• BMB Reports
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• 제44권4호
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• pp.267-272
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• 2011

ZAS3 is a large zinc finger transcription repressor that binds the ${\kappa}B$-motif via two signature domains of ZASN and ZASC. A loss-of-function study showed that lack of ZAS3 protein induced accelerated cell proliferation and tumorigenesis. Conversely, gain-of-function studies showed that ZAS3 repressed $NF{\kappa}B$-activated transcription by competing with $NF{\kappa}B$ for the ${\kappa}B$-motif. Based on these observations, we hypothesize that ZAS3 promotes apoptosis by interrupting anti-apoptotic activity of $NF{\kappa}B$. Here, we present evidence that upon $TNF{\alpha}$ stimulation, ZAS3 inhibits $NF{\kappa}B$-mediated cell survival and promotes caspase-mediated apoptosis. The inhibitory effect of ZAS3 on $NF{\kappa}B$ activity is mediated by neither direct association with $NF{\kappa}B$ nor disrupting nuclear localization of $NF{\kappa}B$. Instead, ZAS3 repressed the expression of two key anti-apoptotic genes of $NF{\kappa}B$, TRAF1 and TRAF2, thereby sensitizing cells to $TNF{\alpha}$-induced cell death. Taken together, our data suggest that ZAS3 is a tumor suppressor gene and therefore serves as a novel therapeutic target for developing anti-cancer drugs.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제17권6호
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• pp.2741-2744
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• 2016

The CKLF-like MARVEL transmembrane domain-containing family (CMTM) is a novel family of genes first reported at international level by Peking University Human Disease Gene Research Center. The gene products act between chemokines and the transmembrane-4 superfamily. Located in several human chromosomes, the CMTMs CKLF and CMTM1 to CMTM8 may be unregulated in tumors and act as potential tumor suppressor genes with important roles in the immune, male reproductive and hematopoietic systems. In-depth studies in recent years established a close relation between CMTMs and tumorigenesis and metastasis. The CMTM family has a significant clinical value in diagnosis and treatment of diseases linked to tumors and the immune system.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제73권1호
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• pp.11-21
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• 2012

Background: While qualitative analysis of methylation has been reviewed, the quantitative analysis of methylation has rarely been studied. We evaluated the methylation status of CDKN2A, $RAR{\beta}$, and RASSF1A promoter regions in non-small cell lung carcinomas (NSCLCs) by using pyrosequencing. Then, we evaluated the association between methylation at the promoter regions of these tumor suppressor genes and the clinicopathological parameters of the NSCLCs. Methods: We collected tumor tissues from a total of 53 patients with NSCLCs and analyzed the methylation level of the CDKN2A, $RAR{\beta}$, and RASSF1A promoter regions by using pyrosequencing. In addition, we investigated the correlation between the hypermethylation of CDKN2A and the loss of $p16^{INK4A}$ immunoexpression. Results: Hypermethylation of CDKN2A, $RAR{\beta}$, and RASSF1A promoter regions were 16 (30.2%), 22 (41.5%), and 21 tumors (39.6%), respectively. The incidence of hypermethylation at the CDKN2A promoter in the tumors was higher in undifferentiated large cell carcinomas than in other subtypes (p=0.002). Hyperrmethylation of CDKN2A was significantly associated with $p16^{INK4A}$ immunoexpression loss (p=0.045). With regard to the clinicopathological characteristics of NSCLC, certain histopathological subtypes were found to be strongly associated with the loss of $p16^{INK4A}$ immunoexpression (p=0.016). Squamous cell carcinoma and undifferentiated large cell carcinoma showed $p16^{INK4A}$ immunoexpression loss more frequently. The Kaplan-Meier survival curves analysis showed that methylation level and patient survival were barely related to one another. Conclusion: We quantitatively analyzed the promoter methylation status by using pyrosequencing. We showed a significant correlation between CDKN2A hypermethylation and $p16^{INK4A}$ immunoexpression loss.

