• Annual Conference of KIPS
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• 2002.04b
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• pp.1183-1186
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• 2002

DNA 의 염기서열 탐색을 위한 유전체학의 다음 세대인 구조유전체학은 유전체 사업으로 인한 인간 게놈지도의 완성과 축적된 생물정보를 이용한 생물정보학의 발달과 함께 급속한 성장을 계속하고 있다. 포스트 게놈 시대를 맞이하여 생명현상에 대한 궁극적인 이해를 위한 노력으로 단백질의 구조와 기능에 대한 연구가 주목을 받게 되었다. 다양한 구조 규명을 위한 도구들과 단백질 정보를 관리하기 위한 데이터베이스 구축에 따른 관련 기술의 발전은, 앞으로 다가올 생물정보의 방대함을 감안할 때, 가치 있는 지식정보를 얻기 위한 데이터 마이닝 기법들을 통해서만 가능하다. 본 논문은 데이터 마이닝의 근간 기술인 연관규칙 마이닝을 응용한 효율적인 서열 연관 규칙 알고리즘을 제안하며, 단백질 구조의 예측을 위한 단백질 서열 및 DNA 서열간의 패턴 비교 및 연관성을 목적으로 한다. 또한, 공간적 시간적 복잡성을 CMS-tree 라는 자료구조를 통해 알고리즘의 확장성 및 병렬화의 기본 알고리즘으로 사용하도록 개발하였다.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• v.8 no.2
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• pp.202-212
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• 2005

Purpose: Transfusion transmitted virus (TTV) is a newly discovered virus and to date the contribution of TTV to liver disease remains unclear. Little is known about the frequency of TTV infection in children in Korea. The purpose of this study was to investigate the prevalence and genotypic distribution of TTV carried by healthy children and patients with hepatitis in Korea. Methods: Eighty eight of healthy children and three groups of patients with hepatitis-14 patients with chronic hepatitis B, 12 patients with chronic hepatitis C and 25 patients with hepatitis of unknown etiology-were tested. TTV DNA was detected by semi-nested PCR using primer sets generated from N-22 region and from 5' noncoding region (NCR) of the viral genome. PCR products derived from 8 patients with hepatitis and from 11 healthy children were sequenced and a phylogenetic tree was constructed. Results: TTV was found by PCR with N22 primer in 11.3% of healthy children, 28.5% of children with hepatitis B, 25% of children with hepatitis C, 24% of children with hepatitis of unknown etiology. TTV DNA was found by PCR with 5'NCR primer in 32.9% of healthy children, 71.4% of patients with chronic hepatitis B, in 50% of patients with hepatitis C and in 48% of patients with hepatitis of unknown etiology. TLMV DNA was found in 48.9% of healthy children, 21.4% of patients with hepatitis B, 16.6% of patients with hepatitis C, 40% of patients with hepatitis of unknown etiology. Among the sequenced isolates, 10(52%) belonged to genotype 1 (G1) and others belonged to genotype 2 (G2) or genotype 3 (G3). Among the G1 sequences, 7 were grouped as G1a. Conclusion: TTV infection was common in healthy children and in patients with hepatitis. But, the prevalence of TTV DNA by 5'NCR primer was relatively high in patients with hepatitis B and there may be some association between TTV and hepatitis B virus infection. G1 was the major genotype of the studied population.

• The Journal of Korean Institute of Electromagnetic Engineering and Science
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• v.17 no.2 s.105
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• pp.171-177
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• 2006

A low-cost, high-performance 40 Gb/s clock recovery module using a phase-locked loop(PLL) for a 40 Gb/s optical receiver with the clock-hold function has been designed and implemented. It consists of a clock extractor circuit, an RF mixer and a frequency discriminator for phase/frequency detection, a VC-DRO, a phase shifter, and a clock-hold circuit. The extracted 40 GHz clock is synchronized with a stable 10 GHz VC-DRO. The clock stability and jitter characteristics of the implemented PLL-based clock recovery module are significantly improved as compared with those of the conventional open-loop type clock recovery module with a DR filter. The measured peak-to-peak RMS jitter is about 230 fs. When an input signal is dropped, the 40 GHz clock is maintained continuously by the hold circuit.

