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범주형 자료에서 순서화된 대립가설 검정을 위한 정확검정의 개발 (Developing of Exact Tests for Order-Restrictions in Categorical Data)

  • 남주선;강승호
    • 응용통계연구
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    • 제26권4호
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    • pp.595-610
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    • 2013
  • 범주형 자료에서 순서화된 대립가설을 검정하는 경우는 의학 사회학 경영학 등 다양한 응용분야에서 발생한다. 이러한 검정 방법은 대부분 대표본이론에 근거하여 개발되었다. 하지만 표본크기가 작거나 표본크기가 매우 불균등한 경우 대표본이론에 근거한 검정방법의 제 1종 오류 확률은 목표로 하는 5%와 멀어지는 경우가 많이 발생한다. 본 논문에서는 범주형 자료에서 순서화된 대립가설을 검정하는 경우 표본크기가 작거나 표본크기가 매우 불균등한 경우에 사용될 수 있는 정확검정방법을 소개하고 이에 대한 검정력 및 정확 p-value를 제시할 것이다.

유럽 너도밤나무(Fagus sylvatica L.) 유묘발달(幼苗發達) 동안의 한 동위효소(同位酵素) 유전자좌(遺傳子座)에서의 생존력선택(生存力選擇) (Viability Selection at an Allozyme Locus during Development in European Beech (Fagus sylvatica L.))

  • 김진수
    • 한국산림과학회지
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    • 제54권1호
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    • pp.68-75
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    • 1981
  • 서독과 루마니아의 너도밤나무 2개 산지(産地)로부터 얻어진 종자(種子)와 그로부터 온실(溫室)과 임분내(林分內)에서 발아된 유묘(幼苗)의 서로 다른 3가지 발달시기(發達時期)의 한 leucine aminopeptidase 유전자좌(遺傳子座)에서의 유전적(遺傳的) 구조(構造)가 상호간(相互間)에 비교되었다. 많은 비교에서 서로 다른 발달시기간(發達時期間)에 대립유전자적(對立遺傳子的) 및 유전자형적(遺傳子型的) 구조(構造)의 차이가 인정되었다. 양산지(兩産地)에서 공통으로 대립유전자(對立遺傳子) $A_2$가 상이(相異)한 조건하에서 얻어진 유묘시기(幼苗時期)에서 우월성(優越性)을 보였다. 대립유전자(對立遺傳子)$A_2$의 동형접합체(同型接合體)가 온실내에서의 생존력(生存力)이 가장 높았으며 보다 이질적(異質的) 환경조건(環境條件)을 지닌 임분내(林分內)에서는 이형접합체(異型接合體), 특히 대립유전자(對立遺傳子) $A_2$의 이형접합체(異型接合體)가 월등한 생존력(生存力)을 보였다. 양(兩) 산지(産地)의 종자(種子)의 유전적(遺傳的) 구조(構造)가 서로 뚜렷이 상이(相異)함에도 불구하고 대립유전자(對立遺傳子)$A_2$의 동등(同等)한 효과(効果)는 이 유전자좌(遺傳子座)이 적응성(適應性)을 확인해 준다. 생존력(生存力) 변수(變數)와 유전적(遺傳的) 간격(間隔)등의 비교를 통해, 일어난 생존선택(生存選擇)의 특성(特性)과 강도(強度)가 설명되었다. 이 유전자좌(遺傳子座)의 발달초기(發達初期)에 있어서의 가능한 중요성이 이질적(異質的) 환경(環境)에서 오랫동안 살아가는 임목(林木)의 적응(適應)과 관련되어 토론되었다.

