• 제목/요약/키워드: x-ray crystallography

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Salmonella typhimurium의 Deoxy-Thymidine Diphosphate-D-Glucose-4, 6-Dehydratase의 결정화와 X-선 회절에 관한 연구 (Crystallization and Preliminary X-ray diffraction Studies of Salmonella typhimurium Deoxy-Thymidine Diphosphate-D-Glucose-4, 6-Dehydratase)

  • 최희욱;박교선
    • 한국결정학회지
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    • 제7권2호
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    • pp.120-125
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    • 1996
  • Salmonella typhimurium LT2에서 deoxy-thymidine diphosphate-D-gluxose-4,6-dehydratase의 유전자를 재조합한 Escherichia coli BL21 clone으로부터 dTDP-D-glucose dehydratase를 분리 정제한 후, 이 효소의 단결정을 상온에서 sitting drop 기체확산법으로 성장시켰다. 결정은 효소에 기질이 포함되어 있는 것과 포함되어 있지 않는 것 모두가 얻어지며, 이 때 침전제는 1.6-2.0 M Na, K 인산 완충용액(pH 8.0)을 사용하였다. 이 단결정은 최소 2.5Å의 분해능으로 회절하였으며, 공간군은 hexagonal한 P61이고, 격자의 크기는 a=b=168.54Å, c=81.08Å이었다. Asymmetric unit에는 이량체 한분자를 포함하고 있으며 단백질 질량당 결정의 부피는 VM=2.4Å3/Da, 용매의 함유율은 부피를 기준으로 64%였다.

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Molecular Dynamics Simulation Studies of Zeolite-A. Ⅰ. Structure and Dynamics of $Na^+$ Ions in Rigid Dehydrated Zeolite-A Framework

  • Moon Gyeong Keun;Choi Sang Gu;Kim Han Soo;Lee Song Hi
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제13권3호
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    • pp.317-324
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    • 1992
  • Structure and dynamics of $Na^+$ ions are investigated by molecular dynamics simulations of rigid dehydrated zeolite-A at several temperatures using a simple Lennard-Jones potential plus Coulomb potential. A best-fitted set of electrostatic charges is chosen from the results of simulation at 298.15 K and Ewald summation technique is used for the long-ranged character of Coulomb interaction. The calculated x, y, and z coordinates of $Na^+$ ions are in good agreement with the positions determined by X-ray crystallography within statistical errors, their random movings in different types of closed cages are well described by time-correlation functions, and $Na_Ⅰ$ type ions are found to be less diffusive than $Na_Ⅱ$ and $Na_{III}$. At 600.0 K, the unstable $Na_{III}$ type ion pushes down one of nearest $Na_{I}$ ions into the $\beta-cage$ and sits on the stable site Ⅰ, and the captured ion in the $\beta-cage$ wanders over and attacks one of 8 $Na_{I}$ type ions.

포항방사광가속기의 다극 위글러용 고 열량부하 슬릿 (High Heat-load Slits for the PLS Multi-pole Wiggler)

  • 길계환;김창균;정진화
    • 한국진공학회지
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    • 제16권1호
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    • pp.46-51
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    • 2007
  • 포항가속기연구소의 HFMX(High Flux Macromolecular X-ray crystallography) 빔라인은 다극 위글러의 방사광을 이용한다. 따라서 고 열량부하에 적합한 두 개의 수평 및 수직 슬릿이 빔라인의 프론트엔드 영역에 설치되었다. 빔 산란을 피하면서 고 열량부하를 처리하기 위하여, 빔을 차단하는 수평 슬릿의 두 글리드콥 블록은 수직면 상에서 기울어진, $10^{\circ}$의 스침각 경사면 구조를 이루고 있다. 글리드콥 블록들은 두 개의 구동막대에 의해서 궤도대를 따라 각각 병진함으로써 슬릿의 간격을 조정한다. 구동막대 내부에 가공된 유로를 통하여 흐르는 냉각수가 두 블록의 열량부하를 냉각시킨다. 수직 슬릿은 진공용기에 대한 설치 방향과 스침각 경사면 구조의 경사각만 다를 뿐 수평 슬릿과 동일한 구조를 가지고 있다. 블록들이 궤도대 상에서 정밀하게 조정되므로 두 블록 간의 정렬이 필요치 않은 장점이 있으며 설치된 슬릿들은 안정적인 작동 성능을 보이고 있다. 또한, 두 슬릿의 냉각 성능도 만족할 만한 것으로 나타났다. 본 논문에서는 두 슬릿의 설계에 대한 상세한 설명이 제시되고 그 작동 성능을 검토한다.