• Journal of Ginseng Research
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• 제45권6호
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• pp.754-762
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• 2021

Background: Ginsenoside Rh2, a major saponin derivative in ginseng extract, is recognized for its anti-cancer activities. Compared to coding genes, studies on long noncoding RNAs (lncRNAs) and microRNAs (miRNAs) that are regulated by Rh2 in cancer cells, especially on competitive endogenous RNA (ceRNA) are sparse. Methods: LncRNAs whose promoter DNA methylation level was significantly altered by Rh2 were screened from methylation array data. The effect of STXBP5-AS1, miR-4425, and RNF217 on the proliferation and apoptosis of MCF-7 breast cancer cells was monitored in the presence of Rh2 after deregulating the corresponding gene. The ceRNA relationship between STXBP5-AS1 and miR-4425 was examined by measuring the luciferase activity of a recombinant luciferase/STXBP5-AS1 plasmid construct in the presence of mimic miR-4425. Results: Inhibition of STXBP5-AS1 decreased apoptosis but stimulated growth of the MCF-7 cells, suggesting tumor-suppressive activity of the lncRNA. MiR-4425 was identified to have a binding site on STXBP5-AS1 and proven to be downregulated by STXBP5-AS1 as well as by Rh2. In contrast to STXBP5-AS1, miR-4425 showed pro-proliferation activity by inducing a decrease in apoptosis but increased growth of the MCF-7 cells. MiR-4425 decreased luciferase activity from the luciferase/STXBP5-AS1 construct by 26%. Screening the target genes of miR-4425 and Rh2 revealed that Rh2, STXBP5-AS1, and miR-4425 consistently regulated tumor suppressor RNF217 at both the RNA and protein level. Conclusion: LncRNA STXBP5-AS1 is upregulated by Rh2 via promoter hypomethylation and acts as a ceRNA, sponging the oncogenic miR-4425. Therefore, Rh2 controls the STXBP5-AS1/miR-4425/RNF217 axis to suppress breast cancer cell growth.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권4호
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• pp.1477-1482
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• 2012

Squamous cell carcinoma and adenocarcinoma are the major histological types of non-small cell lung cancer. Because they differ on the basis of histopathological and clinical characteristics and their relationship with smoking, their etiologies may be different; for example, different tumor suppressor genes may be related to the genesis of each type. We used microarray data to construct three regulatory networks to identify potential genes related to lung adenocarcinoma and squamous cell carcinoma and investigated the similarity and specificity of them. In the network, some of the observed transcription factors and target genes had been previously proven to be related to lung adenocarcinoma and squamous cell carcinoma. We also found some new transcription factors and target genes related to SCC. The results demonstrated that regulatory network analysis is useful in connection analysis between lung adenocarcinoma and squamous cell carcinoma.

• Journal of Nutrition and Health
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• 제35권10호
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• pp.1053-1059
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• 2002

In post-genome period, the technique for identifying gene expression has been changed to high throughput screening. In the field of molecular nutrition, the need for this technique to clarify molecular function of the specific nutrient is essential. In this study, we have tested the zinc-regulated gene expression in zinc-deficient U937 cells, using cDNA microarray which is the cutting-edge technique to screen large numbers of gene expression simultaneously. The study result can be used for the preliminary gene screening data for clarifying, using monocyte U937 cell line, molecular Zn aspect in atherosclerosis. U937 cells were cultured in Zn-adequate (control, 12 $\mu$M Zn) or Zn-deficient (experimental, 0 $\mu$M Zn) ESMI media during 2 days, respectively. Cells were harvested and RNA was extracted. Total RNA was reverse-transcriptinized and synthesized cDNA probe labeled with Cy-3. fluorescent labeled cDNA probe was applied to microarray slide for hybridization slide, and after then, the slide was scanned using fluorescence scanner. ‘Highly expressed genes’ in Zn-deficient U937 cells, comparing to Zn-adequate group, are mainly about the genes for motility protein, immune system protein, oncogene and tumor suppressor and ‘Less highly expressed genes’ are about the genes for transcription, apoptosis associated protein, cell cycle, and several basic transcription factors. The results of this preliminary study imply the effectiveness of cDNA microarray for expression profiling of a singly nutrient deficiency, specially Zn. Furthur study, using tailored-cDNA array and capillary endothelial cell lines, would be beneficial to clarify molecular Zn function, more in detail.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제51권2호
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• pp.108-121
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• 2001

