• 한국미생물·생명공학회지
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• 제47권1호
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• pp.25-33
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• 2019

Lactobacillus rhamnosus BFE5264, isolated from a Maasai fermented milk product ("kule naoto"), was previously shown to exhibit bile acid resistance, cholesterol assimilation, and adhesion to HT29-MTX cells in vitro. In this study, we re-annotated and analyzed the previously reported complete genome sequence of strain BFE5264. The genome consists of a circular chromosome of 3,086,152 bp and a putative plasmid, which is the largest one identified among L. rhamnosus strains. Among the 2,883 predicted protein-coding genes, those with carbohydrate-related functions were the most abundant. Genome analysis of strain BFE5264 revealed two consecutive CRISPR regions and no known virulence factors or antimicrobial resistance genes. In addition, previously known highly variable regions in the genomes of L. rhamnosus strains were also evident in strain BFE5264. Pairwise comparison with the most studied probiotic strain L. rhamnosus GG revealed strain BFE5264-specific deletions, probably due to insertion sequence-mediated recombination. The latter was associated with loss of the spaCBA pilin gene cluster and exopolysaccharide biosynthetic genes. Comparative genomic analysis of the sequences from all available L. rhamnosus strains revealed that they were clustered into two groups, being within the same species boundary based on the average nucleotide identities. Strain BFE5264 had a sister group relationship with the group that contained strain GG, but neither ANI-based hierarchical clustering nor core-gene-based phylogenetic tree construction showed a clear distinctive pattern associated with the isolation source, implying that the genotype alone cannot account for their ecological niches. These results provide insights into the probiotic mechanisms of strain BFE5264 at the genomic level.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제54권1호
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• pp.21-29
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• 2016

The sodium hydrogen exchanger 1 (NHE1), which functions in maintaining the ratio of $Na^+$ and $H^+$ ions, is widely distributed in cell plasma membranes. It plays a prominent role in pH balancing, cell proliferation, differentiation, adhesion, and migration. However, its exact subcellular location and biological functions in Toxoplasma gondii are largely unclear. In this study, we cloned the C-terminal sequence of T. gondii NHE1 (TgNHE1) incorporating the C-terminal peptide of NHE1 (C-NHE1) into the pGEX4T-1 expression plasmid. The peptide sequence was predicted to have good antigenicity based on the information obtained from an immune epitope database. After induction of heterologous gene expression with isopropyl-b-D-thiogalactoside, the recombinant C-NHE1 protein successfully expressed in a soluble form was purified by glutathione sepharose beads as an immunogen for production of a rabbit polyclonal antiserum. The specificity of this antiserum was confirmed by western blotting and immunofluorescence. The antiserum could reduce T. gondii invasion into host cells, indicated by the decreased TgNHE1 expression in T. gondii parasites that were pre-incubated with antiserum in the process of cell entry. Furthermore, the antiserum reduced the virulence of T. gondii parasites to host cells in vitro, possibly by blocking the release of $Ca^{2+}$. In this regard, this antiserum has potential to be a valuable tool for further studies of TgNHE1.

• 생명과학회지
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• 제25권11호
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• pp.1197-1203
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• 2015

살모넬라 타이피무리움 JOL389와 χ3339는 마우스에 강한 독력을 가진 균주들이며, χ8554는 χ3339로부터 유도되었다. 고스트 카세트를 운반하는 플라스미드 pMMP184가 제조된 후에, BALB/c 마우스의 구강 경로를 경유하여 투여되었다. 총 IgG의 함량 변화는 χ8554 고스트 세포의 부스팅으로 발현 함량이 낮게 나타났지만, 3차 접종의 2주 경과 후, 6주차에서 증가되는 양상을 보였다. 그러나, 혼합 백신 그룹인 JOL389/χ8554 그룹에서는 총 IgG의 함량이 일차 접종 후 2주차부터 상승되는 경향을 보였고, 추가접종이 진행되므로써 많은 상승 폭을 나타내었다. 총 IgG의 함량은 백신 접종 후 10주차에서 χ8554그룹에 비교하여 JOL389/χ8554은 8배 이상 높은 것으로 관찰되었다. IgG1, IgG2a, 분비IgA의 함량은 백신화 후 4주차에서 상승되었다. 독력 살모넬라 타이피무리움 χ3339로 도전실험결과, χ8554 [pMMP184]과 χ8554 [pMMP184]/JOL389은 대조구에 비교하여 50% 이상의 보호효과가 관찰되었다. 이들 결과는 χ8554 [pMMP184]/JOL389은 χ8554 [pMMP184]보다 더 높은 면역 응답을 유도하는 것이 가능한 것으로 추정된다.