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분벽성 옥수수에 대한 Esterase 동위효소의 유전분석 (Genetic Analysis of Esterase Isozymes in Tillering Maize)

  • 이희봉
    • 한국작물학회지
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    • 제35권2호
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    • pp.146-150
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    • 1990
  • 분벽성 옥수수에 대한 esterase 동위효소의 유전양상을 알아보고자 acrylamide gel 6.5%를 사용하여 분벽성인 IK 계통과 대조구로 무벽성인 A-type 계통을 교배하여 얻은 $F_1$$F_2$ 종자를 28$^{\circ}C$ 암조건하에서 발아시킨 유조직 중심주를 공시하여 전기영동한 결과는 다음과 같다. 1. 본 실험에 공시된 중심주조직은 음극효소를 포함하여 총 13개의 동위효소가 확인되었으며 이동거리에 따라 유전분이 양상이 5개군으로 구분되었다. 2. 원점으로부터 0.5cm에 존재하는 E$_{0.3}$, E$_{0.4}$, E$_{0.5}$ 동위효소는 2개의 대립인자에 의해 지배되었고, E$_{0.3}$+E$_{0.4}$ 변이체는 공우성 대립인자에 의해 지배되었다. 3. 밴드의 이동거리가 1.0cm에서 1.8cm에 존재하는 E$_{1.0}$ , E$_{1.2}$ , E$_{1.5}$ , E$_{1.8}$ 의 4개의 동위효소는 2개의 대립인자에 의해 지배되었고 존재하지 않는 비활성 밴드가 우성으로 작용하였다. 한편 변이체로 나타난 E$_{1.2}$ +E$_{1.5}$ 의 동위효소는 공우성 대립인자로 작용하였다. 4. 밴드의 이동거리가 2.8cm에서 3.5cm에 존재하는 E$_{2.8}$ , E$_{3.0}$ , E$_{3.5}$ 인 세 개의 밴드는 이들 중에서 두 개씩 나타나는 밴드가 세 개 모두 나타나는 개체수보다 현저히 많이 나타났다. ($\chi$$^2$=0.327$^{**}$ ). 5. 밴드의 이동거리가 3.8cm 이상에서 나타난 동위효소는 활성이 매우 낮았고 이들 효소는 모두가 두 개의 대립인자에 의해 지배되었다. 따라서 분벽성 옥수수 중심주 조직에 대한 esterase 동위효소는 멘델식 유전법칙에 의해 지배된다고 생각된다.각된다.각된다.

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불어의 "묵음 e (e muet)"에 관한 연구 (Some notes on the French "e muet")