배 경 : p16 종양 억제 유전자 promoter의 aberrant methylation에 의한 불활성화가 비소세포 폐암이 발병하는 초기단계에 영향을 미치는 것으로 추측되며, DAP kinase 유전자 promoter의 hypermethylation은 유전자의 발현을 억제하여 폐암의 전이에 중요한 역할을 한다고 알려져 있다. 방 법 : 본 연구는 비소세포 폐암으로 근치적 절제술을 받은 환자 중에서 총 35 예를 대상으로 MSP률 이용하여 p16 유전자와 DAP kinase의 비정상적인 methylation의 양상을 조사하여, 폐암에서 두 유전자의 메틸화 빈도, 진단적 응용의 가능성 빛 임상적 유용성을 알고자 하였다. 결 과 : 전체 대상 35예중 p16 유전자의 aberrant methylation은 33예중 13예(39.4%)에서, DAP kinase 유전자 hypermethylation은 35예중 21예(60%)에서 확인할 수 있었다. 55 세 이상에서 p16의 aberrant methylation은 유의하게 증가되어 있었으며, DAP kinase는 병기의 진행도에 따라 발현 빈도가 증가하였으나, 통계학적 의미는 없었다. 또한 p16 유전자와 DAP kinase 유전자간의 메틸화 양상에서도 연관성은 관찰할 수 없었다. 결 론 : p16과 DAP kinase 유전자중 하나라도 비정상적인 메틸화가 발견된 경우는 전체 대상의 74.3% 로 비교적 높은 빈도로 관찰되어 폐암의 조기 진단을 위한 분자 생물학적 방법으로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제30권12호
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• pp.1070-1077
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• 2020

암세포에 항암제를 처리하게 되면, 세포증식, 이동성 또는 약물 내성과 관련된 많은 유전자들의 발현 변화가 발생하며, 유전자 발현 변화는 상호간의 조절 네트워크에 의해 밀접하게 연결될 수도 있다고 추측된다. 본 연구에서 p53 유전자 유무가 다른 A549와 H1299 인간 폐암세포에 독소루비신을 처리하면, 원종양유전자인 FosB의 발현은 증가하지만, 원종양유전자인 SETDB1의 발현은 감소하지만, 단백질 발현의 양적인 차이가 발생한다는 사실을 알 수 있었다. TF motif binding 분석 프로그램을 이용하여 SETDB1과 FosB 프로모터지역에서의 p53단백질의 결합가능성을 분석한 결과, SETDB1의 경우 18부위, FosB의 경우 21 부위의 p53 결합부위를 예측할 수 있었다. SETDB1과 FosB 프로모터의 subcloning하여 luciferase 분석을 수행한 결과, p53은 SETDB1과 FosB을 음성적으로 조절한다는 사실을 알 수 있었다. 또한, H1299 세포에 p53의 과발현은 SETDB1 과 FosB의 발현을 감소시킬 수 있음을 RT-PCR, western blot, qPCR, 면역염색 실험을 통해 확인하였다. 이러한 결과를 종합하여 본다면, p53에 의한 SETDB1과 FosB 유전자 발현 조절은 항암제 처리과정에서 나타나는 암세포의 사멸과 생존에 대한 기능적 조절 네트워크로 사료된다.

