• 제목/요약/키워드: 단백질 2차 구조

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일본 화산회토에서 질소 시용방법이 보리의 품질에 미치는 영향 (Effect of Nitrogen Top-dressing Method on Grain Quality of Barley in Japanese Volcanic Ash Soil)

  • 이춘우
    • 한국작물학회지
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    • 제40권4호
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    • pp.512-517
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    • 1995
  • 질소의 추비가 품질특성에 미치는 영향을 조사하기 위하여 1993년 일본의 동북농업시험장의 화산회토인 포장에서 미유기 보리를 공시품종으로 하여 재생기, 유효분벽기 그리고 출수기에 유안을 질소 성분량으로 2 또는 4kg을 추비하였다. 도종율 백도 조단백질 등을 조사한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 55% 도종기간은 2kg을 추비하면 길어지나 추비 시기간에는 차이가 없었다. 백도, 경도 그리고 도종율도 추비에 의한 차이는 없었다. 2. 원맥의 조단백질함량은 추비에 의하여 증가하였으나 시기간에는 차이가 없었다. 3. 원맥의 조단백질함량과 55% 도종기간과는 정의 상관관계가 있었으나 8분 도정림의 백도와는 상관이 없었다. 4. 8분 도종율 및 8분도정립의 백도와는 부의 상관관계가 있었고, 8분 도종율과 55% 도종시간과는 정의 상관관계가 있었다. 백도 형질간에는 상관관계가 없었다. 5. 주사형 전자현미경에 의한 미세구조관찰에서 추비처리에 의한 Protein matrix의 차이는 없었다.

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Salmonella enterica serovar Typhimurium에서 Type III 분비장치의 표적단백질들의 분비신호 확인 및 Type III 분비장치를 이용한 Secretion Vector의 개발 (Identification of Secretion Signals of Target Proteins in Salmonella enterica serovar Typhimurium and Construction of Secretion Vector using this Signal)

  • 최혁진;엄준호;조정아;이선;이경미;이인수;박용근
    • 미생물학회지
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    • 제36권4호
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    • pp.254-258
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    • 2000
  • 소장의 상피세포내로 세균 세포가 들어가는 과정(invasion)은 Salmonella의 감염에서 중요한 단계이다. invasion은 Salmonella type III 분비장치에 의해 분비되는 단백질들에 의해 유도된다. type III 분비단백질들은 특이하게, 일반적인 분비단백질들이 가지는 N-말단 분비 신호 펩타이드를 가지고 있지 않는 것을 알려져 있다. Yersinia에서의 최근 연구에서 type III 분비장치에 의해 인지되는 분비신호는 분비 단백질을 암호화하는 mRNA의 5'말단부의가 형성하는 2차 구조에 있을 것이라는 보고가 있다. 본 연구에서는 Salmonella type III 분비장치의 분비신호를 조사하기 위해 type III 분비단백질중 하나인 sopE를 택하여 ompR과의 translational fusion을 만들었다. translational fusion을 위해 사용된 sopE DNA절편은 프로모터와 시작 콘돈으로부터 10, 15 코돈을 포함하는 절편이다. Immunoblot으로 확인한 결과, OmpR을 포함하는 fusion 단백질이 형질전환 Salmonella 세포로부터 분비되었다. 이러한 결과는 Salmonella의 type III 분비신호가 분비단백질을 암호화하는 mRNA의 5'말단에 위치할 가능성을 제시하고 있다. 또한, 이러한 분비신호를 활용하여 유용한 외래 단백질을 세균 세포 내에서 효과적으로 생산, 분비할 수 있는 secretion vector의 원형을 개발하였다.

