• 식물분류학회지
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• 제48권2호
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• pp.123-128
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• 2018

Earlier taxonomic studies of Korean Scutellaria reported a new record of Scutellaria hastifolia L. in Korea based on three herbarium sheets. During a reexamination of these specimens, we found that the leaf characters of these specimens differ from those in the type specimen of S. hastifolia. Based on a literature survey and confirmation of the type specimen, the specimens identified as S. hastifolia thus far were a misidentification of S. barbata D. Don. S. hastifolia is clearly different from S. barbata by single conspicuous teeth on both sides of the leaf margins and larger leaves. In addition to the distribution sites of the three specimens used in the previous study, a distribution site of the S. barbata was newly found in the southern part of Korea. In this study, we report a new distribution of S. barbata in Korea, correct a previous report of S. hastifolia, describe the morphological characters of S. barbata, and suggest a taxonomic key to Korean Scutellaria including S. barbata.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2019년도 춘계학술대회
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• pp.78-78
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• 2019

Gnaphalium L. is a small herbaceous genus comprising up to 80 species in worldwide (Asia, North to South America, Africa, and Oceania). This genus is highly polymorphic which embrace uncommon broad morphological boundary, and thus further studies were needed to proper taxonomic delimitations for the genus and its relatives. Gnaphalium uliginosum L. was usually found in moist sites such as margins of lake, pond, reservoir, stream banks and paddy field. This squat plant is solely known species in Korean Gnaphalium. During the revisionary study of the tribe Gnaphalieae (Asteraceae) in Korea, however, we found several materials in domestic herbaria (e.g., SNU, KWNU) that identified as G. uliginosum or Gamochaeta pensylvanica (Willd.) Cabrera collected from central to northern Korea, but clearly differ to the morphology of G. uliginosum. The external morphology of the materials is seemingly the only feature at odds with G. uliginosum. However, its morphological characters such as tall erected stems (ca. 30cm), hairs on seeds and whitish tomentose hairs on the whole plants are easily distinguished from G. uliginosum, and rather it looks like G. tranzschelii Kirp. Although the name G. tranzschelii have been treated as synonym of G. uliginosum by several authors, its distinct morphology might be sufficient to separate to two independent taxa. Generally, the morphological polymorphisms and hybridization of G. uliginosum complicate the taxonomy of the species, and thus further investigation for their habitat, distribution and morphology were needed to their taxonomic entity.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제31권11호
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• pp.1490-1500
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• 2021

Various microorganisms reside in the human vagina; the vaginal microbiome is closely linked to both vaginal and general health, and for this reason, microbiome studies of the vagina are an area of research. In this study, we analyzed the vaginal microbiome of women before and after menopause to further increase our understanding of the vaginal microbiome and its contribution to general health. We did a 16s rRNA gene-based metagenomic analysis on the vaginal fluids of 11 premenopausal and 19 postmenopausal women in Korea. We confirmed that the taxonomic composition was significantly different between the two groups. In postmenopausal women, species richness was significantly decreased, but species diversity was significantly increased. In particular, among the taxonomic components corresponding to all taxon ranks of the vaginal microbiome, a reduction in Lactobacillus taxa after menopause contributed the most to the difference between the two groups. In addition, we confirmed through metabolic analysis that the lactic-acid concentration was also decreased in the vaginal fluid of women after menopause. Our findings on the correlation between menopause and the microbiome could help diagnose menopause and enhance the prevention and treatment diseases related to menopause.

• 한국어류학회지
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• 제36권1호
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• pp.84-93
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• 2024

우리나라 해역에 서식하는 상어류는 지금까지 9목 21과 32속 47종으로 알려져 있다. 따라서 최근 연구와 우리나라 연근해 상어 출현 기록들을 검토하여 정리하였다. 그 결과, 불범상어과의 상안와골의 마루가 없는 점을 기준으로 불범상어를 기존의 두툽상어과에서 불범상어과로 분리하였다. 이에 따라 불범상어과, 기름상어속, 기름상어와 큰눈환도상어 2종이 추가되어 우리나라 해역의 상어를 총 9목 22과 33속 49종으로 정리하였다. 이들의 종목록과 검색표, 학명변천사를 기록하였으며, Pentanchidae의 국명 신칭은 '불범상어과'로 제안한다.

• Genomics & Informatics
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• 제21권4호
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• pp.49.1-49.11
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• 2023

Recent advances in sequencing technologies and platforms have enabled to generate metagenomics sequences using different sequencing platforms. In this study, we analyzed and compared shotgun metagenomic sequences generated by HiSeq3000 and BGISEQ-500 platforms from 12 sediment samples collected across the Norwegian coast. Metagenomics DNA sequences were normalized to an equal number of bases for both platforms and further evaluated by using different taxonomic classifiers, reference databases, and assemblers. Normalized BGISEQ-500 sequences retained more reads and base counts after preprocessing, while a slightly higher fraction of HiSeq3000 sequences were taxonomically classified. Kaiju classified a higher percentage of reads relative to Kraken2 for both platforms, and comparison of reference database for taxonomic classification showed that MAR database outperformed RefSeq. Assembly using MEGAHIT produced longer assemblies and higher total contigs count in majority of HiSeq3000 samples than using metaSPAdes, but the assembly statistics notably improved with unprocessed or normalized reads. Our results indicate that both platforms perform comparably in terms of the percentage of taxonomically classified reads and assembled contig statistics for metagenomics samples. This study provides valuable insights for researchers in selecting an appropriate sequencing platform and bioinformatics pipeline for their metagenomics studies.

