• 식물병연구
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• 제16권3호
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• pp.238-246
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• 2010

2006년 9월 충청북도 농업기술원 내 백미속 약용작물, 큰조롱과 넓은잎 큰조롱 시험포장에서 바이러스병 조사를 수행하였다. 각 시험구별 바이러스 발병률은 20-80%의 범위였으며, 뿌리로 번식한 경우가 종자로 번식한 경우보다 발병률이 두 배 정도로 높았다. 두 약용식물에서는 모자이크, 얼룩, 괴저, 황화, 퇴록반점, 기형 등 매우다양한 바이러스 병징이 관찰되었다. 전자현미경 분석결과 대부분의 시료에서 390-730 nm 길이의 사상형 입자가 관찰되었으며, 바이러스 병징을 보인 시료 중 일부에서는 바이러스 입자가 관찰되지 않은 것도 있었다. 전형적인 모자이크 증상을 보이는 큰조롱 잎을 순화하여 약 430-845 nm 길이의 사상형 입자를 얻을 수 있었다. 순화한 바이러스로부터 분리된 RNA를 이용하여 염기서열 분석을 실시한 결과 포티바이러스속 P3과 외피단백질 유전자의염기서열을 얻을 수 있었으며, BLAST 분석결과 포티바이러스속 바이러스들과 각각 약 26-38%와 62-72% 상동성을 나타내었다. 순화한 바이러스의 SDS-PAGE 분석에서 염기서열 분석으로 예상되는 약 30kDa의 외피단백질을 확인하였다. 7과 21종의 지표식물을 사용한 생물검정에서 Chenopodium quinoa에서 접종엽의 국부병반과 함께 전신적 황화반점 증상을 나타냈으며, 나머지 지표식물에서는 감염되지 않았다. 채집된 큰조롱과 넓은잎 큰조롱시료를 특이 프라이머를 이용한 RT-PCR 방법으로 진단한 결과 병징을 보인 모든 시료에서 양성반응이 나타났으며, 병징을 보이지 않는 7점 중 5점의 시료에서 양성반응을 나타내었다. 이러한 결과들을 종합해 볼 때 본 바이러스는 포티바이러스속의 새로운 종으로 확인되었으며, 우리나라가 원산지인 큰조롱에서 최초로 발견된 바이러스인 점에서 Keunjorong mosaic virus(KjMV)로 명명하고자 한다.

• 미생물학회지
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• 제41권3호
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• pp.216-224
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• 2005

혈장분획제제 중 혈액응공인자제제와 일부 면역글로불린제제는 혈장에 존재하는 다양한 단백질로부터 유효한 단백성분만을 선택적으로 분리 정제하기 위해 크로마토그래피 방법을 사용하여 생산된다. 효율적인 세척(cleaning) 공정이 이루어지지 않는다면 크로마토그래피는 다양한 종류의 불순물뿐만 아니라 혈액 중 내재 또는 오염 가능성이 있는 위해인자가 오염될 가능성이 있다. 본 연구에서는 혈장분획제제 제조공정에 사용되는 크로마토그래피의 세척 공정에서 혈장유래 바이러스의 제거 및 불활화 공정의 검토 강화로 혈장분획제제의 안전성을 확보하기 위해 크로마토그래피 세척 검증 시스템을 구축하고자 하였다. 크로마토그래피 세척 공정 중 바이러스 제거 검증을 위해 혈장유래 바이러스 중 물리${\cdot}$화학적 처리에 가장 큰 저항성을 갖는 human parvovirus B19의 모델 바이러스의 porcine parvovirus(PPV)를 대상으로 real-time PCR 정량법을 확립하였다. PPV에 특이적인 primer를 선별하였으며 형광염료 SYBR Green I을 사용하여 PPV DNA를 정량하였다. 세포배양법에 의한 감염 역가와 비교한 결과 PCR 민감도는 1.5 $TCID_{50}/ml$이었다. 확립된 검증법의 신뢰성(reliability)을 보증하기 위해 실험법의 특이성(specificity), 재현성(reproducibility) 등을 검증하였다. 구축된 검증시스템을 thrombin 분리${\cdot}$정제를 위한 SP-Sepharose 양이온 크로마토그래피 공정과 factor VIII 분리${\cdot}$정제를 위한 Q-Sepharose 음이온 크로마토그래피 공정에 적용하여 크로마토그래피 세척 검증을 실시하고, 세척 검증 시스템의 적합성을 확인하였다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제37권10호
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• pp.1343-1356
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• 2008