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$p16^{INK4A}$ 단백질 활성부위(Asp 84-Leu 104)의 용액상 구조 (Solution Structure of 21-Residue Peptide (Asp 84-Leu 104), Functional Site derived from $p16^{INK4A}$)

  • 이호진;안인애;노성구;최영상;윤창노;이강봉
    • 분석과학
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    • 제13권4호
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    • pp.494-503
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    • 2000
  • 암 억제제인 $p16^{INK4A}$ 단백질의 활성부위 84-104번까지의 21개 아미노산으로 이루어진 펩타이드를 합성하여, 이것의 용액상 구조를 CD, $^1H$ NMR 분광법 그리고, 분자 모델링 방법으로 분석하였다. CDK4 그리고 CDK6와 함께 안정된 complex를 형성하는 p16의 활성 펩타이드(84-104 아미노산)는 in vitro에서 pRb를 인산화하는 CDK4/6의 능력을 차단하고, p16단백질의 기능에서 보여주듯이 G1/S상의 세포 Cycle을 차단한다. NOE를 포함하는 $^3J_{NH{\alpha}}$ 스핀결합 상수, $C_{\alpha}H$ 화학적 이동, 아마이드 화학적 이동의 평균 변화 폭 그리고 온도 계수 등은 p16 펩타이드의 이차구조가 helix-turn-helix의 구조를 구성하는 p16단백질과 유사한 2차 구조를 가지고 있음을 보여주었다. NOE에 근거한 거리 및 이면각을 이용한 3.D 기하구조는 p18이나 p19의 대응하는 부위에 대한 결정구조에서 보여준 바와 같이 아미노산 $Gly^{89}-Leu^{91}$(${\varphi}_{i+1}=-79.8^{\circ}$, ${\varphi}_{i+1}=60.2^{\circ}$)사이에는 ${\gamma}$-회전구조를 형성함을 보여주었다. 이렇게 비교적 단단한 구조를 형성하고 있는 ${\gamma}$-회전구조부위는 p16펩타이드 구조를 안정시키며, CDK를 인식하는 부위로 작용할 수 있다. 이러한 ${\gamma}$-회전구조는 항암제 선도물질을 개발하는데 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

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한국인 비증후군성 구순구개열 환자의 OFC1 유전자의 서열 분석 (Sequencing analysis of the OFC1 gene on the nonsyndromic cleft lip and palate patient in Korean)

  • 김성식;손우성
    • 대한치과교정학회지
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    • 제33권3호
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    • pp.185-197
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    • 2003
  • 비증후군성 구순구개열을 발생시키는 주요유전자로 추측이 되는 OFC1 유전자(위치 염색체 6p24.3)의 한국인에서 나타나는 특성을 연구하였다. 3대에 걸쳐서 처음으로 비증후군성 구순구개열이 나타난 40 명의 환자(남자 20명, 여자 20명, 평균 나이 : 14.2세)와 3대에 걸쳐서 비증후군성 구순구개열을 포함한 어떤 선천성 기형도 나타나지 않았던 정상 성인 40명 (남자 20명, 여자 20명, 평균 나이 : 25.6세)을 연구 대상으로 하였다. 중합효소 연쇄 반응법을 이용하여 OFC1 유전자를 분리 증폭한 후, 염기 서열 분석을 통해서 대립유전자형을 밝히고, BLAST 와 Pedant-Pro 데이터베이스를 이용하여 단백질의 상동성 검색을 수행하였으며, 그 결과는 다음과 같다. 1. OFC1 유전자는 'CA' 연쇄반복서열을 가진 극소위성 표지자로 밝혀졌다. 2. 환자군과 대조군의 OFC1 유전자의 특별한 차이는 발견되지 않았다. 3. 한국인에서 나타난 'CA' 연쇄반복서열의 형태는 'ABI linkage map 2'의 TA(CA)11TA(CA)10과는 달리, TA(CA)n의 형태를 띄었으며, 연쇄반복의 수는 17회에서 26회로 다양하게 나타났다. 4. 'CA' 연쇄반복서열의 횟수에 따라서, 9가지의 대립유전자형이 발견되었으며, 나타나는 빈도는 환자군과 대조군에서 유사하였다. 5. 'ABI linkage map 2'의 'CA' 연쇄반복서열 사이의 염기서열 T가 한국인에서는 C로 치환되어 있었지만, ORF예측을 하였을 때 예상되는 아미노산의 배열 차이는 관찰되지 않았다. 6. 한국인 OFC1 유전자의 염기서열로 예측되는 단백질을 알아보기 위하여 BLAST 검색을 한 결과, Telomerase reverse transcriptase(TERT, locus 5p15.33, NCBI Genome Annotation ; NT023089)와 Nucleotide binding protein 2(NBP2, locus 17q22, NCBI Genome Annotation; NT010783)가 유사한 구조를 가지는 단백질로 밝혀졌다. 7. Pedant-Pro 데이터베이스로 단백질 구조의 상동성 검색을 한 결과, OFC1 유전자는 적어도 하나의 transmembrane region과 non-gloular region을 가지는 구조로 밝혀졌다.