  • 이정원
    • 대한음성학회지:말소리
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    • 제31_32호
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    • pp.173-193
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    • 1996
  • 불어의 "묵음 e(e muet)"에 대한 정의를 내리기는 매우 까다롭다. 불어에서 "e"가 "묵음 e(e muet)"로 불리우는 이유는 "e"가 흔히 탈락되기 때문이다. 현재 "e muet"는 다음 발화체에서 볼 수 있듯이 열린음절에서만 나타난다. "Je/le/re/de/man/de/ce/re/por/ta/ge/." [omitted](나는 그 리포트를 다시 요구한다. : 이 경우 실제 발화시 schwa 삭제 규칙이 적용된다.) 둘째, 접두사에 나타나는 "e muet"는 s의 중자음 앞에서 s가 유성음, [z]로 발음되는 것을 막기 위해 쓰인다. "ressembler[omitted](닮다); ressentir[omitted](느끼다)" 같은 경우, 셋째, 몇몇 낱말의 경우 고어의 철자가 약화되어 "e muet"로 발음이 되고 있다. "monsieur[$m{\partial}sj{\emptyset}$](미스터), faisan[$f{\partial}z{\tilde{a}}$](꿩), faisait[$f{\partial}z{\varepsilon}$]("하다"동사의 3인칭 단수 반과거형)"등. 또 과거 문법학자들은 이를 "여성형의 E"로 불렀는데, 이는 형태론적으로 낱말의 여성형을 남성형과 구분짓기 위해 사용되고 있기 때문이기도 하다. 예를 들어, "$aim{\acute{e}}-aim{\acute{e}}e$"(발음은 둘 다 [${\varepsilon}me$]로 동일하다 : 사랑받다)의 경우. 현대불어의 구어체어서 "e muet"는 어말자음을 발음하기 위해 쓰이고 있다. 예를 들어, "pote[pot](단짝)-pot[po](항아리)". 이러한 "e muet"는 발음상으로 지역적, 개인적 및 문맥적 상황에 따라 그 음색 자체가 매우 불안정하며 여러 가지 음가(열린 ${\ae}$ 또는 닫힌 ${\O}$)로 나타난다. 예를 들어 "seul[$s{\ae}l$](홀로), ceux[$s{\O}$](이것들)"에서와 같이 발음되며, 또한 원칙적으로 schwa, [${\partial}$]로 발음이 되는 "Je[$\Im\partial$]"와 "le[$l{\partial}$]"의 경우, Paris 지역에서는 "Je sais[${\Im}{\ae}{\;}s{\Im}$](나는 안다); Prends-le[$pr{\tilde{a}}{\;}l{\ae}$](그것을 집어라)"로 발음을 하는 한편, 프랑스 북부 지방세서는 동일한 발화체를 [${\ae}$]대신에 [${\o}$]로 발음한다. 실제로 언어학적 측면에서 고려되는 "e muet"는 schwa로 나타나는 "Je[$\Im\partial$]"와 "le[$l{\partial}$]"의 경우인데, 불어 음운론에서는 schwa에 의해 대립되는 낱말짝이 없기 때문에 schwa를 음소로 인정할 것인가에 대해 논란이 있다. 그러나 불어에서 schwark 음운론적 역할을 한다는 사실은 다음과 같은 예에서 찾아 볼 수 있다. 첫째, 발음상으로 동사의 변화형에서 "porte[$p{\jmath}rte$](들다: 현재형), porte[$p{\jmath}rte$](과거분사형), porta[$p{\jmath}rte$](단순과거형)"등이 대립되며, 이휘 "Porto[$p{\jmath}rte$](포르토)"와도 대립된다. 둘째, 어휘적 대립 "le haut[$l{\partial}o$](위)/l'eau[lo](물)"와 형태론적 대립 "le[$l{\partial}$](정관사, 남성단수)/les[le](정관사, 복수)"등에서 "묵음 e"는 분명히 음운론적 역할을 하고 있다. 본 논문에서는 이와 같이 음색이 복잡하게 나타나는 "e muet"의 문제를 리듬단위, 문맥적 분포 및 음절모형 측면, 즉 음성학 및 음운론적 측면에서 다양하게 분석하여 그 본질을 규명해 보고 "e muet"탈락현상을 TCG(Theorie de Charme et de Gouvernement) 측면에서 새롭게 해석해 보았다.

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Bacillus 균주를 이용한 검정콩 청국장의 생리활성 및 Isoflavone 함량 (Some Biological Activities and Isoflavone Content of Chungkugjang prepared with Black Beans and Bacillus Strains)

  • 손미예;서권일;박석규;조영숙;성낙주
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제30권4호
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    • pp.662-667
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    • 2001
  • Bacillus 균주를 이용하여 42$^{\circ}C$에서 72시간동안 발효된 검정콩 청국장의 몇 가지 생리활성 및 sioflavone(daidzein, genistein) 함량을 조사하였다. B. subtilis 보다는 분리균주 Bacillus megaterium SMY-212 균주를 첨가한 청국장이 항균활성이 매우 높았고, 대립 검정콩의 메탄올 추출물이 소립 검정콩의 것보다 항균 효과가 우수하였다. 청국장의 수소공여능은 대립 및 소립 검정콩 청국장에서 각각 76.4 및 75.5%를 나타내었으며, B. subtilis 및 SMY-212 를 첨가한 것은 무첨가보다 약간 높게 나타났다. 아질산염 소거능은 대립 검정콩이 소립 검정콩보다 그 효과가 크게 나타났으나, 균종간에는 차이가 나타나지 않았다. Linoleic acid 에 대한 과산화물가 및 흰쥐의 liver homogenate에 의한 TBARS 함량으로부터 볼 때 검정콩 청국장의 메탄올 추출물은 상당한 항산화효과가 있었다. 그 효과는 소립 검정콩의 청국장 추출물이 대립 검정콩의 청국장 추출물보다, 균주 첨가 청국장 추출물이 균주 무첨가 청국장 추출물보다 크게 나타났다. 청국장의 daidzein 및 genisteing함량은 발효 중 증가하였으며, 대립 검정콩 청국장이 소립 검정콩 청국장에 비하여 약간 높았다.

