• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2002.10d
• /
• pp.364-366
• /
• 2002

본 논문에서는 텍스트 형태로 구성된 특정 생물에 대한 문헌 데이터에서 해당 생물의 주요 단백질간의 이진(binary) 관계를 추출하여 이들을 특징별로 계층적으로 군집화 함으로써 특정 현상을 나타내는 단백질간의 주요 관계를 추출하는 방법을 제시한다. 텍스트 데이터에서 단백질간의 이진관계는 기본적인 데이터마이닝 기법을 사용하여 연관규칙(association rule)의 형태로 추출하게 된다. 본 논문에서는 실험을 위해 PUBMED에서 추출한 Yeast의 주요 단백질간의 관계를 포함하고 있는 논문 데이터인 MEDLINE Abstract와 몇몇 공개 데이터베이스를 사용하였다. 실험 결과 SH3와 같이 기존에 알려진 단백질간의 단일 관계를 추출하는 것 이외에 이러한 관계들을 이용하여 클러스터링을 행한 결과 공통 현상에 작용하는 주요 단백질간의 관계들이 서로 군집화 됨을 확인 할 수 있었다. 또한 단순 이진관계가 아닌 클러스터링을 이용한 보다 상위 단계에서 단순 규칙들 간의 관계를 살펴봄으로써 단백질간의 이진관계를 추출하기 위한 데이터로 사용한 문헌 데이터에 나타나 있지 않은 1차 이상의 관계를 고찰 해 볼 수 있었다. 논문에서는 규칙 추출의 전체 과정과 함께 사용된 추출 시스템의 각 부와 데이터에 대한 설명을 다룬다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2003.04a
• /
• pp.884-886
• /
• 2003

인간 지놈 프로젝트가 완료된 이후로 여러 지놈 프로젝트가 수행되었으며 이로 인해 데이터베이스에 수록되는 서열수가 기하급수적으로 증가하고 있다. 최근에는 단순한 서열 분석뿐만 아니라 이미 밟혀진 단백질 정보를 이용하여 새로운 단백질의 기능을 예측하는 연구가 보다 활발히 진행되고 있다. 단백질 기능은 단백질의 삼차구조에 의해 결정된다. 따라서 단백질의 서열을 분석하여 삼차구조를 알아내고 어떤 분류에 속하는지 알아낸다면 단백질의 기능을 예측할 수 있다. 본 논문에서는 단백질 서열 정렬을 통하여 보다 빠르고 효과적으로 단백질 구조 정보를 추출하는 기법에 대하여 기술한다. 개발된 단백질 구조 추출 기법은 Pfam 데이터베이스에서 제공하는 단백질 서열의 샘플링 결과를 기반으로 서열 정렬을 수행퇴고, 선정뭔 서열을 대상으로 SCOP 데이터베이스에서 단백질 구조 분류정보(family 및 fold)를 추출함으로써 구조 분류정보 추출 과정의 성능을 향상시키고자 한다.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
• /
• 2014.11a
• /
• pp.59-60
• /
• 2014

노령화 사회와 함께 대두된 골다공증을 가정에서 저렴하고도 손쉽게 조기 진단할 필요성이 대두되고 있다. 본 연구에서는 네트워크 기반 골다공증을 손쉽게 진단하기 위해 관련 단백질을 추출하고 네트워크로부터 핵심 모듈을 찾아 조기 진단키트의 타깃을 제공하고자 하였다. 먼저 골다공증 관련 유전자를 OMIM database로부터 추출하고 HPRD로부터 단백질 상호작용 정보를 추가하여 골다공증 관련 단백질 네트워크(1,594 노드 및 2,160 링크)를 구축하였다. 네트워크상 Degree가 높은 단백질을 선별하고, 복잡한 네트워크를 단순화하는 알고리즘인 MCODE를 사용하여 핵심 모듈을 추출하여 핵심 단백질을 확보하였다. 또한 네트워크 자체를 KEGG PATHWAY에 적용시켜 골다공증 관련 단백질의 경로 중심의 핵심단백질을 추출하였다. 이러한 연구 결과를 비교하여 공통적으로 나타나는 핵심 단백질을 타깃으로 골다공증을 손쉽고 간편하게 조기 진단할 수 있는 실마리를 제공하고자 한다.

• Journal of the Korean Society of Food Science and Nutrition
• /
• v.30 no.3
• /
• pp.494-499
• /
• 2001

To determine optimal conditions for preparing protein isolate film from fish meal, the water vapor permeability (WVP), tensile properties and solubility of fish meal proteinisolate (FMPI) film were measured. FMPI was extracted from fish meal under conditions of various extraction times at $60^{\circ}C$. Extracting time little affected to WVP of FMPI film. The film added with glycerol as plasticizer showed higher WVP than sorbitol added. As extraction time increased up to 1 hr, tensile strength and elongation were increased. While in more extracting time than 1 hr, increasing extracting time made tensile strength and elongation showed negative correlations. The correlation of soluble protein amount and tensile strength showed higher value ($r^{2}=0.83$) than that of elongation ($r^{2}=0.62$).

