• 한국군사과학기술학회지
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• 제27권4호
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• pp.507-515
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• 2024

Microbial forensics is a scientific discipline for analyzing evidence related to biological crimes by identifying the origin of microorganisms. Multiple locus variable number tandem repeat analysis(MLVA) is one of the microbiological analysis methods used to specify subtypes within a species based on the number of tandem repeat in the genome, and advances in next generation sequencing(NGS) technology have enabled in silico anlysis of full-length whole genome sequences. In this paper, we analyzed unknown samples provided by Robert Koch Institute(RKI) through The United Nations Secretary-General's Mechanism(UNSGM)'s external quality assessment exercise(EQAE) project, which we officially participated in 2023. We confirmed that the 3 unknown samples were B. anthracis through nucleic acid isolation and genetic sequence analysis studies. MLVA results on 32 loci of B. anthracis were analysed by using genome sequences obtained from NGS(NextSeq and MinION) and Sanger sequencing. The MLVA typing using short-reads based NGS platform(NextSeq) showed a high probability of causing assembly error when a size of the tandem repeats was grater than 200 bp, while long-reads based NGS platform(MinION) showed higher accuracy than NextSeq, although insertion and deletion was observed. We also showed hybrid assembly can correct most indel error caused by MinION. Based on the MLVA results, genetic identification was performed compared to the 2,975 published MLVA databases of B. anthracis, and MLVA results of 10 strains were identical with 3 unkonwn samples. As a result of whole genome alignment of the 10 strains and 3 unknown samples, all samples were identified as B. anthracis strain A4564 which is associated with injectional anthrax isolates in heroin users.

• 농촌의학ㆍ지역보건
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• 제34권2호
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• pp.168-174
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• 2009

현대인이 편리하게 이용할 수 있는 자동판매기는 그 수요가 늘어나고 있는 추세이나 위생 실태 및 인식에 대한 조사가 드물다. 이를 파악하기 위하여 일 개 중소도시의 음료 자동판매기를 조사하였다. 2008년 10월에 경상북도 일개 중소도시 내 다양한 장소에 위치한 자동판매기 12대에서 밀크커피와 율무차를 각각 1잔씩 채취하여 바로 온도를 측정한 후 시료를 시험관에 옮겨 동국대학교 의과대학 미생물학교실에서 미생물 검사를 실시하였다. 동일 지역 대학생 81명을 대상으로 자체적으로 개발한 설문지로 설문 조사를 시행하였다. 밀크 커피와 율무차의 온도 측정에서 각각 6대(50.0%)와 8대(66.7%)가 기준치에 미달하였다. 두 음료 모두 기준치에 미달한 경우는 5대(41.7%)였다. 미생물 검사 중 일반세균수 항목에서 밀크 커피에서는 모두 기준치를 만족하였지만, 율무차의 경우 9대(75.0%)에서 기준치를 만족하지 못하여 상대적으로 율무차의 위생 상태가 불량함을 알수 있었다. 대장균군 항목에서는 모두 기준치를 만족하였다. 자동판매기 인식에 관한 설문 조사에서 깨끗할 것이라고 응답한 경우가 2명(2.7%)이었으며, 이외에는 보통 이하로 응답하여 자동판매기의 위생 상태에 관한 부정적인 인식을 확인할 수 있었다. 자동판매기 관련 위생법을 인지하고 있는 경우는 27명(33.3%)으로 이를 인지하지 못하는 경우가 많았다. 이번 연구에서 평상시에 우리가 쉽게 접하는 음료 자동판매기의 위생 상태가 미흡한 점과 이에 대한 부정적 인식을 확인할 수 있었다. 일상생활의한 부분으로 자리잡은 자동판매기와 관련된 조사가 앞으로 활발히 이루어져 현실적인 변화가 있어야 할 것이다.

• 식물병연구
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• 제24권4호
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• pp.353-358
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• 2018