18개교 일반 중 고등학교와 1개교 특수학교에서 수거한 식재료 및 조리식품은 비전처리 채소가 38종, 전처리 채소가 13종, 육류 9종, 어패류(냉동 혹은 조미 포함) 3종, 건어물 7종, 반가공 혹은 가공 식재료 20종이었다. 수거한 식재료 중 전처리 야채(8종)에서 대장균군이 $3.4{\sim}4.3\;log\;CFU/g$ 수준으로 검출되었으며, 육류(4종)에서는 대장균군이 $2.2{\sim}4.3\;log\;CFU/g$ 수준으로 검출되었다. 조리식품인 생채와 샐러드에서 "학교급식 위생관리 지침"에서 제시한 대장균 검출 기준치(g당 1,000 CFU이하)를 넘어선 수준의 $2.3{\sim}55\;log\;CFU/g$ 수준의 대장균군이 검출되었고, 가열처리를 거친 조리식품에서도 $1.0{\sim}3.5\;log\;CFU/g$수준으로 대장균군이 검출되었다. 수거한 식재료와 조리식품 중 16종의 식품에서 대장균이 검출되어 식품의약품안전청(8)에서 고시한 "신선편이식품 및 즉석식품의 미생물적 품질기준(대장균, 음성)"에 부적합하였다. 병원성 식중독 세균 중에서 B. cereus는 16종의 비전처리 채소, 2종의 전처리 채소, 3종의 가공식재료, 3종의 비가열조리 식품, 8종의 가열조리식품에서 검출되었으며, 정량검사를 실시한 결과, 당근 $3.6\;log\;CFU/g$, 무우 $2.9\;log\;CFU/g$, 부추 $2.5\;log\;CFU/g$, 건새우 쥐어채볶음 2.3 log CFU/g 수준으로 검출되었다. 용혈성 대장균인 E. coli O157:H7은 가공식품인 탕수육용 냉동돼지고기(k교)에서 검출되었고, API kit를 이용하여 생화학적 방법으로 확인 동정되었다. C. jejuni 는 i교에 공급된 비전처리 채소인 무와 r교의 전처리 채소인 채썬 양배추, f교의 오이채, 당근채에서 검출되었다. V. parahaemolyticus는 g교의 비전처리 채소류인 당근, 피망, 양배추, 깻잎과 전처리 채소인 깐 적양배추, 오이채, 깐 양상추에서 검출되었으며 조리된 식품인 비빔채 소국수에서 검출되었고, e교와 f교에 공급된 전처리 채소인 오이채와 e교에 공급된 가공식품인 냉동 미트볼에서 검출되었다. 이는 식품의약품안전청에서 제시한 '즉석섭취식품', '즉석조리식품', '신선편이식품'에서의 V. parahaemolyticus는 '음성' 검출기준에 적합치 않은 것으로 나타났다. Salmonella spp.는 r교에 공급된 냉동 닭고기에서 1건이 검출되었고 API kit 및 Salmonella 항혈청에 대한 응집반응을 통해 확인 동정하였다.

• 한국축산식품학회지
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• 제28권3호
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• pp.276-282
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• 2008