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격리된 입지환경에서 형성된 한라산 흑오미자 자생군락의 유전변이 (Genetic Variation of Natural Populations of Schisandra nigra in Mt. Halla)

  • 이갑연;이석우;김세현;김판기;정동준;한상섭
    • 한국농림기상학회지
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    • 제3권1호
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    • pp.30-36
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    • 2001
  • 우리나라에 자생하고 있는 흑오미자 유전자원을 보존하고 육성하기 위하여, 제주도 한라산이라는 격리된 지역에 천연분포하고 있는 3개 집단을 대상으로 동위 효소분석에 의한 유전변이를 조사하였다. 1. 흑오미자 자생지 3개 집단의 4개의 동위효소에 대한 대립유전자 빈도와 분포는 6개의 유전자좌 가운데 Mdh-l과 Pgi-l을 제외한 모든 유전자좌에서 2개 이상의 대립유전자가 관측되어 Idh, Mdh-2, Mnr, Pgi-2에서 다형성을 보였다. Pgi-2를 제외한 Idh, Mdh-2, Pgi-l, Mdh-1, Mnr 유전자좌에서 동일한 대립유전자가 빈도가 가장 높은 주대립유전자로 나타났다. 2. 유전자좌당 대립유전자수(A/L)는 평균 1.7개의 값을 보였으며, 95%( $P_{95}$ ) 및 99%( $P_{99}$) 수준에서의 다형적 유전자좌의 비율은 38.9%와 50%, 평균 이형접합도의 관측치( $H_{0}$$^{./}$)와 기대치( $H_{e}$ )는 각각 0.141과 0.147로 나타났다. 흑오미자와 같이 분포구역이 매우 제한적이거나 멸종위기에 처한 식물종들은 유전변이량이 매우 적게 나타나는데 비해 흑오미자는 다소 많은 유전변이량을 보유하고 있는 것으로 나타났다. 3. 유전변이의 대부분이 집단 간 차이보다 집단내 개체간의 차이(92.6%)로 나타났으며, Wright의 F분석결과, $F_{IS}$$F_{IT}$ 값 모두 0에 가까운 값을 나타내어 흑오미자 집단이 Hardy-Weinberg 평형 상태에 근접해 있는 것으로 나타났다.다.

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지식기반 유전자알고리즘을 이용한 한국인 빈발 HLA 대립유전자에 대한 결합 펩타이드 예측 (Knowledge based Genetic Algorithm for the Prediction of Peptides binding to HLA alleles common in Koreans)

  • 조연진;오흥범;김현철
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제13권4호
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    • pp.45-52
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    • 2012
  • 감염된 미생물에서 유래한 단백질 펩타이드가 HLA에 결합하여 숙주의 세포표면에 제시되면, T 세포가 이를 인식하여 면역반응을 유발함으로써 감염원을 제거하게 된다. HLA와 펩타이드간의 결합이 안정적일수록 T 세포반응이 강하게 일어나 효율적으로 감염원을 제거할 수 있다고 알려져 있다. 따라서 특정 HLA에 안정적으로 결합할 수 있는 펩타이드(HLA binder)를 찾아낼 수 있다면 감염질환이나 암의 예방을 위한 펩타이드 백신의 개발에 활용될 수 있다. 그런데 HLA는 매우 다형하기 때문에 하나의 집단 내에서도 어느 정도의 빈도를 가지는 대립유전자의 수가 매우 많다. 따라서 이들 모든 대립유전자들에 대해 가능한 펩타이드조합을 제작한 후 직접 실험을 통해 안정적으로 결합하는 펩타이드를 찾아내는 것은 매우 비효율적이다. 이를 극복하기 위하여 특정 HLA에 안정적으로 결합하는 펩타이드를 예측하는 정보전산적인 방법이 최근 개발되어 왔다. 이들 방법을 통해 제시된 펩타이드에 대해서만 직접 생물학적 실험을 시행함으로써 연구자는 검증해야 할 후보 펩타이드의 수를 현격히 감소시킬 수 있게 된다. 본 논문에서는 HLA 결합 펩타이드 예측을 위해 기계학습을 이용한 방법을 소개할 뿐만 아니라, 지금까지 HLA 결합 펩타이드 예측에 시도된 적이 없는 '지식기반 유전자 알고리즘(knowledge-based genetic algorithm)'이라는 새로운 모델을 제시하고자 한다. 이것은 유전자알고리즘(GA)에 기반한 것이었지만 전문가 지식을 접목함으로써 GA보다 더 향상된 성능으로 한국인에 흔한 HLA에 결합하는 펩타이드를 예측하였다. 뿐만 아니라 이것은 결합하는 펩타이드의 규칙을 한국인에 흔한 HLA 대립유전자에 대하여 추출해 줄 수 있는 새로운 방법이었다.

