• 한국버섯학회지
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• 제8권2호
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• pp.41-50
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• 2010

Mycoviruses have been found in many fungal species including mushrooms. Double-stranded (ds) RNA genomes were common type in mycoviruses, but single-stranded (ss) RNA mycoviruses were also reported in some fungal species. Sequencing analysis using cDNA cloning experiments revealed that mycoviruses can be classified into several different virus families such as Totiviridae, Hypoviridae, Partitiviridae and Barnaviridae etc. Because the nucleotide sequence data that are available in these days are very limited in a number of mycoviruses, the existence of more diverse viral groups in fungi are currently expected. In this review, we selected four different fungal groups, which were considered as the model systems for mycovirus related studies in both plant pathogenic fungi and edible mushroom species, and discussed about their molecular characteristics of diverse mycoviruses. The plant pathogenic fungi introduced here were Cryphonectria parasitica and Helminthosporium victoriae and the edible mushroom species were Agaricus bisporus and Pleurotus ostreatus.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제45권2호
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• pp.87-92
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• 2017

첫 번째 에볼라 출혈열 발발은 1976년 콩고 민주 공화국과 수단에서 발생했으며, 이후 2014년서 아프리카에서 27,741건, 11,284건의 사망자가 발생했다. 발열은 Filoviridae 계열에 속하며 ssRNA 게놈을 가진 에볼라 바이러스에 의해 발생했다. 바이러스의 알려진 아형은 Bundibugyo ebolavirus, Reston ebolavirus, Sudan ebolavirus, Tai Forest ebolavirus 및 Zaire ebolavirus이다. 역사적으로 에볼라의 주요 발생 지역은 동부 및 중부 아프리카 열대 지방에서 발생했다. 서아프리카에서의 발발로 인해 전세계 사회에서 수많은 사망과 공포가 확산되었다. 효과적인 치료와 백신이 없는 상황에서 전염병을 관리하고 통제하는 가장 중요한 방법은 정확한 진단을 통해서이다. WHO(세계 보건기구)는 체외진단(IVD) 검사에서 에볼라의 선택과 사용에 관한 긴급 지침을 발표했다. RealStar Ebolavirus Screen RT-PCR 키트 1.0 (Altona), Liferiver-Ebola Virus (EBOV) 실시간 RT-PCR 키트, Xpert 에볼라 검사 및 ReEBOV 항원 검사를 통해 수많은 회사 및 연구 기관에서 진단을 받고 4가지 WHO 조달 승인 진단을 확인했다. 또한, 신속한 검사 키트 Rapid Diagnosis Test (RDT)와 같은 새로운 진단법이 현재 연구 중이다.

• 한국식물병리학회지
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• 제12권3호
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• pp.368-373
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• 1996

배나무잎 검은점병에 이병된 신고와 지표식물 PS-95의 잎을 전자현미경으로 세포내 미세구조를 검경한 결과 굴곡성 사상형 유사바이러스 입자가 집단으로 존재하고 있는 것을 확인하였다. 엽육유세포질에 있는 유사바이러스 입자들의 직경은 12 nm였으나 입자들의 길이는 측정하지 못하였다. 섬유사를 함유하고 있는 소포는 일반적으로 ssRNA genome을 갖는 식물바이러스에 의해 이병된 세포에서 생성된다. 본 연구에서 이 소포들은 tonoplast에 형성되었다. 배나무잎 검정점병의 이병잎을 초본 지표식물에 즙액접종하였으나 어떠한 병징도 나타나지 않았다. 또한 접목접종 전염에 의하여 전염되어 전형적인 검은점이 발병하였다. 발병된 잎에는 유사바이러스 입자가 존재하고 있었다. 이상의 결과 병징, 섬유사를 함유한 소포의 존재, 그리고 접목전염을 기초로하여 볼 때 배나무 검은점병을 일으키는 유사바이러스 입자는 closteroviruses의 하나로 생각된다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제36권6호
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• pp.536-557
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• 2020

Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV) is a distinct member of the Polerovirus genus of the Luteoviridae family. SCYLV is the major limitation to sugarcane production worldwide and presently occurring in most of the sugarcane growing countries. SCYLV having high genetic diversity within the species and presently ten genotypes are known to occur based on the complete genome sequence information. SCYLV is present in almost all the states of India where sugarcane is grown. Virion comprises of 180 coat protein units and are 24-29 nm in diameter. The genome of SCYLV is a monopartite and comprised of single-stranded (ss) positive-sense (+) linear RNA of about 6 kb in size. Virus genome consists of six open reading frames (ORFs) that are expressed by sub-genomic RNAs. The SCYLV is phloem-limited and transmitted by sugarcane aphid Melanaphis sacchari in a circulative and non-propagative manner. The other aphid species namely, Ceratovacuna lanigera, Rhopalosiphum rufiabdominalis, and R. maidis also been reported to transmit the virus. The virus is not transmitted mechanically, therefore, its transmission by M. sacchari has been studied in different countries. SCYLV has a limited natural host range and mainly infect sugarcane (Sachharum hybrid), grain sorghum (Sorghum bicolor), and Columbus grass (Sorghum almum). Recent insights in the protein-protein interactions of Polerovirus through protein interaction reporter (PIR) technology enable us to understand viral encoded proteins during virus replication, assembly, plant defence mechanism, short and long-distance travel of the virus. This review presents the recent understandings on virus biology, diagnosis, genetic diversity, virus-vector and host-virus interactions and conventional and next generation management approaches.

• The Plant Pathology Journal
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• 제33권5호
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• pp.508-513
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• 2017

The complete genome sequence of a Slovak SL-1 isolate of Tomato mosaic virus (ToMV) was determined from the next generation sequencing (NGS) data, further confirming a limited sequence divergence in this tobamovirus species. Tomato genotypes Monalbo, Mobaci and Moperou, respectively carrying the susceptible tm-2 allele or the Tm-1 and Tm-2 resistant alleles, were tested for their susceptibility to ToMV SL-1. Although the three tomato genotypes accumulated ToMV SL-1 to similar amounts as judged by semiquantitative DAS-ELISA, they showed variations in the rate of infection and symptomatology. Possible differences in the intra-isolate variability and polymorphism between viral populations propagating in these tomato genotypes were evaluated by analysis of the capsid protein (CP) encoding region. Irrespective of genotype infected, the intra-isolate haplotype structure showed the presence of the same highly dominant CP sequence and the low level of population diversity (0.08-0.19%). Our results suggest that ToMV CP encoding sequence is relatively stable in the viral population during its replication in vivo and provides further demonstration that RNA viruses may show high sequence stability, probably as a result of purifying selection.

• 생명과학회지
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• 제30권3호
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• pp.313-319
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• 2020

최근, 국내에서 발생하는 대가축의 질병은 바이러스 혹은 세균 등과 같은 병원체가 사료 섭취, 가축 간의 신체접촉, 호흡 등 다양한 경로를 통해 전파되어 발병되는 전염성 질병이다. 전염성 질병은 가축의 건강을 위협하고 생산성을 감소시키기 때문에 현장에서 조기 진단하여 개체 격리와 같은 통제 관리가 필수적이다. 기존 사용되고 있는 진단 키트들은 현장에서 사용하기에 용이하지 않으며 극소량의 감도에서 진단이 제한적인 단점을 가지고 있다. 그러므로, 현장에서 극소량의 감도와 진단의 편이성을 고려하여 DNA와 RNA 수준에서 진단할 수 있는 CRISPR/Cas 시스템은 최적의 시스템이라 할 수 있다. 본 연구논문에서는 대가축의 전염성 질병들을 현장에서 조기 진단함에 있어 CRISPR/Cas 시스템의 활용전략에 대해 소개하고자 한다. 최근 발견된 CRISPR/Cas 효소들은 2개의 클래스와 6가지 하위유형으로 분류되었다. 이 중에서 클래스 2에 포함되는 Cas 효소들은 대표적으로 제 2형에 Cas9, 제 5형에 Cas12a와 Cas12b, 제 6형에 Cas13a와 Cas13b가 있다. 현재까지 개발된 CRISPR/Cas 시스템들은 간단한 시각 신호를 통해 표적에 대한 정량 및 다중 감지가 가능하고 특히, 극소량 수준의 초고감도에서도 표적만을 진단할 수 있으며 단시간 이내에 진단 결과를 얻을 수 있다. 하지만 초고감도 DNA 혹은 RNA를 진단하기 위해 최적의 신호 증폭 방법과 결합되어야 하고 표적 DNA 혹은 RNA를 진단에 적합하도록 DNA를 RNA로, RNA를 DNA로 전변해야 하는 단점이 있다. 따라서, 현장에서 대가축의 전염성 질병을 조기에 진단할 수 있는 CRISPR/Cas 바이오센서를 개발하는데 있어 가축의 전염 매개체로부터 추출되는 병원체 유형(DNA 혹은 RNA)을 고려하여 최적의 Cas 효소를 선정하여야 하고 이에 따른 적절한 신호 증폭 방법이 결합되어야 한다. 따라서, CRISPR/Cas 시스템은 유전자 편집 방법을 사용하는 빠르고 효율적인 진단 도구이며 이 시스템은 소의 전염병을 조기에 진단하고 감염 확산방지에 도움될 수 있을 것으로 판단 되어진다.