본 연구팀에서 개발한 키틴분해미생물 대량배양 bioformulated product는 다양한 작물의 병과 선충의 생물적 방제에 성공적으로 이용되어 왔다. 이 연구에서는 개발된 키틴분해미생물 대량배양 기술을 활용하여 인삼 모잘록병의 생물적 방제법을 확립하고자 수행하였다. 인삼 잘록병 오염 토양을 이용한 포트에서 키틴최소배지에서 배양한 키틴분해미생물 Chrobacterium sp.와 L. enzymogenes 혼합배양액 처리구에는 인삼의 출아율과 인삼 잘록병율이 통계적으로 유의하게 감소하였다. 개발된 키틴분해미생물 배양액의 생물적 방제 능력은 희석여부와 처리시기에 따라 차이를 보였다. 인삼 포장에서 혼합배양액을 파종 전 종자침지하고 출아기에는 토양관주하였을 때, 본포의 2년생 인삼에서 배양원액은 2회 토양관주, 10배 희석액은 3회 토양관주에서 높은 방제효과를 나타냈다. 토직 본포의 경우 배양 원액의 종자 침지에 의한 방제효과는 낮았지만, 종자침지 후 1회 또는 2회 토양관주는 살균제인 톨클로로포스메틸수화제의 종자분의소독과 비슷한 수준의 방제효과를 보였다. 이러한 결과는 Chromobacterium sp. C-61와 L. enzymogenes C-3의 혼합배양액을 이용하여 인삼 잘록병 방제에 화학적 살균제를 대신할 수 있을 효과적인 대안이 될 수 있을 것이다.

• 식물병연구
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• 제29권2호
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• pp.145-157
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• 2023

2018년, 경상북도 청송군 소재 7개의 읍면리의 13개 사과과원에서 채집한 탄저병 감염 과실로부터 39개 탄저병 균주를 분리한 후 이 균주들을 대상으로 국내에 등록된 12개의 사과 탄저병 살균제에 대한 균자생장 억제, 포자발아 억제율을 조사하여 각각의 살균제에 대한 감수성 정도를 한천희석법을 이용한 실내검정법으로 조사하였다. 살균제 감수성 실내검정 결과 captan, dithanon, fluazinam, metconazole, tebuconazole에서는 저항성 균주가 나타나지 않았으나, trifloxystrobin, kresoxim-methyl 살균제에서는 모든 지역에서 저항성을 보이는 균주가 관찰되었다. 이를 통해 일부 지역에서 살균제의 지속적인 처리로 인하여 균주 집단 내 살균제 내성이 발현되었음을 알 수 있었다. 저항성이 발현된 strobilurin 계통의 살균제를 관리하기 위하여 연용 살포를 하지 말아야 하며, 살포기간에 유용미생물로 인한 대체 살포 등 관리가 필요하다.

• 한국자연치유학회지
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• 제8권2호
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• pp.71-77
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• 2019

목적: 특허 받은 황토 면 원단의 원적외선 방사율 및 면 원단을 20회까지 세탁을 하였을 때에 어떠한 미생물이 존재하는지를 조사하여 분리 동정하는 것이 목적이었다. 방법: 원적외선 방사능 측정기와 미생물을 영양배지에 배양하여 증식하는 단일 콜로니를 이용하여 16S rRNA법으로 동정하였다. 결과: 황토이불 면의 원적외선의 방사율은 40℃에서 5~20 ㎛에서 0.902(90.2%)이었고, 방사에너지는 3.63 × 10² w/m²로 높게 나타났다. 황토 이불 면 원단에서 2.0 × 10² cells/ml의 생균수가 존재하였고, 그리고 일반 면 원단에서는 생균이 발견되지 않았다. 단일 콜로니로 분리된 B-2 균주의 16S rRNA의 염기서열은 1,419 bases이었고, A-4균주의 염기서열은 1,284 bases이었다. 이 두 균주의 16S rRNA의 염기서열은 Bacillus 속 세균들과 높은 상동성을 보이었다. B-2 균주는 B. aryabhattai EF114313의 16S rRNA 염기서열과 99.0% 그리고 A-4균주는 B. bingmayongensis AKCS01000011의 16S rRNA 염기서열과 99.0%의 높은 상동성이 나타났다. 상기의 결과들을 활용하여 16S rRNA을 이용하여 유연관계를 조사하여 콜로니 균주 B-2를 B. aryabhattai BJ-2 균주로, A-4를 B. bingmayongensis BJ-4 균주로 최종 동정하였다. 결론: 황토 이불 면 원단에서 두 종류의 간균을 발견하였고, 이불 면 원단이 높은 량의 원적외선 및 원적외선 방사에너지가 발산하므로 유용하게 이용될 수 있다고 본다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제51권3호
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• pp.294-300
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• 2019

