• Mycobiology
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• 제45권4호
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• pp.392-400
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• 2017

Peanut yield and quality are seriously affected by pod rot pathogens worldwide, especially in China in recent years. The goals of this study are to analyze the structure of fungal communities of peanut pod rot in soil in three peanut cultivars and the correlation of pod rot with environmental variables using 454 pyrosequencing. A total of 46,723 internal transcribed spacer high-quality sequences were obtained and grouped into 1,706 operational taxonomic units at the 97% similarity cut-off level. The coverage, rank abundance, and the Chao 1 and Shannon diversity indices of the operational taxonomic units were analyzed. Members of the phylum Ascomycota were dominant, such as Fusarium, Chaetomium, Alternaria, and Sordariomycetes, followed by Basidiomycota. The results of the heatmap and redundancy analysis revealed significant variation in the composition of the fungal community among the three cultivar samples. The environmental conditions in different peanut cultivars may also influence on the structure of the fungal community. The results of this study suggest that the causal agent of peanut pod rot may be more complex, and cultivars and environmental conditions are both important contributors to the community structure of peanut pod rot fungi.

• 식물분류학회지
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• 제44권3호
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• pp.191-201
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• 2014

동아시아산 황기속의 외부형태학적 특징과 과피, 종피의 해부구조 및 표면 형태를 조사하여 분류학적으로 유용한 형질을 찾고자 하였다. 연구 결과, 황기속의 외부형태, 과피, 종피의 형태 및 해부학적 특징 중 생활사, 소엽의 형태, 꽃차례, 꽃잎의 색, 종자의 색, 과피의 형태, 과피 표면에서 털의 존재유무, 봉선의 구조, 그리고 내과피 층의 두께가 종을 나누는 식별형질로 사용될 수 있음을 확인하였다. 이를 바탕으로 중국에서 황기라는 약재로 사용되어지고 있는 4종의 형태 및 해부학적인 특성을 비교한 결과, 서로 같은 군으로 유집되었다. 한편, 분류학적으로 논쟁이 되고 있는 정선황기와 갯황기에서는 두 분류군간에 형태적 차이점을 발견 할 수 없었다. 따라서 금후 정선황기, 갯황기, A. bhotanensis의 종간 분류학적 처리를 명확히 규명하기 위하여 염기서열 및 분자세포학 수준에서의 연구가 필요하다.

• 한국어류학회지
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• 제21권4호
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• pp.273-282
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• 2009

본 연구는 2006년 6월부터 2008년 8월까지 우리나라 동해, 남해 및 제주도 주변 해역에서 채집된 투라치, Trachipterus ishikawae (Jordan and Snyder, 1901) 7개체, 홍투라치, Zu cristatus (Bonelli, 1820) 4개체 및 1미기록종인 Desmodema polystictum (Ogilby, 1897) 2개체의 형태형질을 조사하여 한국산 투라치과 어류의 분류학적 재검토를 실시하였다. 한국 미기록종인 D. polystictum는 배쪽 가장자리가 매끄럽고, 체측에 어두운 수십개의 둥근 반문이 산재하는 특징을 보여, 새로운 한국명으로 "점투라치"를 제안한다. 홍투라치는 제1~제6 등지느러미 연조 및 배지느러미 연조가 길게 신장된 특징을 나타내었다. 투라치는 배쪽 가장자리에 날카로운 돌기가 나 있으며, 체형은 가늘고 긴 일직선의 형태를 나타내었다. 계수형질에서는 등지느러미 연조수가 투라치(178~195개), 홍투라치(137~148개), 점투라치(125~130개) 순으로 많았고, 척추골수는 투라치(80~83개), 점투라치(72~74개), 홍투라치(64~68개) 순으로 많아 잘 구분되었다.

• 식물분류학회지
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• 제37권3호
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• pp.309-321
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• 2007

산림청 국립수목원과 한국식물분류학회가 공동으로 국내 최초로 전산화된 식물목록 데이터베이스를 구축하였다. 그 결과로 재배종을 포함한 약 7,000 분류군을 대상으로 항상 최신의 자료를 갱신할 수 있는 국가표준식물목록을 온라인상에 구현하였다. 국가표준식물목록은 37명의 국내 전문분류학자가 참여한 우리나라 식물목록과 관련된 최대 규모의 프로젝트이다. 본 연구는 국가표준식물목록 생성과정을 분석하고 이를 통해 관계형 데이터베이스 모델을 수립하였다. 개발된 광릉 데이터베이스 모델은 식물목록과 관련된 문헌과 다양한 분류학 자료를 제공할 수 있도록 설계 되었다. 이 모델은 다양한 분류학적 수준의 학명과 잡종명, 재배명, 이명, 기본명, 국명 및 명명법과 관련된 기타 자료를 함께 제공할 수 있다. 따라서, 국가표준식물목록 데이터베이스는 앞으로 개발될 생물정보시스템들의 개발에 있어 식물의 학명과 관련된 정확하고 일관성이 있는 표준 데이터베이스 기반을 제공하게 되었다.