Hot Wall Epitaxy(HWE) 방법에 의한 $CuInTe_2$ 단결정 박막 성장과 특성에 관한 연구 (Growth and Characterization of $CuInTe_2$ Single Crystal thin Films by Hot Wall Epitaxy)

  • 홍광준;이관교;이상열;유상하;정준우;정경아;백형원;방진주;신영진
    • 한국결정학회지
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    • 제11권4호
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    • pp.212-223
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    • 2000
  • A stochiometric mix of CuInTe₂ polycrystal was prepared in a honizonatal furnace. To obtain the single crystal thin films, CuInTe₂ mixed crystal was deposited on throughly etched GaAs(100) by the HWE system. The source and substrate temperatures were 610℃ and 450℃ respectively, and the thickness of the deposited single crystal thin film was 2.4㎛. CuInTe₂ single crystal thin film was proved to be the optimal growth condition when the excition emission spectrum was the strongest at 1085.3 nm(1.1424 eV) of photoluminescence spectrum at 10 K, and also FWHM of Double Crystal X-ray Rocking Curve (DCRC) was the smallest, 129 arcsec. The Hall effect on this sample was measured by the method of Van der Pauw, and the carrier density and mobility dependent on temperature were 9.57x10/sup 22/ electron/㎥, 1.31x10/sup -2/㎡/V·s at 293 K, respectively. The ΔCr(Crystal field splitting) and the ΔSo (spin orbit coupling splitting( measured at f10K from the photocurrent peaks in the short wavelength of the CuInTe₂ single crystal thin film were about 0.1200 eV, 0.2833 eV respectively. From the PL spectra of CuInTe₂ single crystal thin film at 10 K, the free exciton (E/sub x/) was determined to be 1064.5 nm(1.1647 eV) and the donor-bound exciton(D/sup 0/, X) and acceptor-bound exciton (A/sup 0/, X) were determined to be 1085.3 nm(1.1424 eV) and 1096.8 nm(1.1304 eV0 respectively. And also, the donor-acciptor pair (DAP)P/sub 0/, DAP-replica P₁, DAP-replica P₂ and self-activated (SA) were determined to be 1131 nm (1.0962 eV), 1164 nm(1.0651 eV), 1191.1 nm(1.0340 eV) and 1618.1 nm (0.7662 eV), respectively.

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열방성 액정폴리에스터Poly(1-phenylethyl.p-phenyleneterephthalate)의 X-선 결정구조해석 (X-ray Analys is of the Thermotropic Liquid Crystalline Copolyester Poly(1 -phenylethylpphenylene-tere phthalate))