우리나라는 전 세계 녹용의 약 80% 이상을 소비하고 있는 양록 대국이나 최근 국내 녹용시장에서의 녹용 둔갑판매 및 불법유통 현상이 문제점으로 대두되고 있다. 따라서 본 연구는 녹용의 종 감별 기술을 개발하고자 현재 국내에서 유통되고 있는 러시아산 원용, 북미산 대록, 국산화용, 중국산 깔깔이 및 알래스카산 순록 등 5종의 대표적인 녹용들을 대상으로 종간 염기서열 변이성이 매우 높은 유전자로 알려져 있는 mt DNA내 cytochrome b 및 D-loop 유전자 영역의 염기서열 분석 및 종간 변이성 비교분석을 수행하였다. 각 녹용시료에서 mt DNA를 분리하고 cytochrome b와 D-loop유전자의 특정 영역을 포함하는 primer를 설계 합성하고 PCR로 증폭한 후 DNA 증폭산물의 염기서열을 분석하여 종간 유전정보의 동일성 여부를 비교한 결과 녹용 종간에 명확한 차이를 보이는 염기서열 부위가 검출되었고 이러한 종간 염기배열 차이에 근거하여 녹용의 종 감별이 가능하였다. 또한, mt DNA cytochrome b유전자에서 종간 특이적 염기서열을 인지하는 두 종류의 제한효소(NlaIV 및 TaqI)을 이용한 PCR-RFLP 기법으로 녹용으로 인정되지 않는 순록의 종 특이적 RFLP 분자표지를 검출하였고 이를 이용하여 녹용과 순록간의 종 판별이 가능하였다. 한편, D-loop 유전자의 특정 영역 염기서열 분석기법을 이용하여 시중에서 러시아산 원용으로 유통되고 있는 녹용 절편 32개를 무작위표본 추출하여 녹용의 종 감별을 조사한 결과 러시아산 원용으로 인정되는 것은 62.5%에 불과하였고 나머지는 중국산 마록(25.0%)과 엘크 및 순록의 아종으로 추정되는 시료도 일부 검출되었다. 따라서 본 연구를 통해 사슴 녹용 mt DNA 유전자의 염기서열 유전정보 변이 차이를 이용한 염기서열 분석법과 특정 제한효소(NlaIV 및 TaqI)를 이용한 PCR-RFLP 기법은 녹용의 과학적인 종 감별과 이를 바탕으로 녹용 원산지의 추정도 가능할 것으로 기대된다.

• 식물병연구
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• 제24권2호
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• pp.145-152
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• 2018

철원지역의 주요 과채류인 토마토와 파프리카를 대상으로 바이러스병 발생 현황을 조사하고 바이러스병에 대한 방제를 위해 2015년부터 2017년까지 시설 하우스를 중심으로 조사를 실시하였다. 2015년-2016년에는 7-9월에 채집을 진행하였고, 채집시료는 시설 하우스에서 재배되고 있는 토마토와 파프리카의 잎과 과실이었다. 파프리카와 토마토를 포함하는 가지과 작물에 주요 바이러스병을 일으키는 5종의 바이러스인 Pepper mild mottle virus (PMMoV), Cucumber mosaic virus (CMV), Pepper mottle virus (PepMoV), Broad bean wilt virus 2 (BBWV2), Tomato spotted wilt virus (TSWV)에 대하여 유전자 진단법을 이용하여 채집시료를 검정하였다. 그 결과, PMMoV, CMV, 그리고 TSWV가 검출되었으며, 이들 중, CMV와 TSWV에 의한 바이러스병이 대부분(2015년에 파프리카에서 CMV 검정률 50.0%, TSWV 12.2%, 토마토에서 CMV 25.5%, TSWV 38.3% 이고, 2016년에 파프리카에서 CMV 45.9%, TSWV 45.5%, 토마토에서 CMV 23.8%, TSWV 47.6%)을 차지하고 있었다. 이 두 바이러스의 조기예방을 위한 발생 경로를 추적하기 위하여 2017년에는 작기별(육묘, 정식중기, 정식후기)로 채칩 시기를 나누어 바이러스 검정을 실시하였다. 조사 결과, TSWV는 육묘에 감염되어 외부에서 철원군내에 유입되어 초기 병발생율이 높았고, CMV는 철원군내 농가에 토착화되어 작기가 중반으로 넘어갈수록 병발생율이 높게 나타난 것으로 확인되었다. 또한 2017년도 작기별 바이러스병 발생 현황 조사 결과, TSWV에 의한 바이러스병 발생율이 육묘에서 검출 이후 점점 감소하는 현상은 본 연구를 통해 육묘때 조기진단으로 인한 바이러스 검출 농가의 조기 대응 및 지속적인 관찰이 바이러스병의 확산 방지에 중요한 역할을 한 결과로 보인다.