• ALGAE
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• 제21권2호
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• pp.209-216
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• 2006

The characteristics of Peyssonnelia capensis Montagne (Peyssonneliaceae, Rhodophyta) from Jeju Island were investigated in order to clarify the species entity and re-evaluate taxonomic position. The morphological variations of the Peyssonnelia capensis from Jeju Island were divided into two types, the thin thallus type and the thick thallus type. The thin thallus type is characterized by thin, soft, orbicular, slightly lobed thallus with entire to undulate margin, and compact rhizoids. The thick thallus type has thick and stiff thallus with sinuate margin and scattered rhizoids, and has more branches than the thin thallus type. The basal layer and the epithallium of thin thallus type are similar to those of thick thallus types in their structure. However, the hypothallial cells of the thick thallus type are longer than those of the thin thallus type. The erect filament of thick thallus type has more cells than those of the thin thallus type. Tetrasporangial nemathecia are distinctly protruded. Mature tetrasporangia of this species are divided cruciately into four spores as those of other Peyssonneliaceae. In addition to their morphological and anatomical distinctness between two types, the nucleotide sequence analyses of SSU and ITS2 region make no differences among populations from Jeju and other localities in Korea. Therefore these two morphological variation may not base on genetic variation.

• Journal of Veterinary Science
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• 제22권3호
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• pp.37.1-37.14
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• 2021

Background: Ticks are one of the most common external parasites in dogs, and are associated with the transmission of a number of major zoonoses, which result in serious harm to human health and even death. Also, the increasing number of pet dogs and pet owners in China has caused concern regarding human tick-borne illnesses. Accordingly, studies are needed to gain a complete understanding of the bacterial composition and diversity of the ticks that parasitize dogs. Objectives: To date, there have been relatively few reports on the analysis of the bacterial community structure and diversity in ticks that parasitize dogs. The objective of this study was to investigate the microbial composition and diversity of parasitic ticks of dogs, and assessed the effect of tick sex and geographical region on the bacterial composition in two tick genera collected from dogs in China. Methods: A total of 178 whole ticks were subjected to a 16S ribosomal RNA (rRNA) next generation sequencing analysis. The Illumina MiSeq platform targeting the V3-V4 region of the 16S rRNA gene was used to characterize the bacterial communities of the collected ticks. Sequence analysis and taxonomic assignment were performed using QIIME 2 and the GreenGene database, respectively. After clustering the sequences into taxonomic units, the sequences were quality-filtered and rarefied. Results: After pooling 24 tick samples, we identified a total of 2,081 operational taxonomic units, which were assigned to 23 phyla and 328 genera, revealing a diverse bacterial community profile. The high, moderate and low prevalent taxa include 46, 101, and 182 genera, respectively. Among them, dominant taxa include environmental bacterial genera, such as Psychrobacter and Burkholderia. Additionally, some known tick-associated endosymbionts were also detected, including Coxiella, Rickettsia, and Ricketssiella. Also, the potentially pathogenic genera Staphylococcus and Pseudomonas were detected in the tick pools. Moreover, our preliminary study found that the differences in microbial communities are more dependent on the sampling location than tick sex in the tick specimens collected from dogs. Conclusions: The findings of this study support the need for future research on the microbial population present in ticks collected from dogs in China.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제31권5호
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• pp.686-695
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• 2021

Tricholoma matsutake is an ectomycorrhizal fungus that has a symbiotic relationship with the root of Pinus densiflora. Soil microbial communities greatly affect the growth of T. matsutake, however, few studies have examined the characteristics of these communities. In the present study, we analyzed soil fungal communities from Gyeongju and Yeongdeok using metagenomic pyrosequencing to investigate differences in fungal species diversity, richness, and taxonomic composition between the soil under T. matsutake fruiting bodies (Sample 2) and soil where the fairy ring of T. matsutake was no longer present (Sample 1). The same spot was investigated three times at intervals of four months to observe changes in the community. In the samples from Yeongdeok, the number of valid reads was lower than that at Gyeongju. The operational taxonomic units of most Sample 2 groups were less than those of Sample 1 groups, indicating that fungal diversity was low in the T. matsutake-dominant soil. The soil under the T. matsutake fruiting bodies was dominated by more than 51% T. matsutake. From fall to the following spring, the ratio of T. matsutake decreased. Basidiomycota was the dominant phylum in most samples. G-F1-2, G-F2-2, and Y-F1-2 had the genera Tricholoma, Umbelopsis, Oidiodendron, Sagenomella, Cladophialophora, and Phialocephala in common. G-F1-1, G-F2-1, and Y-F1-1 had 10 genera including Umbelopsis and Sagenomella in common. From fall to the following spring, the amount of phyla Basidiomycota and Mucoromycota gradually decreased but that of phylum Ascomycota increased. We suggest that the genus Umbelopsis is positively related to T. matsutake.

