• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제20권1호
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• pp.171-178
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• 2009

제한된 분할방법은 어떤 개체의 표현형을 가장 많이 설명할 수 있는 multilocus 유전자형들의 분할된 그룹을 찾는 것이며 연속형 데이터에 적합하다. 또한 이 방법은 인간의 여러 질병에 영향을 주는 유전자를 찾는 방법으로 주로 이용된다. 그러나 본 연구에서는 제한된 분할 방법을 인간의 질병뿐만 아니라 가축의 경제형질에도 적용할 수 있는 것을 보이기 위해 한우의 여러 경제형질인 등심단면적, 도체중과 일당증체량에 영향을 주는 유전자를 규명해 보았다. 그 결과 모든 경제형질에 영향을 주는 유전자로는 SNP (19_1)$^*$SNP (28_2)의 상호작용이 가장 좋은 SNP로 선정되었다. 따라서 이 유전자 SNP (19_1)$^*$SNP (28_2)가 한우의 경제형질에 가장 많은 영향을 준다는 것을 규명하였으며 제한된 분할 방법이 가축의 경제형질에도 적용할 수 있다는 것을 보였다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제19권8호
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• pp.1065-1070
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• 2006

The avian uncoupling protein (avUCP) is a member of the mitochondrial transporter superfamily that uncouples proton entry in the mitochondrial matrix from ATP synthesis. The sequencing analysis method was used to identify nucleotide polymorphisms within the avUCP gene in Korean native chicken (KNC). This study identified ten single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the avUCP gene. We analyzed the SNPs of the avUCP gene to investigate whether polymorphism in the gene might be responsible for quantitative variations in economic traits in KNC. Three significant polymorphic sites for economic traits were avUCP C+282T (mean body weight, p<0.05), avUCP C+433T (daily percent lay, p<0.05), and avUCP T+1316C (daily percent lay, p<0.05). The frequency of each SNP was 0.125 (C+282T in avUCP gene exon 1 region), 0.150 (C+433T in avUCP gene intron 1 region), and 0.15 (T+1316C in avUCP gene exon 3 region), respectively. Among the identified SNPs, one pair of SNPs (genotype CC, C+282T and TT, avUCP C+433T) showed the highest daily percent lay (p<0.05) and mean body weight (p<0.05) and the frequency was 0.067. This study of the avUCP gene could be useful for genetic studies of this gene and selection on economic traits for KNC.

• 생명과학회지
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• 제24권11호
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• pp.1168-1173
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• 2014

HGD (homogentisate1,2-dioxygenase)유전자는 소의 1번 염색체에 존재하며, tyrosine과 phenylalanine의 이화 작용을 돕는 효소 중 하나로 알려져 있다. 또한 소에서 도체중과 등심단면적에 영향을 주는 유전자로 보고된 바 있다. 본 연구는 한우 집단을 대상으로 HGD유전자내 변이지역을 탐색하고, 경제형질과의 연관성을 분석하기 위하여 실시하였다. 총 14개의 Exon지역을 바탕으로 변이지역을 탐색한 결과, 10개의 SNPs를 확인하였고, 이 중 genotype의 Frequency (MAF>0.1)를 고려하여 6개의 SNPs (G34256T, G34257C, T34284C, T42333G, T42348C, T42468C)를 발굴하여 경제형질과의 연관성을 분석하였다. 그 결과 G34256T에서 근내지방도와 유의적인 연관성이 확인되었고, G34257C에서 등심단면적과 근내지방도에서 유의적인 연관성이 확인되었다. 따라서 본 연구 결과에서 확인된 HGD 유전자의 SNP유전자형은 한우선발 및 개량을 위한 분자육종의 기초 자료로 이용할 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제44권2호
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• pp.135-141
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• 2017

구지뽕 나무(Cudrania tricuspidata Bureau)는 일반적으로 이용되는 대표적인 다년생의 약용식물이다. 최근 국제적 추세에 따라 자국의 유전자원의 발굴, 보존 등이 강화됨에 따라 인접국가와 국내 자생 꾸지뽕 계통을 판별 할 수 있는 기준설정에 관한 연구의 필요성이 대두되고 있지만, 분자생물학적 판별 기술의 개발은 아직 미흡한 실정이다. 본 연구에서는 국내 토종과 중국 계통의 구지뽕 나무의 기원을 판별하기 위해 엽록체에 존재하는 trnL-trnF 유전자단편에서 SNP를 이용한 판별 프라이머를 확보하였으며 이를 보완하여 보다 신속하게 판별하기 위하여 ARMS-PCR기술을 이용한 판별마커와 그 조건을 확립하였다. 그러므로, 본 연구에서 개발된 SNP 마커는 다양한 지역에서 서식하는 구지뽕 계통들의 신속한 확인을 위해 매우 유용하게 이용될 것으로 생각된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제25권12호
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• pp.1674-1680
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• 2012

The purpose of this study was to detect significant SNPs for blood components that were related to immunity using high single nucleotide polymorphism (SNP) density panels in a Korean native pig (KNP)${\times}$Yorkshire (YK) cross population. A reciprocal design of KNP${\times}$YK produced 249 $F_2$ individuals that were genotyped for a total of 46,865 available SNPs in the Illumina porcine 60K beadchip. To perform whole genome association analysis (WGA), phenotypes were regressed on each SNP under a simple linear regression model after adjustment for sex and slaughter age. To set up a significance threshold, 0.1% point-wise p value from F distribution was used for each SNP test. Among the significant SNPs for a trait, the best set of SNP markers were determined using a stepwise regression procedure with the rates of inclusion and exclusion of each SNP out of the model at 0.001 level. A total of 54 SNPs were detected; 10, 6, 4, 4, 5, 4, 5, 10, and 6 SNPs for neutrophil, lymphocyte, monocyte, eosinophil, basophil, atypical lymph, immuno-globulin, insulin, and insulin-like growth factor-I, respectively. Each set of significant SNPs per trait explained 24 to 42% of phenotypic variance. Several pleiotropic SNPs were detected on SSCs 4, 13, 14 and 15.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제45권2호
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• pp.102-109
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• 2018