단경 소분지 대립 다수성 땅콩 신품종 '다안' (A Shinpung Typed Large Grain and High-Yielding Peanut Variety 'Daan')

  • 배석복;이명희;김성업;황정동;오기원;정찬식;송득영;백인열;이영희
    • 한국육종학회지
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    • 제49권3호
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    • pp.224-229
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    • 2017
  • 간식용 대립 땅콩의 선호도가 높음에 따라 단경 대립 다수성 신품종 육성을 위하여 단경 다분지성인 '익산 31호'와 소분지 직립 초형의 대립종인'다광'을 인공교배하여 육성한 '다안'의 주요 특성을 요약하면 다음과 같다. '다안'은 신풍 초형으로 개화기가 '대광'에 비해 1일 늦으나 주경장은 44cm로서 11cm 더 작고 분지수는 13개 정도인 단경 직립 소분지성이다. '다안'은 주당 성숙협수는 34개로서 '대광' 땅콩에 비해 10개 더 적으나, 협실비율(75%), 협당립수(1.93개), 100립중(127g)등 수량구성 요소가 우수한 대립 박피종이다. 병해저항성으로 갈반병은 '대광'과 같이 포장저항성이 있으며 흑반병, 그물무늬병, 흰비단병은 '대광' 보다 양호한 수준이다. '다안'은 단백질이 28.3%, 기름함량이 47.8%이고 지방산비율은 불포화 지방산인 올레산이 43.1%, 리놀산이 40.9%인 특성을 가지고 있다. '다안'은 3년간 4개소 지역적응시험 결과 전국 평균 5.00ton로서 대광땅콩에 비하여 16% 증수되었다. '다안'은 직립성 소분지 초형으로 생육후기 낙엽병류인 흑반병과 그물무늬병 방제가 중요하며 충분한 성숙을 위하여 경기북부와 강원도 산간 고랭지를 제외한 이남 지역에서 적응성이 높은 품종이다.

Genetic Polymorphism of Avian Leukosis Virus Host Receptors in Korean Native Chickens and Establishment of Resistant Line

  • Lee, Kyung Youn;Shin, Yun Ji;Han, Jae Young
    • 한국가금학회지
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    • 제49권2호
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    • pp.99-108
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    • 2022
  • 조류 백혈병 바이러스는 암을 유발할 수 있는 전염성이 높은 레트로바이러스의 하나이다. 이는 높은 전파력으로 인해 전 세계적으로 큰 경제적 손실을 초래하고, 다양한 바이러스 하위 그룹이 존재하여 특정 숙주 수용체를 통해 감염이 일어난다. 백혈병 바이러스 A형과 K형 바이러스에 대한 조류 종의 민감성 또는 저항성은 숙주 수용체인 tumor virus locus A(tva)의 유전자형에 의해 결정되고, 바이러스 B형은 숙주 수용체인 tumor virus locus B(tvb)의 유전자형에 의존한다. 대부분 중국에서 tva, tvb 저항성 대립유전자가 밝혀졌지만, 한국에서는 연구된 바가 없다. 본 연구에서는 자연계에 존재하는 화이트 레그혼, 오골계 그리고 한국 재래 닭의 tva, tvb 유전자의 유전형 빈도를 분석하고, 백혈병 바이러스 감염에 대한 저항성을 확인하고자 하였다. 화이트 레그혼에서는 tva와 tvb 모두 민감성 및 저항성 대립유전자를 포함하여 다양한 유전자형을 가지고 있으며, 오골계에서는 tva와 tvb에 대한 저항성 대립 유전자가 존재하였다. 한국 재래 닭에서는 tva의 경우 민감성과 저항성 대립유전자가 섞여 있으며, tvb의 경우 저항성 대립 유전자형이 존재하였다. 또한, 계통에 따라 tva 전사체의 스플라이싱 패턴과 tvb 전사체의 발현 수준에 차이가 있음을 확인하였다. 마지막으로 닭 배아 섬유아세포에서 조류 백혈병 바이러스 시험관내 감염을 통해 오골계 및 한국 재래 닭에서 유전자형 의존적으로 저항성을 획득함을 확인하였다. 이러한 결과는 일부 오골계와 한국 재래 닭이 조류 백혈병 바이러스 아형인 A, B 그리고 K형에 자연적으로 내성이 있으며 선택적 육종을 통해 경제적으로 우수한 형질을 보존할 수 있을 것으로 사료된다.