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2003.10b
• /
• pp.808-810
• /
• 2003

본 논문에서는 생물학 관련 문서에서 단백질 간의 상호작용을 추출하는 방법에 대한 전반적인 기술 동향을 소개하고, 현재 구현된 상호작용 정보 자동추출 시스템의 연구 결과에 대해 기술한다. 일반적으로 이미 알려진 단백질들의 관계를 추출함에 있어서는 단백질의 이름에 대한 특성 구분과 표현의 의미적 해석등에 NLP 기법을 사용하여, 사용자 정의에 따른 룰을 생성하는 방법과 데이터 마이닝 기법을 적용하여, 단백질간의 관계를 자동적으로 추출하는 방법, 또한 위의 이 두가지 방법을 병행하는 방법이 현재 연구되고 있다. 이 논문에서는 자연언어처리 기법과 머신러닝 기법(SVM)을 이용하여, 단백질간의 상호작용에 관한 일반 생물 정보 문헌에서 추출하고, 그 성능을 테스트 해 보겠다.

• Korean Journal of Food Science and Technology
• /
• v.22 no.4
• /
• pp.466-472
• /
• 1990

The effect of sugar addition and heat treatment on the myofibrillar protein extractability was studied. Maillard reaction was dependent on heating time significantly and glucose revealed the highest reactivity for Maillard reaction. The extractability of myofibrillar proteins was lowest in case of glucose addition and decreased according to increasing of heating time, Higher extractability was resulted in by digestion of myofibrillar proteins with enzymes after sugar addition and heat treatment than the undigested samples, as the sample was digested with trypsin that is the highest. And by digestion with trypsin, chymotrypsin and peptidase at a time the extractability of meat proteins increased remarkably.

• Journal of the Korean Society of Food Science and Nutrition
• /
• v.22 no.6
• /
• pp.758-762
• /
• 1993

The effect of sodium hexametaphosphate(SHMP) on the extraction of defatted sesame meal protein and the color and amino acid composition of protein concentrate have been studied. The highest amount of protein could be extracted with 1.5% SHMP and the extraction was effective at pH 12.0. The extraction rate tended to increase with increasing the flour to solvent ratio and about 60% of protein was obtained when adjusted the ratio to 1 : 40. Color of sesame protein concentrate was slightly improved by SHMP treatment. Lysine and methionine content were decreased in SHMP-treated protein concentrate but valine and leucine content were increased.

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
• /
• 2016.05a
• /
• pp.185-186
• /
• 2016

최근 DNA 복구 기작 저해가 암 전이를 억제한다는 연구결과가 발표되었다. 이번 연구에서는 DNA 복구 기작을 효율적으로 저해시킬 수 있는 단백질을 선정하고자 했다. 먼저 HPRD에서 59개의 DNA repair 단백질 정보를 얻고 각각의 도메인 정보를 추출하였다. 이 단백질과 상호작용하는 단백질을 KEGG로 부터 추출하고 추출한 단백질의 도메인 정보는 HPRD에서 얻었다. Cytoscape를 통하여 DNA 복구 단백질-상호작용 단백질-도메인의 네트워크를 시각화하였다. 네트워크 상에서 보존적이며 핵심적인 단백질 후보 및 도메인 후보를 선정 하였다. KEGG에서 제공하는 암의 경로(pathways in cancer)을 이용하여 후보의 적용 가능성을 확인하였다. 선정한 최종 후보들은 향후 암 전이 억제에 사용될 수 있는 타깃이 될 수 있을 것으로 기대한다.

• Journal of Animal Environmental Science
• /
• v.10 no.2
• /
• pp.119-126
• /
• 2004

The protein in the extracts from the skins of pineapple and kiwi and the optimal conditions to hydrolyze blood, egg and gluten meals with them were investigated. Protein analysis by SDS-polyacylamide gel electrophoresis showed one protein band with 22 kd molecular weight in the pineapple skin extract, and Hve protein bands with 27 kd, 22.5 kd, 22 kd, 19 kd, and 14.4 kd molecular weight in the kiwi skin extract. The 22 kd protein in the pineapple skin extract is assumed to be bromelain, and the 27 kd protein in the kiwi skin extract is assumed to be actinidin, both are pretense. The optimal conditions for hydrolysis of blood, egg, and gluten meals we: 6-24 hours in time, $60^{\circ}C$ in temperature, and pH 4-pH 7.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2004.04b
• /
• pp.256-258
• /
• 2004

단백질간의 상호작용에 대한 연구는 생물학적 프로세스를 이해하기 위해 중요한 부분이다. 이러한 단백질간의 상호작용에 대한 정보는 주로 생명과학 관련 연구논문에 존재하지만 컴퓨터로 자동으로 처리하여 상호작용에 관안 정보를 추출할 수 있기 위해서는 텍스트 마이닝 기술이 적용되어야 한다 바이오 텍스트 마이닝에서 대두되고 있는 중요한 쟁점은 대용량의 연구논문에서 필요한 정보를 어떻게 효율적으로 정확하게 추출할 것인가에 대한 내용이다. 또한, 관심이 있는 단백질의 종류나 관련성을 표시하는 문장내 패턴의 다양성을 수용하기 위하여 개발하는 시스템의 확장성을 높이는 것도 소프트웨어 공학적인 측면에서 중요한 이슈이다 이 논문의 목적은 생물학적 내용을 담고 있는 연구논문으로부터 단백질간의 상호작용을 추출하는 확장성을 가진 텍스트 마이닝 기법을 제안하는데 있다.