• 미생물학회지
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• 제42권3호
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• pp.195-198
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• 2006

Anthrax lethal toxin은 탄저병의 치사원인이 되는 독소이며, Lethal toxin은 두 종류의 단백질 PA (Protective antigen)과 LF (lethal factor)로 구성되어 진다. PA는 세포표면의 수용체와 결합하여 LF를 세포질 안으로 이동시켜 주는 역할을 한다. LF는 금속 이온$(Zn^{2+})$ 의존적 단백질 가수분해 효소로써 MKKs[MAPK (mitogen-activated protein kinase) kinases] 집단 단백질의 아미노 말단 부분을 절단하여 대상 세포를 죽음으로 유도하는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 LF에 대한 특성 분석 및 억제제 개발에 과한 연구를 위해 cell-based high-throughtput screens 개발에 선행되어야 하는 기초 자료를 마련하는데 그 목적이 있다. 이를 위하여 LF의 절단 대상이 되는 기질이 MEK1을 yeast내에서 동시 발현시켜 LF의 활성을 검증하였다. 먼저 효모(Saccharomyces cerevisiae)를 숙주로 하여 LF의 기질인 MEK1 발현 vector를 구축하였고, 구축된 발현 system을 기본을 LF 활성을 검증하고자 yeast에 형질전환하여 plasmid의 안전성 및 MEK1 유전자의 발현 및 LF에 의한 MEK1 아미노말단의 절단 부위를 확인하였다. 본 연구는 세포내 검증 system 도입의 기초적 자료를 제공하였으며, yeast내의 MEK1 발현은 탄저병의 저해제 선별 및 활성 측정 검증을 생체에서 고효율적이며, 안정적으로 할 수 있다는 가능성을 나타냈다.

• 한국산림과학회지
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• 제87권2호
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• pp.164-172
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• 1998

Promoter가 없는 외래유전자를 이용하여 형질전환(形質轉換)시키고자 할 때의 최적조건(最適條件) 및 효율적인 형질전환체(形質轉換體)의 검정방법을 구명(究明)하고자 산림청(山林廳) 임목육종연구소(林木育種硏究所)에 식재된 잡종 포플러 양황철 62-9클론을 사용하여 재분화를 유도하고, 기내(器內) 형질전환실험(形質轉換實驗)을 실시하였다. 기내(器內)에서 식물체 재분화 유도를 위해서는 배지조성과 호르몬 농도의 조합이 가장 영향을 많이 끼치는 요인이었다. 여러 조합으로 엽조직 ($5{\times}5mm$ leaf strip)을 시료로 하여 MS 기본배지에 0, 0.01, 0.1, 0.5, $0.1mg/{\ell}$ NAA, 0.2, 0.5, 1.0, $2.0mg/{\ell}$ BAP를 혼합 처리하여 배양한 결과, $0.1mg/{\ell}$ NAA, $0.5mg/{\ell}$ BAP를 첨가한 호르몬 조합에서 즐기 분화율 및 explant당 분화된 부정줄기수가 상대적인 비율 94%(11.4개)로서 가장 높았다. 따라서 형질전환(形質轉換)된 엽조직(葉組織)을 재분화 시킬 때 이 조건을 줄기분화유도 배지 (SIM ; shoot-inducing medium)로 사용하였다. 선발유전자에 의한 항생제(抗生濟)의 선발농도(選拔濃度)를 알기 위해 pBI121로 형질전환(形質轉換)실험을 한 결과, cocultivation한 후 $100mg/{\ell}$ Km(kanamycin) 또는 $60mg/{\ell}$ G418(geneticin)이 첨가된 SIM 3 배지에서 2주가 경과하면서 육안으로 형질전환(形質轉換)된 부정아를 관찰할 수 있었고 이 부정아를 SIM 3로 옮긴지 6주 후에는 0.5-1cm 크기의 부정줄기로 자랐다. 그러나 대조(對照) 엽조직(葉組織)은 부정아형성이 거의 되지 않아, 선발유전자의 항생제(抗生濟) 선발농도(選拔濃度)는 이 조건이 최적임을 알 수 있었다. 또한 형질전환체(形質轉換體)의 재분화율을 높이기 위해 5-azacytidine을 처리한 결과, 항생제(抗生濟) 선발배지하에서 재분회율을 5.7%에서 26.7%까지 높일 수 있었다. Fluorometric 및 histochemical assay 방법으로 GUS 유전자의 활성(活生)을 검정한 결과 vector system간에 형질전환율(形質轉換率)이 서로 다름을 확인할 수 있었다. LBA4404/pBI121을 vector로 사용한 양황철의 기내(器內) 형질전환(形質轉換) 실험에서는 낮은 形짧훌훌換率(5.7%)을 보였다. 그러나 보다 응양성(應梁性)이 높은 super virulence 유전자를 포함하는 pEHA101을 helper plasmid로 하여 실험한 결과 형질전환율(形質轉換率)이 35.9%로 pAL4404보다 훨씬 효과적인 것으로 나타났다. 따라서 promoter가 없는 외래유전자를 이용하여 promoter tagging을 하고자 할 때 형질전환(形質轉換)실험에는 helper plasmid로써 pEHA101을 이용하는 것이 적합한 것으로 판명되었다.