• 제목/요약/키워드: taxonomic distance

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Cluster Analyses에서 Average Taxonomic Distance와 Correlation Coefficient 행렬식들을 이용한 결과의 비교 (Comparison of Reseults using Average Taxonomic Distance and Correlation Coefficient Matrices for Cluster Analyses)

  • Koh, Hung-Sun
    • 한국동물학회지
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    • 제24권2호
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    • pp.91-98
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    • 1981
  • Deer mice, Peromyscus maniculatus, 의 성체 571마리의 30개 morphometric 형질들을 이용한 cluster analyses에서 두가지의 similarity 행렬식 (Average taxonomic distance와 Correlation coefficient 행렬식)을 이용한 dendrogram이 서로 다르다는 것이 확인되었다. 이들 두가지의 행렬식 중에서 taxarks의 형태적인 유연관계를 나타내는 하나의 dendrogram만을 선택하기 위한 한 객관적방법이 제안되었다. 즉 principal component analysis에 의한 결과를 비교할 표준결과로 이용하는 방법이다.

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한국산 포유동물 24종(13과 6목)의 형태적 형질의 분석 (Morphometric Analyses on 24 Species (13 Families of Six Orders) of Korean Mammals)

  • 고홍선
    • 한국동물학회지
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    • 제32권1호
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    • pp.14-21
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    • 1989
  • 한국산 포유동물 6목 24종 279표본의 4개 외부형질과 22개 두골형질들을 측정하였으며, 측정치를 ordination법과 clustering법에 의해서 분석하였다. 형태적 분석의 결과는 족제비, 청서 및 토마스 땃쥐가 현존 분류체계상의 위치와 다르게 나타났다. 한국산 포유동물의 목 수준에서의 mrophological difference는 다른 포유동물보다는 크게 나타났으나, 목 이하의 수준에서는 별 차이가 없었다. 분류학적 체계에서의 단계가 높아질 수록 average taxonomic distance morphological difference의 수치는 커졌으며, 두 행렬식간의 상관계수는 0.59였다.

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쇠우렁이과 ( Birthyniidae ) 패류 8종에 대한 수리분류학적 연구 (Numerical Taxonomy of Eight Speices of the Bithyniidae ( Gastropoda : Prosobranchia))

  • 김재진
    • 한국패류학회지
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    • 제10권1호
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    • pp.19-26
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    • 1994
  • Eight species of the family Bithyniidae, Bithynia tentaculata, B. leachi, B. siaminsis, B manchourica, B misella, B. kiusiuensis, Gabbia australis and a Bithynia wp. collected from Nepal, were studied for their relationship between species. Total 20 characters were employed for the principal component analysis(PCA) and taxonomic distance. G. misella and B. kiusiuensis were closely related and similar to G. australis. B. manchourica, B. tentaculata and B. siamensis relatively closed group, and taxonomic distance of B. leachi was far from the other species.

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계통간 분류거리에 의한 한국 재래종 옥수수의 게통분류 (Classification of Korean Local Corn Lines by the Taxonomic Distance Based on Principal Component Analysis.)

  • 이인섭
    • 생명과학회지
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    • 제14권1호
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    • pp.57-60
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    • 2004
  • 육종재료를 얻기 위하여 부산ㆍ경남지역에서 수집된 우리나라 재래종 옥수수 49계통에 대하여 주성분분두법을 이용하여 계통간 거리를 구하였고, 이를 이용하여 계통분류를 실시하였던 바 다음과 같은 결과를 얻었다. 계통간 거리에 의해 49계통은 4개의 계통군으로 분류되었고, 계통군 I 에는 11계통, 계통군 II에는 20계통, 계통군 III에 는 14계통, 그리고 계통군 IV에는 4계통이 속하였다. 계통군 I은 조생, 단간, 소수, 소분얼형의 계통들이었고, 계통군 II는 조생, 장간, 대수, 다수, 소분얼형의 계통이었고, 계통군 III은 만생, 단간, 소수, 다분얼형 의 계통이었고, 계통군 IV는 중생, 장간, 대수, 다수, 다분얼형의 계통들이었다.