한국 신생아의 폐 표면 활성제 단백-A1 (Human Surfactant Protein-A1) 유전자 대립형질의 분포와 빈도 (Allele Distribution and Frequency of Human Surfactant Protein-A1 in Korean Neonates)

  • 이경신;김영희;석정수;고정호;유욱준;이인규;오명호;배종우
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제45권12호
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    • pp.1497-1502
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    • 2002
  • 목 적 : RDS 발생과 BPD로의 이행을 예측 할 수 있고, 스테로이드 치료에 새로운 지표로서 사용 될 수 있는 SP-A1의 유전자 대립형질의 한국분포 및 빈도를 밝히고 새로운 종류의 유전자 대립형질을 발견하기 위하여 본 연구를 하였다. 방 법: 2002년 1월부터 2002년 4월까지 순천향대학교 천안병원, 경희대학교병원 신생아실에 입원한 정상 신생아 100명을 대상으로 하여, SP-A1 유전자의 대립 형질을 위해 시발체(primer) 765/787, 767/768, 788/21를 이용하여 증폭 시킨 후 19, 50, 62, 133, 219 위치의 nucleotide를 알아보기 위하여 각 위치에 맞는 제한 효소(restriction enzyme)를 이용하여 (PCR-cRFLP-based methodology) 자른 후 전기 영동 하여 염기서열의 차이를 알아냈다. 결 과 : 아미노산 염기 서열의 차이에 의하여, 6A, $6A^2$, $6A^3$, $6A^4$, $6A^8$, $6A^9$, $6A^{10}$, $6A^{11}$, $6A^{12}$, $6A^{13}$, $6A^{14}$, $6A^{15}$, $6A^{16}$, $6A^{17}$, $6A^{18}$, $6A^{20}$ 등의 16개의 대립형질이 발견되었으며, SP-A1 중 $6A^3$ 45%, $6A^2$ 21%의 분포를 보였고, $6A^4$, $6A^8$, $6A^{14}$도 1% 이상의 분포를 보였다. 이외에도 6A, $6A^9$, $6A^{10}$, $6A^{11}$, $6A^{12}$, $6A^{13}$, $6A^{15}$, $6A^{16}$, $6A^{17}$, $6A^{18}$, $6A^{20}$의 대립형질이 6%의 분포를 보였으며, SP-A1의 Genotype은 $6A^26A^3$, $6A^36A^4$, $6A^36A^3$, $6A^26A^4$ 등이 88% 이상의 빈도를 보였다. 결 론 : RDS에 대해 보호체(protector)로 작용하는 $6A^3$의 빈도가 많은 것으로 보아 실질적으로도 우리나라에서 RDS의 발생률이 적을 것으로 생각된다. 그러나 우리나라에 많은 빈도를 보이는 $6A^3$는 다른 대립형질에 비해 스테로이드를 사용 할 때 유전자 발현에 많은 억제를 보여 숙주 반응에 중요하게 작용하는 SP-A의 혈청 내 농도가 적을 것으로 추측되어, 감염에 노출 될 위험이 많으므로 우리나라에서는 스테로이드 치료에 있어서 많은 연구가 있어야겠다.