  • 홍성권
    • 한국결정학회지
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    • 제2권2호
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    • pp.13-21
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    • 1991
  • 50% terephthaloyl chloride(TPA)와 50%(1-phenylethyl) hydroquinone(PEHQ)으로부터 합성된 열 액정폴리에스터 poly(1-phenylethyl-p-phenylene-terephthalate)의 chalk conformation 및 packing 상태를 X-선 회절법을 이용하여 해석하였다. 단위세포상수는 a=12.77 A, b=10.17 A(unlque axis), c=12.58 A (fiber axis), β=90.1°, 그리고 공간군은 P2l 이고 단사정계이며 Z:4 이었다. 미세구조는 주쇄상의 Phenyl-COO 그리고 COO-Phenyl 평면간의 그리고 주축과 측쇄간의 torsion angle 들을 중심으로 37개의 회절반점에 대해 Linked Atom Least Square(LALS) 방법을 이용하여 해석하였으며, 1-phenylethyl 치환체는 ortho-와 met a위치에 각각 확률적으로 0.5의 가중치를 부여함에 의해 구조적으로 모델링 되었다. 주쇄상의 Phenyl-COO그리고 Phenyl-COO평면간의 torsion angle은 각각 -6.1°와 65.6°로 주어졌으며 결국 주축상의 Phenol 평면들은 서로 59.5°로 엇갈려 주축을 형성하고 있음을 알 수 있었다. (단 ester, COO-, 기는 평면으로 가정되었다.)

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TSSG법에 의한 $BaTiO_3$ 단결정 육성 (Growth of $BaTiO_3$ Single Crystals by TSSG Technique)

  • 박봉모;정수진
    • 한국결정학회지
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    • 제3권2호
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    • pp.120-128
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    • 1992
  • BaTiO3 단결정을 용액의 서냉속도를 달리하면서 TSSG법으로 육성하였으며, 성장된 단결정의 결정외형, 결정 결함, 분역구조 등을 관찰하였다. 0.5℃/hr이 하의 속도로 서 냉함으로써 비교적 등차원적인 큰 단 결정을 육성할 수 있었으며, 성장된 BaTiO3 단결정 은 |111|면이 가장 잘 발달된 외형을 나타내었다. 용 액 냉각속도가 너무 빠르거나 용액내의 수직 온도구 배가 너무 크면 용액이 불안정해지므로, 침상의 Ba6 TiL7040 결정상이 석출된다. 성장된 결정내에 평행 한 쐐기모양의 lamella 분역 집단이 이와 수직하게 진행하는 lamella 분역 집단과 불규칙한 경계를 이루 고 있으며, 이들은 x-ray topography에서 현저한 회 절 명암 차이를 나타낸다. 단결정을 127℃ 이상으로 가열하면 입 방정으로 상전이 된다. 상전이 전단이 이 동할 때 정방정 영역에서는 연속적 분역 재배열이 이루어 지고 입방정 영역에서는 규칙적인 음력변형이 나타나며, BaTiO의 PTF정벽면은 |110|에 대해 약 9°기울어진 면으로 이루어진다.

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$CoL_2(MeOH)(NO_3)_2$의 구조 [L=N1-(1-(pyridin-4-yl)ethylidene)naphthalene-1,5-diamine)] (Structure of [$CoL_2(MeOH)(NO_3)_2$] [L = N1-(1-(pyridin-4-yl)ethylidene)naphthalene-1,5-diamine)])

  • 김성훈;허현수;이순원
    • 한국결정학회지
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    • 제18권1_2호
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    • pp.21-25
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    • 2007
  • Dipyridyl 리간드 L'(N,N'-bis-(1-pyridin-4-yl-ethylidene)-naphthalene-1,5-diamine)을 함유한 $CH_2Cl_2$ 용액을 $Co(NO_3)_2{\cdot}6H_2O$을 함유한 MeOH 용액 위에 깔았을 때, 배위 고분자가 아닌, 분자성 코발트 화합물 [$CoL_2(MeOH)(NO_3)_2$] (1)이 형성되었다. 화합물 1의 X-ray 구조 분석 결과, 이 화합물은 pyridyl-amine 리간드 L(N1-(4-Imino-1-methyl-but-2-enylidene)-naphthalene-1,5-diamine)을 함유하고 있었다. 반응 중에 리간드 L'이 리간드 L로 가수분해되었다는 것을 화합물 1의 구조가 강하게 암시하고 있다.

