• Journal of Ginseng Research
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• 제38권2호
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• pp.130-135
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• 2014

Background: Panax ginseng, the most famous medicinal herb, has a highly duplicated genome structure. However, the genome duplication of P. ginseng has not been characterized at the sequence level. Multiple band patterns have been consistently observed during the development of DNA markers using unique sequences in P. ginseng. Methods: We compared the sequences of multiple bands derived from unique expressed sequence tagsimple sequence repeat (EST-SSR) markers to investigate the sequence level genome duplication. Results: Reamplification and sequencing of the individual bands revealed that, for each marker, two bands around the expected size were genuine amplicons derived from two paralogous loci. In each case, one of the two bands was polymorphic, showing different allelic forms among nine ginseng cultivars, whereas the other band was usually monomorphic. Sequences derived from the two loci showed a high similarity, including the same primer-binding site, but each locus could be distinguished based on SSR number variations and additional single nucleotide polymorphisms (SNPs) or InDels. A locus-specific marker designed from the SNP site between the paralogous loci produced a single band that also showed clear polymorphism among ginseng cultivars. Conclusion: Our data imply that the recent genome duplication has resulted in two highly similar paralogous regions in the ginseng genome. The two paralogous sequences could be differentiated by large SSR number variations and one or two additional SNPs or InDels in every 100 bp of genic region, which can serve as a reliable identifier for each locus.

• 한국환경농학회지
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• 제34권2호
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• pp.149-154
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• 2015

효모의 유용 기능을 탐색하기 위해서 참나리에 정착하는 효모 군집을 분석하였다. 본 연구에서는 잎에서 총 82 균주, 줄기에서 총 94 균주, 꽃에서는 총 97 균주를 분리하였다. 분리된 균주를 ITS 1과 4 primer를 사용하여 ITS 영역 염기서열의 계통분석을 실시한 결과, 참나리 잎에서는 Pseudozyma가 31 균주, Aureobasidium pullulans가 28 균주, Cryptococcus가 11 균주, 줄기에서는 A. pullulans가 40 균주, Cryptococcus가 23균주, Candida 11 균주, 꽃에서는 A. pullulans가 95 균주, Rhodotorula 1 균주, Metschnikowia 1 균주가 분포하였다. 특히, 참나리 잎과 줄기, 꽃 모든 시료에서 A. pullulans가 우점하였으며, 꽃에서는 97 균주 중에서 95 균주의 A. pullulans가 검출되어 한 종이 절대적으로 우점함을 알 수가 있었다. 참나리 잎에서는 82 균주 중에서 Pseudozyma가 31 균주로 가장 우점함을 보였으며, 참나리 줄기에서는 94 분리 균주 중에서 Cryptococcus가 23 균주로 두번째로 우점함을 보였다. 참나리의 부위별로 분포양상이 다름을 확인하였다. 향후 이들 효모 균주들의 바이오테크놀로지 분야에 응용을 기대해본다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제52권4호
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• pp.365-370
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• 2013

복숭아순나방붙이(Grapholita dimorpha Komai)는 동북아시아에 주로 발생하는 과수 해충으로, 국내에서는 2009년에 사과에 피해를 준다는 것이 보고되었으나, 그 이외의 과수에서는 직접적인 피해가 명확히 알려지지 않았다. 본 연구는 핵과류인 복숭아와 자두를 대상으로 복숭아 순나방류의 피해로 보이는 피해순과 피해과를 채집하여, 복숭아순나방붙이와 그 유사종인 복숭아순나방(Grapholita molesta Busck)의 피해율을 비교 조사하였다. 두 유사종의 정확한 구별을 위해 우선 종 특이적 프라이머와 PCR 반응조건을 이용한 분자동정법을 개발하였다. 복숭아와 자두의 신초와 과실을 가해하는 종을 야외에서 채집하여 분자동정법으로 확인한 결과, 복숭아의 신초와 과실은 거의 모두 복숭아순나방이 가해하였으며, 자두는 신초의 경우 복숭아순나방이, 과실의 경우 복숭아순나방붙이가 주로 가해하는 것으로 나타났다. 즉, 복숭아와 자두에서 조사한 신초는 모두(100%) 복숭아순나방에 의해 피해를 받았으나, 복숭아 과실은 대부분(92.5%) 복숭아순나방이, 자두 과실은 대부분(97.0%) 복숭아순나방붙이가 가해하는 것으로 나타났다. 본 연구결과는 복숭아순나방붙이가 복숭아 보다는 자두 과실에 주로 피해를 준다는 것을 보여주며, 특히 자두나무에서도 신초와 과실에 따라 각기 다른 종이 피해를 준다는 점을 보여준다. 이렇게, 기주식물에 따라 두 유사종의 가해특성이 다른 것은 복숭아와 자두과원에서 두 종의 발생을 예찰하는데 중요한 정보를 제공할 것으로 여겨진다.