• 동의생리병리학회지
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• 제17권2호
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• pp.529-541
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• 2003

Yukmijihwang-tang has been widely used as an and-aging herbal medicine for hundred years in Asian countries. Numerous studies show that Yukmijihwangtang has anti-oxidative effect both in vivo and in vitro. It has been reported that Moutan Cortex Radicis extract (MCR) was the most effective herb in Yukmijihwang-tang on undifferentiated PC12 cells upon oxidative-stressed with hydrogen peroxide. The purpose of this study is to; 1) evaluate the recovery of neuronal damage by assessing the anti-oxidant effect of MCR on PC12 cells differentiated with nerve growth factor (NGF), 2) identify candidate genes responsible for anti-oxidative effect on differentiated PC12 cells by oligonucleotide chip microarray. PC12 cells, which were differentiated by treating with NGF, were treated without or with hydrogen peroxide in the presence or absence of various concentration of MCR. Cell survival was determined by using MTS assay. Measurement of intracellular reactive oxygen species (ROS) generation was determined using the H2DCFDA assay The viability of cells treated with MCR was significantly recovered from stressed PC12 cell. In addition, wide rage of concentrations of MCR shows dose-dependent inhibitory effect on ROS production in oxidative-stressed cells. Total RNAs of cells without treatment(Control group), only treated with H₂O₂ (stressed group) and treated with both H₂O₂ and of MCR (MCR group) were isolated, and cDNAs was synthesized using oligoT7(dT) primer. The fragmented cRNAs, synthesized from cDNAs, were applied to Affymetrix GeneChip Rat Neurobiology U34 Array. mRNA of Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II delta subunit(CaMKII), neuron glucose transporter (GLUT3) and myelin/oligodendrocyte glycoprotein(MOG) were downregulated in Stressed group comparing to Control group. P2X2-5 receptor (P2X2R-5), P2X2-4 receptor (P2X2R-4), c-fos, 25 kDa synaptosomal attachment protein(SNAP-25a) and GLUT3 were downregulated, whereas A2 adenosine receptor (A2AR), cathechol-O-methyltransferase(COMT), glucose transporter 1 (GLUT1), EST223333, heme oxygenase (HO), VGF, UI-R-CO-ja-a-07-0-Ul.s1 and macrophage migration inhibitory factor (MIF) were upregulated in MCA group comparing to Control group. Expression of Putative potassium channel subunit protein (ACK4), P2X2A-5, P2X2A-4, Interferon-gamma inducing factor isoform alpha precursor (IL-18α), EST199031, P2XR, P2X2 purinoceptor isoform e (P2X2R-e), Precursor interleukin 18 (IL-18) were downregulated, whereas MOO, EST223333, GLUT-1, MIF, Neuronatin alpha, UI-R-C0-ja-a-07-0-Ul.s1, A2. adenosine receptor, COMT, neuron-specific enolase (NSE), HO, VGF, A rat novel protein which is expressed with nerve injury (E12625) were upregulated in MCR group comparing to Stressed group. The results suggest that decreased viability and AOS production of PC12 cell by H₂O₂ may be, at lease, mediated by impaired glucose transporter expression. It is implicated that the MCR treatment protect PC12 cell from oxidative stress via following mechanisms; improving glucose transport into the cell, enhancing expression of anti-oxidative genes and protecting from dopamine cytotoxicity by increment of COMT and MIF expression. The list of differentially expressed genes may implicate further insight on the action and mechanism behind the anti-oxidative effects of herbal extract Moutan Cortex Radicis.