엉겅퀴는 일반적으로 이용되는 대표적인 다년생의 약용식물이다. 최근 국제적 추세에 따라 자국의 유전자원의 발굴, 보존 등이 강화됨에 따라 인접국가와 국내 자생 엉겅퀴 계통을 판별 할 수 있는 기준 설정에 관한 연구의 필요성이 대두되고 있지만, 분자생물학적 판별 기술의 개발은 아직 미흡한 실정이다. 본 연구에서는 국내 토종과 해외 유래 엉겅퀴종의 기원을 판별하기 위해 핵의 리보솜에 존재하는 ITS 유전자단편에서 SNP를 이용한 판별 프라이머를 확보하였으며, 이를 보완하여 보다 신속하게 판별하기 위하여 ARMS-PCR 및 HRM 기술을 이용한 판별 마커와 그 조건을 확립하였다. 또한, 국내 종 특이적 프라이머들을 이용한 정량적 PCR 분석방법을 이용해 두 가지 종의 genomic DNA의 혼합 여부를 판별하였다. 그러므로, 본 연구에서 개발된 SNP 마커는 다양한 지역 또는 국가에서 서식하는 엉겅퀴 종들의 신속한 확인을 위해 매우 유용하게 이용될 것으로 생각된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제28권9호
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• pp.1235-1243
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• 2015

The goat Capra hircus is one of several economically important livestock in China. Advances in molecular genetics have led to the identification of several single nucleotide variation markers associated with genes affecting economic traits. Validation of single nucleotide variations in a whole-transcriptome sequencing is critical for understanding the information of molecular genetics. In this paper, we aim to develop a large amount of convinced single nucleotide polymorphisms (SNPs) for Cashmere goat through transcriptome sequencing. In this study, the transcriptomes of Cashmere goat skin at four stages were measured using RNA-sequencing and 90% to 92% unique-mapped-reads were obtained from total-mapped-reads. A total of 56,231 putative SNPs distributed among 10,057 genes were identified. The average minor allele frequency of total SNPs was 18%. GO and KEGG pathway analysis were conducted to analyze the genes containing SNPs. Our follow up biological validation revealed that 64% of SNPs were true SNPs. Our results show that RNA-sequencing is a fast and efficient method for identification of a large number of SNPs. This work provides significant genetic resources for further research on Cashmere goats, especially for the high density linkage map construction and genome-wide association studies.

• 생명과학회지
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• 제18권6호
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• pp.770-775
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• 2008

돼지 2번 염색체의 육질 관련 양적 경제형질에 관한 연구보고가 몇몇 이루어 지고 있다. 양돈업계에서 DNA 기술을 이용한 염색체 정보를 활용하기 위해 본 연구에서는 13개의 후보 유전자에서 생성된 중합효소연쇄반응(PCR) 생성물을 비교 재서열 함으로써 단일염기변이(SNP) 표지들을 개발했다. 11개의 중합효소연쇄반응 생성물에서 296 bp마다 에서 평균 하나의 SNP, 총 34개의 SNP를 발견하였다. 또한 11개의 SNP에 대한 PCR 제한효소길이 절편길이 다형성(RFLP) 분석을 전개한 후, 이를 대한민국 상업돈 4품종 개체군의 유전자형을 분석하는데 활용하였다. 본 연구는 유용한 단일염기변이를 식별하고 돼지 개체군 내 경제적으로 중요한 특성들과 SNP의 연관성을 확인하는 데 그 목적이 있다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권15호
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• pp.6211-6217
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• 2014

Previous genome-wide association studies (GWAS) have implicated several single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the AT-rich interactive domain 5B (ARID5B) gene with childhood acute lymphoblastic leukemia (ALL). However, replicated studies reported some inconsistent results in different populations. Using meta-analysis, we here aimed to clarify the nature of the genetic risks contributed by the two polymorphisms (rs10994982, rs7089424) for developing childhood ALL. Through searches of PubMed, EMBASE, and manually searching relevant references, a total of 14 articles with 16 independent studies were included. Odds ratios (ORs) with 95% confidence intervals (95%CI) were calculated to assess the associations. Both SNPs rs10994982 and rs7089424 showed significant associations with childhood ALL risk in all genetic models after Bonferroni correction. Furthermore, subtype analyses of B-lineage ALL provided strong evidence that SNP rs10994982 is highly associated with the risk of developing B-hyperdiploid ALL. These results indicate that SNPs rs10994982 and rs7089424 are indeed significantly associated with increased risk of childhood ALL.

• 대한전기학회:학술대회논문집
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• 대한전기학회 2004년도 하계학술대회 논문집 C
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• pp.2128-2130
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• 2004

High throughput analysis using a DNA chip microarray is powerful tool in the post genome era. Less labor-intensive and lower cost-performance is required. Thus, this paper aims to develop the multi-channel type label-free DNA chip and detect SNP (Single nucleotide polymorphisms). At first, we fabricated a high integrated type DNA chip array by lithography technology. Various probe DNAs were immobilized on the microelectrode array. We succeeded to discriminate of DNA hybridization between target DNA and mismatched DNA on microarray after immobilization of a various probe DNA and hybridization of label-free target DNA on the electrodes simultaneously. This method is based on redox of an electrochemical ligand.