• 식물병연구
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• 제18권4호
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• pp.387-390
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• 2012

2011년에 고창 옥수수 재배지에서 RBSDV에 의한 벼 검은줄오갈병이 발생하였다. 병징은 키가 작아지고 잎에 줄무늬가 형성되면서 심하면 거의 수확이 되지 않는다. 이병주로부터 직접 dsRNA를 추출하여 RT-PCR에 의해 감염을 확인하였다. S8 및 S10 분절의 전 게놈에 특이적인 primer를 이용하여 유전자를 증폭하였다. 이것을 크로닝한 후 전 염기서열을 결정하였다. 염기서열 분석결과 S8 및 S10의 전염기서열은 각각 1,936 nt 및 1,801 nt로 구성되었다. 이는 벼에서 분리된 RBSDV와 같은 크기로 확인되었다. 벼에서 분리된 RBSDV와 상동성 분석결과 S8은 94.9-99.6%, S10은 94.1-98.4%로 나타났다. Phylogenetic tree 분석결과 옥수수에서 분리한 RBSDV S8 및 S10 모두 벼에서 분리된 RBSDV와 같은 그룹으로 분류되었다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권2호
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• pp.451-457
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• 2012

One decade early onset of the breast cancer in Iranian females was reported but the basis of the observed difference has remained unclear and difference in gene silencing by epigenetic processes is suggested. Hence, this study was sought to map the methylation status of estrogen receptor (ER) gene CpG islands and its impact on clinicopathological factors of triple negative and non-triple negative ductal cell carcinoma of the breast in Iranian females. Surgically resected formalin-fixed paraffin-embedded breast tissues from sixty Iranian women with confirmed invasive ductal carcinoma were assessed by methylation-specific PCR using primer sets encompassing some of the 29 CpGs across the ER gene CpG island. The estrogen and progesterone receptors, Her-$2^+$ overexpression, and nuclear accumulation of P53 were examined using immunohistochemistry (IHC). Methylated ER3, ER4, and ER5 were found in 41.7, 11.3, and 43.3% of the samples, respectively. Significantly higher methylation of ER4 was found in the tumors with nuclear accumulation of P53, and significantly higher methylation of ER5 was found in patients with lymph node involvement and tumor with bigger size or higher grades. Furthermore, significantly higher rate of ER5 methylation was found in patients with Her-$2^+$ tumors and in postmenopausal patients with $ER^-$, $PgR^-$, or $ER^-/PgR^-$ tumors. However, no significant difference in ERs methylation status was found between triple negative and non-triple negative tumors in pre- and postmenopausal patients. Findings revealed that aberrant hypermethylation of the ER-alpha gene frequently occurs in Iranian women with invasive ductal cell carcinoma of the breast. However, methylation of different CpG islands produced a diverse impact on the prognosis of breast cancer, and ER5 was found to be the most frequently methylated region in the Iranian women, and could serve as a marker of poor prognosis.

• 한국동물위생학회지
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• 제41권3호
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• pp.157-163
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• 2018

In order for monitoring of pathogenic bacterial contamination in the freshly slaughtered poultry meats produced in Gyeong-Nam province, we first isolated 4 strains of Salmonella spp. and 32 strains of Enterococcus faecalis from the total 164 samples, then we analyzed potential virulence gene profiles of the bacterial isolates by PCR using species-specific primer. The potential virulence genes we selected in this study were stn, invA, fimA, spvR, and spvC for the isolates of Salmonella spp. and those of esp, cylM, cylA, cylB, gelE, fsrA, fsrB, and fsrC were for the isolates of E. faecalis. The PCR results showed that all 5 virulence genes were detected simultaneously in the all isolates of Salmonella spp. However, there was a diverse occurrence pattern of the virulence genes in the case of E. faecalis. The gene for enterococcal surface protein (esp) was not detected among the isolates (0/32), and the haemolysin gene prevalence rate of cylA, cylB, and cylM were 3.1% (1/32), 9.3% (3/32), and 9.3% (3/32), respectively. Moreover, the genes of gelE, fsrA, fsrB, and fsrC that associated with gelatinase activity were detected in the rate of 53.1% (17/32), 53.1% (17/32), 53.1% (17/32), and 53.1% (17/32), respectively. In conclusion, in the isolates of Salmonella spp., all possessed 5 virulence genes tested, suggesting that they are all related with each other clonally. However, in the case of E. faecalis isolates, the occurrence of the haemolysin genes (cylM, cylA, cylB) and the gelatinase genes (gelE, fsrABC) was highly variable among the isolates.

• 생명과학회지
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• 제16권2호
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• pp.274-281
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• 2006