고려인삼의 마이크로파 처리 효과 (Effect of Microwave Treatment on Korean Ginseng)

  • 이재학;금준석
    • 한국식품영양학회지
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    • 제23권3호
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    • pp.405-410
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    • 2010
  • 인삼의 저장 가공 방법을 개발하기 위해 마이크로파 단독처리로 수삼을 처리한 후 일반 성분, 색도, 밀도, 사포닌의 조성 및 미세구조 등 품질 특성을 조사하였다. 마이크로웨이브 출력을 100 Watt와 200 Watt에서 각각 1시간과 3시간 동안 수삼을 처리하고 $60^{\circ}C$ 열풍건조기에서 96시간 건조한 후 성분 함량을 측정하였다. 수삼의 초기 수분 함량인 76.26%에서 마이크로파 가열 처리 조건에 따라 13.12~10.77%까지 건조되었다. 마이크로파로 처리한 수삼의 회분 함량은 처리 과정에 따른 차이는 보이지 않았다. 지방의 경우 마이크로파 출력과는 상관없이 처리 시간에 따라 조금씩 감소하였다. 단백질 함량은 마이크로파 가열 후 건조하기 전 수삼의 단백질 함량과 비교하여 큰 차이를 나타내지 않았다. 마이크로파로 처리한 수삼의 총 식이섬유 함량은 대조군보다 증가함을 보이고 있으나, 처리 시간이나 출력과의 유의성은 보이지 않는다. 처리군의 색도는 대조군에 비해 더 어두운 색을 나타내었다. 마이크로파 가열 처리 후 인삼의 색도의 변화는 출력보다 가열 처리 시간에 따라 변하는 양상을 보였다. 마이크로파 가열 처리 후 수삼의 밀도는 감소하는 경향을 보였고, 가열 시간이나 출력에 따른 뚜렷한 차이는 찾을 수 없었다. 사포닌 ginsenoside-$Rb_1$$Rb_2+Rb_3$, Rc, Rd, Re, Rf, $Rg_1$, $Rg_2+Rh_1$, $Rg_3$의 함량은 대조군에 비해 감소하는 경향을 보였고, 100 Watt에서 가열한 처리구들보다 200 Watt에서 가열한 처리구들의 함량이 높은 값을 나타냈다. 예외적으로 200 Watt에서 가열했을 때, ginsenoside-$Rb_2+Rb_3$와 ginsenoside-Rc의 함량은 대조군에 비해 증가하였다. 미세구조는 마이크로파 건조 후 더 치밀한 조직이 관찰되었다.

타이태늄 임플란트 표면에 형성된 타액성 단백질에 관한 생체연구 (Adsorption of Salivary Proteins on Titanium Implants)