국내시판 김치로부터 분리한 probiotics의 병원생 미생물에 대한 억제효과와 항균제 내성을 조사하기 위해 35종의 국내시판 김치에서 총 140주의 probiotics를 분리하였으며, 16S rRNA 염기서열 분석을 통해 L. plantarum이 53주(37.9%), E. faecium 27주(19.3%) 그리고 L. rhamnosus 7주(5.0%) 순으로 동정되었고, 12종(species)의 다양한 병원성 미생물 즉 S. Typhi, S. Enteritidis, E. coli O157:H7, S. flexneri, NAG Vibrio, L. monocytogenesis, Y. enterocolitica, S. aureus, S. pyogenes, G. vaginalis, C. albicans, P. acne에 대한 전체적인 항균성은 69주(49.3%)이었으며, 균종별로 살펴보면 L. plantarum 75.5%, L. sakei 66.7%, E. faecium 40.7%, 그리고 L. rhamnosus 28.6% 순이었다. 또한 디스크 확산법에 의한 18종의 다양한 계열의 항균제에 대한 내성시험 결과 nalidixic acid가 98.6%의 내성을, S 83.6%, gentamicin 75.7%, vancomycin 73.6%, norfloxacin 72.1%, 그리고 ciprofloxacin 67.9% 순으로 나타났다. 결론적으로 본 실험에서 다양한 항균활성과 광범위한 항생제 내성을 지닌 L. plantarum, L. sakei, 그리고 E. faecium 균주가 장기 항생제 치료환자에 대한 유용한 설사 치료용 및 Candida 속이 야기하는 여성질염 치료제로서의 사용이 유용할 것으로 생각된다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제54권4호
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• pp.239-248
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• 2022

임상미생물학 분야에서 세균의 분류는 끊임없이 변화하는 상태에 있다. 무산소성 세균의 대규모 분류와 명명법은 지난 수십년 동안 발생되었는데, 주로 16S rRNA 염기서열 분석 및 전체 게놈 염기서열(WGS) 분석과 같은 분자 기술의 발전 때문이다. 새로운 균속과 균종이 추가되었고, 기존 균종과 균속은 재분류되었거나 재명명되었다. 임상미생물검사실의 주요 역할은 임상적으로 중요한 세균의 정확한 동정 및 적절한 감수성 시험, 그리고 신속한 보고 및 임상의와의 의사 소통이다. 무산소성 세균의 분류학적 변화는 진단적으로 적절한 보고 항균제의 선택과 항균제 감수성 해석 기준의 적용에 잠정적으로 영향을 미칠 수 있다. 이는 신흥 병원성 무산소성 세균의 항균제 내성 및 잘못된 동정은 환자 치료에 있어서 부적절한 경험적 치료를 유발할 수 있기 때문이다. 따라서, 임상미생물검사실은 주기적으로 무산소성 세균의 분류학적 변경 사항을 업데이트하고, 임상의에게 이러한 변경 사항을 적절하게 알려야 한다. 이 논문에서는 임상적으로 중요한 무산소성 세균의 분류에 관한 업데이트을 제시하였고, 이전의 균명 또는 동의어을 함께 기술하였다. 무산소성 세균의 분류 업데이트는 무산소성 세균 감염에 대한 항균제 요법을 안내하고, 치료 실패를 예방하는데 임상미생물검사실과 임상의 모두에게 도움이 될 수 있다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제39권4호
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• pp.364-373
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• 2011

인간배아줄기세포는 인간배아줄기세포가 가지는 전 분화능 등의 특이적 특성으로 인해 재생의학 분야에서 세포 치료제의 근원으로 널리 각광받고 있다. 그러나, 미분화 상태의 인간배아줄기세포를 세포치료제로 이용하기 위해서는 인간배아줄기세포 주 유래 기능성 세포를 확립이 반드시 요구된다. 본 연구에서는, 미분화 상태의 인간배아줄기세포주로부터 기능성 세포의 확립을 위해, 혈관계통의 세포로 분화를 유도하였으며, 분화 유도 후 세포의 크기 차이를 이용하여 특정 세포군 만을 분리하여 그 기능성을 비교 분석하였다. 그 결과, VEGF를 이용하여 분화 시킨 세포군에서 약 10%의 PECAM 양성 세포군을 확인할 수 있었으며, 분리 및 세포 이식을 위해 세포를 단일 세포군으로 만들었다. 단일 세포군의 형성 후, 유세포 분석기를 이용한 세포 분리 기법을 이용하여 FCS를 기준으로 한 세포 크기의 차이를 이용하여 특정 세포군 만을 분리하여, 하지 허혈 동물 모델로의 이식을 통해, 비 분리 세포군과 치료 효능을 비교 분석을 실시하였다. 세포 이식 4주 후, 혈류량 복구율이 FSC 기준 분리 군의 경우 54%, 비 분리군의 경우 17%를 보이는 것을 확인하였다. 이 결과는, 초기 분화 유도 후 세포 크기차이를 이용한 세포 분리법이 기능성 세포 획득에 이용될 수 있음을 시사한다. 이와 같은 방법을 통해 다양한 종류의 기능성 세포 분리에 이용될 수 있을 것이라 생각된다.

