 BBS-LS는 합성 BBS-14와 분자적 이질성을 지니나 유사한 생물학적 활성을 지니고 있음을 알 수 있었다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제28권10호
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• pp.113-121
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• 2023

한의학 및 중의학 분야에서 네트워크 약리학은 계산학적인 방법을 통해 한약의 분자생물학적인 기전을 연구하기 위해 널리 활용된다. 개별 연구를 위해 사용되는 데이터베이스, 분석기법, 분석기준 등은 다양하나, 대부분의 한의학 네트워크 약리학 연구들은 약재-성분 네트워크 구축, 성분-표적 네트워크 구축, 표적의 해석이라는 유사한 단계로 수행된다. 효율적이고 일관성있는 한의학 네트워크 약리학 분석을 위해서, 우리는 일반적으로 적용할 수 있는 한의학 네트워크 분석 파이프라인 시스템을 설계하고 구현하였다. 우리는 이 시스템의 신뢰성을 약재의 네트워크 약리학 분석을 위해 널리 사용되는 데이터베이스를 활용해서 확인하였다. 제안된 시스템은 다양한 한약에 대한 네트워크 약리학적 분석을 용이하게 하고, 일관성 있는 분석을 도울 것이다.

• 폴리머
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• 제34권6호
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• pp.547-552
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• 2010

생분해성 고분자는 제약 및 생명공학 분야에서 많은 관심을 받고 있는 물질로 특히 나노미립구의 형태로 약물전달체의 개발에 널리 이용되고 있다. 본 연구에서는 cyclohexanedimethanol과 oxalyl chloride를 pyridine의 존재 하에서 반응하여 고분자량의 생분해성 퍼옥살레이트 고분자를 합성하고 그 물리화학적 및 생물학적 특성을 조사하였다. 폴리옥살레이트는 분자량이 약 75000 Da 정도인 반결정성 고분자이며 물에서 가수분해가 일어남을 GPC와 NMR로 확인하였다. 소수성의 폴리옥살레이트는 단일유화법으로 나노미립구로 제조될 수 있으며 약물을 포접할 수 있고 아주 우수한 세포안정성을 가졌다. 용이한 합성과 우수한 물리화학적 및 생물학적 특성을 바탕으로 폴리옥살레이트 나노미립구는 약물전달체 개발에 아주 높은 잠재력이 있음을 확인하였다.