로젯사철란(Goodyera rosulacea: Orchidaceae)의 분류학적 위치: ITS와 trnL 염기서열에 의한 분자적 증거 (Taxonomic status of Goodyera rosulacea (Orchidaceae): molecular evidence based on ITS and trnL sequences)

  • 이창숙;엄상미;이남숙
    • 식물분류학회지
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    • 제36권3호
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    • pp.189-207
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    • 2006
  • 로젯사철란(G. rosulacea Y. Lee)은 애기사철란과 유사하나 로젯트형의 잎, 짧은 땅속줄기와 서식지 등의 특징에 의해 한국산 사철란속(Goodyera R. Br.) 내의 신종으로 기재된 바 있다. 로젯사철란의 분류군의 실체와 근연종간의 유연관계를 파악하기 위하여 군외군을 포함한 24개의 사철난속 식물을 대상으로 핵 리보좀(ribosomal)의 DNA internal transcribed spacer와 엽록체 DNA의 trnL 구간의 염기서열을 분석하였다. 분류군의 실체와 근연종간의 유연관계는 정렬된 염기서열을 바탕으로 최대절약분석(Maximum parsimony analysis)와 근연결합법(Neibour Joining method)에 의한 계통수 및 고유 표지유전자 여부로 추정하였다. 분석 결과 로젯사철란은 다수의 고유한 표지유전자를 가지며, ITS와 trnL 계통수에서 모두 단계통군을 형성하였다. 로젯사철란과 한국산 사철란속 내 각 분류군간의 유전적 거리(pairwise distance)는 ITS에서 3.49-6.68, trnL에서 5.05-9.53으로서 독립된 종으로 간주하기에 무리가 없었다. 따라서 분자적 결과는 로젯사철란을 사철란속내 독립된 종으로 처리하는 것을 지지하였다. 계통수에서 로젯사철란은 형태적으로 유사한 애기사철란(G. repens)과 동일한 분계조를 형성하였고, 유전적 거리도 조사한 분류군들 중 가장 낮은 값을 나타냈으므로 가장 가까운 근연분류군임을 나타내었다.

한국산 녹조식물 해캄속(SPIROGYRA)의 수리표현학 (Numerical Phenetics of the Genus Spirogyra (Zygnematales, Chlorophyta) in Korea)

  • 김지환;김영환;이인규
    • ALGAE
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    • 제18권4호
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    • pp.239-253
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    • 2003
  • The morphotaxonomic characters of the genus Spirogyra were investigated to clarify their taxonomic category and the variation range among species on the basis of comparative morphological and numerical analyses by unialgal cultures and field samples collected from various freshwater habitats in Korea. 25 characters selected on morphological feature of the species were examined on 568 individuals for morphological comparisons and numerical analyses. Width, length and their length/width ratio of vegetative cell, shape of septum, chloroplast number, maximum width, width, length and their length/width ratio of female gametangium, length of male gametangium, size and shape of zygospore, and cell wall ornamentation of the spore showed a comparatively high vector in principal component analysis. In cluster analysis, 15 taxa analysed were divided into 8 major groups by the average taxonomic distance 1.0 level. Considering the morphology and numerical analysis, Spirogyra crassoidea could not be recognized as an independent species, therefore it was treated as a variety of S. ellipsospora. S. koreana (nom. invalidum), recognized as a new taxon, is under the investigation for its clear taxonomic category.

Endolichenic Fungal Community Analysis by Pure Culture Isolation and Metabarcoding: A Case Study of Parmotrema tinctorum