• 생명과학회지
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• 제22권8호
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• pp.1114-1119
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• 2012

돼지 정액의 세균오염은 정자활력 감소나 수태율 저하 등을 유발하는데, 특히 Stenotrophomonas maltophilia는 자연환경에 널리 존재하여 비위생적으로 채취된 정액에 많이 오염될 뿐 아니라 사람에게도 병원성을 일으킨다. 본 연구에서는 S. maltophilia의 검사 시간 단축과 정확도를 높이고자 PCR 기법을 개발하였으며, 돼지 원정액에서 이들 세균의 오염율을 조사하고 유효 항생제를 선발하고자 하였다. 돼지 원정액에서 분리 빈도가 높은 18 균종을 대상으로 PCR을 적용한 결과, S. maltophilia에서만 445 bp의 특이 유전자 증폭산물이 확인되었다. 또한 순수 배양된 S. maltophilia는 $1.5{\times}10^3$ CFU/ml까지, 원정액에 혼합된 S. maltophilia에 대해서는 $1.5{\times}10^4$ CFU/ml까지 검출이 가능하였다. 2009년에 116건과 2011년 324건 등 총 440건의 원정액 중 26건(5.9%)에서 S. maltophilia가 분리되었으며, 여름과 가을철에 오염율이 상대적으로 높게 나타났다. 균분리법과 PCR간의 일치율은 98.9%, kappa value는 0.906이었으며, PCR의 민감도와 특이도는 각각 100%, 98.7%로 나타났다. 분리균주의 항생제 감수성 시험 결과, enrofloxacin (100%)과 florfenicol (92.3%)에 높은 감수성을 보였으나 amoxicillin/clavulanic acid, apramycin, ceftiofur, penicillin, spectinomycin에는 내성율이 높게 나타났다. 결론적으로 개발된 PCR기법은 민감도, 특이도, 일치율이 높아 균분리법을 보조하고 신속 정확하게 정액 내 오염세균을 확인할 수 있어 효율적인 정액관리가 가능할 것으로 기대된다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제31권1호
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• pp.28-35
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• 2016

본 연구에서는 국내 대표 식육인 소, 돼지, 닭, 오리의 4종 식육과 염소, 양, 말, 칠면조의 4종 식육을 동시에 신속하게 감별할 수 있는 2 set의 multiplex PCR법을 개발하고자 미토콘드리아 16S RNA에서 종 특이부위를 선발하고 각 종에 대한 특이도를 높이기 위하여 인위적인 미스매치를 주어 프라이머를 제작한 후 8종 식육의 274개 시료를 대상으로 특이도와 민감도를 조사하였다. 그 결과 소, 돼지, 닭, 오리 모든 시료에서 각각 279, 94, 192, 477 bp의 증폭산물이, 말, 양, 염소, 칠면조의 모든 시료에서 각각 152 bp, 271 bp, 670 bp, 469 bp에서 뚜렷한 PCR 유전자 산물이 확인되어 모든 축종에서 100%의 특이도를 나타내어 축종별 감별력이 우수한 것으로 나타났다. 8종의 축종별로 DNA를 $10ng/{\mu}l$으로 정량한 후 혼합물을 10배씩 단계 희석하여 반응여부를 조사한 결과, 소, 돼지, 오리에서는 100 fg까지, 닭에서는 1 pg까지 검출됨을 확인할 수 있었다. 소, 돼지, 닭, 오리고기를 99.9%, 99%, 90%, 70%, 50%, 30%, 10%, 1%, 0.1%의 비율로 혼합한 식육과 $83^{\circ}C$ 20분, $100^{\circ}C$ 30분, $121^{\circ}C$ 10분에서 각각 열처리한 가열 혼합육에 대하여 검출한계를 조사한 결과 마지막 단계의 희석 비율인 모든 혼합육의 0.1%에서 검출이 가능하였으며, 열처리 혼합육에서는 닭에서는 1% 농도에서 소와 돼지의 혼합육에서 0.1% 농도에서 검출되어 민감도가 높음을 확인할 수 있었다. 본 연구에서 개발된 multiplex PCR법은 특이도 및 민감도에 있어서 국내 대표 식육을 감별하는데 있어서 유용한 것으로 평가된다.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제32권2호
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• pp.102-110
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• 2007