• ALGAE
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• 제30권3호
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• pp.217-222
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• 2015

Pythium species (Pythiales, Oomycetes) are well known as the algal pathogen that causes red rot disease in Pyropia / Porphyra species (Bangiales, Rhodophyta). Accurate species identification of the pathogen is important to finding a scientific solution for the disease and to clarify the host-parasite relationship. In Korea, only Pythium porphyrae has been reported from Pyropia species, with identifications based on culture and genetic analysis of the nuclear internal transcribed spacer (ITS) region. Recent fungal DNA barcoding studies have shown the low taxonomic resolution of the ITS region and suggested the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (cox1) gene as an alternative molecular marker to identify Pythium species. In this study, we applied an analysis of both the ITS and cox1 regions to clarify the taxonomic relationships of Korean Pythium species. From the results, the two closely related Pythium species (P. chondricola and P. porphyrae) showed the same ITS sequence, while the cox1 marker successfully discriminated P. chondricola from P. porphyrae. This is the first report of the presence of P. chondricola from the infected blade of Pyropia yezoensis in Asia. This finding of the algal pathogen provides important information for identifying and determining the distribution of Pythium species. Further studies are also needed to confirm whether P. chondricola and P. porphyrae are coexisting as algal pathogens of Pyropia species in Korea.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2019년도 추계학술대회
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• pp.25-25
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• 2019

Chromosome numbers and karyotypes in flowering plants have been considered to be prominent features in taxonomic and evolutionary context. Despite the increasing numbers of cytological studies in Asteraceae, karyotype analysis of Cirsium Mill. and Carddus L. in Korean population have not been performed carefully. In this study, the chromosome numbers and karyotype analysis of all eight species of the genus Cirsium Mill. and one species of Carddus L. were analyzed. While the chromosome number in Carduus crispus L. was diploid (2n = 2x = 18 or 18+2Bs) with x = 9 as the base chromosome number, all seven species of Cirsium were diploid with x = 17 except for Cirsium lineare (Thunb.) Sch. Bip. (x = 14). The chromosome number in C. pendulum Fisch. ex DC. presented 2n = 2x = 34 from two populations and C. lineare exhibited 2n = 2x = 28 from one population. Aneuploidy was occasionally found in C. japonicum Fisch. ex DC. var. spinossinum Kitam. (2n = 2x = 34, 35, 36), C. rhinoceros (H. $L{\acute{e}}v.$ & Vaniot) Nakai (2n = 2x = 32, 34), C. setidens (Dunn) Nakai (2n = 2x = 30, 31, 32) and C. vlassovianum Fisch. ex DC. (2n = 2x = 31, 32). While Cirsium japonicum Fisch. ex DC. var. japonicum possessed several B-chromosomes (2n = 2x = 34, 35, 36), polyploidy was only encountered in Cirsium nipponicum (Maxim.) Makino. (2n = 4x = 68) from two populations in Ulleung Island. The present cytological data might be contributed to the taxonomic and evolutionary studies in the genus Cirsium.

• 미생물학회지
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• 제51권1호
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• pp.81-85
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• 2015

성장촉진제로 항생제 사용이 금지가 된 이후, 가축들의 사망률이 증가되어 항생제 대체제를 개발해야 하는 것이 시급하다. 그러한 대체제 개발에 새로운 접근 중 하나는 숙주의 신체적 기능에 영향을 준다고 알려진 장내미생물생태를 조절하는 것이다. 하지만 가축의 장내미생물에 대한 이해가 인간과 비교하여 볼 때 많이 부족한 실정이다. 본 연구에서는 돼지장내미생물생태가 지역적 차이가 있음에 대한 기본적인 정보를 제공한다. 돼지 분변샘플은 제주(n=40), 광주(n=28), 해남(n=30) 농가로부터 채취하였으며, MiSeq을 이용하여 16S rRNA V4 지역을 시퀀싱하였다. 또한 Mothur 파이프라인을 이용하여 MiSeq으로부터 얻은 데이터를 처리하였다. 총 5,642,125 reads를 얻었으며, 에러시퀀스들을 제거한 후 최종적으로 3,868,143 reads가 남았다. Phylum 수준의 taxonomic composition 분석에서는 제주 돼지들이 Firmicutes를 가장 많이 포함하고 있었으며, Operational Taxonomic Units 분포분석에서 또한 지역적 차이에 따라 돼지장내미생물생태가 다르다는 것을 확인하였다. Non-metric multidimensional scaling과 Phyla의 풍부함 사이의 상관관계분석에서는 Actinobacter, Verrucomicrobia, Firmicutes, Fibrobacteres이 세 개의 지역에 있는 돼지들의 장내미생물생태 차이를 나타나게 하는 장내 미생물 요소라는 것을 확인하였다. 그러한 가축의 장내미생물생태는 농장에서 사용하는 사료와 사양관리에 의해 많은 영향을 미치는 것으로 생각된다. 본 연구결과는 돼지장내미생물생태가 지역적으로 많은 차이가 있다는 것을 나타내며, 추후에 가축의 장내미생물생태에 관한 연구는 지역적 차이가 있다는 것을 고려하여 설계해야 될 것이다.