흑두청국으로부터 분리된 혈전용해력이 우수한 Bacillus subtilis BB-1(KFCC 11344P)으로부터 혈전용해효소 유전자를 PCR법에 의해 크로닝하였고 이를 BCF-1으로 명명하였다. BCF-1의 DNA 염기서열결정 결과 1,145 bp 크기의 혈전용해 효소로, 일본의 natto로부터 분리된 nattokinase 유전자와 99%의 상동성을 보임을 확인하였다. 혈전용해효소 유전자의 발현을 위하여 Bacillus 발현계인 Bacillus-E. coli의 shuttle vector인 pEB vector에 크로닝 하고 host로서 B. subtilis 168에 형질전환시켜 대량 발현시켰다. 생산된 혈전용해효소의 최 적활성 pH와 온도는 7.0과 $35^{\circ}C$로 확인되었다, 기질에 대한 분해양상을 조사한 결과 fibrin에서만 특이적으로 강한 분해가 일어났으며, skim milk에서 아주 약한 분해능을 보였으나 blood agar, gelatin, casein에서는 전혀 분해능을 보이지 않았다. 특히 blood agar plate에서 분해능이 없는 것으로 보아 혈액 내에서의 적혈구 파괴현상과 같은 부작용에 대한 위험을 배제할 수 있을 것으로 사료된다. BCF-1에 의해 생산된 혈전용해효소는 fibrin 특이적으로 활성을 나타냄을 확인할 수 있으며, 이는 임상적이나 산업적으로 적용하였을 때 부작용에 대한 위험적인 문제는 배제될 수 있으리라 생각된다.

• 한국약용작물학회지
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• 제14권3호
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• pp.125-129
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• 2006

형태학적으로 구분이 어려운 황정과 위유의 범위를 구분하기 위해 황정에 속하는 층층갈고리둥굴레, 다화황정, 진황정 등 3종과 위유에 속하는 8종의 둥굴레 동속 식물 등 11종 23 개체 시료로 RAMP분석한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 황정그룹과 위유그룹은 NTSYS를 통한 유연관계 분석에서 55%의 유연관계를 나타냈으며, 층층갈고리둥굴레와 층층둥굴레는 81.75%로 분석에 사용된 둥글레 동속 식물 중 가장 높은 유연관계를 나타냈다. 2. 둥굴레 동속식물에 해당하는 층층둥글레는 황정의 약재인 층층갈고리둥굴레와 외부형태학적으로, 그리고 다형성패턴결과가 매우 유사하므로 황정의 약재에 속하는 것으로 사료된다. 3. 진황정은 위유와 외부형태적으로 유사하며, 유연관계분석에서도 위유의 그룹에 속하므로 위유의 약재에 대한 구분을 새롭게 할 필요성이 있다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제4권2호
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• pp.128-132
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• 2007

목 적:자궁내막증은 유전적 연관성이 명확히 규명되지 않은 에스트로겐 의존성 질환이다. 그 연관성에 대하여 명확히 밝혀진 것은 없으나 일부 유전적 연구 결과들을 살펴보면 자궁내막증이 프로게스테론 수용체 유전자의 특정 다형성 부위와 연관되어 있음을 알 수 있다. 본 연구는 프로게스테론 수용체 유전자의 다형성(PROGINS)을 분석하여 자궁내막증 환자와 대조군에 차이가 있는지를 알고자 고안되었다. 방 법:수술 및 병리조직 소견에서 자궁내막증을 확진받은 100명의 환자와 건강검진을 시행 받은 일반 인구군 110명을 대상으로 하였다. 대상 환자들의 말초 혈액에서 DNA를 추출한 후 프로게스테론 수용체의 유전자 다형성 검사를 PCR-SSP (Sequence specific primer)방법으로 시행하였고 자궁내막증 환자군과 건강대조군에 있어서 특정 유전자 다형성의 빈도에 차이가 있는지 $x^2$ 검정을 통하여 통계 분석하였다. 결 과:자궁내막증군과 대조군에서 각각 1명에서만 PROGINS 다형성 양상이 T1/T2 이형접합자로 확인이 되었고 나머지 개체에서는 모두 T1/T1 동형접합자임이 확인되었다. 결 론:자궁내막증과 프로게스테론 수용체의 유전자 다형성(PROGINS)간의 연관성은 밝혀지지 않았으나 대규모의 연구 및 다른 유전자의 연구가 자궁내막증의 병인을 규명하는데 유용할 것으로 생각된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권3호
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• pp.295-300
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• 2004

본 연구는 도체성적을 보유하고 있는 제 31차, 32차 한우 후보종모우 집단 228두를 선발하여 DNA를 분리 정제 후 exon 2에 위치한 bovine leptin gene 염기서열 가운데 특정 염기서열을 갖는 2좌위의 primer를 합성하여 PCR 수행 후 PCR-product를 이용하여 2 종류의 제한효소 Kpn 2 I, Msp I 으로 반응시킨 후 두 가지 형태의 대립 유전자를 검정하여 경제형질과의 관련성을 분석하였다. PCR-RFLP를 통하여 얻어진 leptin gene의 유전자형 빈도는 Kpn2 I의 경우 C 유전자 빈도(0.25)보다 T 유전자 빈도(0.75)가 높게 나타났으며 Msp I으로 처리한 경우 M 유전자 빈도(0.35)보다 m 유전자 빈도(0.65)가 높게 나타났다. 통계적 분석을 통하여 각 유전자형에 대한 경제형질과의 관련성을 분석한 결과 제한효소 Kpn2 I으로 처리한 경우 도체율에서 CT 유전자형과 CC 유전자형 사이에 유의적 차이가 나타났으며(P < 0.05), Msp I의 경우 도체중 Mm 유전자형과 mm 유전자형 사이에 통계적 유의성이 나타났다(P < 0.05).