  • Yang, Ji Ho;Oh, Seung-Yoon;Kim, Wonyong;Hur, Jae-Seoun
    • Mycobiology
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    • 제50권1호
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    • pp.55-65
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    • 2022
  • Lichen is a symbiotic mutualism of mycobiont and photobiont that harbors diverse organisms including endolichenic fungi (ELF). Despite the taxonomic and ecological significance of ELF, no comparative investigation of an ELF community involving isolation of a pure culture and high-throughput sequencing has been conducted. Thus, we analyzed the ELF community in Parmotrema tinctorum by culture and metabarcoding. Alpha diversity of the ELF community was notably greater in metabarcoding than in culture-based analysis. Taxonomic proportions of the ELF community estimated by metabarcoding and by culture analyses showed remarkable differences: Sordariomycetes was the most dominant fungal class in culture-based analysis, while Dothideomycetes was the most abundant in metabarcoding analysis. Thirty-seven operational taxonomic units (OTUs) were commonly observed by culture-and metabarcoding-based analyses but relative abundances differed: most of common OTUs were underrepresented in metabarcoding. The ELF community differed in lichen segments and thalli in metabarcoding analysis. Dissimilarity of ELF community intra lichen thallus increased with thallus segment distance; inter-thallus ELF community dissimilarity was significantly greater than intra-thallus ELF community dissimilarity. Finally, we tested how many fungal sequence reads would be needed to ELF diversity with relationship assays between numbers of lichen segments and saturation patterns of OTU richness and sample coverage. At least 6000 sequence reads per lichen thallus were sufficient for prediction of overall ELF community diversity and 50,000 reads per thallus were enough to observe rare taxa of ELF.

한국산 달팽이 ( Acusta despecta sieboldiana) 의 지리적 분포에 따른 종내 변이에 관한 연구 (Studies on the Intraspecific Variations on Geological Distributions of Acusta despecta sieboldiana in Korea)

  • 이준상;권오길
    • 한국패류학회지
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    • 제12권1호
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    • pp.19-31
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    • 1996
  • 국내 11개 지역(경기도 옹진군 덕적도, 경기도 의정부시 소요산, 강원도 춘천시, 충청남도 태안군 안홍, 경상북도 울릉군 울릉도, 전라북도 부안군 변산, 전라남도 신안군 홍도, 흑산도 비금도, 진도, 제주도)에서 채집된 달팽이 (A. despecta sieboleiana)를 대상으로 외부형태 분석과 동위효소를 검출하여 각 지역 집단간의 형태적, 유전적 유연관계와 변이 정도를 연구한 결과는 다음과 같다. 외부형태에 의한 집단간 유연관계는 안홍과 덕적도집단(average taxonomic distance, D=0.358)이 형태적으로 가장 유사한 집단으로 나타났다. Polyacrylamide gel을 사용하여 11가지의 동위효소를 검출한 결과 AKP, ACP, AO, EST, GPD, HBDH, LDH, SDH, XDH의 동위효소에서 유전적 다형현상이 나타났다. 전 집단의 평균 다형형의 빈도는 59.19%이며 이형접합자 빈도는 0.263이고 각 집단의 유전적 차이치는 춘천과 울릉도 집단이 0.066(genetic distance)으로 가장 높은 유사성을 보였다. 지리적 분포에 따른 외부형태 변이와 유전적 변이와의 관계는 유의성이 없었다.

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First Record of the Monotypic Species, Nonparahalosydna pleiolepis (Polychaeta: Polynoidae) from Korean Waters, with Its DNA Barcoding Information

  • Kim, Kwang-Soo;Choi, Hyun Ki;Lee, Wonchoel;Park, Taeseo
    • Animal Systematics, Evolution and Diversity
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    • 제36권3호
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    • pp.258-263
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    • 2020
  • The aim of this study is to report monotypic species, Nonparahalosydna pleiolepis(Marenzeller, 1879) for the first time from Korean waters with its DNA barcoding data. We collected individuals of the species from the subtidal zone of southern coast of Korea through scuba diving. To estimate DNA barcoding gap, the pairwise genetic distances were calculated between N. pleiolepis and its congeners (Halosydna brevisetosa Kinberg, 1856 and Lepidonotus squamatus (Linnaeus, 1758)) based on the cytochrome c oxidase subunit I gene (COI). Inter-specific genetic distances ranged from 18.7% to 24.6%, while intra-specific genetic distance within N. pleiolepis ranged from 0.3% to 0.5%. The maximum intra-specific genetic distance among the three species was 1.4%. The morphological diagnosis of N. pleiolepis with a taxonomic note on the species were also provided.