  • 이승호;구영;이용무;류인철;정종평;한수부;최상묵
    • Journal of Periodontal and Implant Science
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    • 제33권2호
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    • pp.127-137
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    • 2003
  • 치과용 임플란트 실패의 주요 원인은 임플란트 표면에 부착되는 세균의 침착의 결과로 생기는 임플란트 주위염이다. 구강 내에서 세균성 치태의 침착은 치태가 부착하는 기질 표면의 물리적 성상과 타액성 피막의 성분에 영향을 받으며 형성된 피막의 유기질 성분의 차이가 치태의 성분과 병원성에 영향을 미친다. 최근 연구에 의하면 생체재료의 표면에 침착되는 치태세균은 사용되는 재료에 따라 특이한 세균 침착을 보이며 이는 초기 타액성 피막의 차이에 의한 것으로 알려져 있다. 이 연구의 목적은 플라즈마분사법으로 표면 처리된 타이태늄 임플란트에 흡착되는 타액성 단백질 피막의 특성을 정성적인 방법으로 분석하는 데 있었다. 법랑질 조각과 플라즈마분사법으로 표면 처리된 타이태늄 임플란트를 스프린트에 치실을 이용하여 연결한 장치를 구강 내 장착하여 2시간 동안 피막이 침착되게 한 후 피막을 분리 추출하여 냉동 건조시켰다. 재수화 과정을 거치고 나서 전기 영동법과 Western transfer 분석을 통해 단백질 성분에 관한 분석을 시행하였다. 사람의 총 타액과 이하선 타액 및 악하선-설하선 타액을 수집기를 이용하여 채취하고 같은 방법으로 처리한 후 성분분석을 실시하였다. 피막 흡착 전후의 표면변화를 주사전자현미경을 이용하여 관찰하였다. 실험결과 타이태늄 임플란트에 흡착된 피막은 법랑질 표면의 피막과는 다른 단백질 성분을 가지고 있었으며, 주로 악하선-설하선 타액에서 유래하였다. 임플란트와 법랑질 표면 모두에서 흡착된 피막에는 아밀라제, 분비성 면역 글로불린A 및 락토페린이 존재함을 알 수 있었으나 법랑질의 경우는 blotting이 약하게 나타났다. 주사전자현미경 관찰결과 시편의 표면에 균질한 피막이 덮고 있었으며 세균의 부착은 거의 관찰되지 않았다. 이상의 실험 결과들을 통하여 플라즈마분사법으로 표면 처리된 타이태늄 임플란트 표면에 부착된 타액성 단백질 성분은 법랑질과는 차이가 있음을 알 수 있었으며, 이러한 차이는 치태세균의 종류 및 병원성에 영향을 미칠 것으로 생각된다. 법랑질과 타이태늄 임플란트는 기질과 표면구조가 다르므로 표면에 형성 되는 치태성분도 다르다는 사실과 본 연구 결과를 종합하여 볼 때, 타이태늄 임플란트 표면에 흡착되는 초기 타액성 단백질의 성불이 타이태늄 표면에 침착되는 미생물 군의 조절에 중요한 역할을 가지고 있으며, 임플란트 치료 시에 올바른 치태 관리법의 교육을 통하여 환자 스스로 적절한 관리를 하도록 함으로써 임플란트 치료의 성공률을 높일 수 있을 것으로 생각된다.

노화 수도유묘엽의 단백질분해에 미치는 GA$_3$과 ABA의 영향 (Effects of Gibberellic Acid and Abscisic Acid on Proteolysis of Senescing Leaves from Rice Seedlings)