본 연구는 조선대학교 치과병원의 진료환경 및 진료요원으로부터 기회감염성 병원체로 알려진 methicillin 또는 vancomycin 저항성 황색포도상 구균 (methicillin-or vancomycin-resistant Staphylococcus aureus. MRSA or VRSA)의 존재 여부를 조사하여, 이를 광주지역 개원치과와 비교분석을 통해 현재 조선대학교 치과병원의 MRSA와 VRSA의 오염정도를 파악하고자 하였다. 이를 위해 진료실 환경 및 진료요원으로부터 분리한 S. aureus 균주들의 8종 항생제에 대한 감수성 조사를 시행하고, 기존에 알려진 항생제 내성 유전자 존재 여부를 PCR법을 이용하여 확인하였다. 그 결과, 조선대학교 치과병원의 진료요원에서 채취한 샘플 중 1개 (2.3%), 개원 치과에서는 2명 (10%)의 진료요원의 샘플에서 S. aureus가 분리되었으며, 진료환경에서는 두 곳 모두에서 S. aureus가 검출되지 않았다. 조선대학교 치과병원과 개원치과에서 분리된 S. aureus는 amoxicillin, penicillin G, ciprofloxacin clindamycin, vancomycin에 내성을 보이며 oxacillin, cefuroxime에는 균주에 따라 감수성 또는 내성을 보였다. 조선대학교 치과병원에서 분리된 S. aureus는 erythromycin과 clindamycin에 내성 유전자인 ermA가 존재하였으며, 개원치과에서 분리된 3개의 S. aureus 중 2개에서 penicillin과 oxacillin에 내성 유전자 mecA가 존재하는 것으로 나타났다. Vancomycin 내성 유전자인 vanA, vanB는 어떠한 샘플에서도 검출되지 않았다. 이상의 결과를 종합할 때, 본 연구는 조선대학교 치과병원과 개원치과의 S. aurues분포 및 MRSA 또는 VRSA의 존재여부를 조사하여 MRSA와 VRSA의 확산예방을 위한 치과진료 환경의 개선과 적절한 항생제 사용에 대한 기초 자료를 제공할 것으로 사료된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제33권2호
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• pp.148-153
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• 2005

말라리아는 세계적으로 다시 발생하는 감염성 질환으로 모기에 의해 옮겨지는 말라리아 원충에 의해서 발병한다. 말라리아 원충을 검출하기 위하여 혈액 도말법 등 여러 가지 정량적인 assay가 활용 되고 있다. Real time PCR 은 반응이 일어나는 동안 PCR 산물의 생성을 계속적으로 모니터링 할 수 있는 방법으로서 최근 많은 환자들의 말라리아 원충을 한번에 탐지 하는데 적용되고 있다. 본 연구에서는 말라리아 원충 중 한국에서 질환을 일으키는 Plasmodium vivax를 탐지하기 위해 26명의 환자 혈액에서 분리 정제한 genomic DNA를 가지고 SYBR Green based-real time PCR을 수행하였다. 특히, 기존의 real time PCR에 사용한 18S rRNA와는 달리 DBP 유전자를 사용하여 새로운 말라리아 검출방법을 정량적이면서도 간편하고 경제적인 방법으로 개발하였다. 특히, real time PCR로 나온 결과를 임상적인 titer로 바꾸어 주기 위해서 reference 유전자로는 말라리아 환자의 상태와 관계없이 ACTB이 안정하다는 것을 real time PCR로 입증하였고 ACTB 유전자를 reference 유전자로 사용하였다. 본 연구에서는 real time PCR assay에 DBP라는 유전자를 처음 사용하였을 뿐 아니라 titer 보정을 위한 reference 유전자, ACTB를 real time PCR assay을 통해 확보하여 더 정확한 titer 값을 얻고자 했다. 이런 결과를 바탕으로 Taqman based-real time PCR과 본 연구의 결과를 정량비교를 하였다. 특히, 26명의 말라리아 환자 샘플을 3 group(Group I, II, III)로 나누어서 그 결과 정량적인 경향성 일치를 나타내었다. 특히, 높은 titer을 갖는 말라리아 샘플(Group I)에서 가장 많은 정량적인 차이를 보였지만, 간편하고 경제적인 SYBR Green-based real time PCR을 이용하여 DBP 유전자를 증폭하는 새로운 방법으로 말라리아를 Semi-quantitative 하게 검출할 수 있음을 보였다.