• Journal of Chest Surgery
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• 제31권12호
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• pp.1134-1146
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• 1998

배경:종양억제 유전자인 p53은 폐암을 비롯하여 인체에 발생될 수 있는 다양한 종양들에 있어서 가장 빈번히 변이를 일으키는 유전자로 알려져 왔으며, 정상적인 p53은 세포분화 과정 중 G1 arrest 또는 세포자멸을 통하여 세포 성장을 억제한다는 증거들이 발견되고있다. 더불어 유전자 치료에 p53을 사용할 수 있는지에 대해서도 많은 연구가 진행 중이다 대상 및 방법: 이런 p53 단백질의 기능을 이해하기 위한 한 가지 방법으로 정상세포나 종양세포 안에 과량의 p53을 발현시킬 수 있는 p53 표현 중개물(expression vectors)을 이용할 수 있다. 우리는 각기 다른 p53 성질을 지니고 있는 네가지 비소세포폐암 세포를 대상으로 정상적인 p53을 지닌 adenovirus를 이용하여 비소세포폐암에 Adenovirus-p53을 이입시킬 경우 p53 단백질이 증가하는지의 여부와 Adenovirus-p53이 종양세포의 성장에 미치는 영향을 관찰하였으며, p53에 의한 세포 독성에 있어서 세포자멸과의 관련성 여부 및 실험관 안에서 Adenovirus-p53이 비소세포폐암의 종양형성 능력에 미치는 영향을 관찰하였다. 결과: 이번 실험 결과는 다음과 같이 요약될 수 있다. 변이성 p53을 갖고 있거나 p53 유전자가 없는 비소세포폐암 세포는 정상적인 p53을 가지고 있는 종양세포에 비하여 Adenovirus-p53에 의한 세포성장 억제정도가 높았으며, p53을 과발현시킬 경우 세포자멸을 관찰할 수 있었다. 그리고 Adenovirus-p53은 비소세포폐암의 집락 형성 능력을 억제할 수 있고, 또 이미 형성된 집락도 그 성장을 억제할 수 있다는 사실도 확인하였다. 결과: 이번 실험의 결과로 adenovirus는 비소세포폐암 세포에 종양억제유전자를 이입시키는데 매우 효과적인 매개물이며, 특히 p53이 소실되거나, 변이를 일으킨 종양세포들은 Adenovirus-p53에 의하여 쉽게 세포자멸이 유발된다는 사실을 알게 되었다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제6권1호
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• pp.1-7
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• 2009

프로모터 CpG island 과메틸화와 히스톤 변경으로 대변되는 후성유전적 변화는 거의 모든 종류의 암에서 발견되는 중요한 발암기전이다. 인간유전자의 60-70% 가량이 프로모터에 CpG islands를 가지고 있으며, 이 유전자들 중 일부가 과메틸화됨으로써 해당유전자의 발현이 차단되고, 종양억제기능이 소실되어 종양세포의 성장을 촉진하게 된다. 암에는 프로모터 CpG island 과메틸화라는 국소적 변화 이외에, 유전체 전반에 걸친 탈메틸화를 동시에 보이는 경우가 대부분인데, 이러한 유전체 저메틸화는 염색체 불안정성과 밀접한 연관관계가 있다. 국소적 과메틸화와 전반적인 저메틸화라는 이러한 상반된 DNA 메틸화 변화는 암세포뿐만 아니라 그 전단계 병변인 이 형성 병변에서도 관찰된다. 프로모터CpG island 과메틸화는 유전자 발현억제 기전으로서의 중요성뿐만 아니라 종양표지자로서의 중요성이 부각되고 있다. 즉, 정상세포에서는 관찰되지 않으면서 암세포에서만 관찰되는 프로모터 CpG island 과메틸화는 암세포의 바이오마커로서의 가치가 있으며, 이를 이용하여 체액에서 암을 진단하려는 시도들이 이루어지고, 이를 활용한 암의 분자진단방법이 개발되고 있다. 또한 이러한 DNA 메틸화는 암환자의 예후 판정이나 항암치료제의 감수성 결정 등에 활용되고 있다. 본 원고에서는 인체 암세포에서의 DNA 메틸화 변화에 관하여 소개하고자 한다.