  • Kang, S. M;Kang, N. J;Cho, J. L;Kim, Z. H;Kwon, Y. W
    • 한국작물학회지
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    • 제38권4호
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    • pp.350-359
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    • 1993
  • 수도 여절편의 단백질함량 감소는 KCI처리에 의해 촉진된다. 본 연구는 KCI이 증가 시키는 단백질 분해작용을 더욱 촉진시키기 위한 시도의 하나로 GA$_3$와 ABA를 KCI과 혼합처리한 다음, 이들이 노화엽의 단백질 분해작용을 조절하는 기작을 구명하기 위하여 수행하였다. 파종후 16~18일된 실행의 제2본엽을 5cm 길이로 잘라 test 용액에 배양하는 8일간 단백질, aminotks, 흡수량, 단백질 분해효소의 활성과 단백질 분해산물인 aminotks의 유출량 변화 드을 조사하였다. 1. GA$_3$ 단독처리는 잎의 단백질 감소에 큰 영향을 미치지 않았고, KCI과 혼합처리되어도 KCI 단독처리와 비교할 때 유의적인 변화를 유기하지 않았다. 그러나 ABA 단독처리는 단백질분해, amino산의 유출 및 endoproteinase 활성을 현저히 증가시켰고, ABA와 KCI의 혼합처리는 이들의 증가에 상조적이었다. 2. KCI은 Rubisco를 분해하는 exoproteinases의 활성을 감소시키는데 반해 GA$_3$나 ABA 첨가는 모두 이의 감소를 완화시키는 효과가 있었다. 그러나 KCI이 처리된 잎의 endoproteinase 활성은 ABA와의 혼합처리에 의해서만 상조적인 증가를 나타내어 이러한 효과가 없는 GA$_3$와는 그 기능이 대조적이었다. 3. 배양기간중 잎의 흡수량이 낮을수록 단백질 감소량이 많고 그 속도도 빨랐다. ABA와 KCI의 혼합처리로 단백질이 가장 많이 감소하였던 잎의 흡수량이 가장 낮아, 단백질 분해작용과 흡수률 사이에 깊은 관련이 있음을 시사하였다. 4. 따라서 KCI에 의한 수도 엽절편의 단백질분해촉진은 endoproteinases 활성과 감소 등에 그 원인이 있고, ABA는 이러한 변화에 상조적으로 작용하나 GA$_3$는 큰 영향이 없음을 알 수 있었다.다.e 및 free fatty acid) 는 13.3~17.4%로 나타났다.로 빠른 시일에 집중적인 연구가 필요하다고 본다.다. 4. 저온저장(4$^{\circ}C$, RH 50%)한 벼는 2년반 저장한 벼도 밥맛의 변화가 거의 없었다. 5. 1988년산 및 1989년산 일반계를 10분도와 12분도로 도정하였을 때 도정도에 따른 밥맛의 차이는 없었다.X>$CoO_x$는 $Co_3O_4$로 존재하고, 반응 전의 경우에는 이와는 다른 chemical state를 보여주었다. XRD 및 XPS 결과를 바탕으로, 촉매표면에 존재하는 $Co_3O_4$의 외부표면이 $Co_2TiO_4$$CoTiO_3$ 같은 $CoTiO_x$로 encapsulation되어 있는 모델구조를 제안할 수 있고, 이는 반응시간의 함수로 나타나는 촉매활성에 있어서 전이영역의 존재를 잘 설명할 수 있을 뿐만 아니라, XRD와 XPS에서 얻어진 촉매의 물리화학적인 특성을 잘 반영할 수 있다. 나타냈고, 골격근과 눈 조직에서 피루브산에 대한 LDH의 친화력이 상당히 크므로 LDH가 혐기적 조건에서 효율적으로 기능을 하는 것으로 사료된다.5) and "Cleanliness of clothes & features" (p <0.05) of VIP ward were significantly higher than those of a general ward.tive to apply.아울러 고려(考慮)해야 한다. 이것은 고무기술자(技術者)가 당면(當面)해야할 과제(課題)에 속(屬)하며 바람직 한것은 본장(本章)의 내용(內容)이 여러 상황하(狀況下)에서 당면(當面)한 문제(問題)에 대(對)해 어떻게 대처(對處)해 야 할지를 모르는 여러 기술자(技術者)들에게 도움이 되었으면 하는 것이다. 얻어짐을 알았다. 여기서의 합성분말을

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토마토 'Micro-Tom' 과실의 eugenol synthase 유전자 클로닝, 단백질의 3차 구조 및 생리화학적 특성 예측 (Molecular Cloning of cDNA Encoding a Putative Eugenol Synthase in Tomato (Solanum lycopersicum 'Micro-Tom') and Prediction of 3D Structure and Physiochemical Properties)