• 생명과학회지
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• 제29권6호
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• pp.747-753
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• 2019

인지기능 저하는 장 단기 기억 및 주의력 소실과 우울증, 불안증의 증가를 특징으로 한다. 또한, 인지기능 저하는 알츠하이머, 파킨슨병과 같은 다양한 퇴행성 뇌질환과 연관되어 있다. 경제적 부담, 안전 위협을 포함하는 인지기능 저하와 관련된 사회적 문제는 고령화가 진행됨에 따라 증가하고 있다. 이러한 문제를 해결하기 위해 전 세계적으로 많은 연구가 수행되고 있다. 일반적으로 인지기능 저하를 유발할 가능성이 있는 원인으로는 노화에 따른 대사 및 호르몬 불균형, 감염, 약물 오남용, 신경세포 손상 등이 알려져 있지만 다양한 요인이 관련되어 있으므로 원인 규명이 어려운 한계점 때문에 뚜렷한 치료전략 수립이 어려운 실정이다. 최근의 연구에 따르면 퇴행성 뇌질환 발생의 원인과 이에 대한 치료전략 수립에 있어서 장내미생물의 역할이 중요하게 제시되고 있다. 특히, 알츠하이머병과 파킨슨병에서 장내미생물 조성의 변화 및 이들에 의한 대사산물에 따른 분자생물학적, 신경행동학적 증상의 변화가 밝혀졌다. 알츠하이머병 동물모델에서 장내미생물의 변화는 NMDA 수용체와 글루탐산의 변화를 통해 기억능력 소실을 야기하였다. 반면, 알츠하이머병 동물모델에 프로바이오틱스를 투여하였을 때, 비정상적인 신경학적 행동이 유의적으로 감소하였다. 파킨슨병은 장내미생물 군집의 변화와 직접적인 연관성을 보였으며 이는 이차적 증상인 변비 발생에도 영향을 미치는 것으로 나타났다. 파킨슨병 동물모델에 투여한 프로바이오틱스는 단쇄지방산 중 하나인 뷰티르산 증가를 통한 신경세포 보호효과를 나타내었다. 또한, 알츠하이머병과 파킨슨병에서 뇌-혈관장벽의 기능이상이 밝혀졌으며, 뇌-혈관장벽 변화는 장내미생물 불균형에 의한 전신성 염증에 따른 미세소관의 파괴 및 투과성 증가와 연관된 것으로 나타났다. 더불어 장내미생물 대사과정에서 생성된 대사산물은 퇴행성 뇌질환의 발생과 치료에 영향을 미친다. 본 논문에서는 인지기능 저하의 진행을 지연시킴으로써 심화를 방지할 수 있는 효과적인 접근법을 제시하기 위하여 인지기능 저하와 장내미생물의 연관성을 심층적으로 고찰하여 치료적 대안으로 제시하고자 한다.

• Annals of Clinical Microbiology
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• 제21권4호
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• pp.86-91
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• 2018

배경: PANA RealTyper HPV kit (PANAGENE, Korea; PANA RealTyper)는 multiplex real-time PCR과 melting curve analysis를 이용하여 human papillomavirus (HPV)의 유전자형을 검출한다. 본 연구에서는 PANA Real Typer와 AdvanSure HPV GenoBlot assay (LG Life Sciences, Korea; AdvanSure assay)를 비교하였다. 방법: 자궁경부암 검진을 받은 환자에서 채취한 검체를 60개 수집하였다. AdvanSure assay와 PANA RealTyper는 고위험군 HPV 20종을 검출할 수 있다. 저위험군 HPV의 경우 AdvanSure assay는 15종을, PANA RealTyper는 2종의 유전자형을 구별할 수 있고 18종의 유전자형을 검출할 수 있다. 결과: 총 60개 중 40개 검체에서 54개의 고위험군 유전자형이 검출되었으며 18개 검체에서 20개의 저위험군 유전자형이 검출되었다. 고위험군에서 두 방법 간 일치율은 94.4-100%였다. PANA Real Typer에서만 양성으로 검출된 9개 유전자형 중 7개(HPV 16 (n=1), 39 (n=1), 52 (n=1), 58 (n=2), 68 (n=2))은 진양성으로 판별되었다. AdvanSure assay에서만 양성으로 나온 4개 유전자형 중 3개는 HPV 59였다. 저위험군에서 AdvanSure assay에서 검출된 19개 유전자형 중 HPV 6 2개, HPV 11 1개였다. HPV 6 중 한 개는 PANA RealTyper에서만 양성이었다. 결론: PANA RealTyper는 AdvanSure assay와 동등한 검출력을 보였으며, 임상 검사실에서 HPV 유전자형 검사에 유용하게 쓰일 수 있을 것으로 생각한다.