Structure of Chloro bis(1,10-phenanthroline)Cobalt(II) Complex, [Co(phen)2(Cl)(H2O)]Cl·2H2O

  • Pu Su Zhao;Lu De Lu;Fang Fang Jian
    • 대한화학회지
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    • 제47권4호
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    • pp.334-338
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    • 2003
  • $[Co(phen)_2(Cl)(H_2O)] Clㆍ2H_2O$(phen=1,10-phenanthroline)의 결정구조는 X-ray에 의하여 결정되었다. 그 결정은 a=9.662(2), b=11.445(1), c=13.037(2)${\AA}$ ${\alpha}$=64.02(1), ${\beta}$=86.364(9), ${\gamma}=78.58(2)^°$ 그리고 Z=2의 격자인자를 갖는 triclinic계와 space group이 P1의 구조로 결정화 되었다. 배위된 양이온은 두개의 Phen 리간드, 하나의 chloride이온과 하나의 $H_2O$ 리간드가 cis 배열로 킬레이크된 6배위 코발트 원자가 포함된다. 코발트에 배위된 chloride에 더해서, 결정구조를 이루는 하나의 chloride이온과 네개의 물분자가 있다. 고체상태에서, 제목의 화합물은 수소결합을 통하여 3차원 그물구조를 갖는다.

X-ray Scattering Studies on the Structure of Porcine Pepsin in Various pH Solutions

  • Jin, Kyeong-Sik;Jin, Sang-Woo;Yoon, Jin-Hwan;Heo, Kyu-Young;Kim, Jae-Han;Kim, Hee-Soo;Ree, Moon-Hor
    • 한국고분자학회:학술대회논문집
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    • 한국고분자학회 2006년도 IUPAC International Symposium on Advanced Polymers for Emerging Technologies
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    • pp.348-348
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    • 2006
  • In the present study, porcine pepsin in various pH conditions was investigated by small-angle X-ray scattering (SAXS) in order to detailed information on the structure and its variations with pH conditions. These analyses identified the structure of pepsin, and compared with that obtained by single crystallography. Moreover, this study found the structure' variations with changing pH conditions. All the results will be discussed with considering the conformational characteristics of pepsin in solution and further correlate to the biological and spectroscopic characteristics reported previously.

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Photophysical Properties of Highly Efficient Blue-Green Emitting Cationic Iridium (III) Complexes Containing Two 2-Phenylbenzothiazole Ligands and One Diphosphine Ligand

  • Yun, Seong-Jae;Song, Young-Kwang;Kim, Minji;Shin, Jaemin;Jin, Sung-Ho;Kang, Sung Kwon;Kim, Young-Inn
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제35권11호
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    • pp.3199-3204
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    • 2014
  • Two novel phosphorescent heteroleptic cationic Ir(III) complexes, Ir(bt)2(dmpe) (Ir1) and Ir (bt)2(dppe) (Ir2), where bt is 2-phenylbenzothiazole, dmpe is 1,2-bis(dimethylphosphino)ethane, and dppe is 1,2-bis(diphenyl-phosphino) ethane, were designed and synthesized. Their photophysical and electrochemical properties and the X-ray structure of the Ir1 complex were investigated. The prepared Ir(III) complexes exhibited blue-green emissions at 503-538 nm with vibronic fine structures in dichloromethane solution and PMMA film, implying that the lowest excited states are dominated by ligand-based $^3{\pi}-{\pi}^*$ transitions. The ${\pi}$-acceptor ability of the diphosphine ancillary ligand leads to blue-shift emission. The room temperature photoluminescent quantum yields (PLQYs) of Ir1 and Ir2 were 52% and 45%, respectively, in dichloromethane solution. These high PLQYs resulted from steric hindrances by the bulky cationic iridium complexes. The crystal structure of Ir1 was determined by X-ray crystallography, which revealed that central iridium adopted a distorted octahedral structure coordinated with two bt ligands (N^C) and one dmpe ligand (P^P) showing cis C-C and trans N-N dispositions. The bent nature of the dmpe ligand resulted in a relatively wide bite angle of $83.83^{\circ}$ of P-Ir-P.