• Journal of Plant Biotechnology
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• v.37 no.4
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• pp.394-399
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• 2010

During the last three years (2007 to 2009), 1,212 articles of SCI journals, 451 articles of non-SCI journals, and 348 items of registered patents were reported by the research scientists involved in the BioGreen 21 Project, Rural Development Administration and Crop Functional Genomics Center (CFGC), The 21st century Frontier Program, in Korea. Out of these, the percentages of articles or patents directly related to the development of GM plants were 6.0% (SCI), 10.2% (non-SCI) and 12.6% (patents) from BioGreen 21 Project while 15.7% (SCI), 21.1% (non-SCI) and 81.6% (patents) from CFGC, respectively. It was observed that rice and pepper were major host crops for genetic modification mainly to provide the resistance or tolerance activities against to biotic as well as abiotic stresses. Very low cases were reported for the field test of GM plants regarding to the commercialization (less than 15 articles). These observations indicates that more research grants needs to be invested for the risk assessment of GM plants under early developmental stage to commercialize in Korea.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• v.52 no.5
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• pp.497-505
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• 2002

Background : INF-${\gamma}$ plays an important role in the host response to a mycobacterial infection. A complete IFN-${\gamma}$ receptor 1 deficiency is a life threatening condition because it renders patients highly susceptible to a mycobacterial infection. Several mutations in the IFN-${\gamma}$ receptor and STAT1 gene have been identified in the rare mycobacterial infections. These mutations have partial function of the IFN-${\gamma}$ receptor and similar pathologic features to clinical tuberculosis. Materials and Methods : The function of the IFN-${\gamma}$ receptor was evaluated in the patients with clinical tuberculosis. In addition, the DNA coding sequence of the IFNgR1 and STAT1 gene was also analyzed in disseminated tuberculosis patients who might have a defective IFN-${\gamma}$ receptor. Results : The cell surface expression levels of HLA-DR and CD64 in the PMBC after being stimulation with IFN-${\gamma}$ (100IU/ml, 1000IU/ml) were increased in both controls and patients. However, the rate of increase in both groups was similar. The production of TNF-${\alpha}$ in the response to stimulation with LPS was higher in the both groups ($850.7{\pm}687.8$ vs. $836.7{\pm}564.3$ pg/ml). Pretreatment with IFN-${\gamma}$ prior to LPS stimulation resulted in further increase in TNF-${\alpha}$ production between both groups ($2203.5{\pm}242.5$ vs. $2227.5{\pm}560.4$ pg/ml). However, the rate of the increase in TNF-${\alpha}$ production in the both groups was similar. The known mutations in the IFNgR1 and STAT1 coding sequences were not found in the genomic DNA of patients with disseminated tuberculosis. Conclusion : The functional and genetic defects of the IFN-${\gamma}$ receptor were not identified in clinical tuberculosis. This suggests the defective IFN-${\gamma}$ receptor that predispoe patients to a BCG or NTM infection can not alone account for the cases of clinical tuberculosis.

• Proceedings of the Korea Society for Industrial Systems Conference
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• 2002.11a
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• pp.3-13
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• 2002