  • 강승원;서상규;이태호;이긍표
    • 농업생명과학연구
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    • 제46권4호
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    • pp.9-20
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    • 2012
  • Eugenol은 많은 식물에서 eugenol synthase에 의해 생합성되는 phenylpropene 계통의 휘발성 화합물이다. 그러나, 토마토 과실에서의 특징은 밝혀져 있지 않다. 이에 따라 토마토 'Micro-Tom'으로부터 RACE 기법을 이용하여 완전장 cDNA를 클로닝 하여, SlEGS라 명명하였다. SlEGS의 open reading frame은 921bp로, 307개의 아미노산 서열을 갖는 단백질로 번역되었다. BLAST 결과에 따라 SlEGS는 PhEGS1 및 CbEGS2와 각 67.1, 69.4%의 높은 상동성을 갖는 것으로 나타났다. CLC genomics workbench 프로그램을 이용하여 SlEGS의 아미노산 구성을 분석하였고, Swiss-PDB viewer 프로그램에서 homology modeling 기법으로 SlEGS의 3차원 단백질 구조를 구축한 후 ProSA-web 툴로 3차원 구조의 안정성을 확인 하였다. 또한 ExPASy의 ProtParam 툴을 이용하여 SlEGS의 생리화학적 특성을 분석 하였다. SlEGS의 추정 분자량은 33.93kDA이고 등전점(pI)은 5.85로 산성인 것으로 나타났다. 이와 더불어 SlEGS의 흡광 계수(EC), 불안정성 지수(II), alipathic 지수(AI), GRAVY값 등의 생리화학적 특성에 대한 분석을 실시 하였다.

쥐 뇌에서 발현되는 S-100 Beta유전자의 Polymorphism에 대한 분자생물학적 증거 (Molecular Evidence for the Presence of Polymorphism in the Gene of S-100 Beta Protein Expressed in Rat Brain)

  • 신송우;권오식;유민
    • 대한의생명과학회지
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    • 제4권2호
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    • pp.137-142
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    • 1998
  • 쥐 뇌에서 발현되는 S-100 beta 유전자의 다형현상을 조사하였다. Polymerase chain reaction을 위한 주형으로는 뇌에서 분리한 mRNA를 직접 역전사한 cDNA, 또는 rat brain cDNA library에서 분리한 phage DNA를 사용하였다. 증폭된 DNA 절편들은 크기가 기존에 보고되었던 것과 일치하였으나 DNA sequencing을 통한 세부적인 분석 결과 coding region 내에 염기변화 (CAT가 CAC로 변함)가 있음이 확인되었다. 그러나 이들은 모두 histidine을 결정하는 유전암호이기에 단백질의 1차구조에는 아무런 영향을 미치지 않는 다형현상으로 결론지어졌다. 본 연구는 S-100 beta 단백질에 그동안 알려지지 않았던 다형현상이 존재함을 시사하는 것으로서 S-100beta 효소 유전자의 전체적인 구조를 이해하기 위한 학문적 자료가 될 것으로 기대된다.

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고추(Capsicum annuum)의 항균성 단백질(PR-5) 유전자의 클로닝과 발현 분석 (Cloning and Expression of Antifungal Protein (PR5) Genes from Hot Pepper (Capsicum annuum L.))

  • 박해진;이정훈;윤용휘;김학윤;신동현;이인중;김달웅;김길웅
    • 생명과학회지
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    • 제12권3호
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    • pp.264-273
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    • 2002
  • 식물은 병원균이나 여러 가지 환경스트레스에 내하여 사기 방어기작을 가지며, 특히 PR 단백질은 병원균의 침입시에 동물의 면역반응과 유사한 생체방어반응을 나타내는 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 고추에서 항균 특성을 나타내는 PR5 유전자를 클로닝하고 이들의 특성을 구명하였다. 고추에서 서로 다른 3종의 PR5 유전자, CAPR5-1, CAPR5-2, CAPR5-3를 클로닝하였다. 이들 유전자의 특성을 조사하고 아미노산 수준에서 유사성을 비교하여 본 결과, 서로간에는 90% 이삳의 상동성을 나타내었고 이들의 2차구조를 비교한 결과 중요한 domain은 높은 상동성을 나타내어 PR5 유전자들이 항균 특성을 나타내는데 매우 중요한 motif로 작용할 것으로 사료된다. CAPR5-1, CAPR-2, CAPR5-3 유전자들의 항균성 정도를 조사하기 위하여 이들 유전자를 대장균에서 발현시켜 단백질을 분리하여 고추 역병균인 phytophthora capsici에 처리한 결과, 균사의 성장이 억제되어 CAPR5-1, CAPR5-2, CAPR5-3 단백질들이 항균성을 지니고 있는 것으로 나타났다.