• IMMUNE NETWORK
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• 제3권3호
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• pp.219-226
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• 2003

Background: Phage display is the most widely used technique among display methods to produce monoclonal antibody fragment with a specific binding activity. Having a large library for efficient antibody display/selection is quite laborious process to have more than $10^9$ members of transformants. To overcome these limitations, several in vitro selection approaches have been reported. Ribosome display that links phenotypes, proteins, directly to genotype, mRNA, is one of the in vitro display methods. Ribosome display can reach the size of scFv library up to $10^{14}$ molecules and it can be further diversified during PCR steps. To select the high affinity scFv from one pot library, we established ribosome display technique by modifying the previously reported eukaryotic translation system. Methods: To establish the antibody selection system by ribosome display, we used 3D8, anti-DNA antibody. A 3D8 scFv was synthesized in vitro by an in vitro transcription-translation system. The translated 3D8 scFv and the encoding 3D8 mRNA are connected to the ribosome. These scFv-ribosome-mRNA complexes were selected by binding to their specific antigens. The eluted mRNAs from the complexes are reverse transcribed and re-amplified by PCR. To apply this system, antibody library from immunized mouse with terminal protein (TP)-peptide of hepatitis B virus DNA polymerase TP domain was also used. This TP-peptide encompasses the 57~80 amino acid residues of TP. These mRNA/ribosome/scFv complexes by our system were panned three times against TP-peptide. The enrichment of antibody from library was determined by radioimmunoassay. Results: We specifically selected 3D8, anti-DNA antibody, against ssDNA as a model system. The selected 3D8 RNAs sequences from translation complexes were recovered by RT-PCR. By applying this model system, we enriched TP-peptide-specific scFv pools through three cycles of panning from immunized library. Conclusion: We show that our translating ribosome complexes are well maintained and we can enrich the TP-specific scFv pools. This system can be applied to select specific antibody from an antibody library.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제59권1호
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• pp.31-36
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• 2016

이산화염소는 높은 항생효과로 살균제로 사용되고 있고, 저곡해충을 대상으로 살충 효과도 보이고 있다. 본 연구는 이 이산화염소의 유용 효과를 넓히기 위해 이 물질이 항암 및 항바이러스 활성을 나타낼 수 있는 지를 검증하였다. 인체에 나타나는 5종의 암 세포주에 대해서 이산화염소의 세포독성을 분석하였다. 유방암 2종 세포주(MCF-7, MDA-MB-231)와 대장암 3종 세포주(LoVo, HCT-116, SW-480) 모두에 대해서 이산화염소는 높은 세포 독성을 나타냈다. 이러한 세포독성은 이산화염소의 활성산소 유발 효과에 기인된다. 이산화염소가 처리된 암세포주는 모두 세포내 높은 활성산소를 형성하였다. 이는 대조구로서 일반 곤충 세포주와 비교하여 훨씬 높은 활성산소를 지녔다. 반면에 항산화제인 비타민 E를 처리하면 이러한 세포독성이 크게 줄어 암 세포에 대해 높은 세포독성은 활성산소에 의해 기인되었다는 것을 입증하였다. 또한 이산화염소는 서로 다른 바이러스에 대해서 항바이러스 활성을 나타냈다. 곤충병원성 바이러스이고 이중 가닥의 DNA 게놈을 지닌 벡큘로바이러스의 일종인 Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcNPV)는 이산화염소 노출에 따라 활성을 잃어 핵다각체 형성 능력이 크게 둔화되었다. AcNPV에 대한 이산화염소의 항바이러스 효과는 반응 시간에 비례하여 증가했다. 식물병원성 바이러스이고 단일가닥의 RNA 게놈을 지닌 담배모자이크바이러스는 이산화염소 노출에 따라 바이러스 함량이 줄었고, 담배에 대한 병원력도 낮아졌다. 따라서 본 연구는 이산화염소가 항암 및 항바이러스 활성을 지니며, 이는 이 물질에 의한 높은 활성산소 유발에 기인된 것으로 판명되었다.