고석하 등(2002)은 인터넷 소매상이 상품 품목의 명목 가격과 배송료를 이용해서 고객의 일회 총 구매 비용을 조절한다는 것을 밝혔다. 고석하 등(2002)은 같은 내용의 상품 조합을 인터넷 시장에서 구매하기 위한 비용과 전통 시장에서 구매하기 위한 비용을 비교하였다. 분석 결과, 그 교호작용과 함께, 상품 종류와 일회 구매액/가격의 크기의 두 요소가 인터넷 시장의 전통 시장에 대한 총 구매비용 할인율의 변동의 약 60%내지 80%를 설명할 수 있다는 것을 보여주었다. 한편, 구매액/가격은 인터넷 시장에서의 해당 산포도(전통 시장의 그것에 대비한)에는 거의 영향을 미치지 못하며, 상품의 종류도 산포도에는 할인율에서와 같이 큰 영향을 미치지 않았다. 인터넷 시장의 가격이나 구매비용 산포도는 상품 특성이나 구매액 크기 이외의 다른 요인에 의해서 주로 영향을 받는 것으로 나타났다. 따라서, 본 논문에서는 가격 요인 이외의 경제적 경쟁요인에 관한 실증연구로서, 2002년 6월 17일부터 20일까지, 소프트웨어, PC와 주변기기, 휴대폰, 가전제품, CD, 화장품, 그리고 책의 7가지 산업 전문 쇼핑몰과 종합 쇼핑몰을 대상으로, 인터넷 시장에서 수행되고 있는 경제적인 비 가격 경쟁요인에 관한 실증 조사를 실시하였다. 조사 결과, 인터넷 시장에서 수행되고 있는 경제적인 비 가격 경쟁요인은 매우 다양하며, 상품별로도 다른 특성을 보이고 있는 것으로 밝혀졌다. 인터넷 소매상의 경제적인 비 가격 경쟁요인은 크게 배송료 면제와 배송료 외 인센티브 제도로 구분된다 본 논문에서는 경제적인 비 가격 경쟁요인의 모든 경우의 수를 고려할 수 있도록, 코드표를 작성하여 정리하고 분석하였다.전체 분석정보의 공유가 필수적으로 발생하게 됨으로, 유전체 정보와 임상정보의 통합은 미래 의료환경에 필수기능이 될 것이다. 3) 각 생명공학 연구소에서 사용하는 첨단 분석 장비와 생명공학 정보시스템의 자동 연계가 필요하다. 현재 국내에는 전국적인 초고속정보망이 가동되어 웹을 기반으로 하는 생명정보의 공유는 기술적으로 문제가 될 수 없으나 임상정보의 유전체연구에 그리고 유전체연구정보의 임상활용은 다양한 문제를 내포하고 있다. 이에 영상을 포함한 환자정보의 유전체연구센터와 병원정보시스템과의 효율적인 연계통합 운영을 위해 국내에서는 초기 도입단계에 있는 국제적인 보건의료정보의 표준인 Health Level 7 (textural information 공유), DICOM (image 및 wave 공유), 관련 ISO표준, WHO의 ICD9/10 (질병분류), LOINC (검사 및 관련용어), SNOMED International (의학용어) 등을 활용하여야 한다.matrix. The prediction system gives about 50% of sensitivity and 98% of specificity, Based on the PID matrix, we develop a system providing several interaction information-finding services in the Internet. The system, named PreDIN (Prediction-oriented Database of Interaction Network) provides interacting domain finding services and interacting protein

• Horticultural Science & Technology
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• v.31 no.1
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• pp.95-102
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• 2013

Binary trans-activation (pOp/LhG4) system is one of the regulatory systems of transgene expression. The target gene expression is achieved by crossing the reporter plants with an activator in this system. In this study, we used the features of this system in Chinese cabbage as a way to protect genetic resources and new varieties. To establish pOp/LhG4 system in Chinese cabbage, we designed an activator (35SLhG41300), and reporter constructs (pOpGUSBart) and co-transformed using Agrobacterium. The transgenic plants were selected by antibiotics and the functional activity of pOp/LhG4 system was confirmed by GUS expression. To induce the tissue-specific function, we constructed pOp/LhG4 system (795LhGBart) using female tissue specific promoter (ProAt1g26795) of Arabidopsis. Co-transformed transgenic plants clearly showed tissue specific expression in Arabidopsis. The results suggest the possibility of the system's application of $F_1$ generation can be restricted by expressing the target gene to protect a new variety and genetic resource in Chinese cabbages.