• 한국수산과학회지
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• 제55권1호
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• pp.30-36
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• 2022

We collected a total of four butterfly ray specimens (Gymnura japonica, 213.4-695.0 mm in total length) in Korea from 2016 to 2021 and investigated their morphological and molecular characteristics in order to clarify their taxonomic status. These features are summarized as follows. Disc lozenge-shaped, 1.8-2.0 times broader than long. Tail very short, post-cloaca length 23.9-28.2% in disc width. Snout short, no rostral cartilage. Clasper short, no hook. Dorsal surface uniform yellow or brownish grey, with or without rounded light yellow spots. An analysis of 434 base-pair sequences of mitochondrial DNA cytochrome c oxidase subunit I showed that all four specimens corresponded to G. japonica from Japan (Kimura-2-parameter distance = 0-0.2%), suggesting that the color patterns found may be due to intraspecific color variation. G. japonica resembles Gymnura poecilura but differs in that it has a shorter tail length to disc width (23.9-28.2% in G. japonica vs. 40.1-48.3% in G. poecilura). This study revealed that G. japonica occurred in areas affected by the Tsushima Warm Current, tentatively suggesting that G. japonica may be an indicator species for monitoring marine ecosystem changes due to climate change.

• 미생물학회지
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• 제52권3호
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• pp.365-374
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• 2016

고위도에서의 온도 상승은 $0.6^{\circ}C$/10 년으로, 이는 토양 유기 탄소에 대한 미생물의 분해 활성 증가를 유도한다. 게다가, 분해된 토양 유기 탄소는 이산화탄소 또는 메탄 같은 온실가스로 전환, 방출되어 기후 변화를 가속화시킨다. 따라서, 토양 유기 탄소 분해와 관련된 미생물의 다양성 및 기능 이해를 위한 토양 해동 모델 연구가 필요하다. 이러한 연구를 위하여 Alaska Council의 두 깊이의 토양(SPF와 PF라 각각 명명한 30-40와 50-60 cm 깊이의 토양)을 $0^{\circ}C$에서 108일 동안 배양하였다. 환경 모사 실험 동안 pyrosequencing을 수행하였고, metagenome을 분석하여 총 111,804개의 미생물 sequence를 얻었다. 이 중, 574-1,128개의 세균 operational taxonomic unit (OTU)과 30-57개의 고세균 OTU를 확인하였다. 토양 배양에 따라 두 토양 모두에서 Crenarchaeota phyla의 상대적 분포가 증가하였으며, Actinobacteria와 Firmicutes phyla의 분포가 SPF와 PF에서 각각 크게 증가하였다. 추출한 토양 유기 탄소에 대한 무게 측정 및 gel permeation chromatography를 통해, 환경 모사 실험이 진행되는 동안 토양 유기 탄소의 주요 구성 성분인 부식산(humic acids)이 중합화(humification)되는 것을 확인하였다. 결론적으로, 냉대 툰드라 동토의 해동은 Crenarchaeota, Actinobacteria 및 Firmicutes phyla의 증가를 야기시키며, 미생물에 의한 토양 유기 탄소 분해 및 이용을 야기시키는 것으로 예측된다.

• 식물분류학회지
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• 제49권1호
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• pp.28-69
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• 2019

한국산 양지꽃족(tribe Potentilleae) 식물 7속 24종에 대하여 외부형태 형질과 과실 미세구조 관찰 및 문헌 조사를 통한 분류학적 연구를 수행하였다. 화주가 암술에 위치하는 특징과 화주의 모양은 양지꽃족의 아족 및 속간 분류에 유용한 형질이었다. 딸기아족(subtribe Fragariinae)은 화주가 아기저생 또는 측생하였으며 수술에는 1개의 화분낭을 갖는 반면에, 양지꽃아족은 화주가 대부분 자방에 아정생하며, 드물게 측생하고, 수술에 2개의 화분낭을 갖는 특징으로 구분되는 것으로 밝혀졌다. 딸기아족에는 물싸리속, 물싸리풀속, 검은낭아초속, 딸기속이 포함되며, 각 속은 양지꽃속과는 구분되는 독립된 속으로의 처리를 지지한다. 양지꽃속으로 처리되어 왔던 눈양지꽃은 양지꽃아족에서 유일하게 화주가 측생/아정생하는 특징과 탁엽이 엽병의 앞면에 부착하는 특징으로 독립된 눈양지꽃속으로 처리됨을 지지한다. 종 수준에서의 연구 결과 흰땃딸기(딸기속)는 식물체가 잎 포함하여 전반적으로 작고, 한라산에서만 제한 분포하는 특징으로 특산종으로 처리가 타당하다고 판단된다. 산뱀딸기(뱀딸기속)는 뱀딸기에 비하여 잎이 연한 녹색 또는 황녹색, 소엽이 얇고 다소 막질이며, 넓은 난형 또는 도란형의 소엽 등을 갖는 특징으로 뱀딸기와 잘 구분된다. 다양한 외부형태학적 변이를 보여 분류군의 한계에 대한 논란이 있어 왔던 양지꽃속의 돌양지꽃 복합체와 딱지꽃 복합체에 대하여 추가적인 분류학적 연구와 개체군 수준에서의 분자분류학적 연구가 필요하다.