• 식물분류학회지
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• 제44권1호
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• pp.22-32
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• 2014

꿀풀과에 속하는 긴병꽃풀속(Glechoma)내 5종에 대한 화판과 악편의 미세 구조를 관찰하여 기재하고 그 분류학적 유용성을 판단하였으며, 분자계통학적 유연관계를 확인하기 위하여 핵 리보솜 DNA의 ITS 염기서열에 기초한 연구를 수행하였다. 기공복합체는 조사된 모든 분류군의 악편에서 분포하였으며, 공변세포의 길이는 분류군마다 다소 차이를 보였다. 긴병꽃풀속 분류군들의 화판과 악에 분포하는 모용은 5 종류(단세포 비선모, 다세포 비선모, 짧은 자루 두상 선모, 긴 자루 두상 선모, 방패형 선모)로 나타났으며, 모용의 종류, 분포, 밀도가 분류군마다 다르게 나타났다. 핵 리보솜 DNA의 ITS 염기서열에 의한 분자계통학적 연구 결과 긴병꽃풀속은 분포지역에 따라 3개의 분계조(유럽-미국, 중국-한국, 일본)로 분리되었다. 한국과 중국에 분포하는 G. longituba는 단계통군을 이루었고, 이탈리아의 특산종인 G. sardoa와 미국 및 유럽에 분포하는 G. hederacea는 단계통군을 형성하였다. G. hirsuta는 유럽의 분계조와 자매군 관계를 이루었으나, 일본에 분포하는 G. grandis는 나머지 분류군들의 상호 유연관계에서 통계적 지지를 얻지 못하였다. 본 연구 결과에서 긴병꽃풀속내의 종간 한계 설정에 있어 화판 및 악의 미세형태형질의 연구보다 핵 리보솜 DNA의 ITS 염기서열에 기초한 분자 계통학적인 연구가 유용한 방법임이 판명되었다. 그러나 구체적인 본 속내 계통 분류학적인 논의를 위해서는 외부 형태학적 형질에 대한 분석을 동시에 수행할 필요가 있으며, 계통학적 유용성이 보다 높은 DNA 구간을 추가로 분석할 필요가 있다.

• 식물분류학회지
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• 제49권1호
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• pp.28-69
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• 2019

한국산 양지꽃족(tribe Potentilleae) 식물 7속 24종에 대하여 외부형태 형질과 과실 미세구조 관찰 및 문헌 조사를 통한 분류학적 연구를 수행하였다. 화주가 암술에 위치하는 특징과 화주의 모양은 양지꽃족의 아족 및 속간 분류에 유용한 형질이었다. 딸기아족(subtribe Fragariinae)은 화주가 아기저생 또는 측생하였으며 수술에는 1개의 화분낭을 갖는 반면에, 양지꽃아족은 화주가 대부분 자방에 아정생하며, 드물게 측생하고, 수술에 2개의 화분낭을 갖는 특징으로 구분되는 것으로 밝혀졌다. 딸기아족에는 물싸리속, 물싸리풀속, 검은낭아초속, 딸기속이 포함되며, 각 속은 양지꽃속과는 구분되는 독립된 속으로의 처리를 지지한다. 양지꽃속으로 처리되어 왔던 눈양지꽃은 양지꽃아족에서 유일하게 화주가 측생/아정생하는 특징과 탁엽이 엽병의 앞면에 부착하는 특징으로 독립된 눈양지꽃속으로 처리됨을 지지한다. 종 수준에서의 연구 결과 흰땃딸기(딸기속)는 식물체가 잎 포함하여 전반적으로 작고, 한라산에서만 제한 분포하는 특징으로 특산종으로 처리가 타당하다고 판단된다. 산뱀딸기(뱀딸기속)는 뱀딸기에 비하여 잎이 연한 녹색 또는 황녹색, 소엽이 얇고 다소 막질이며, 넓은 난형 또는 도란형의 소엽 등을 갖는 특징으로 뱀딸기와 잘 구분된다. 다양한 외부형태학적 변이를 보여 분류군의 한계에 대한 논란이 있어 왔던 양지꽃속의 돌양지꽃 복합체와 딱지꽃 복합체에 대하여 추가적인 분류학적 연구와 개체군 수준에서의 분자분류학적 연구가 필요하다.