• The KIPS Transactions:PartD
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• v.16D no.5
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• pp.661-672
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• 2009

Recently it was found that various genetic structural variations such as CNV(copy number variation) exist in the human genome, and these variations are closely related with disease susceptibility, reaction to treatment, and genetic characteristics. In this paper we propose a new CNV detection algorithm using millions of short DNA sequences generated by giga-sequencing technology. Our method maps the DNA sequences onto the reference sequence, and obtains the occurrence frequency of each read in the reference sequence. And then it detects the statistically significant regions which are longer than 1Kbp as the candidate CNV regions by analyzing the distribution of the occurrence frequency. To select a proper read alignment method, several methods are employed in our algorithm, and the performances are compared. To verify the superiority of our approach, we performed extensive experiments. The result of simulation experiments (using a reference sequence, build 35 of NCBI) revealed that our approach successfully finds all the CNV regions that have various shapes and arbitrary length (small, intermediate, or large size).

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2023.04a
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• pp.9-9
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• 2023

한국 특산 식물인 미선나무 (Abeliophyllum distichum)는 IUCN Red List의 EN (위기종) 등급에 지정되 어 보호받아 왔다. 미선나무는 국내 자생지 6곳을 포함하는 13개의 서식지에서 생육되고 있다고 알려져 있다. 2017년 이후, 국내에서는 지속적인 보전과 관리하에 법정보호종에서 해제되어 멸종위기종 복원 성 공 사례의 귀감이 되었으나 국내를 제외하면 미선나무의 활용은 아직 어려운 현실이다. 미선나무는 1속 1종이지만 종 내에서 다양성이 존재한다. 꽃의 형태적 특징에 따른 다양한 분류가 이루어지며, 옥황1호을 포함한 분홍, 상아, 연녹색, 흰색 등으로 구분된다. 유전체 연구 및 성분 분석을 통해, 각 표현형마다 유전 정보와 유효 성분의 차이가 존재한다는 것이 알려졌다. 활용 가치를 높이려면, 유전적으로 안정되고 표준화가 가능한 원료가 필요하며, 이는 신품종을 이용하거나 새로운 개발이 필요하다는 것을 내포한다. 일반 식품으로의 활용은 어려우나 기능성 화장품의 원료 등으로 활용되고 있으며, 이러한 활용들은 미선나무의 높은 활용 가치를 투영한다. 활용 가치 평가를 위해 수행된 DNA 손상, 멜라닌 생합성, 항염증, 항산화, 항암 억제 등의 연구를 통해 다양한 약리학적 효능을 가진다는 결과들이 도출되었고, 많은 문헌들이 그 근거를 뒷받침한다. 또한, 유효 성분의 합성경로를 재정립하고 RNA 분석을 통해 그 양상을 예측하기 위한 연구가 진행 중에 있다. 미선나무에서 유래한 식물조직 배양체인 callus의 유도 및 배양이 진행되고 있으며, 옥황1호 유래 callus를 활용하여 다양한 연구를 수행하고 있다. 앞서 언급한 미선나무 연구 및 개발에 대한 한계를 파악하고, 천연 식물 자원으로의 미선나무에 대한 지속적인 관심과 지원을 통해 나고야의정서에 대응하는 전략적 접근이 필요하다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.28 no.2
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• pp.109-113
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• 1990

The mutagenesis-enhancing plasmid pKM101 and its mutant pSL4 were introduced into Escherichia coli B/r strains possessing different DNA repair capacities ($phr^{-}, recA^{-}, uvrA^{-}, uvrB^{-}$) and determined the protection effect and mutagenecity for UV and MNNG. The mutability and protection effect of plasmid pKM101 and pSL4 were affected by different DNA repair capacity. The mutagenecity and resistance of two plasmids were increased against UV and MNNG, and plasmid pSL4 had a higher effect than pKM101. We suggest that the functional differences between pKM101 and pSL4 is due to the variety of mutator gene.